genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

This is table  74  of  163  ( 19493 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19543548--19543641	6	15.7	6	72	12	59	46	1	2	50	1.20
19543593--19543641	11	4.6	11	76	14	50	53	0	2	44	1.12
19543573--19543631	31	1.9	31	85	0	82	52	1	3	42	1.28
19543927--19544404	76	6.5	74	82	6	548	30	18	15	34	1.93
19543927--19544408	145	3.3	142	81	11	548	30	18	15	34	1.93
19543991--19544646	37	18.4	37	70	17	408	30	19	15	34	1.93
19544131--19544646	248	2.1	247	88	6	765	30	20	14	34	1.93
19544392--19544653	68	3.8	68	94	3	463	30	20	14	33	1.93
19544392--19544653	137	1.9	136	96	0	488	30	20	14	33	1.93
19545516--19545542	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
19556477--19556878	30	13.4	30	86	2	529	35	3	24	37	1.72
19556737--19556792	19	3.4	19	64	35	56	30	3	26	39	1.73
19558462--19558499	19	2.0	20	94	5	69	13	10	52	23	1.71
19558666--19558811	6	25.8	6	76	14	132	52	0	0	45	1.10
19558692--19558811	33	3.8	33	84	13	180	57	0	0	40	1.10
19558689--19558821	27	4.6	27	82	14	76	56	1	0	41	1.14
19558692--19558811	17	7.6	16	85	13	169	57	0	0	40	1.10
19558715--19558821	27	3.7	27	91	7	151	57	0	0	41	1.05
19566587--19566646	24	2.5	24	84	10	77	68	18	10	3	1.32
19575480--19575596	54	2.2	53	86	4	155	35	21	21	22	1.96
19575578--19575723	73	2.0	73	100	0	292	38	9	27	24	1.86
19584596--19584701	29	3.7	29	85	0	86	41	15	19	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19587826--19587934	29	3.7	29	83	7	139	40	12	21	25	1.89
19588568--19588741	95	1.8	95	81	2	215	20	26	24	28	1.99
19591871--19591914	21	2.2	20	83	4	52	20	0	11	68	1.20
19592647--19592698	20	2.4	21	84	15	63	69	19	0	11	1.18
19594090--19594784	50	13.8	50	82	3	698	39	16	18	24	1.91
19599989--19600025	12	3.0	13	84	11	51	21	29	2	45	1.65
19607221--19607357	40	3.4	40	91	4	231	40	8	27	23	1.84
19608356--19608456	33	3.0	33	92	1	175	39	12	11	35	1.81
19608385--19608443	19	3.4	19	68	29	58	38	13	11	35	1.82
19625071--19625132	27	2.3	27	97	0	115	11	24	41	22	1.86
19626109--19626141	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
19626133--19626160	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19628110--19628164	6	9.2	6	100	0	110	16	34	32	16	1.91
19628597--19628643	6	7.8	6	86	9	69	17	2	14	65	1.36
19628716--19628792	26	2.9	26	74	3	64	55	9	1	33	1.39
19631602--19631651	25	2.0	25	96	0	91	26	20	6	48	1.72
19631686--19631746	27	2.3	27	91	0	95	21	40	24	13	1.88
19631947--19631987	20	1.9	23	85	14	61	31	7	0	60	1.24
19633698--19633722	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
19638056--19638112	11	5.2	11	76	0	51	17	15	42	24	1.88
19638056--19638102	22	2.1	22	88	0	67	17	17	42	23	1.88
19638216--19638250	14	2.5	14	90	0	61	25	2	20	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19638262--19638305	21	2.0	22	87	12	65	13	0	13	72	1.12
19639382--19639438	29	1.9	30	85	3	80	49	12	7	31	1.67
19639843--19639884	22	2.0	22	86	13	61	33	2	9	54	1.46
19639855--19639986	72	1.9	71	82	3	167	45	4	6	43	1.51
19643728--19644006	109	2.6	109	81	3	310	26	18	23	31	1.97
19648009--19648307	53	5.6	53	88	2	413	35	22	15	27	1.94
19657197--19657239	7	5.7	7	79	15	50	2	18	0	79	0.85
19657198--19657240	15	2.8	15	80	16	52	2	20	0	76	0.89
19657787--19657841	17	3.2	17	77	7	58	50	10	16	21	1.75
19657832--19657863	15	2.1	15	94	0	55	40	3	25	31	1.71
19664239--19664270	14	2.3	14	100	0	64	34	6	15	43	1.72
19671494--19671521	7	4.0	7	100	0	56	28	28	28	14	1.95
19674220--19674277	27	2.2	26	80	19	68	72	0	0	27	0.85
19674199--19674283	15	5.5	15	77	15	66	69	1	2	27	1.08
19674228--19674282	17	3.4	17	82	9	62	74	0	0	25	0.82
19674321--19674359	13	3.2	12	89	7	53	71	7	0	20	1.10
19674417--19674454	15	2.7	14	88	8	51	71	2	2	23	1.12
19676718--19676772	28	2.0	26	82	6	65	50	20	12	16	1.77
19679011--19679421	208	2.0	208	92	0	680	31	22	14	31	1.93
19684798--19684843	20	2.3	20	100	0	92	23	30	8	36	1.85
19686540--19686580	20	2.0	20	100	0	82	56	9	9	24	1.62
19686547--19686580	10	3.4	10	83	0	50	55	11	8	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19690541--19690576	10	3.5	10	92	3	54	75	0	0	25	0.81
19690614--19690651	12	3.2	12	88	3	51	73	2	2	21	1.07
19694468--19694602	40	3.4	40	89	1	200	25	22	7	44	1.79
19704843--19704891	25	2.0	25	88	8	73	42	2	0	55	1.11
19706322--19706495	51	3.5	49	81	13	180	40	13	12	33	1.81
19707276--19707321	19	2.5	19	83	13	60	13	26	0	60	1.32
19712441--19712552	51	2.2	51	81	7	129	39	12	15	33	1.85
19727349--19727389	19	2.2	19	86	0	55	24	4	29	41	1.75
19729010--19729110	53	1.9	53	83	0	130	22	16	29	30	1.96
19729654--19729744	29	3.1	29	87	0	128	25	10	14	49	1.76
19729654--19729769	58	2.0	58	83	3	144	27	9	12	50	1.72
19731138--19731222	37	2.3	37	91	0	143	35	17	22	24	1.95
19731138--19731222	18	4.6	19	80	5	111	35	17	22	24	1.95
19731946--19732003	21	2.8	21	89	0	80	29	15	22	32	1.95
19741672--19741755	38	2.2	38	91	0	141	59	0	13	27	1.34
19741682--19741750	19	3.7	18	70	24	54	57	0	14	27	1.37
19741993--19742035	13	3.2	13	80	12	52	46	0	18	34	1.50
19746361--19746617	42	6.1	43	81	3	281	26	26	19	26	1.99
19750563--19750726	41	4.1	40	82	5	179	17	34	17	30	1.93
19750731--19750835	40	2.6	40	93	0	174	11	34	19	35	1.87
19750635--19750821	95	2.0	96	91	1	304	14	36	18	31	1.90
19755668--19755730	23	2.7	23	74	16	67	60	7	1	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19755979--19756023	18	2.5	18	100	0	90	40	4	13	42	1.64
19765255--19765346	37	2.5	37	98	0	175	19	17	28	34	1.94
19770871--19770938	34	2.0	34	100	0	136	20	26	11	41	1.87
19772606--19772746	37	3.8	37	80	1	176	14	21	29	34	1.93
19772603--19772744	73	1.9	74	88	1	214	15	21	28	35	1.94
19777318--19777506	94	2.0	93	94	1	333	66	8	10	14	1.45
19777488--19777544	6	9.3	6	78	3	60	73	3	1	21	1.07
19777486--19777538	17	3.1	17	79	15	56	73	3	1	20	1.08
19777600--19777632	4	8.8	4	87	12	52	78	0	0	21	0.75
19777594--19777638	14	3.2	14	84	6	56	77	0	0	22	0.76
19777600--19777638	18	2.2	18	100	0	78	79	0	0	20	0.73
19782258--19782309	20	2.7	20	84	3	61	30	15	36	17	1.91
19790885--19790970	42	2.0	42	84	0	109	27	16	15	40	1.88
19791689--19791768	26	3.1	26	83	0	106	23	18	26	31	1.98
19798748--19798785	17	2.2	18	86	9	53	55	0	21	23	1.44
19799935--19799959	12	2.1	12	100	0	50	16	16	16	52	1.76
19801375--19801416	21	2.0	21	90	0	66	50	2	0	47	1.14
19801765--19801801	2	19.5	2	89	10	60	48	0	0	51	1.00
19802760--19802818	31	1.9	31	82	6	75	49	1	3	45	1.28
19804415--19804456	23	1.9	23	85	9	61	35	2	4	57	1.33
19804428--19804483	27	2.1	27	82	0	67	37	1	5	55	1.33
19806375--19806465	29	3.1	28	74	14	76	37	24	3	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19806379--19806524	30	5.0	30	71	15	108	36	26	2	34	1.68
19806423--19806616	58	3.3	59	89	5	281	33	28	2	35	1.71
19806451--19806618	29	5.8	28	74	19	148	32	30	3	33	1.75
19806449--19806653	58	3.6	55	83	9	223	30	30	5	33	1.80
19806445--19806653	116	1.8	115	84	6	287	31	30	5	33	1.80
19818699--19819798	76	14.5	76	91	1	1681	34	15	17	32	1.91
19818699--19819798	303	3.6	303	95	0	1882	34	15	17	32	1.91
19818692--19819798	378	2.9	378	91	1	1760	34	15	17	32	1.91
19819924--19820077	79	2.0	77	83	7	195	27	27	20	25	1.99
19820118--19820566	200	2.2	200	88	1	650	36	19	23	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163