genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18456041--18456084	23	1.9	23	95	0	79	31	13	15	38	1.87
18458561--18458750	42	4.5	42	78	10	165	40	10	21	28	1.85
18466287--18466323	13	2.8	13	95	0	65	70	0	0	29	0.88
18473118--18473163	9	5.1	9	80	19	60	63	0	4	32	1.14
18473116--18473163	18	2.7	18	87	12	80	62	0	4	33	1.14
18473545--18473582	19	2.0	20	89	5	60	71	2	7	18	1.23
18473958--18473982	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
18479315--18479363	24	2.0	25	84	11	66	2	20	0	77	0.87
18479314--18479362	12	4.2	11	80	19	55	2	18	0	79	0.83
18480419--18480467	15	3.1	15	82	5	53	2	28	0	69	1.00
18480424--18480469	21	2.2	21	88	7	67	0	32	0	67	0.91
18492173--18492250	39	2.0	39	94	0	138	30	20	15	33	1.94
18499004--18499057	27	2.0	27	100	0	108	37	25	14	22	1.93
18499726--18499812	24	3.6	24	83	6	104	49	9	13	27	1.73
18501750--18501816	24	2.9	24	82	4	84	59	7	8	23	1.53
18504408--18504455	24	1.9	24	87	8	69	43	4	12	39	1.62
18514690--18514726	15	2.4	15	90	4	56	62	0	37	0	0.96
18518000--18518230	79	2.9	79	83	7	324	34	12	9	43	1.75
18525701--18525731	15	2.1	15	93	0	53	25	3	6	64	1.33
18528401--18528449	20	2.5	19	90	6	80	8	14	0	77	0.98
18535152--18535235	6	15.0	6	69	18	56	42	2	2	52	1.27
18535152--18535227	28	2.7	28	77	6	82	40	2	2	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18535199--18535235	16	2.2	17	90	4	58	48	2	0	48	1.15
18536861--18537201	162	2.1	162	90	2	542	27	17	12	42	1.85
18537260--18537584	30	11.1	28	71	19	152	34	31	1	33	1.67
18537260--18537556	29	10.1	29	69	22	119	33	31	1	32	1.68
18537273--18537680	58	6.9	59	86	5	481	33	30	3	33	1.74
18537273--18537645	59	6.4	59	88	4	490	34	30	2	33	1.70
18549755--18549866	37	2.9	40	69	24	112	35	15	20	28	1.93
18549849--18551439	68	22.8	68	89	4	2300	34	15	20	29	1.94
18549957--18550068	31	3.4	30	70	17	89	36	14	21	27	1.92
18549768--18551439	281	6.0	272	89	5	2408	34	15	20	29	1.94
18551757--18551860	6	18.0	6	72	18	78	41	1	1	54	1.22
18551769--18551860	17	5.7	16	83	11	116	41	2	1	55	1.19
18551757--18551860	11	9.0	11	72	15	68	41	1	1	54	1.22
18553483--18553825	162	2.1	163	90	2	537	25	18	13	42	1.87
18553884--18554243	30	12.2	28	66	22	143	33	29	2	33	1.72
18553897--18554270	59	6.3	58	86	3	441	33	29	2	34	1.72
18553897--18554270	118	3.2	118	87	4	497	33	29	2	34	1.72
18565979--18566069	39	2.4	37	75	14	94	30	17	15	36	1.91
18568467--18568513	20	2.3	20	100	0	94	42	0	0	57	0.98
18569085--18569169	31	2.8	29	77	8	80	45	12	7	34	1.70
18575873--18575912	22	1.9	20	90	10	62	47	0	7	45	1.31
18577858--18577914	24	2.3	25	84	3	80	21	19	26	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18580232--18580309	36	2.1	38	90	4	124	17	10	10	61	1.55
18587000--18587048	25	2.0	25	88	8	73	20	18	26	34	1.95
18588327--18588963	269	2.3	272	84	4	772	35	17	13	32	1.90
18602722--18602760	18	2.2	18	86	9	53	15	12	10	61	1.56
18602722--18602776	17	3.2	17	78	14	51	16	12	10	60	1.60
18604905--18604951	24	2.0	24	84	16	62	27	12	8	51	1.69
18615144--18615293	42	3.5	43	82	4	162	29	26	10	34	1.90
18615153--18615293	43	3.3	43	84	1	169	27	26	11	34	1.91
18623673--18623716	18	2.4	18	81	7	54	59	2	34	4	1.30
18623716--18623747	12	2.7	12	95	0	55	46	12	40	0	1.42
18624168--18624205	17	2.2	17	90	0	58	13	18	15	52	1.74
18624174--18624232	17	3.5	17	77	15	59	15	15	16	52	1.75
18624789--18624839	15	3.3	15	76	13	50	74	3	21	0	0.98
18630548--18630597	20	2.5	20	86	3	73	56	12	0	32	1.36
18632341--18632374	17	2.0	17	100	0	68	47	5	11	35	1.65
18633713--18633748	16	2.1	18	90	10	58	27	0	0	72	0.85
18633836--18633865	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
18633836--18633876	16	2.6	17	85	11	52	65	0	0	34	0.93
18640904--18640933	15	2.0	15	93	0	51	43	16	0	40	1.48
18641156--18641191	17	2.1	18	90	10	58	58	2	0	38	1.13
18641273--18641349	31	2.5	31	77	12	77	42	3	9	44	1.54
18650513--18650538	10	2.6	10	100	0	52	11	0	26	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18651052--18651271	36	6.1	36	84	0	305	30	10	23	35	1.88
18651724--18651756	17	1.9	17	93	0	57	24	30	30	15	1.95
18652780--18652806	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
18652772--18652833	31	2.0	31	87	6	90	24	1	1	72	1.02
18652772--18652830	19	3.5	19	80	17	60	23	1	1	72	1.02
18652775--18652837	23	2.6	24	82	12	67	23	1	1	73	1.01
18654024--18654090	23	2.9	23	86	0	80	38	2	10	47	1.53
18654066--18654390	59	5.2	59	72	16	215	36	3	18	41	1.68
18654151--18654378	68	3.3	68	90	1	348	36	4	19	39	1.72
18654227--18654359	23	5.7	25	69	23	76	36	6	19	36	1.78
18654294--18654420	58	2.2	58	86	0	173	33	6	19	40	1.77
18661285--18662172	446	2.0	446	92	0	1490	36	22	18	22	1.95
18673750--18673820	24	3.0	24	95	0	133	42	21	15	21	1.89
18677174--18677671	44	11.8	42	73	11	315	30	27	14	26	1.95
18677265--18677368	40	2.6	40	83	7	113	25	25	17	30	1.97
18677175--18677608	126	3.4	128	76	11	333	29	28	14	27	1.95
18677331--18677563	122	1.9	118	82	7	281	31	28	12	27	1.93
18677679--18677913	101	2.4	99	78	4	258	36	17	16	29	1.92
18679980--18680024	20	2.3	19	81	11	56	22	13	6	57	1.59
18683069--18683193	64	2.0	64	84	6	164	50	16	22	11	1.76
18683199--18683227	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
18684042--18684105	25	2.5	25	79	5	74	75	1	18	4	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18685006--18685512	42	11.9	42	79	7	508	29	27	16	26	1.97
18685006--18685512	86	5.9	85	81	5	562	29	27	16	26	1.97
18686347--18686381	17	2.0	18	88	5	54	17	5	5	71	1.25
18688777--18688988	40	5.3	40	76	6	225	26	17	25	30	1.97
18688777--18688982	79	2.6	79	90	0	322	27	17	24	30	1.98
18692017--18692087	24	3.0	24	95	0	133	21	15	21	42	1.89
18715924--18716171	29	8.5	26	72	20	147	34	3	28	33	1.73
18715918--18716174	116	2.2	118	90	2	412	33	3	30	32	1.75
18715918--18716174	59	4.4	59	91	2	410	33	3	30	32	1.75
18716241--18716744	162	3.1	162	93	0	812	43	13	17	25	1.86
18718361--18718438	17	4.8	16	80	7	79	52	1	1	44	1.17
18718783--18719408	76	8.2	76	91	0	1002	32	17	16	34	1.92
18719367--18719435	38	1.9	34	100	0	102	31	14	20	33	1.92
18718783--18719484	152	4.6	149	88	4	756	32	17	15	33	1.92
18718785--18719484	228	3.1	227	88	4	851	32	17	15	33	1.92
18719396--18719730	151	2.2	151	93	2	557	34	18	15	31	1.92
18719396--18719730	75	4.4	75	93	1	537	34	18	15	31	1.92
18731848--18732008	58	2.8	57	79	11	168	31	4	31	32	1.79
18731832--18732085	28	8.8	29	74	14	179	30	4	32	32	1.78
18731921--18732088	88	1.9	87	92	1	282	30	2	33	32	1.73
18731822--18732089	30	9.2	28	73	16	165	30	4	32	32	1.79
18732159--18732658	162	3.1	162	92	0	793	42	13	18	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734217--18734294	17	4.8	16	80	7	79	52	1	1	44	1.17
18747273--18747326	25	2.2	25	90	6	83	51	0	1	46	1.11
18749229--18749305	36	2.1	36	92	0	127	27	11	27	33	1.91
18757966--18758085	40	3.0	40	80	1	143	40	17	19	23	1.92
18758060--18758206	41	3.6	41	82	0	170	27	27	25	19	1.98
18758073--18758224	82	1.9	82	87	2	225	25	30	23	19	1.98
18758050--18758224	41	4.3	41	79	2	165	29	29	23	17	1.97
18758198--18758308	42	2.7	42	85	4	118	24	25	20	29	1.99
18758213--18758308	42	2.3	42	90	0	156	27	22	19	30	1.98
18758799--18759218	41	10.2	40	87	4	538	28	22	30	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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