genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21912695--21912827	30	4.5	29	73	19	114	44	1	0	53	1.15
21918315--21918469	65	2.4	66	87	2	224	42	16	25	16	1.87
21918456--21918496	21	2.0	21	95	0	73	31	26	41	0	1.56
21918456--21918507	21	2.5	21	87	6	61	34	23	42	0	1.54
21918808--21918929	42	2.9	42	90	2	181	28	24	28	18	1.98
21923796--21923949	50	3.1	49	61	15	109	21	14	7	55	1.64
21923751--21923951	99	2.0	99	98	0	384	23	15	6	53	1.67
21928152--21928201	24	2.1	24	100	0	100	36	12	16	36	1.85
21932153--21932195	8	5.2	8	97	2	77	58	0	0	41	0.98
21932153--21932211	24	2.4	25	86	11	86	55	1	1	40	1.20
21932709--21932739	14	2.2	14	94	0	53	25	6	16	51	1.68
21935387--21935423	19	2.1	18	85	14	51	78	5	0	16	0.93
21941001--21941054	5	10.6	5	89	2	63	53	37	1	7	1.40
21941075--21941875	396	2.0	394	94	0	1388	29	18	13	37	1.90
21946010--21946040	16	2.0	15	93	6	53	51	0	12	35	1.40
21950548--21950593	22	2.1	22	87	0	65	23	10	13	52	1.71
21952796--21952837	22	1.9	22	85	0	57	30	28	16	23	1.96
21971498--21971536	21	1.9	20	89	5	60	43	5	7	43	1.55
21984242--21984284	17	2.6	16	85	7	59	74	0	25	0	0.82
21984224--21984272	22	2.3	22	83	16	59	77	2	20	0	0.87
21985339--21985689	49	7.2	49	71	5	260	38	16	25	19	1.92
21985337--21985680	98	3.5	96	78	5	307	38	16	25	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21987735--21987828	36	2.6	36	91	6	163	31	17	28	22	1.96
21989005--21989313	49	6.3	49	76	3	255	38	19	24	17	1.92
21989053--21989314	98	2.7	97	80	4	285	39	19	23	17	1.92
21989950--21990002	24	2.2	24	90	6	81	60	5	9	24	1.49
21991074--21991270	97	2.0	97	93	1	333	43	1	31	23	1.63
22001240--22001304	33	2.0	32	88	8	96	40	6	13	40	1.70
22006523--22006584	26	2.4	25	79	12	72	62	4	3	29	1.31
22012517--22012566	21	2.4	21	79	0	55	28	12	26	34	1.92
22016384--22016830	195	2.3	195	81	4	510	26	19	27	25	1.99
22022024--22022059	14	2.6	14	95	0	63	38	5	25	30	1.78
22026070--22026094	6	4.2	6	100	0	50	32	0	68	0	0.90
22026266--22026292	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
22033905--22033948	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
22045291--22045371	26	3.2	26	61	22	62	35	23	12	28	1.91
22045210--22045388	52	3.5	52	87	3	245	37	22	12	27	1.90
22060404--22060457	7	7.6	7	82	12	65	81	0	18	0	0.69
22060405--22060457	14	3.7	14	90	7	72	81	0	18	0	0.70
22064981--22065173	50	3.8	50	82	6	237	36	13	12	37	1.82
22064981--22065173	101	1.9	101	87	4	282	36	13	12	37	1.82
22065391--22065542	78	2.0	77	84	6	200	36	19	19	24	1.94
22066297--22066380	26	3.2	26	78	8	71	67	5	10	15	1.38
22066297--22066401	22	4.1	25	75	17	90	66	5	12	15	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22066344--22066385	20	2.1	19	86	8	57	69	2	11	16	1.29
22071745--22071844	50	2.0	51	82	5	123	37	13	12	38	1.81
22079602--22079667	34	1.9	34	84	6	89	19	21	13	45	1.85
22083985--22084027	22	2.0	21	86	8	61	41	20	20	16	1.90
22089027--22089061	14	2.5	14	90	0	52	51	8	11	28	1.67
22106186--22106270	38	2.3	36	79	4	89	36	23	9	30	1.87
22106737--22106817	20	4.0	21	78	10	82	45	12	12	29	1.78
22106728--22106805	40	2.0	39	85	7	104	46	11	10	32	1.74
22127076--22127140	30	2.3	28	80	12	78	43	4	18	33	1.71
22127089--22127233	30	5.2	29	76	17	155	39	2	23	34	1.69
22127105--22127206	51	2.0	51	98	0	195	40	1	22	35	1.65
22127156--22127233	29	2.7	29	86	6	104	39	2	23	34	1.68
22127876--22128187	156	2.0	156	100	0	624	23	16	23	37	1.94
22131381--22131433	21	2.5	22	87	3	81	49	18	1	30	1.59
22131597--22131691	38	2.4	38	85	5	127	41	5	3	50	1.41
22134514--22134547	17	2.1	17	88	5	52	35	0	14	50	1.44
22134631--22134667	17	2.2	17	95	0	65	27	8	27	37	1.84
22137449--22137501	17	3.3	15	77	17	54	77	1	5	15	1.04
22143237--22143278	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
22154127--22154158	12	2.8	12	86	13	50	9	12	0	78	0.97
22158185--22158266	28	2.9	28	87	0	119	43	21	9	24	1.83
22162713--22162778	34	1.9	34	84	6	89	19	19	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22162721--22162778	17	3.4	17	75	0	53	20	17	13	48	1.81
22167106--22167148	22	2.0	20	83	16	52	41	20	18	18	1.90
22194835--22194872	17	2.3	17	90	4	60	26	5	0	68	1.11
22206604--22206658	26	2.0	26	82	10	65	23	10	14	50	1.74
22207012--22207059	11	4.5	11	80	12	55	50	2	4	43	1.33
22207047--22207126	20	4.0	20	80	11	92	47	16	6	30	1.71
22208828--22210312	497	3.0	497	89	1	2219	29	16	14	39	1.88
22211073--22211106	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
22219005--22219039	14	2.5	14	85	0	52	17	2	0	80	0.84
22219827--22219872	16	2.8	17	80	9	51	32	4	0	63	1.14
22219832--22219891	26	2.4	24	86	10	84	35	1	1	61	1.16
22223716--22223747	8	4.0	8	91	0	55	37	3	12	46	1.57
22224018--22224241	114	2.0	114	96	0	412	23	20	19	37	1.95
22231284--22231318	18	1.9	18	94	0	61	37	20	11	31	1.88
22232466--22232498	15	2.1	16	94	5	59	45	0	6	48	1.27
22232479--22232521	22	2.0	21	90	4	68	46	0	2	51	1.13
22232510--22232544	16	2.3	15	90	5	52	31	2	0	65	1.07
22239859--22239923	30	2.3	28	80	12	78	43	4	18	33	1.71
22239872--22240016	30	5.2	29	75	17	146	38	2	23	35	1.69
22239888--22239989	51	2.0	51	98	0	195	40	1	22	35	1.65
22239939--22240016	29	2.7	29	84	6	95	38	2	23	35	1.68
22245600--22245641	14	3.1	14	76	16	52	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22245596--22245641	19	2.4	20	75	7	51	73	0	0	26	0.83
22245656--22245708	21	2.5	22	87	3	81	50	15	1	32	1.54
22245758--22245816	31	1.9	31	89	3	93	27	1	15	55	1.49
22246889--22246942	22	2.5	22	96	3	101	38	18	0	42	1.50
22254975--22255006	12	2.8	12	86	13	50	9	12	0	78	0.97
22259014--22259095	28	2.9	28	90	0	128	42	20	9	26	1.83
22268477--22268645	84	2.0	84	100	0	338	28	11	24	34	1.91
22273534--22273582	17	2.9	17	81	0	53	46	12	22	18	1.82
22274023--22274047	12	2.1	12	100	0	50	0	32	8	60	1.26
22280599--22280645	5	9.4	5	88	0	67	2	19	4	74	1.09
22285802--22286004	100	2.0	100	99	0	397	27	7	11	52	1.65
22295504--22295558	25	2.2	25	78	9	60	18	16	12	52	1.74
22297641--22297737	48	2.0	48	95	0	176	42	24	9	23	1.83
22300768--22300836	17	4.0	17	82	1	75	50	14	17	17	1.78
22303064--22303102	20	2.0	20	85	10	53	71	7	2	17	1.21
22327805--22328070	133	2.0	133	98	0	514	34	18	20	26	1.95
22328466--22329399	468	2.0	467	90	0	1474	32	19	19	28	1.96
22352920--22352952	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
22353651--22353688	20	1.9	20	84	10	51	60	2	26	10	1.43
22355826--22355864	20	1.9	21	84	5	53	43	2	12	41	1.56
22359590--22359927	40	8.4	40	81	5	387	26	15	24	33	1.95
22402475--22402510	14	2.4	14	90	9	54	13	0	8	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22406689--22406753	32	2.0	32	100	0	130	53	3	15	27	1.56
22419453--22419482	14	2.1	14	93	0	51	23	16	13	46	1.82
22421150--22421183	16	2.2	15	89	5	50	70	5	0	23	1.09
22423711--22423746	14	2.4	14	90	9	54	13	0	8	77	0.98
22432531--22432629	52	1.9	52	87	0	144	23	26	14	36	1.93
22432658--22432741	28	3.1	27	68	13	75	20	23	17	38	1.93
22432672--22432764	24	3.7	24	71	10	87	18	27	19	34	1.95
22432658--22432774	52	2.2	52	93	1	198	22	23	17	37	1.94
22443774--22443802	14	2.1	14	100	0	58	31	6	27	34	1.83
22445643--22445671	11	2.5	12	88	11	51	51	13	17	17	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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