genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7951367--7951625	29	8.8	30	68	19	145	35	23	6	33	1.81
7951425--7951760	59	5.7	58	76	11	269	33	25	7	33	1.85
7951422--7951655	117	2.0	117	87	6	341	34	26	7	32	1.84
7951422--7951746	117	2.8	117	82	8	326	32	26	7	34	1.83
7954475--7954511	18	2.1	18	89	0	56	35	24	0	40	1.55
7957723--7957761	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
7959738--7960033	122	2.4	121	88	3	450	48	7	3	40	1.46
7960022--7960082	26	2.3	26	88	8	88	49	13	3	34	1.58
7959738--7960072	122	2.7	117	79	12	377	49	7	3	40	1.47
7965470--7965516	21	2.2	21	88	0	67	34	17	44	4	1.68
7965839--7966144	43	7.1	44	81	4	121	28	20	24	26	1.99
7965896--7966141	86	2.9	87	84	3	311	26	21	25	27	1.99
7965896--7966141	43	5.8	41	81	5	267	26	21	25	27	1.99
7966131--7966161	16	1.9	16	93	0	53	6	16	38	38	1.74
7967364--7967403	19	2.2	19	86	4	55	60	0	2	37	1.11
7970014--7970039	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7972095--7972161	19	3.6	19	69	20	61	56	0	0	43	0.99
7985647--7985682	17	2.1	17	94	0	63	36	0	0	63	0.94
7988826--7988868	15	2.6	17	83	16	56	65	0	0	34	0.93
7989358--7989393	18	1.9	19	88	5	56	8	41	0	50	1.33
8006283--8006328	20	2.2	21	88	7	67	17	4	2	76	1.06
8023252--8023320	21	3.3	21	71	15	61	57	17	4	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023396--8023719	55	5.8	55	83	6	398	49	16	10	24	1.76
8023396--8023719	116	2.9	112	86	6	458	49	16	10	24	1.76
8023394--8023717	171	1.9	172	88	1	490	49	16	10	24	1.76
8025596--8025648	20	2.8	19	88	8	74	35	3	1	58	1.27
8027530--8027646	29	4.0	28	72	9	99	41	22	3	33	1.70
8027538--8027651	59	1.9	59	82	7	142	42	21	2	33	1.66
8027648--8027782	58	2.3	59	82	3	157	31	25	4	37	1.76
8027648--8027981	146	2.3	147	81	3	363	31	25	6	35	1.82
8030242--8030277	17	2.0	19	89	10	58	61	2	19	16	1.47
8033211--8033244	17	2.0	17	88	0	50	44	2	2	50	1.32
8037851--8038143	131	2.2	131	91	2	480	33	16	13	36	1.89
8039951--8039991	15	2.7	15	88	0	64	56	0	14	29	1.39
8040172--8040210	19	2.0	21	90	10	64	64	5	2	28	1.28
8045009--8045043	16	2.2	16	94	0	61	31	5	28	34	1.81
8053689--8053732	15	3.0	14	80	9	52	34	11	0	54	1.36
8055292--8055324	15	2.1	16	88	5	50	69	0	3	27	1.03
8055344--8055401	19	3.1	19	80	2	64	6	18	0	74	1.04
8055853--8055888	19	1.9	19	88	5	56	63	8	8	19	1.47
8055881--8055942	20	3.3	18	81	6	61	66	1	8	24	1.28
8055865--8055948	19	4.5	19	78	11	84	64	3	7	25	1.35
8056922--8056950	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
8057530--8057587	30	2.0	30	83	10	75	41	3	1	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8062114--8062159	24	1.9	24	90	0	74	43	6	6	43	1.56
8063382--8063422	17	2.3	18	80	12	50	31	0	9	58	1.31
8064210--8064366	78	2.0	77	91	3	253	24	17	26	30	1.97
8071531--8071588	26	2.1	27	84	6	73	39	3	5	51	1.41
8076990--8077060	35	2.0	35	100	0	142	29	14	11	45	1.79
8077039--8077842	157	5.0	157	75	10	605	37	22	9	30	1.85
8082960--8083001	22	2.0	21	81	13	50	64	0	7	28	1.20
8083947--8084415	225	2.1	225	81	6	556	38	16	7	37	1.77
8084435--8084486	16	3.2	16	78	5	61	46	3	21	28	1.69
8084525--8084690	58	2.9	58	80	10	198	55	1	0	42	1.12
8084653--8084702	25	2.0	25	84	7	66	60	0	2	38	1.09
8090892--8090944	16	3.3	16	73	19	56	62	0	0	37	0.96
8090890--8090949	32	1.9	32	86	6	88	63	0	0	36	0.95
8090881--8090953	32	2.5	28	79	16	85	63	0	1	35	1.04
8092228--8092286	29	2.0	30	86	3	84	50	13	5	30	1.63
8101574--8101883	29	10.2	30	65	22	107	32	5	30	31	1.80
8101574--8101634	30	2.1	27	79	14	59	29	4	27	37	1.78
8101641--8101882	59	4.1	59	88	2	369	32	4	31	30	1.79
8103734--8103805	6	12.8	6	78	11	64	56	2	0	40	1.13
8103735--8103808	11	6.7	11	77	11	80	55	2	0	41	1.14
8103735--8103814	17	4.8	16	83	10	72	56	3	0	40	1.17
8109873--8109902	16	1.9	15	93	6	51	80	6	0	13	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116915--8117093	52	3.4	52	92	0	286	32	25	12	29	1.93
8129042--8129095	24	2.4	23	73	11	58	20	22	16	40	1.91
8133268--8133325	25	2.4	24	77	11	64	31	0	5	63	1.16
8133589--8133625	17	2.2	17	100	0	74	32	16	5	45	1.70
8133885--8134014	59	2.2	60	94	1	226	39	14	6	39	1.73
8134348--8134385	19	2.0	20	84	5	51	60	5	0	34	1.19
8139497--8139615	39	3.1	39	100	0	238	26	7	27	38	1.83
8148030--8148067	19	2.0	19	94	0	67	76	0	23	0	0.79
8148031--8148074	11	4.0	11	81	18	56	79	0	20	0	0.73
8150643--8150687	16	2.8	16	80	12	56	15	37	0	46	1.46
8150661--8150714	25	2.2	25	100	0	108	11	46	0	42	1.39
8157304--8157364	21	3.0	20	74	11	54	57	0	3	39	1.15
8159084--8159228	72	2.0	72	98	0	281	36	25	13	24	1.92
8172216--8172255	18	2.2	18	86	0	53	30	12	5	52	1.60
8177227--8177261	17	2.1	17	100	0	70	54	0	11	34	1.37
8178189--8178460	142	1.9	142	87	4	397	23	15	20	41	1.90
8188206--8188240	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
8188148--8188259	52	2.2	52	78	3	118	66	5	1	25	1.22
8198368--8198413	24	1.9	24	100	0	92	13	19	21	45	1.84
8201621--8201680	23	2.7	23	82	5	70	70	0	1	28	0.97
8203430--8203503	28	2.7	27	100	0	130	29	9	33	27	1.88
8203540--8203723	59	3.1	59	80	6	183	33	5	30	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8203794--8204131	162	2.1	162	96	1	615	44	12	16	26	1.84
8205726--8205811	17	5.1	17	84	5	120	55	4	1	38	1.28
8206100--8206458	76	4.8	76	93	3	595	31	19	14	34	1.92
8206446--8207614	76	15.4	73	92	6	1879	32	17	16	33	1.93
8206408--8208057	228	7.1	223	91	7	2228	32	17	16	33	1.92
8206446--8207614	152	7.7	152	98	0	2221	32	17	16	33	1.93
8207595--8207632	18	2.1	18	95	0	67	39	10	18	31	1.85
8207519--8207708	94	2.0	94	95	0	344	34	15	16	33	1.91
8207613--8207882	38	7.1	38	68	26	189	32	18	15	33	1.92
8207613--8207936	76	4.3	76	98	0	603	33	17	16	33	1.92
8207613--8208073	246	1.9	228	89	7	697	33	16	16	32	1.92
8207642--8207921	38	7.4	38	68	22	185	32	17	16	33	1.92
8207917--8207954	18	2.1	18	95	0	67	39	10	18	31	1.85
8207291--8208073	322	2.4	322	99	0	1530	33	17	16	32	1.93
8207841--8208030	94	2.0	94	95	0	344	34	15	16	33	1.91
8207935--8208052	38	3.1	38	68	26	113	33	18	13	33	1.90
8219607--8219790	59	3.1	59	80	6	183	33	5	30	29	1.82
8219861--8220198	162	2.1	162	93	1	579	43	13	16	26	1.85
8221047--8221085	16	2.5	15	84	8	51	41	0	0	58	0.98
8221786--8221871	17	5.1	17	84	5	120	55	4	1	38	1.28
8222654--8222704	16	3.2	16	78	10	52	41	0	0	58	0.98
8222815--8222852	13	2.7	14	88	8	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8222815--8222841	13	2.1	13	100	0	54	70	0	0	29	0.88
8226031--8226292	136	1.9	137	85	3	359	27	16	22	33	1.95
8228438--8228489	21	2.5	21	78	6	61	28	19	21	30	1.97
8232175--8232280	54	1.9	55	84	1	142	38	5	7	48	1.55
8234551--8234584	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
8236027--8236071	14	3.3	14	87	9	58	40	26	17	15	1.90
8236047--8236071	13	1.9	13	100	0	50	44	24	16	16	1.86
8236023--8236087	34	1.9	34	84	6	87	40	27	18	13	1.89
8237259--8237330	17	4.2	17	87	0	81	36	0	5	58	1.22
8238094--8238130	19	1.9	19	94	0	65	40	8	2	48	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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