genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18758876--18758990	24	5.4	24	62	26	78	28	24	30	16	1.96
18762299--18762684	129	3.0	129	94	1	641	23	19	29	27	1.98
18762299--18762696	43	9.3	42	87	6	548	23	19	29	27	1.98
18763004--18763339	168	2.0	168	94	0	582	29	16	22	31	1.96
18766645--18766764	8	15.2	8	73	13	88	45	2	0	51	1.14
18766639--18766768	41	3.0	41	82	10	154	48	3	0	48	1.17
18766696--18767061	100	3.5	107	83	9	500	49	5	0	44	1.30
18766832--18766997	42	3.6	42	71	24	145	51	7	0	40	1.34
18766853--18767014	48	3.3	47	70	16	139	50	5	0	43	1.30
18766863--18767233	50	6.9	51	68	23	151	45	8	1	44	1.43
18767002--18767118	50	2.3	51	84	7	159	44	8	0	46	1.40
18767013--18767115	46	2.2	45	75	19	113	44	9	0	44	1.43
18766958--18767089	66	2.0	66	81	8	153	46	6	0	46	1.35
18767033--18767156	50	2.5	49	85	6	162	44	11	3	41	1.56
18766734--18767156	212	2.0	208	80	10	481	47	7	1	43	1.40
18775327--18775365	15	2.7	15	88	7	55	66	5	15	12	1.41
18781341--18781379	16	2.3	16	86	8	51	35	12	17	33	1.88
18784895--18785011	48	2.4	48	85	1	144	40	19	7	32	1.80
18784953--18785053	23	4.4	24	67	23	74	33	18	8	38	1.82
18784938--18785235	59	4.6	67	79	11	295	39	19	4	37	1.71
18785052--18785090	20	1.9	20	89	5	60	46	17	0	35	1.49
18785052--18785090	10	3.8	10	82	3	51	46	17	0	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18785180--18785220	20	2.0	20	85	0	55	43	19	4	31	1.72
18785237--18785282	23	2.0	23	95	0	83	47	10	4	36	1.58
18786465--18786513	14	3.7	13	78	10	55	73	2	2	22	1.04
18788017--18788236	36	6.1	36	86	0	314	35	23	10	30	1.88
18788750--18788775	10	2.6	10	100	0	52	61	26	0	11	1.30
18798166--18798199	16	2.0	17	88	11	52	38	0	2	58	1.13
18798422--18798451	15	2.0	15	93	0	51	40	0	16	43	1.48
18805491--18805520	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
18805608--18805643	16	2.1	16	90	10	54	72	0	0	27	0.85
18806983--18807016	17	2.0	17	100	0	68	35	11	5	47	1.65
18808757--18808809	20	2.7	20	88	2	72	35	0	11	52	1.37
18812236--18812319	37	2.3	37	100	0	168	38	19	17	25	1.93
18814556--18814606	15	3.3	15	76	13	50	0	21	3	74	0.98
18828562--18828754	94	2.0	95	92	1	325	18	7	20	53	1.68
18835192--18835235	16	2.8	16	86	6	63	11	4	4	79	1.02
18836089--18836696	37	16.6	36	78	9	494	25	22	15	36	1.93
18836086--18836696	146	4.2	145	80	6	630	25	22	15	36	1.93
18836086--18836696	74	8.4	73	82	5	675	25	22	15	36	1.93
18836086--18836696	38	16.7	37	78	9	582	25	22	15	36	1.93
18842055--18842151	37	2.6	38	81	3	124	30	36	14	18	1.91
18852026--18852065	19	2.0	20	86	13	57	25	17	17	40	1.91
18861387--18861435	21	2.3	21	75	0	53	79	2	14	4	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18862175--18862228	23	2.3	23	83	0	72	31	22	22	24	1.98
18885562--18885596	12	2.8	12	86	4	52	85	0	11	2	0.69
18885562--18885602	13	3.2	13	83	13	50	80	0	14	4	0.87
18886499--18887000	44	11.8	43	75	10	329	30	27	15	26	1.96
18886658--18886891	122	1.9	119	82	6	292	31	28	13	26	1.94
18892402--18892596	65	2.9	65	81	9	198	54	14	22	9	1.68
18892533--18892561	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
18893372--18893434	25	2.5	23	76	16	63	77	0	17	4	0.93
18894327--18894831	42	11.9	42	81	7	542	29	27	16	26	1.97
18894327--18894831	86	5.9	85	83	4	621	29	27	16	26	1.97
18895651--18895706	17	2.8	21	74	20	57	19	3	7	69	1.27
18898100--18898311	40	5.3	40	74	6	164	26	16	25	30	1.97
18898100--18898305	79	2.6	79	90	0	322	27	17	25	30	1.97
18901321--18901391	24	3.0	24	91	0	124	21	14	21	43	1.87
18914745--18915635	446	2.0	447	92	0	1487	22	18	22	36	1.95
18929276--18929523	29	8.5	26	72	20	147	34	3	28	33	1.73
18929270--18929526	116	2.2	118	90	2	412	33	3	30	32	1.75
18929270--18929526	59	4.4	59	91	2	410	33	3	30	32	1.75
18929593--18930096	162	3.1	162	93	0	812	43	13	17	25	1.86
18931713--18931790	17	4.8	16	80	7	79	52	1	1	44	1.17
18932135--18932760	76	8.2	76	91	0	1002	32	17	16	34	1.92
18932719--18932787	38	1.9	34	100	0	102	31	14	20	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18932135--18932836	152	4.6	149	88	4	756	32	17	15	33	1.92
18932137--18932836	228	3.1	227	88	4	851	32	17	15	33	1.92
18932748--18933082	151	2.2	151	93	2	557	34	18	15	31	1.92
18932748--18933082	75	4.4	75	93	1	537	34	18	15	31	1.92
18940976--18941374	38	10.7	38	78	10	119	37	14	22	25	1.93
18941015--18941625	74	8.4	73	81	5	648	36	15	21	25	1.93
18941015--18941625	35	16.7	36	79	8	553	36	15	21	25	1.93
18941015--18941625	146	4.2	145	80	5	662	36	15	21	25	1.93
18941447--18941649	69	2.9	70	79	8	164	36	16	20	26	1.93
18942485--18942528	16	2.8	16	86	6	63	79	4	4	11	1.02
18966747--18966858	59	1.9	57	87	3	161	51	4	2	41	1.36
18978660--18978696	7	5.3	7	100	0	74	45	40	0	13	1.43
18980575--18980696	36	3.4	37	75	10	103	40	2	17	40	1.63
18980673--18980715	22	2.0	22	90	0	68	32	0	13	53	1.41
18980604--18980780	93	1.9	93	86	4	250	37	2	19	41	1.64
18980695--18980950	36	7.1	36	73	7	189	33	3	22	40	1.71
18980694--18980939	109	2.3	107	77	6	239	32	3	22	41	1.70
18981689--18981733	13	3.3	13	84	9	54	35	0	20	44	1.51
18982393--18982632	126	1.9	126	80	1	284	33	16	17	32	1.93
18985408--18985462	17	3.3	16	85	12	67	60	1	1	36	1.18
18985393--18985464	8	8.5	8	72	23	51	58	1	1	38	1.15
18985431--18985483	24	2.1	25	86	13	74	60	1	3	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18985407--18985510	9	11.6	9	71	22	58	59	1	2	35	1.23
18985408--18985509	10	11.5	8	74	25	50	58	1	2	36	1.24
18985727--18985777	9	5.2	10	81	9	52	62	0	1	35	1.06
18985899--18985949	8	5.6	9	76	19	52	27	1	1	68	1.11
18985899--18985950	19	2.7	19	84	0	68	26	1	1	69	1.10
18994022--18994073	21	2.5	21	84	6	70	32	26	13	26	1.94
18994827--18995263	195	2.2	193	85	4	576	26	26	19	27	1.99
18996076--18996114	18	2.2	18	86	9	53	23	7	2	66	1.30
18999182--18999221	5	7.6	5	83	10	53	35	0	2	62	1.09
19002798--19002886	29	3.2	29	60	18	71	47	15	20	16	1.83
19002799--19002907	54	2.0	54	100	0	218	44	16	20	18	1.86
19007177--19007207	15	2.1	15	93	0	53	22	9	38	29	1.86
19018390--19018791	30	13.7	30	81	7	393	34	25	2	37	1.69
19030129--19030884	39	19.4	38	73	11	459	25	30	19	24	1.98
19030132--19030884	78	9.7	78	81	4	700	25	30	19	24	1.98
19030131--19030821	117	5.9	117	79	8	620	26	30	19	24	1.98
19031330--19031445	6	19.7	6	74	9	87	41	0	3	55	1.17
19031332--19031435	17	6.1	17	85	2	136	38	0	3	57	1.17
19031332--19031435	35	3.0	34	86	5	147	38	0	3	57	1.17
19033111--19033169	30	2.0	30	86	0	82	35	22	1	40	1.64
19033142--19033570	59	7.3	60	78	8	375	33	24	3	38	1.73
19033128--19033595	89	5.3	88	77	9	323	32	24	3	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19033448--19033546	28	3.5	28	87	4	135	34	28	5	32	1.79
19033133--19033595	30	15.7	30	75	10	300	33	24	3	39	1.73
19040574--19040637	27	2.4	26	89	2	92	39	1	4	54	1.31
19042629--19042678	15	3.1	17	83	13	61	40	6	6	48	1.52
19052285--19052516	30	7.8	30	83	4	220	35	3	20	39	1.71
19052285--19052489	88	2.3	87	79	7	216	35	3	20	40	1.70
19052306--19052519	118	1.8	118	81	4	270	35	3	20	40	1.71
19053515--19053618	51	2.0	51	94	0	181	16	3	34	45	1.66
19054347--19054491	51	2.9	48	72	17	123	25	15	17	40	1.90
19054577--19054712	50	2.7	49	78	6	123	26	21	17	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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