genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27263804--27263828	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
27268823--27268923	23	4.3	23	83	7	123	13	23	20	41	1.89
27270543--27270577	14	2.6	13	86	4	52	48	5	0	45	1.26
27270541--27270578	18	2.1	18	85	9	51	44	5	0	50	1.24
27274485--27274531	22	2.1	22	92	0	76	36	40	12	10	1.78
27275117--27275190	6	12.8	6	71	13	57	44	1	4	50	1.29
27275116--27275181	17	3.9	17	75	15	73	43	1	4	50	1.32
27275136--27275187	17	2.6	20	74	25	56	48	1	1	48	1.24
27275930--27275975	14	3.5	13	75	19	51	54	0	2	43	1.12
27276874--27277094	30	7.5	29	70	21	147	34	32	3	29	1.75
27276853--27277097	58	4.2	58	85	5	323	33	33	3	30	1.75
27289134--27289942	200	4.0	201	91	0	1248	37	22	22	17	1.94
27290338--27290382	17	2.8	16	86	6	63	46	2	2	48	1.26
27291134--27291191	26	2.2	24	77	16	62	51	0	6	41	1.28
27292265--27292407	29	4.9	28	67	24	82	32	28	2	36	1.69
27292241--27292555	58	5.4	59	84	2	402	33	31	2	32	1.71
27292329--27292422	29	3.2	29	65	28	72	34	29	3	32	1.74
27292241--27292555	117	2.7	117	86	5	397	33	31	2	32	1.71
27302078--27302231	58	2.6	57	89	6	220	44	1	1	52	1.17
27302305--27302399	44	2.1	46	84	11	126	35	28	4	31	1.76
27303298--27303365	23	2.7	23	77	22	66	58	13	0	27	1.35
27303298--27303373	26	3.0	24	76	16	73	59	11	0	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27304049--27304085	14	2.6	14	100	0	74	21	0	21	56	1.42
27306126--27306160	17	1.9	19	88	11	56	34	8	17	40	1.80
27310542--27310946	29	14.0	29	75	14	247	35	4	26	33	1.77
27310541--27310613	30	2.5	29	74	14	69	34	5	24	35	1.79
27310541--27310962	58	7.3	58	82	9	380	36	4	25	34	1.76
27310636--27310915	87	3.2	89	80	8	324	36	2	26	34	1.71
27310542--27310995	29	15.6	29	72	14	156	36	4	25	33	1.77
27310832--27310995	59	2.8	58	83	5	170	38	5	23	32	1.78
27310686--27310982	88	3.4	88	81	9	236	38	3	24	34	1.71
27311936--27311991	28	2.1	26	86	6	76	37	1	1	58	1.19
27312582--27312654	6	12.7	6	78	8	80	56	2	1	39	1.22
27312575--27312654	17	5.0	17	77	14	89	55	2	2	40	1.27
27312582--27312662	29	2.8	29	94	3	137	56	2	1	39	1.20
27312576--27312665	17	5.6	17	74	12	73	57	2	2	37	1.23
27313045--27313840	201	3.8	209	83	4	919	22	22	18	36	1.95
27322735--27323326	29	20.4	28	71	16	313	36	3	24	34	1.74
27322747--27323297	59	9.5	58	80	8	455	37	3	24	34	1.73
27322871--27323377	59	8.6	60	75	14	170	38	3	24	34	1.73
27324417--27324472	28	2.1	26	86	6	76	37	1	1	58	1.19
27325083--27325138	6	9.7	6	78	7	62	57	1	1	39	1.20
27325076--27325115	17	2.4	17	91	0	62	57	0	2	40	1.12
27325082--27325146	29	2.2	29	88	0	103	58	1	1	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27325089--27325121	11	2.9	11	95	4	57	60	0	0	39	0.97
27325089--27325146	12	4.5	12	75	21	55	58	1	1	37	1.18
27330164--27330216	21	2.5	21	76	14	56	13	41	0	45	1.43
27332721--27332766	22	2.1	22	84	11	60	60	6	6	26	1.46
27332782--27332833	26	2.0	26	84	0	68	61	1	3	32	1.25
27332982--27333034	15	3.3	15	81	7	61	66	3	3	26	1.26
27332990--27333043	11	5.2	10	78	12	56	68	1	1	27	1.10
27332990--27333048	19	2.7	22	77	15	61	67	3	1	27	1.16
27334285--27334317	17	2.1	17	88	11	52	33	6	24	36	1.80
27334622--27334920	39	7.2	42	81	8	282	24	16	25	33	1.96
27334621--27334920	81	3.7	81	80	7	322	24	16	25	33	1.96
27334752--27334949	39	5.0	39	81	7	202	23	17	26	31	1.97
27357874--27357903	15	2.0	15	100	0	60	60	13	13	13	1.60
27358777--27358808	13	2.4	13	94	5	55	81	3	0	15	0.82
27358852--27358914	15	4.2	15	82	12	67	68	3	1	26	1.14
27358860--27358916	13	4.3	12	78	12	51	68	3	1	26	1.15
27358899--27359002	30	3.1	33	77	18	117	64	10	2	22	1.38
27358899--27359004	35	3.1	34	77	14	121	64	10	2	22	1.38
27360142--27360175	17	2.1	17	88	5	52	38	8	17	35	1.81
27361237--27361865	149	4.3	146	85	6	833	43	10	3	42	1.55
27362286--27362354	3	23.0	3	87	0	102	62	1	4	31	1.24
27362821--27363427	42	14.4	42	84	1	723	37	22	17	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27363829--27363875	22	2.3	21	89	10	71	0	10	6	82	0.82
27363829--27363875	19	2.4	19	82	10	60	0	10	6	82	0.82
27363863--27363889	14	1.9	14	100	0	54	0	0	11	88	0.50
27367232--27367289	21	2.8	20	75	15	55	36	24	13	25	1.92
27373127--27373165	19	1.9	19	85	10	51	7	38	2	51	1.44
27379743--27379777	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
27385220--27385906	342	2.0	345	87	2	999	23	21	16	38	1.92
27388004--27388033	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
27388791--27388860	23	3.0	23	80	2	86	30	14	17	38	1.89
27390421--27390473	24	2.2	24	82	0	61	5	9	20	64	1.44
27390433--27390478	24	1.9	24	90	0	74	6	6	17	69	1.32
27393299--27393376	27	2.9	27	80	0	93	19	24	17	38	1.93
27394975--27395021	21	2.2	21	85	7	60	55	4	6	34	1.45
27397870--27397929	12	4.9	12	74	10	50	30	15	15	40	1.87
27397876--27397964	35	2.5	36	87	7	119	33	13	16	35	1.88
27397971--27398026	28	2.0	28	86	6	78	55	14	8	21	1.66
27404913--27405137	57	3.9	57	80	12	239	31	19	13	35	1.90
27404912--27405168	116	2.2	117	83	7	308	31	17	13	36	1.89
27408911--27408958	12	3.7	12	77	20	51	47	0	10	41	1.37
27409080--27409251	80	2.1	80	86	5	231	40	6	4	48	1.49
27409159--27409452	92	3.3	89	90	4	477	38	4	3	53	1.39
27411294--27411352	24	2.5	24	72	5	57	23	32	32	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27411858--27411922	30	2.2	30	89	8	98	30	3	4	61	1.31
27412796--27413005	114	1.8	113	86	3	305	34	15	22	27	1.95
27412796--27413009	113	1.9	111	84	6	290	34	15	21	28	1.94
27412771--27413066	60	5.0	61	76	10	294	34	14	20	29	1.93
27414021--27414063	22	2.0	22	85	0	59	34	6	4	53	1.49
27419596--27419646	21	2.4	21	83	0	66	56	11	1	29	1.46
27421949--27421973	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80
27429929--27429977	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
27432901--27433084	52	3.6	52	92	1	316	26	12	23	36	1.91
27432892--27433133	103	2.3	103	85	5	328	26	13	23	36	1.92
27433628--27433837	115	1.8	116	85	5	300	27	10	30	32	1.89
27433629--27433879	115	2.2	115	80	7	258	28	11	28	31	1.92
27433926--27433982	21	2.7	21	81	5	71	29	15	21	33	1.94
27442710--27442757	21	2.3	21	100	0	96	22	22	20	33	1.97
27443018--27443538	279	1.9	277	80	3	625	35	13	17	33	1.89
27446016--27446203	52	3.6	52	85	2	243	27	14	23	34	1.94
27452874--27453045	51	3.3	52	83	8	206	30	12	22	34	1.91
27456732--27456765	17	2.0	17	100	0	68	29	11	29	29	1.92
27458694--27458880	52	3.6	52	86	2	252	26	15	22	35	1.94
27459376--27459586	116	1.8	116	86	4	309	27	8	29	34	1.87
27459377--27459628	116	2.2	115	81	7	278	29	8	28	33	1.86
27469645--27469699	29	1.9	29	92	3	94	45	5	1	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27469633--27469698	29	2.3	29	86	5	89	48	4	3	43	1.38
27469762--27469791	12	2.5	12	94	0	51	63	0	0	36	0.95
27470738--27470801	25	2.7	23	76	11	65	57	1	3	37	1.24
27470788--27470833	23	2.0	22	87	4	65	56	0	0	43	0.99
27477654--27477730	3	26.0	3	94	2	138	67	1	0	31	0.99
27479403--27479463	12	5.5	11	77	13	54	70	0	22	6	1.10
27479402--27479462	22	2.7	22	82	7	70	68	0	24	6	1.13
27480897--27480949	21	2.5	21	93	0	88	33	9	18	37	1.83
27485863--27485914	22	2.4	22	87	9	72	50	36	0	13	1.42
27487226--27487264	6	6.2	6	85	8	51	30	2	0	66	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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