genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26053953--26054201	68	3.7	68	91	0	399	38	18	20	22	1.93
26056875--26056931	20	2.8	21	71	10	55	29	10	22	36	1.88
26060697--26060744	23	2.0	25	84	8	64	35	8	2	54	1.42
26063833--26063881	24	2.0	24	100	0	98	32	18	0	48	1.48
26065467--26065517	21	2.4	21	80	0	57	31	9	11	47	1.73
26068122--26068155	17	2.0	17	88	0	50	41	11	5	41	1.66
26068896--26068952	26	2.2	26	81	6	62	29	31	0	38	1.58
26075566--26075635	35	2.0	35	94	0	122	34	18	7	40	1.78
26081034--26081098	28	2.3	28	82	10	78	61	1	1	35	1.15
26081049--26081126	29	2.7	28	86	5	102	58	1	6	33	1.31
26082549--26082731	100	1.8	100	87	0	276	27	19	20	32	1.97
26082565--26082746	50	3.6	50	78	1	186	29	19	20	30	1.97
26082778--26083149	132	2.8	132	90	0	582	25	25	20	28	1.99
26084093--26084146	26	2.1	26	85	0	72	55	12	12	18	1.69
26086608--26086848	50	4.7	50	81	6	243	26	22	29	21	1.99
26086608--26086849	100	2.3	103	82	6	285	26	22	29	21	1.99
26094022--26094215	50	3.7	50	85	4	226	26	23	27	22	2.00
26104168--26104202	16	2.2	16	89	0	52	45	20	14	20	1.85
26104451--26104518	34	2.0	34	91	0	109	25	26	25	23	2.00
26105603--26105667	28	2.3	28	82	10	78	61	1	1	35	1.15
26105618--26105714	29	3.5	28	80	8	108	58	1	7	32	1.32
26113283--26113309	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26113951--26114023	33	2.1	36	87	7	107	30	2	10	56	1.48
26113965--26114016	16	3.2	16	75	22	54	26	1	11	59	1.42
26113962--26114022	15	3.9	15	72	19	52	27	3	11	57	1.49
26123393--26123423	16	1.9	16	100	0	62	19	38	6	35	1.77
26125726--26125779	23	2.3	23	78	12	58	48	0	11	40	1.39
26139204--26139263	11	5.5	11	91	0	84	23	5	41	30	1.75
26139381--26139410	14	2.1	15	93	6	53	10	6	13	70	1.34
26144037--26144085	22	2.2	22	88	0	71	38	10	2	48	1.48
26150744--26150791	24	2.1	22	81	11	53	52	10	12	25	1.71
26156082--26156114	17	1.9	17	88	11	50	60	9	9	21	1.54
26158859--26158888	15	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
26160572--26160851	94	3.0	94	78	4	294	29	19	18	32	1.96
26172687--26172753	32	2.2	30	83	5	80	68	5	17	7	1.34
26179287--26179317	12	2.6	12	94	0	53	29	0	48	22	1.51
26186742--26186790	18	2.7	18	87	0	71	26	6	10	57	1.55
26188564--26188607	22	1.9	24	86	9	65	45	0	13	40	1.44
26190027--26190153	11	12.2	11	72	20	78	57	0	3	38	1.17
26190050--26190122	10	7.3	10	76	15	71	65	0	1	32	1.01
26190028--26190153	51	2.5	51	84	5	191	57	0	3	38	1.18
26204125--26204164	21	2.0	21	85	5	55	40	7	2	50	1.44
26204468--26204530	31	2.0	31	82	11	76	47	7	3	41	1.48
26208385--26208422	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26208370--26208436	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
26226082--26226203	61	2.0	61	86	0	172	35	15	16	32	1.90
26226212--26226271	23	2.6	23	86	0	84	35	16	15	33	1.90
26226280--26226386	42	2.5	42	98	0	205	42	11	14	32	1.80
26226519--26226614	17	5.9	17	75	16	105	23	12	20	42	1.86
26226536--26226670	46	2.9	46	93	2	227	25	13	19	41	1.88
26230523--26230574	25	2.1	25	100	0	104	51	7	7	32	1.59
26230527--26230580	25	2.2	25	93	0	90	50	11	5	33	1.61
26233280--26233373	41	2.3	41	84	0	125	34	15	29	20	1.94
26233301--26233390	41	2.2	41	83	0	117	34	15	27	22	1.94
26235253--26235406	77	2.0	77	97	0	290	50	13	15	20	1.78
26235599--26235668	30	2.3	30	92	0	113	15	34	31	18	1.92
26247348--26247513	52	3.2	52	85	3	183	19	17	28	34	1.94
26247347--26247513	26	6.4	26	79	12	146	19	17	28	35	1.94
26251111--26251175	32	2.0	32	100	0	130	32	15	18	33	1.92
26255197--26255311	52	2.2	52	87	0	167	20	12	28	39	1.88
26255180--26255329	26	5.8	26	77	1	122	20	14	29	36	1.92
26255180--26255311	52	2.5	50	83	2	165	20	13	29	36	1.91
26264568--26264836	40	6.8	40	84	2	326	21	30	14	34	1.93
26264604--26264669	20	3.3	20	68	8	53	21	36	15	27	1.93
26264627--26264689	20	3.2	20	73	8	74	22	31	12	33	1.91
26269402--26269484	31	2.6	33	86	7	109	32	4	1	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26272213--26272243	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
26273062--26273098	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26273152--26273182	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
26277575--26277608	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
26278421--26278446	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
26282022--26282062	20	2.0	20	85	0	55	51	7	9	31	1.62
26287524--26287556	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
26288979--26289007	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
26288979--26289016	18	2.1	18	85	9	51	18	2	13	65	1.37
26296429--26296460	5	6.4	5	100	0	64	40	37	21	0	1.54
26301071--26301122	26	2.0	26	100	0	104	38	19	0	42	1.51
26302491--26302620	67	1.9	67	98	0	251	37	7	10	44	1.67
26321424--26321465	21	2.0	20	86	4	57	50	19	14	16	1.79
26323683--26323764	36	2.3	36	82	0	92	48	18	7	25	1.73
26330386--26330419	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
26336507--26336571	21	3.0	21	79	6	58	70	3	26	0	1.01
26337349--26337658	153	2.0	153	94	0	548	23	20	10	45	1.82
26344259--26344293	17	2.0	17	88	5	52	14	31	42	11	1.81
26348527--26348574	25	1.9	25	100	0	96	33	18	20	27	1.96
26352125--26352159	15	2.3	15	90	0	52	57	14	20	8	1.63
26358887--26358956	31	2.3	31	89	0	104	51	4	8	35	1.52
26361366--26361423	31	1.9	30	85	3	80	25	12	18	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26371960--26372006	17	2.8	16	76	20	51	36	29	19	14	1.92
26374479--26374512	17	2.0	17	100	0	68	64	17	5	11	1.45
26393103--26393774	44	15.6	41	71	12	302	27	20	24	28	1.99
26393103--26393645	173	3.1	173	92	1	867	26	20	25	28	1.99
26393107--26393781	347	1.9	346	82	5	837	27	20	24	28	1.99
26395547--26395588	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
26398253--26398283	12	2.6	12	100	0	62	45	0	25	29	1.54
26408238--26408328	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
26408309--26408344	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
26418232--26418349	59	2.0	59	93	0	200	19	19	29	31	1.96
26427855--26428178	108	3.0	108	99	0	639	36	15	13	34	1.87
26436342--26436381	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
26439537--26439579	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
26439761--26439919	43	3.7	43	78	1	167	26	30	18	23	1.98
26439799--26439990	87	2.2	87	90	2	298	31	33	16	19	1.94
26447665--26447690	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
26448440--26448521	15	5.5	15	72	13	62	32	43	1	21	1.61
26451348--26451388	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
26452133--26452330	41	4.8	41	79	2	200	33	25	20	20	1.97
26452367--26452503	40	3.5	40	82	4	154	17	20	22	39	1.92
26452507--26452532	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
26452606--26452645	20	2.0	20	95	0	71	55	12	12	20	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26456077--26456213	46	3.0	45	84	2	166	31	23	8	36	1.85
26460711--26460797	43	2.0	43	95	4	158	41	25	5	27	1.78
26461341--26461432	37	2.5	37	82	10	116	35	27	15	21	1.93
26463739--26463829	26	3.2	26	78	18	101	59	4	4	31	1.37
26470607--26470674	30	2.4	29	80	9	77	36	0	0	63	0.95
26472043--26472085	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
26478125--26478371	86	2.8	86	83	5	275	27	27	22	23	1.99
26478077--26478406	43	7.7	43	79	6	247	29	28	19	22	1.98
26478750--26478895	66	2.2	66	89	4	215	13	30	17	39	1.87
26478771--26478920	66	2.3	65	86	5	194	15	25	18	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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