genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22918860--22918893	16	2.1	17	94	5	61	52	23	5	17	1.66
22919745--22919834	30	3.0	30	91	4	137	44	20	1	34	1.59
22919770--22919907	73	1.9	73	84	3	188	41	18	3	36	1.68
22919836--22919960	30	4.2	30	74	5	110	36	22	5	35	1.78
22919843--22919970	60	2.1	60	84	2	159	37	23	4	34	1.76
22919767--22919920	73	2.1	73	78	4	168	40	20	3	35	1.68
22922013--22922084	31	2.3	31	88	4	101	26	20	9	43	1.83
22930841--22930954	50	2.3	50	89	3	167	36	22	19	21	1.95
22930841--22930969	50	2.6	50	83	4	154	37	20	20	21	1.94
22931044--22931239	39	5.0	39	74	11	166	32	23	17	26	1.97
22931030--22931239	79	2.7	79	85	1	287	30	24	17	26	1.97
22932607--22932822	30	7.2	30	76	6	161	37	21	5	36	1.77
22932617--22932834	60	3.6	60	76	3	206	36	22	5	35	1.76
22932612--22932834	90	2.5	90	80	2	250	36	21	5	36	1.77
22932888--22932931	23	2.0	21	82	8	52	22	0	13	63	1.29
22950193--22950849	328	2.0	328	100	0	1314	36	11	16	35	1.86
22966721--22966804	30	2.8	30	85	0	114	20	17	27	34	1.95
22969190--22969233	15	2.9	15	93	6	72	27	20	25	27	1.99
22969244--22969302	30	2.0	30	93	0	100	32	30	16	20	1.95
22969333--22969386	15	3.6	15	92	0	90	12	29	20	37	1.90
22972697--22972791	48	2.0	48	91	4	156	25	6	23	45	1.76
22977132--22977462	54	6.2	54	86	2	411	35	20	15	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22977140--22977456	162	2.0	160	87	3	458	35	19	15	29	1.93
22982195--22982419	53	4.3	53	88	3	319	32	20	17	30	1.96
22982195--22982419	105	2.1	105	87	4	328	32	20	17	30	1.96
22986111--22986173	19	3.4	19	77	4	65	33	22	19	25	1.97
22986111--22986176	18	3.6	18	79	6	69	31	22	19	25	1.98
22989987--22990028	6	7.0	6	83	0	57	2	16	2	78	0.96
22989979--22990034	24	2.3	24	93	0	94	1	19	5	73	1.12
23005769--23005874	48	2.2	48	77	3	115	41	17	16	24	1.89
23006706--23006770	33	2.0	33	82	11	80	12	1	44	41	1.51
23006721--23006789	22	3.1	22	72	4	59	7	1	50	40	1.39
23007881--23007958	30	2.6	30	91	0	120	37	25	17	19	1.94
23008062--23008209	61	2.4	61	94	0	251	35	29	16	18	1.92
23008081--23008175	29	3.2	29	69	8	82	33	31	15	18	1.93
23008098--23008193	30	3.2	30	66	8	86	34	30	18	16	1.93
23008110--23008207	32	3.2	32	66	8	94	36	30	15	17	1.91
23008185--23008349	30	5.5	30	88	1	208	46	24	10	18	1.81
23010830--23010880	16	3.1	16	80	5	57	21	5	3	68	1.27
23016877--23016932	18	3.2	18	78	12	62	71	5	0	23	1.06
23016882--23016938	19	3.0	20	84	2	64	68	5	0	26	1.11
23016908--23016967	9	6.6	9	76	16	61	63	0	3	33	1.11
23020069--23020132	33	2.0	32	87	3	92	48	1	14	35	1.53
23028174--23028220	25	1.9	24	87	12	69	57	12	10	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23029702--23029751	15	3.4	14	73	10	55	42	0	40	18	1.50
23031983--23032013	15	2.1	15	93	0	53	25	22	22	29	1.99
23036156--23038067	216	8.9	215	83	2	2289	28	16	14	40	1.88
23035685--23038067	433	5.6	432	83	4	2758	28	17	14	40	1.88
23035685--23038067	649	3.7	643	83	4	2784	28	17	14	40	1.88
23038202--23038232	11	2.8	11	95	0	53	19	0	6	74	1.03
23038468--23038565	50	1.9	52	85	4	137	34	17	12	35	1.87
23041694--23043671	216	9.2	217	83	2	2319	27	17	14	39	1.89
23046941--23047064	50	2.4	50	82	6	142	37	12	14	36	1.83
23047266--23047298	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
23048907--23049045	50	2.7	50	80	10	147	34	11	17	35	1.86
23049242--23049274	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
23051476--23051535	21	2.9	20	79	13	68	11	21	0	66	1.23
23051390--23051589	96	2.1	96	80	6	219	12	24	2	60	1.44
23053932--23070519	216	77.8	215	78	7	15106	28	17	15	38	1.90
23053932--23070519	851	19.5	856	80	5	17028	28	17	15	38	1.90
23053932--23070519	432	38.9	432	82	5	17516	28	17	15	38	1.90
23066637--23067018	195	2.0	194	82	4	466	26	16	15	41	1.87
23084422--23084456	17	2.1	17	94	5	63	40	2	0	57	1.14
23085439--23085487	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
23093101--23093175	6	11.6	7	87	9	99	57	1	25	16	1.47
23095107--23095163	29	2.0	29	96	0	105	43	19	0	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23100941--23100992	21	2.5	21	81	6	61	32	25	13	28	1.93
23125330--23125376	3	15.7	3	79	16	53	68	0	29	2	1.02
23133037--23133177	70	2.0	70	100	0	282	35	15	27	21	1.94
23137500--23137556	15	3.8	15	71	0	60	31	26	22	19	1.98
23142198--23142266	30	2.3	30	78	12	70	43	5	5	44	1.52
23144622--23144657	18	2.0	18	89	10	56	44	13	0	41	1.44
23145134--23145171	17	2.2	18	85	4	51	50	0	0	50	1.00
23149227--23149305	28	2.8	28	82	0	86	21	16	25	36	1.94
23151247--23151395	75	2.0	73	87	3	210	33	12	7	46	1.69
23152941--23153020	40	2.0	40	92	0	133	40	18	12	28	1.87
23159430--23159709	138	2.0	138	86	2	384	44	4	8	42	1.55
23159691--23159834	75	1.9	75	81	2	173	29	13	12	45	1.80
23167230--23167269	18	2.2	19	90	4	64	57	12	15	15	1.66
23174679--23174713	18	1.9	18	88	11	54	77	0	2	20	0.90
23174674--23174715	10	4.6	9	82	14	50	76	0	4	19	0.96
23181705--23181758	21	2.6	21	76	5	56	33	18	25	22	1.97
23183803--23183836	13	2.5	13	90	4	50	67	11	2	17	1.34
23184708--23184759	21	2.5	21	84	6	70	32	28	11	26	1.91
23185502--23185947	193	2.3	193	86	4	596	25	25	19	28	1.99
23187819--23187865	21	2.2	21	88	0	67	38	6	10	44	1.65
23188879--23188930	24	2.2	24	82	6	61	11	38	0	50	1.39
23194719--23195789	535	2.0	535	98	0	2088	34	18	14	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23195981--23196022	12	3.5	12	83	0	57	11	26	16	45	1.82
23198902--23199044	71	2.0	71	95	0	259	23	27	20	29	1.99
23199211--23199346	68	2.0	68	91	0	218	38	11	9	39	1.75
23199279--23199593	123	2.6	123	95	0	558	39	10	7	42	1.68
23199532--23199740	107	2.0	106	96	0	382	41	10	7	41	1.67
23202435--23202470	16	2.2	16	95	0	63	58	13	5	22	1.56
23204017--23204074	21	2.6	23	84	13	68	72	5	3	18	1.18
23205786--23205829	21	2.1	21	91	0	70	20	40	4	34	1.73
23205804--23205844	18	2.3	18	86	0	55	24	41	4	29	1.75
23218416--23218454	17	2.3	17	100	0	78	43	5	5	46	1.48
23218623--23218652	15	2.0	15	100	0	60	46	6	20	26	1.75
23224592--23224622	14	2.1	15	94	5	55	77	3	6	12	1.08
23240781--23240838	20	3.0	18	74	16	53	77	1	17	3	0.99
23259977--23260015	13	2.9	14	80	7	53	5	28	0	66	1.12
23259995--23260051	31	1.9	28	86	10	78	3	28	1	66	1.18
23270863--23270887	10	2.5	10	100	0	50	20	24	8	48	1.76
23272185--23272224	17	2.3	18	83	8	57	32	0	10	57	1.32
23274212--23274261	18	2.9	17	72	16	50	16	16	10	58	1.63
23276400--23276429	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
23281199--23281234	18	2.1	18	89	5	56	41	27	19	11	1.85
23283717--23283764	22	2.2	21	78	10	51	22	20	2	54	1.55
23288540--23288575	18	2.0	18	88	0	54	22	38	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23290551--23290584	4	8.5	4	100	0	68	76	0	0	23	0.79
23290969--23291016	22	2.2	21	78	10	51	22	20	2	54	1.55
23292005--23292045	3	14.0	3	89	5	66	65	0	2	31	1.05
23297516--23297596	41	2.0	41	97	0	153	51	12	32	3	1.57
23298434--23298517	41	2.0	41	97	0	159	47	14	34	3	1.61
23298638--23298671	17	2.0	17	88	0	50	17	11	20	50	1.77
23297187--23299024	921	2.0	921	98	0	3516	33	15	23	27	1.95
23302842--23302907	25	2.7	23	80	11	78	50	7	7	34	1.59
23303769--23304155	105	3.6	106	88	5	501	29	11	17	41	1.84
23321291--23321354	26	2.5	26	81	0	83	32	18	17	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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