genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25350152--25350213	23	2.7	23	78	9	56	1	19	3	75	1.02
25350160--25350252	29	3.2	29	78	15	86	1	18	2	78	0.91
25351186--25351224	1	39.0	1	84	0	51	2	2	2	92	0.51
25351186--25351224	17	2.3	17	90	0	60	2	2	2	92	0.51
25364664--25364706	19	2.2	19	84	12	52	37	9	32	20	1.85
25364795--25364844	17	2.9	17	93	0	82	18	22	12	48	1.80
25372041--25372085	20	2.2	20	88	0	63	40	15	8	35	1.79
25373328--25373542	37	5.8	37	83	3	272	37	29	16	16	1.91
25373323--25373392	16	4.1	16	70	18	52	37	27	17	18	1.93
25373454--25373517	21	3.3	20	66	20	55	35	32	17	14	1.89
25373331--25373543	111	1.9	111	89	0	327	37	29	16	16	1.91
25380478--25380542	27	2.4	26	82	12	78	16	9	1	72	1.18
25380475--25380542	26	2.5	27	78	17	79	17	10	1	70	1.22
25385498--25385528	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
25387043--25387101	19	3.1	19	87	0	91	20	15	20	44	1.87
25387043--25387120	38	2.1	38	85	0	102	20	16	17	44	1.86
25391804--25391842	16	2.4	18	80	20	50	20	17	15	46	1.84
25394814--25394853	21	2.0	21	85	5	55	30	30	15	25	1.95
25396476--25396660	76	2.4	77	89	3	284	21	29	3	45	1.69
25397226--25397400	76	2.3	74	89	2	260	46	4	28	21	1.71
25397343--25397450	58	1.9	58	92	7	186	46	3	31	18	1.67
25397755--25397798	20	2.2	20	87	0	61	45	27	4	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25401483--25401524	16	2.4	19	84	15	63	45	0	0	54	0.99
25401485--25401523	18	2.3	16	91	8	60	46	0	0	53	1.00
25402512--25402557	23	2.0	23	86	0	65	54	2	0	43	1.12
25402538--25402573	16	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
25402533--25402582	17	2.8	17	82	14	57	50	0	2	48	1.12
25402864--25402910	22	2.1	23	84	7	62	59	2	2	36	1.21
25403423--25403481	22	2.8	21	75	7	57	32	3	20	44	1.68
25403423--25403555	41	3.2	41	71	14	96	31	2	18	47	1.61
25403423--25403583	82	2.0	82	91	1	261	30	1	18	49	1.59
25403621--25403656	17	2.1	17	94	0	63	19	0	33	47	1.50
25407012--25408185	390	3.0	390	97	0	2197	28	19	18	33	1.95
25410277--25410555	147	1.9	144	84	5	373	40	4	8	46	1.53
25411120--25411169	16	3.2	15	80	8	55	22	4	4	70	1.21
25416392--25416434	21	2.0	21	90	0	68	25	11	13	48	1.77
25417122--25417340	43	5.2	43	84	3	273	24	18	26	30	1.98
25417443--25417489	15	3.2	15	75	6	51	36	10	19	34	1.86
25417439--25417482	15	3.0	15	76	6	54	36	13	15	34	1.87
25417439--25417502	29	2.2	29	82	0	74	32	12	20	34	1.90
25419072--25419100	13	2.1	14	93	6	51	62	0	3	34	1.12
25421682--25421806	39	3.1	41	64	15	116	40	8	18	33	1.80
25421721--25421843	38	3.2	38	65	15	106	34	9	23	32	1.88
25421682--25421843	79	2.1	79	100	0	324	37	8	20	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25423067--25423133	31	2.2	31	92	5	111	50	0	1	47	1.10
25423067--25423140	29	2.5	29	82	8	96	48	0	1	50	1.09
25423067--25423140	30	2.5	30	89	6	98	48	0	1	50	1.09
25424012--25424064	9	6.8	9	71	28	50	49	0	0	50	1.00
25424021--25424062	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
25423985--25424059	29	2.4	31	89	8	109	48	1	0	50	1.09
25424012--25424068	20	3.0	20	74	23	59	47	0	0	52	1.00
25426649--25426722	31	2.3	32	86	2	96	45	12	10	31	1.76
25428171--25428222	16	3.2	16	76	13	52	30	0	1	67	1.02
25428181--25428245	28	2.3	28	78	10	69	33	0	1	64	1.03
25439423--25439474	22	2.4	22	86	0	68	13	32	19	34	1.90
25452966--25453057	29	3.1	29	67	14	80	31	8	33	26	1.87
25452966--25453145	59	3.1	59	86	0	252	33	7	30	28	1.84
25453030--25453122	30	3.1	30	70	16	86	36	6	27	29	1.82
25452993--25453145	29	5.2	28	69	12	92	33	7	30	28	1.84
25453149--25453391	30	8.0	30	85	3	308	35	3	24	36	1.73
25454264--25454294	16	1.9	16	100	0	62	38	25	22	12	1.90
25454991--25455021	15	2.1	15	100	0	62	12	12	54	19	1.70
25455107--25455142	14	2.6	14	100	0	72	16	16	47	19	1.83
25455274--25455367	6	15.8	6	72	14	61	48	3	1	46	1.25
25455303--25455352	25	2.0	25	88	0	73	54	4	0	42	1.19
25455296--25455359	31	2.1	31	88	5	94	53	4	0	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455659--25456594	68	13.5	68	84	7	987	27	20	18	33	1.96
25455765--25456312	179	3.1	178	93	3	898	27	20	18	32	1.96
25456228--25456406	31	5.4	31	68	19	128	25	20	18	35	1.95
25455720--25456446	247	3.0	240	81	9	901	27	20	18	33	1.96
25456433--25456594	37	4.8	31	70	23	91	25	19	20	33	1.96
25468602--25468692	29	3.1	29	66	20	80	30	6	32	29	1.83
25468726--25468968	30	8.0	30	87	3	317	35	4	23	36	1.74
25469836--25469866	16	1.9	16	100	0	62	38	25	22	12	1.90
25470561--25470591	15	2.1	15	100	0	62	12	12	54	19	1.70
25470830--25470923	6	15.8	6	72	14	61	48	3	1	46	1.25
25470859--25470908	25	2.0	25	88	0	73	54	4	0	42	1.19
25470852--25470915	31	2.1	31	88	5	94	53	4	0	42	1.22
25476991--25477019	15	1.9	15	100	0	58	44	20	0	34	1.52
25483455--25483689	122	1.9	124	93	1	411	44	9	11	34	1.74
25484485--25484522	18	2.1	19	90	5	60	39	0	15	44	1.47
25501994--25502034	19	2.1	21	86	13	61	39	0	2	58	1.11
25502854--25502924	3	23.7	3	100	0	142	66	0	33	0	0.92
25503690--25503731	17	2.4	17	88	4	57	47	2	28	21	1.63
25508942--25509053	29	3.8	29	87	1	161	35	0	28	34	1.64
25510647--25510694	19	2.5	20	76	10	55	54	2	6	37	1.38
25510675--25510709	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
25511242--25511508	39	6.9	38	71	11	186	25	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25511220--25511365	78	1.9	78	91	2	240	23	19	31	25	1.98
25511242--25511508	117	2.3	116	83	3	340	25	19	30	23	1.98
25511242--25511508	78	3.4	77	79	7	267	25	19	30	23	1.98
25527566--25527877	29	10.7	28	78	8	193	33	3	27	34	1.75
25527592--25527789	88	2.3	87	86	6	258	34	3	28	33	1.73
25527658--25527877	59	3.8	57	78	8	192	35	3	25	35	1.74
25527747--25527883	30	4.7	29	73	12	91	36	3	23	36	1.73
25529482--25529554	6	12.3	6	77	8	69	57	4	0	38	1.18
25529482--25529531	17	2.8	18	81	6	66	58	4	0	38	1.17
25529480--25529556	30	2.6	29	85	2	109	57	3	0	38	1.17
25529482--25529554	17	4.5	17	72	18	57	57	4	0	38	1.18
25529968--25530731	39	19.7	39	66	13	148	26	19	28	25	1.99
25529960--25530729	78	9.9	77	82	3	751	26	19	28	25	1.99
25537887--25538048	29	5.6	28	78	8	148	28	4	31	35	1.77
25537885--25538048	58	2.8	57	84	10	203	28	4	31	35	1.77
25537916--25538053	28	4.8	28	76	15	106	30	4	31	34	1.77
25539662--25539727	6	11.3	6	78	12	66	56	3	1	39	1.24
25539662--25539735	17	4.3	17	89	3	103	55	2	1	40	1.22
25539683--25539741	12	5.0	12	77	10	50	59	3	0	37	1.14
25539666--25539721	29	1.9	28	86	13	78	57	1	1	39	1.20
25539662--25539735	35	2.1	35	87	7	107	55	2	1	40	1.22
25541795--25541935	53	2.7	53	87	2	194	29	13	20	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25542608--25542663	21	2.6	22	80	8	71	30	10	26	32	1.90
25545353--25545421	20	3.5	20	72	18	63	23	4	4	68	1.26
25553314--25553418	48	2.2	48	89	1	156	51	12	20	16	1.76
25553754--25553800	20	2.3	20	75	7	51	17	17	17	48	1.81
25554509--25555745	49	25.2	49	73	6	549	40	18	23	18	1.92
25554525--25555761	147	8.4	146	75	7	691	40	18	23	17	1.92
25554584--25555765	98	12.1	98	76	6	723	40	18	22	18	1.92
25556634--25556817	100	1.8	100	86	10	268	21	5	6	66	1.35
25556734--25556813	32	2.5	32	80	13	92	17	3	6	72	1.20
25556805--25556925	40	3.1	38	75	21	106	23	5	4	66	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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