genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372--421	27	1.9	25	84	8	64	16	10	22	52	1.73
4261--4399	71	2.0	71	89	0	215	36	27	5	30	1.80
5275--5333	25	2.3	27	82	11	70	44	15	1	38	1.56
5300--5340	13	3.0	14	73	20	50	36	14	2	46	1.58
5365--5445	13	6.2	13	73	2	72	34	20	2	41	1.66
6577--6629	19	2.9	19	66	23	51	54	15	1	28	1.51
8066--8100	17	1.9	19	88	11	56	42	0	5	51	1.25
8751--9032	154	1.9	147	89	6	440	30	18	18	31	1.96
9849--9880	15	2.1	15	94	5	55	71	0	0	28	0.86
10015--10050	18	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
10015--10068	18	3.1	18	80	17	53	35	0	0	64	0.94
16151--16563	213	1.9	212	94	1	729	33	22	17	26	1.96
36903--36962	19	3.1	19	79	13	68	56	1	3	38	1.26
39706--39733	6	4.7	6	100	0	56	0	64	0	35	0.94
41061--41105	22	2.0	22	82	0	54	53	4	2	40	1.33
51321--51380	24	2.7	22	85	10	79	33	38	6	21	1.80
51321--51372	24	2.2	24	96	0	95	36	36	5	21	1.77
51943--52049	25	4.3	25	90	0	160	31	1	19	46	1.61
51959--52051	16	5.5	17	74	14	86	31	2	21	45	1.64
51950--52051	9	12.0	9	78	12	108	32	1	20	45	1.63
57650--57965	9	37.4	9	79	11	323	30	2	20	46	1.64
57643--57965	25	12.8	27	81	8	278	30	2	20	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57650--57965	34	9.4	34	79	8	237	30	2	20	46	1.64
60059--60093	18	1.9	19	88	11	56	34	2	0	62	1.10
60046--60141	30	3.3	29	75	17	83	39	5	0	55	1.22
60136--60194	30	2.0	30	83	6	75	52	1	3	42	1.28
63775--63937	81	2.0	82	98	1	319	47	6	4	41	1.50
66047--66077	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
71412--71475	6	10.7	6	98	0	119	17	1	15	65	1.35
74067--74110	21	2.1	21	84	16	56	54	0	6	38	1.27
75066--75099	16	2.1	17	88	5	52	76	5	0	17	0.98
76207--76240	16	2.1	17	88	5	52	76	5	0	17	0.98
78953--79015	25	2.6	24	80	5	63	17	6	4	71	1.25
79291--79319	11	2.6	11	100	0	58	68	0	17	13	1.20
81113--81183	25	2.8	25	100	0	142	43	0	15	40	1.47
90334--90369	1	36.0	1	94	0	63	0	0	2	97	0.18
90370--90564	104	1.9	104	100	0	390	26	22	20	31	1.98
93291--93356	33	2.0	33	96	0	123	56	12	4	27	1.55
102933--102962	5	6.0	5	92	0	51	20	36	23	20	1.95
102934--102962	15	1.9	15	100	0	58	20	34	24	20	1.97
103606--104170	282	2.0	283	99	0	1123	37	9	14	39	1.78
109993--110204	106	2.0	106	98	0	406	21	18	17	42	1.89
112627--112669	22	2.0	22	100	0	86	48	0	13	37	1.43
118399--118443	20	2.3	20	88	7	67	46	0	24	28	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119254--119278	13	1.9	13	100	0	50	36	32	24	8	1.84
119249--119312	30	2.1	30	91	0	101	28	26	28	17	1.97
119774--119875	49	2.1	49	90	0	159	42	6	22	28	1.79
121369--121527	44	3.6	44	82	10	193	23	16	27	32	1.96
129030--129074	21	2.3	21	85	11	60	33	2	0	64	1.06
129876--129937	29	2.1	30	90	3	99	29	3	11	56	1.50
130721--130752	12	2.7	12	90	0	55	28	0	0	71	0.86
130970--131031	30	2.1	30	90	0	97	58	14	3	24	1.51
132205--132498	147	2.0	147	100	0	588	33	25	19	22	1.97
132813--132847	17	2.1	17	88	0	52	65	22	5	5	1.36
132792--132886	25	3.7	25	72	8	91	58	16	7	16	1.59
133699--133732	18	2.0	16	88	11	50	64	0	23	11	1.26
140720--140745	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
141789--141851	21	3.0	22	88	6	94	30	22	15	31	1.95
146386--146419	16	2.1	16	89	10	52	58	5	0	35	1.22
147172--147222	21	2.4	21	80	0	57	43	33	1	21	1.64
147155--147247	28	3.3	28	74	4	71	47	34	1	17	1.55
148283--148308	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
148739--148838	25	4.0	25	82	0	119	49	18	25	8	1.74
151451--151495	19	2.3	20	84	3	56	53	0	0	46	1.00
151514--151719	107	1.9	107	91	2	333	46	12	7	33	1.69
151894--151929	17	2.1	17	94	0	63	41	19	16	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153509--153548	20	2.0	21	90	5	64	35	2	30	32	1.71
153746--153795	22	2.3	22	79	6	57	38	8	0	54	1.30
157940--157965	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
158714--158748	6	5.5	6	90	10	52	80	5	14	0	0.89
159286--159319	14	2.5	14	90	4	52	2	11	50	35	1.54
159253--159344	44	2.1	44	97	0	175	9	8	40	41	1.69
160025--160553	132	4.0	132	90	1	801	25	25	20	28	1.99
160350--160535	44	4.2	44	68	10	119	25	27	20	26	1.99
167773--167899	63	2.0	63	100	0	254	55	12	4	26	1.56
168826--168881	21	2.7	21	77	0	67	28	10	33	26	1.90
169535--169578	21	2.1	21	87	4	63	56	2	2	38	1.24
170037--170168	65	2.0	65	97	0	246	34	7	3	53	1.47
179559--179602	23	1.9	23	100	0	88	45	11	6	36	1.67
187138--187175	3	12.3	3	94	5	67	65	2	0	31	1.06
187220--187252	17	1.9	17	88	11	50	66	12	0	21	1.23
190494--190583	32	2.9	31	93	3	153	46	13	10	30	1.75
190495--190590	31	3.1	31	93	3	165	46	12	9	31	1.73
192813--192852	20	2.0	20	85	9	55	45	0	0	55	0.99
193088--193138	23	2.1	25	82	13	63	47	1	7	43	1.43
199398--199445	22	2.2	22	85	3	62	25	12	20	41	1.87
208301--208348	16	2.9	16	73	14	53	62	8	0	29	1.24
213085--213272	93	2.0	94	98	1	369	34	5	8	51	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231941--231985	15	3.0	15	83	6	56	35	13	0	51	1.41
231183--232470	657	2.0	657	94	0	2294	38	12	14	34	1.84
237141--237198	30	2.0	28	86	6	80	0	24	8	67	1.18
238423--238481	24	2.3	26	83	11	79	47	0	6	45	1.29
240197--240274	41	1.9	41	83	0	102	62	8	3	24	1.41
244670--244704	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
244933--244990	23	2.5	24	80	11	66	34	0	5	60	1.19
249436--249511	20	3.9	20	70	15	61	26	6	1	65	1.24
249517--249578	28	2.2	28	91	2	99	38	0	0	61	0.96
253189--253479	124	2.3	124	94	1	494	29	17	22	30	1.96
256338--256462	56	2.2	56	90	2	189	41	8	13	36	1.74
256463--256517	23	2.4	23	87	0	74	30	1	21	45	1.62
256484--256812	29	11.4	29	93	0	543	29	0	27	43	1.55
259228--259300	37	2.0	37	89	2	112	31	23	0	45	1.53
261460--261538	11	7.2	11	79	14	92	49	1	25	24	1.58
261451--261538	33	2.6	33	79	12	99	48	1	25	25	1.58
264858--264915	27	2.1	28	80	3	64	51	1	0	46	1.11
265418--265492	10	7.9	10	69	11	59	62	0	2	34	1.09
265606--265651	20	2.2	20	84	3	56	63	0	4	32	1.14
265670--265713	21	2.1	21	83	8	54	27	9	0	63	1.24
266106--266150	7	6.3	7	89	5	54	82	0	11	6	0.84
266112--266143	15	2.1	15	94	0	55	84	0	12	3	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266106--266155	22	2.2	22	85	3	64	82	0	10	8	0.86
266116--266157	7	6.0	7	89	8	50	78	0	11	9	0.96
272076--272110	7	5.0	7	85	0	52	25	2	2	68	1.17
272796--272825	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
276210--276242	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
276206--276250	22	2.0	22	82	0	54	51	2	0	46	1.13
277775--277834	30	2.0	30	90	0	93	46	13	6	33	1.69
284379--284442	28	2.2	29	83	11	85	60	10	3	25	1.44
292750--292821	23	3.2	22	77	13	76	41	0	2	55	1.14
297263--297324	26	2.4	25	78	5	70	64	9	4	20	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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