genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11302056--11302084	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
11302726--11302768	15	2.8	15	85	3	50	72	0	0	27	0.85
11308522--11308572	10	5.2	10	81	9	52	0	23	0	76	0.79
11308521--11308578	8	6.7	9	73	11	50	0	25	0	74	0.82
11313738--11313778	21	2.0	20	86	9	57	68	2	0	29	1.03
11313698--11313778	34	2.3	37	79	12	98	62	3	1	32	1.20
11314002--11314047	23	2.0	23	82	4	56	30	2	4	63	1.26
11315087--11315137	26	2.0	26	88	7	77	35	17	3	43	1.68
11317434--11317470	18	2.1	17	90	5	56	64	0	13	21	1.27
11319711--11319741	15	2.0	16	93	6	55	74	0	0	25	0.82
11320194--11320285	31	2.8	32	83	6	114	48	8	16	26	1.74
11320140--11320308	91	1.9	89	83	3	223	50	10	13	25	1.73
11323522--11323649	30	4.3	30	82	0	157	43	26	10	18	1.83
11323522--11323647	60	2.1	60	90	0	198	43	26	11	19	1.84
11330164--11330226	30	2.1	30	93	0	108	30	19	20	30	1.97
11331542--11331622	14	5.6	14	68	23	51	59	6	6	28	1.46
11342687--11342713	14	1.9	14	100	0	54	74	3	0	22	0.98
11348550--11348824	90	3.1	90	86	0	372	28	27	12	31	1.93
11350731--11350768	15	2.4	16	82	13	51	50	0	13	36	1.42
11350737--11350767	15	2.1	15	93	0	53	54	0	16	29	1.42
11355171--11355252	44	1.9	43	82	9	105	43	0	2	53	1.13
11355179--11355260	18	4.6	18	74	8	60	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11356484--11356542	21	2.8	21	84	5	66	62	5	1	30	1.26
11357010--11357076	33	2.0	33	100	0	134	52	17	0	29	1.45
11360766--11360821	24	2.3	23	85	8	76	50	8	12	28	1.70
11360778--11360828	24	2.1	24	88	0	75	58	7	11	21	1.58
11361192--11361244	26	2.0	26	85	7	72	41	3	7	47	1.50
11363454--11363504	25	2.0	25	100	0	102	19	19	29	31	1.97
11366917--11366998	41	2.0	41	80	4	94	26	24	7	41	1.81
11366939--11367125	84	2.2	85	80	8	193	26	27	9	36	1.87
11366939--11367125	43	4.4	42	80	6	164	26	27	9	36	1.87
11375613--11375703	23	3.8	23	70	16	67	56	3	2	38	1.28
11375602--11375720	50	2.3	51	81	9	152	50	4	1	43	1.31
11376381--11376425	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
11376650--11376699	23	2.2	22	79	10	55	42	2	4	52	1.31
11376671--11376707	18	2.1	18	85	14	51	35	0	2	62	1.10
11383410--11383481	17	4.5	16	79	11	85	41	5	0	52	1.24
11383410--11383486	6	13.0	6	73	21	65	44	5	0	50	1.24
11385476--11385779	29	10.5	30	74	16	266	32	29	3	34	1.75
11385476--11385786	58	5.4	58	89	1	446	31	30	4	33	1.77
11385476--11385786	115	2.7	116	86	4	439	31	30	4	33	1.77
11393020--11393071	14	3.8	13	85	12	61	71	1	23	3	1.13
11393019--11393063	17	2.6	17	82	13	56	71	0	24	4	1.05
11397947--11398452	38	13.4	38	65	26	238	33	16	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11397887--11398477	76	7.8	76	92	2	913	32	16	18	32	1.94
11398768--11398847	17	4.6	17	76	10	81	41	6	0	52	1.27
11398768--11398856	6	15.0	6	74	18	80	43	5	0	50	1.25
11400842--11401093	58	4.4	57	87	3	364	30	32	4	32	1.78
11400842--11401093	115	2.2	114	89	2	380	30	32	4	32	1.78
11403083--11403130	25	2.0	25	88	8	73	64	4	12	18	1.43
11404559--11404583	7	3.6	7	100	0	50	0	24	16	60	1.36
11406648--11406693	22	2.0	23	84	12	60	26	2	2	69	1.11
11408790--11408834	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
11409630--11409689	21	2.8	21	85	12	70	15	11	1	71	1.22
11411215--11411264	21	2.4	21	86	0	64	44	14	14	28	1.83
11411226--11411265	21	1.9	21	94	0	71	42	12	17	27	1.85
11415203--11415255	8	6.5	8	79	12	54	16	3	0	79	0.88
11415200--11415255	21	2.8	19	78	17	69	17	3	0	78	0.89
11416030--11416219	104	1.8	104	82	3	247	37	14	23	24	1.92
11416783--11416827	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
11416827--11416856	14	2.1	14	93	0	51	16	6	3	73	1.18
11417627--11417656	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
11417622--11417667	22	2.1	22	88	8	67	17	13	2	67	1.33
11418134--11418201	14	4.9	14	82	7	84	26	35	14	23	1.94
11430067--11430301	97	2.4	98	82	2	276	38	18	25	17	1.92
11430263--11430346	41	2.0	41	86	8	118	35	22	26	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11430300--11430395	49	2.0	49	85	4	131	36	22	25	15	1.94
11430993--11431034	14	3.0	14	89	0	66	26	38	14	21	1.91
11432315--11432495	58	3.1	59	77	10	174	36	27	3	32	1.75
11432298--11432495	30	6.6	28	74	13	128	36	27	4	31	1.76
11432455--11432511	30	1.9	30	85	3	80	36	31	3	28	1.74
11446582--11446988	59	6.9	57	79	9	272	38	3	23	34	1.74
11446628--11446956	29	11.1	30	70	17	137	36	4	23	35	1.75
11446700--11446985	30	9.7	29	76	12	251	36	2	23	36	1.70
11446685--11446998	29	10.6	28	73	13	195	35	3	24	36	1.72
11448974--11449030	6	10.0	6	71	17	50	54	1	1	42	1.21
11448958--11449029	17	4.7	15	77	17	60	51	2	2	43	1.30
11449382--11449788	206	2.0	207	92	1	683	22	24	19	33	1.97
11449621--11449958	175	1.9	175	93	0	577	24	22	19	34	1.97
11450707--11450950	49	5.0	49	85	2	301	11	28	23	36	1.90
11450707--11450950	98	2.5	98	87	1	337	11	28	23	36	1.90
11457137--11457311	29	5.9	29	75	10	151	37	2	22	37	1.67
11456996--11457295	59	5.1	58	75	10	211	38	4	23	34	1.73
11457141--11457311	30	5.7	30	75	6	143	38	2	21	37	1.67
11456996--11457305	118	2.6	118	81	7	312	38	3	22	34	1.73
11457112--11457324	59	3.6	59	80	8	220	36	3	24	35	1.74
11459320--11459369	20	2.7	18	85	14	75	60	0	2	38	1.09
11470570--11470826	30	8.6	29	72	10	146	35	2	24	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11470555--11470810	89	2.9	88	76	8	241	36	2	24	37	1.68
11472535--11472661	17	7.3	18	77	6	95	51	5	3	38	1.44
11472546--11472661	35	3.4	34	79	2	124	53	6	3	37	1.43
11472566--11472614	23	2.1	23	85	7	64	51	6	2	40	1.38
11472977--11473500	201	2.6	201	92	1	845	20	22	20	36	1.96
11473448--11473537	37	2.4	37	92	0	144	25	22	21	31	1.98
11473240--11473738	238	2.1	238	93	1	849	22	23	19	34	1.96
11473478--11474261	201	3.9	201	92	0	1262	23	22	19	34	1.97
11473051--11473939	439	2.0	439	93	0	1526	22	22	20	34	1.96
11474117--11474376	115	2.3	115	90	1	396	23	22	21	33	1.98
11474454--11474545	39	2.4	39	88	0	130	28	19	26	26	1.99
11474768--11474989	49	4.5	49	82	1	264	14	26	20	38	1.91
11474797--11475045	49	5.1	48	82	6	243	12	24	22	39	1.89
11475853--11475953	6	16.5	6	78	15	57	0	7	5	85	0.80
11475853--11475942	1	90.0	1	73	0	72	1	5	6	86	0.74
11475853--11475953	14	7.7	13	80	9	71	0	7	5	85	0.80
11475858--11475953	9	10.1	9	77	18	72	1	7	6	85	0.79
11481096--11481346	29	8.5	29	78	6	191	34	2	23	39	1.69
11481097--11481363	90	3.0	89	78	7	247	33	2	24	38	1.71
11482321--11482381	22	2.8	21	80	11	61	39	6	4	49	1.50
11482992--11483085	17	5.5	16	83	14	91	51	2	4	42	1.33
11483010--11483068	11	5.2	11	76	17	59	52	1	3	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11483003--11483118	35	3.4	33	81	8	124	54	5	2	37	1.37
11483004--11483086	17	4.8	17	82	12	98	51	2	3	42	1.32
11483009--11483086	6	13.5	6	74	22	69	51	1	3	43	1.28
11482992--11483118	52	2.4	52	81	5	132	52	4	3	39	1.38
11485356--11485399	23	2.0	22	86	4	61	65	2	11	20	1.35
11485426--11485473	21	2.3	21	81	0	60	60	4	8	27	1.44
11485427--11485529	21	4.5	22	68	20	59	63	3	7	25	1.39
11490368--11490713	59	5.9	56	77	10	286	37	2	26	33	1.70
11490370--11490741	117	3.2	113	79	9	365	37	2	26	34	1.71
11490371--11490749	29	13.0	29	68	15	167	36	2	25	34	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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