genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  68  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22436662--22436818	29	5.3	29	79	9	174	42	10	26	19	1.84
22436664--22436818	59	2.6	58	77	13	181	42	10	27	19	1.84
22436622--22436834	89	2.4	89	84	2	284	42	12	23	22	1.87
22436810--22436879	30	2.3	30	82	0	95	34	14	30	21	1.93
22438487--22438615	69	1.9	67	87	6	188	41	3	3	51	1.36
22441093--22441132	21	1.9	21	100	0	80	70	10	10	10	1.36
22445044--22445076	12	2.8	12	100	0	66	30	15	0	54	1.41
22446853--22447073	110	2.0	111	99	0	435	50	6	6	37	1.53
22449952--22450025	38	1.9	38	86	5	105	27	8	2	62	1.37
22453709--22453743	17	2.1	17	100	0	70	37	5	28	28	1.80
22458930--22458958	9	3.2	9	100	0	58	31	13	34	20	1.92
22460908--22460972	28	2.3	27	82	12	69	61	0	4	33	1.16
22461337--22461367	15	2.1	15	93	0	53	61	6	0	32	1.21
22465360--22465388	9	3.2	9	100	0	58	31	13	34	20	1.92
22467357--22467403	19	2.5	19	80	10	53	63	0	4	31	1.13
22480034--22480077	22	2.0	23	90	4	72	34	6	15	43	1.74
22482112--22482203	46	2.0	46	97	0	175	19	11	19	48	1.79
22484030--22484086	28	2.0	28	100	0	114	40	3	10	45	1.56
22484516--22484580	31	2.1	31	85	5	87	36	10	13	38	1.80
22484734--22484783	26	2.0	24	84	7	64	48	0	4	48	1.20
22486564--22486596	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
22487983--22488104	61	2.0	61	100	0	244	42	9	11	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22496169--22496332	27	5.8	27	76	13	143	20	15	21	42	1.88
22496234--22496300	35	1.9	35	90	0	107	20	16	17	44	1.86
22496202--22496319	62	1.9	62	91	3	193	20	16	20	43	1.88
22501998--22502161	43	3.9	42	78	12	174	20	18	28	32	1.97
22502322--22502353	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
22503055--22503084	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
22506091--22506148	24	2.5	24	85	2	73	39	18	18	22	1.92
22514841--22514874	12	2.8	12	100	0	68	67	14	0	17	1.23
22514838--22514880	12	3.6	11	90	9	59	67	16	0	16	1.24
22514838--22514898	18	3.4	18	85	14	74	65	16	1	16	1.35
22514866--22514899	12	2.8	12	86	4	50	67	14	2	14	1.34
22516437--22516478	14	3.1	14	82	3	50	71	0	4	23	1.05
22516677--22516730	5	11.4	5	84	15	71	77	0	0	22	0.76
22516677--22516729	19	2.8	18	81	18	72	77	0	0	22	0.77
22516685--22516734	23	2.2	21	86	13	73	78	0	0	22	0.76
22527053--22527117	16	4.1	16	95	0	112	36	3	33	26	1.72
22527055--22527121	32	2.1	32	97	0	125	35	1	34	28	1.67
22527106--22527198	44	2.1	44	82	6	107	32	2	27	37	1.69
22528986--22529089	49	2.1	49	92	0	172	50	9	7	32	1.64
22534102--22534245	78	1.8	78	86	0	207	25	14	25	34	1.94
22538897--22538924	13	2.2	13	100	0	56	78	7	0	14	0.95
22563241--22563297	29	2.0	29	92	0	96	12	40	12	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22566081--22566144	13	4.9	13	81	7	85	39	21	6	32	1.79
22567736--22567869	54	2.5	52	80	7	146	27	24	26	20	1.99
22577553--22577761	54	3.9	54	86	0	256	30	27	21	21	1.98
22587161--22587362	90	2.3	89	82	5	230	36	23	11	28	1.90
22591272--22591301	4	7.2	4	92	7	51	53	0	0	46	1.00
22591272--22591313	12	3.2	13	90	6	59	52	2	0	45	1.13
22592479--22592566	42	2.1	42	89	0	131	17	21	35	26	1.95
22593883--22593931	20	2.5	20	83	6	64	24	26	34	14	1.94
22593923--22594085	60	2.7	59	79	3	173	36	17	31	15	1.91
22595177--22595214	20	1.9	20	89	10	60	47	31	5	15	1.68
22596308--22596375	34	2.0	34	88	5	102	25	22	22	30	1.99
22596342--22596398	25	2.3	25	87	6	80	24	22	24	28	2.00
22600365--22600413	3	16.3	3	95	0	89	32	2	0	65	1.04
22602721--22602749	14	2.0	15	93	6	51	75	10	6	6	1.17
22616068--22616199	70	1.9	70	85	3	185	30	30	17	21	1.96
22628777--22628827	17	3.0	17	76	21	61	43	0	0	56	0.99
22628788--22628827	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
22637686--22637730	18	2.4	18	85	3	63	40	20	0	40	1.52
22638586--22638660	23	3.3	23	94	0	132	22	17	21	38	1.93
22638645--22638696	21	2.4	21	87	6	68	15	23	26	34	1.94
22638586--22638677	46	2.0	46	86	0	130	21	18	21	38	1.94
22638662--22638705	21	2.1	21	91	0	70	18	27	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22648677--22648709	8	4.0	8	96	4	57	36	0	0	63	0.95
22652506--22652530	13	1.9	13	100	0	50	20	8	32	40	1.81
22652485--22652539	20	2.8	20	74	0	65	20	9	38	32	1.84
22654142--22654176	17	1.9	19	88	11	56	45	0	5	48	1.26
22655902--22655954	19	2.5	22	79	14	67	58	0	0	41	0.98
22658394--22658423	9	3.3	9	100	0	60	70	0	0	30	0.88
22658461--22658525	26	2.4	25	80	16	69	58	3	1	36	1.23
22658615--22658681	9	7.9	8	83	6	62	31	1	1	65	1.10
22660727--22660836	29	3.8	29	79	4	132	47	10	18	24	1.79
22660720--22660836	58	2.0	58	88	0	171	48	10	17	23	1.77
22661245--22661313	33	2.1	32	81	7	77	40	4	11	43	1.61
22663138--22663298	65	2.5	62	76	11	166	33	9	14	42	1.78
22663546--22663635	41	2.2	41	90	4	137	31	20	18	30	1.96
22669786--22669818	12	2.6	13	85	9	50	24	36	30	9	1.86
22670338--22670428	21	4.4	21	72	16	75	20	4	1	73	1.07
22670344--22670462	53	2.2	52	78	12	127	21	5	2	70	1.19
22674583--22674608	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22676438--22676600	50	3.3	48	74	5	137	25	20	23	30	1.98
22676412--22676600	100	1.9	100	88	2	290	25	20	21	32	1.97
22676531--22676680	80	1.9	80	92	0	255	26	20	25	28	1.99
22676431--22676780	180	1.9	180	90	0	556	25	20	23	30	1.98
22676611--22676854	50	4.9	50	71	7	208	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22676611--22676861	100	2.5	100	96	0	457	24	19	23	32	1.98
22677143--22677976	88	9.5	88	88	1	998	22	24	25	28	1.99
22677143--22677976	263	3.2	263	85	2	1052	22	24	25	28	1.99
22677568--22677707	44	3.2	44	66	8	113	22	22	27	27	1.99
22677744--22677880	43	3.2	43	64	17	111	24	22	24	28	1.99
22678914--22678958	22	2.0	22	100	0	90	33	13	22	31	1.92
22679179--22679214	6	5.7	6	87	12	54	13	13	0	72	1.13
22679169--22679217	7	7.3	7	82	17	68	16	16	0	67	1.24
22679178--22679214	13	2.8	13	100	0	74	13	13	0	72	1.11
22679169--22679217	20	2.5	19	90	6	71	16	16	0	67	1.24
22679914--22679957	13	3.2	13	81	9	52	4	18	0	77	0.94
22684559--22684584	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22685128--22685255	64	2.0	64	100	0	256	40	21	15	21	1.91
22686735--22686759	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
22687807--22687911	29	3.6	29	87	5	133	46	8	24	20	1.78
22695341--22695439	23	4.3	23	83	5	137	31	25	21	22	1.98
22710537--22710566	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
22714163--22714259	24	4.0	25	86	4	119	35	16	28	19	1.94
22718162--22718197	18	2.0	18	88	0	54	36	2	0	61	1.11
22719958--22719993	18	2.0	18	88	0	54	36	2	0	61	1.11
22721185--22721233	23	2.1	24	84	3	64	67	10	8	14	1.42
22725175--22725274	26	3.9	25	74	2	83	22	20	24	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22732795--22732895	26	3.9	26	81	8	100	20	20	22	35	1.96
22732795--22732895	52	2.0	51	82	5	123	20	20	22	35	1.96
22737344--22737401	26	2.2	26	100	0	116	34	20	27	17	1.95
22738145--22738186	20	2.1	20	86	0	57	11	33	35	19	1.88
22745608--22745688	28	2.9	28	78	10	85	28	20	18	32	1.97
22755858--22756004	41	3.6	41	84	6	167	21	28	14	35	1.93
22755874--22756005	40	3.3	41	86	6	153	22	28	14	34	1.93
22771933--22771976	22	2.0	21	86	4	61	40	6	11	40	1.68
22773584--22774138	114	4.9	112	89	2	815	24	23	26	25	2.00
22774389--22774419	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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