genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20803009--20803043	14	2.5	14	100	0	70	14	11	0	74	1.08
20804899--20804951	26	2.0	26	100	0	106	30	39	3	26	1.74
20810478--20810527	18	2.8	18	79	8	50	54	4	0	42	1.19
20811408--20811447	18	2.2	18	86	8	55	50	10	2	37	1.50
20816809--20816836	8	3.5	8	100	0	56	50	0	35	14	1.43
20821291--20821378	23	3.8	23	84	1	113	26	12	18	43	1.85
20821291--20821401	23	4.8	23	82	3	89	28	11	16	43	1.83
20821314--20821402	46	1.9	46	82	8	110	28	10	16	44	1.80
20822845--20822909	30	2.2	30	91	0	103	56	16	3	23	1.54
20824176--20824245	30	2.3	29	83	11	79	44	1	2	51	1.25
20826388--20827065	223	3.0	223	97	0	1284	34	14	13	38	1.85
20828548--20828722	70	2.5	70	92	0	298	41	9	12	36	1.76
20837509--20837558	20	2.4	21	80	9	59	16	4	2	78	1.00
20837548--20837639	41	2.2	42	81	11	109	21	6	4	67	1.32
20841517--20841555	16	2.8	13	79	20	51	28	20	10	41	1.85
20845464--20845515	10	4.8	10	80	19	52	78	0	19	1	0.84
20846573--20847195	49	12.7	49	74	5	366	39	18	23	19	1.93
20846551--20847206	98	6.7	98	80	3	469	39	17	23	18	1.92
20846777--20847046	146	1.8	146	86	3	391	39	19	21	19	1.92
20846549--20847257	49	14.5	49	71	10	324	39	17	23	19	1.92
20846879--20847244	98	3.7	98	81	1	405	39	17	23	19	1.92
20846581--20847261	342	2.0	344	82	3	836	39	18	23	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20848072--20848159	40	2.2	42	76	15	96	21	2	6	69	1.23
20848208--20848264	16	3.6	16	76	9	55	19	3	3	73	1.12
20856917--20856963	21	2.2	22	81	11	62	6	29	8	55	1.55
20859434--20859501	32	2.1	32	97	0	127	11	25	10	52	1.69
20861464--20861520	28	2.0	28	93	0	96	31	17	19	31	1.95
20866075--20866113	14	2.6	16	84	15	57	0	23	2	74	0.94
20866697--20866740	17	2.6	16	85	3	52	59	15	9	15	1.61
20886552--20886621	20	3.3	20	73	21	63	72	1	20	5	1.12
20886573--20886633	29	2.1	28	82	8	70	72	1	22	3	1.09
20886599--20886648	13	3.9	13	79	7	50	68	0	28	4	1.08
20892441--20892485	21	2.1	21	84	8	56	28	11	8	51	1.68
20892415--20892485	20	3.5	20	73	16	58	36	8	11	43	1.71
20893788--20893825	19	2.0	19	89	0	58	52	5	18	23	1.65
20902578--20902614	19	1.9	19	89	10	58	45	0	2	51	1.15
20903470--20903515	24	2.0	23	87	12	67	52	4	2	41	1.33
20906141--20906311	53	3.2	52	83	4	193	21	15	32	30	1.95
20920433--20920478	24	1.9	24	82	8	58	34	6	6	52	1.53
20922148--20922194	18	2.6	18	96	0	85	21	44	6	27	1.76
20925986--20926039	15	3.3	15	74	18	54	44	1	1	51	1.22
20925969--20926039	34	2.2	34	82	7	94	46	4	1	47	1.30
20925984--20926033	15	2.9	17	72	21	59	46	2	2	50	1.24
20926071--20926111	15	2.8	15	79	17	50	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20926122--20926186	18	3.4	19	73	26	57	50	0	1	47	1.10
20928269--20928307	19	2.1	18	86	13	53	28	7	0	64	1.21
20928420--20928647	30	7.6	31	77	10	197	35	24	1	38	1.66
20928420--20928647	90	2.5	91	85	7	295	35	24	1	38	1.66
20932025--20932067	17	2.5	17	88	3	59	46	2	30	20	1.63
20935178--20935276	11	8.9	11	80	15	91	41	0	2	56	1.11
20935178--20935276	44	2.2	44	92	1	162	41	0	2	56	1.11
20935176--20935260	5	15.6	5	79	13	80	42	0	1	56	1.07
20935175--20935278	17	6.2	17	85	8	110	43	0	1	54	1.11
20935178--20935260	28	3.0	27	87	7	98	40	0	1	57	1.06
20937103--20937329	58	3.9	59	84	2	323	37	27	1	33	1.65
20937091--20937467	117	3.2	117	83	8	386	36	26	3	33	1.73
20937079--20937475	29	13.6	28	73	13	259	36	26	3	34	1.73
20937103--20937447	59	5.9	57	80	7	315	36	26	2	33	1.71
20937256--20937570	117	2.7	114	84	7	375	34	24	3	36	1.74
20937315--20937570	59	4.4	59	81	5	281	33	24	4	37	1.76
20937098--20937625	29	18.2	29	72	17	176	34	26	4	34	1.77
20937547--20937625	28	2.9	28	88	1	124	29	29	11	30	1.92
20958389--20958437	21	2.3	21	82	0	53	28	8	28	34	1.86
20960022--20960066	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
20961369--20963140	896	2.0	895	93	1	3021	35	8	16	38	1.80
20963634--20964080	195	2.3	195	85	3	569	28	21	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20964498--20964542	19	2.3	19	96	3	81	13	0	26	60	1.34
20966687--20966751	22	3.0	22	76	17	64	46	1	1	50	1.20
20966760--20966803	23	1.9	23	86	9	63	52	0	4	43	1.22
20967743--20967783	14	2.9	14	92	3	64	41	2	2	53	1.27
20971635--20971677	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
20974128--20974166	7	5.6	7	82	11	53	84	0	2	12	0.72
20974129--20974166	15	2.8	13	85	14	58	84	0	2	13	0.73
20974129--20974166	14	2.7	14	88	11	60	84	0	2	13	0.73
20976924--20976965	15	2.8	15	96	0	75	38	4	16	40	1.70
20976899--20976950	20	2.6	21	81	9	63	38	7	17	36	1.78
20977803--20977850	20	2.5	20	76	6	55	43	0	2	54	1.12
20985454--20985504	25	2.0	25	100	0	102	52	3	31	11	1.56
20987890--20988663	100	7.8	100	76	7	490	38	19	25	15	1.91
20987840--20988625	50	15.8	49	72	12	331	39	19	25	15	1.91
20988090--20988616	149	3.5	148	88	2	700	38	19	26	15	1.91
20988759--20988976	92	2.4	92	92	0	355	33	15	17	33	1.91
20989268--20989314	19	2.6	18	83	12	60	38	0	2	59	1.09
20989491--20989543	15	3.6	15	92	2	90	30	41	7	20	1.80
20994892--20994991	23	4.3	23	79	5	112	46	14	6	34	1.69
21010193--21010231	20	1.9	21	94	5	71	12	12	5	69	1.35
21014706--21014736	14	2.3	14	94	5	55	29	16	9	45	1.79
21015839--21015876	12	3.1	13	77	14	53	63	5	31	0	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21033759--21033818	27	2.2	27	82	8	68	23	6	30	40	1.80
21034332--21034362	7	4.4	7	100	0	62	12	0	45	41	1.42
21047025--21047072	24	1.9	26	84	16	66	47	0	22	29	1.51
21047146--21047228	23	3.6	22	71	12	69	10	25	24	39	1.87
21054340--21054387	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
21056011--21056053	21	2.2	20	88	12	63	6	30	0	62	1.21
21063483--21063534	21	2.6	20	88	8	79	69	19	7	3	1.29
21063483--21063541	20	3.0	21	80	11	72	71	16	6	5	1.26
21063489--21063541	21	2.7	21	88	8	76	69	16	7	5	1.31
21065697--21065740	20	2.2	20	91	0	70	36	25	6	31	1.82
21067325--21067403	31	2.5	31	84	10	90	46	0	1	51	1.08
21067253--21067411	80	2.0	79	79	10	173	42	1	3	52	1.25
21067344--21067418	32	2.3	34	78	19	88	48	0	0	52	1.00
21067459--21067489	12	2.6	12	100	0	62	6	32	35	25	1.82
21074589--21074994	206	2.0	205	96	0	740	33	12	24	29	1.93
21077162--21077195	3	11.3	3	100	0	68	0	35	0	64	0.94
21078442--21078496	21	2.6	21	82	5	67	27	16	23	32	1.96
21082177--21082219	22	1.9	23	85	4	61	37	6	6	48	1.57
21085223--21085417	100	2.0	99	92	1	327	35	10	21	32	1.88
21087397--21087524	60	2.1	60	86	0	175	35	7	17	39	1.78
21094718--21095377	242	2.7	242	94	0	1153	32	15	22	29	1.94
21097461--21097492	12	2.7	12	90	0	55	62	0	37	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21105855--21105907	14	3.9	14	72	5	54	18	26	18	35	1.95
21105856--21105907	27	1.9	27	84	0	68	19	26	19	34	1.95
21112021--21112064	23	1.9	23	86	9	63	18	27	6	47	1.73
21112940--21112994	27	2.0	27	96	0	101	36	12	20	30	1.90
21114107--21114183	21	3.7	20	77	8	66	63	0	2	33	1.08
21114129--21114183	20	2.8	20	81	13	69	65	0	1	32	1.03
21114260--21114316	20	2.9	19	80	10	60	31	1	3	63	1.22
21121642--21121682	10	4.1	11	84	15	54	34	0	17	48	1.47
21141417--21141449	16	2.1	16	94	0	57	54	15	6	24	1.63
21166527--21166569	21	2.0	21	100	0	86	32	4	34	27	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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