genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032252.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  47257441

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
503822--503847	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
514150--514188	20	2.0	19	85	5	51	46	0	0	53	1.00
520757--520809	16	3.4	14	78	17	52	62	3	1	32	1.24
520756--520810	15	3.5	15	80	7	56	61	3	1	32	1.24
528709--528755	20	2.3	20	83	16	62	31	31	14	21	1.94
528783--528854	14	5.3	14	74	12	60	23	0	30	45	1.53
536571--536638	30	2.3	30	80	10	77	30	2	1	64	1.17
540194--540256	29	2.1	29	88	2	90	53	3	7	34	1.46
552723--552755	15	2.2	16	89	10	52	51	24	0	24	1.48
554542--555289	388	1.9	388	88	1	1113	28	14	19	37	1.92
559422--559628	91	2.3	90	77	10	215	53	14	3	28	1.58
560945--560993	21	2.3	20	76	10	53	40	2	0	57	1.10
561245--561290	22	2.1	21	88	4	65	0	56	0	43	0.99
571850--571897	23	2.1	23	84	0	60	16	12	16	54	1.72
577205--577273	30	2.3	29	76	13	77	46	7	2	43	1.46
586252--586318	31	2.2	31	88	0	98	34	14	7	43	1.74
593833--593901	33	2.1	33	91	5	113	27	13	13	46	1.79
594955--594983	13	2.2	13	100	0	58	37	0	13	48	1.43
600108--600145	15	2.5	15	84	12	51	60	0	7	31	1.25
600163--600293	66	2.0	66	81	6	156	40	3	7	48	1.47
606791--606864	34	2.2	32	83	9	87	55	24	1	18	1.51
606801--606864	16	3.8	17	73	10	51	57	23	1	17	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
611635--611672	20	1.9	20	88	0	58	50	18	0	31	1.47
611864--611915	13	4.0	13	79	0	50	11	0	32	55	1.36
614307--614333	13	2.1	13	100	0	54	37	0	18	44	1.50
618171--618226	23	2.5	22	82	5	76	37	26	19	16	1.92
618180--618226	23	2.1	23	92	4	78	38	27	19	14	1.91
618886--618941	26	2.2	26	93	0	94	30	12	17	39	1.87
623381--623430	16	3.2	16	73	21	52	32	0	6	62	1.20
623607--623675	25	2.7	25	90	4	102	44	2	0	52	1.16
625174--625249	30	2.5	31	76	8	75	34	6	1	57	1.33
636485--636554	35	2.0	36	88	2	106	34	31	4	30	1.77
648406--648438	3	11.0	3	87	12	50	33	0	0	66	0.92
651801--651860	17	3.4	17	70	17	59	31	6	13	48	1.68
651790--651886	36	2.7	36	95	4	171	29	6	13	50	1.66
651819--651879	19	3.3	19	69	17	65	29	6	11	52	1.62
655186--655251	31	2.2	31	91	2	107	25	12	22	39	1.89
657617--657680	29	2.2	30	81	16	80	42	0	1	56	1.09
657798--657842	21	2.2	20	84	7	56	75	0	0	24	0.80
658541--658570	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
674046--674111	26	2.5	27	80	9	75	30	4	31	33	1.78
676244--676302	27	2.2	27	81	6	66	32	0	11	55	1.36
680578--680645	28	2.2	32	80	12	81	41	13	1	44	1.52
680587--680644	30	1.9	30	82	10	73	44	15	0	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701663--701882	36	6.1	36	92	2	370	33	28	13	25	1.93
703825--703858	16	2.1	16	89	10	52	70	5	5	17	1.28
704207--704237	14	2.2	14	100	0	62	58	0	41	0	0.98
704500--704533	17	2.0	17	100	0	68	35	23	5	35	1.79
708515--708602	45	1.9	46	82	11	110	59	1	0	39	1.05
708580--708627	25	2.0	24	95	4	87	60	0	0	39	0.97
710409--710471	32	2.0	32	87	3	92	49	3	3	44	1.34
717331--717380	25	2.0	24	82	17	59	70	0	6	24	1.10
728910--728934	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
729138--729214	31	2.5	31	83	10	86	27	1	16	54	1.50
741111--741153	21	2.0	21	100	0	86	46	4	4	44	1.45
741456--741485	11	2.7	11	89	0	51	33	0	0	66	0.92
741601--741665	30	2.2	30	94	0	112	58	13	3	24	1.50
744218--744274	21	2.7	21	78	10	62	42	5	17	35	1.72
751125--751181	3	19.3	3	96	3	107	35	0	0	64	0.93
751535--751584	23	2.2	23	89	10	77	50	16	4	30	1.63
756840--756876	19	1.9	19	94	0	65	40	0	10	48	1.38
762240--762277	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
766708--766748	18	2.3	18	87	8	57	39	2	0	58	1.11
767471--767523	27	2.0	27	88	0	79	35	18	30	15	1.92
767735--767773	21	1.9	20	84	5	51	61	0	35	2	1.10
767712--767775	35	1.9	32	84	9	83	65	0	32	1	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768127--768404	94	3.0	95	89	4	399	37	2	11	48	1.52
768589--768638	16	3.2	16	71	21	52	60	6	0	34	1.21
787449--787475	14	1.9	14	100	0	54	25	7	0	66	1.17
797008--797057	3	16.7	3	79	8	57	64	4	0	32	1.12
800885--800920	18	1.9	18	88	5	54	55	2	0	41	1.14
800878--800921	18	2.3	18	80	7	52	52	2	0	45	1.13
815670--815719	26	1.9	26	84	15	68	36	0	4	60	1.16
815699--815774	40	1.9	40	83	5	100	22	1	7	68	1.23
815856--815985	41	3.1	41	68	16	113	41	9	6	43	1.61
815849--816011	84	1.9	84	94	0	290	42	9	4	42	1.59
820394--820433	22	1.9	21	85	10	55	45	2	5	47	1.38
828180--828403	112	2.0	112	97	0	421	22	12	20	45	1.84
832143--832183	14	3.0	14	82	10	50	46	0	0	53	1.00
832251--832289	18	2.2	18	86	4	53	58	0	0	41	0.98
832602--832655	28	1.9	28	85	7	74	33	1	31	33	1.69
837360--837384	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
841658--841701	22	2.0	22	87	12	65	36	4	2	56	1.32
843061--843125	31	2.1	32	82	5	80	52	4	6	36	1.47
847920--848297	190	2.0	191	92	2	636	24	24	11	39	1.88
849087--849145	12	5.0	12	71	17	52	22	13	15	49	1.79
849087--849146	24	2.5	24	89	7	88	21	13	15	50	1.78
849273--849338	23	2.9	23	81	4	71	25	12	21	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849615--849679	26	2.5	26	84	0	85	46	10	1	41	1.48
849672--849716	21	2.1	21	100	0	72	44	11	4	40	1.60
859076--859107	10	3.2	10	95	0	55	21	25	21	31	1.98
863315--863366	22	2.3	22	74	12	52	25	15	7	51	1.69
864613--864639	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
867976--868000	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
868956--868989	14	2.4	15	85	14	54	29	11	5	52	1.61
870642--870675	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
871420--871473	29	1.9	29	88	7	85	64	1	3	29	1.21
873731--873857	59	2.1	61	85	8	179	44	3	10	40	1.57
874887--874930	21	2.0	22	91	4	72	40	15	9	34	1.79
876517--876580	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
882286--882640	189	1.9	189	87	3	527	30	18	20	30	1.96
893736--894191	189	2.4	188	83	3	533	29	18	19	32	1.96
893736--894250	189	2.7	189	82	4	531	29	18	19	32	1.96
899809--899872	28	2.2	28	83	8	76	56	9	4	29	1.51
904300--904410	55	2.0	55	98	0	213	43	7	22	27	1.79
904993--905023	9	3.6	9	91	8	55	22	9	22	45	1.81
905658--905703	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
906799--906831	14	2.4	14	94	0	57	21	0	0	78	0.75
909628--909657	14	2.1	14	93	0	51	76	0	6	16	0.99
910671--910729	14	4.4	13	76	21	50	79	0	13	6	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910669--910736	11	6.2	11	72	16	52	79	0	13	7	0.93
910655--910722	14	4.8	13	75	22	50	79	1	11	7	0.99
910668--910726	30	1.9	31	83	10	77	79	0	13	6	0.92
910655--910712	16	3.8	16	76	17	61	77	1	13	6	1.05
910703--910736	14	2.2	16	90	10	54	82	0	11	5	0.83
911763--911808	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
924693--924838	58	2.5	59	84	8	192	50	1	2	45	1.21
924812--924862	24	2.1	24	82	10	59	56	0	5	37	1.23
936924--936976	27	2.0	26	81	3	61	50	5	11	32	1.61
940155--940645	189	2.6	188	94	1	856	30	16	19	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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