genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27639747--27639876	40	3.2	39	76	9	116	25	13	23	36	1.92
27640549--27640949	22	17.5	22	69	13	175	23	12	21	42	1.86
27640597--27640636	11	3.6	11	79	0	53	22	15	25	37	1.93
27640549--27640856	69	4.4	70	76	6	324	24	12	21	41	1.87
27640597--27640781	91	2.0	91	89	2	282	24	11	22	41	1.87
27640619--27640920	139	2.2	138	90	1	462	23	12	21	42	1.86
27640757--27640947	91	2.1	92	87	2	269	24	12	21	42	1.86
27640688--27640994	69	4.4	69	76	7	289	24	12	20	42	1.87
27641437--27641464	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
27642663--27642841	58	3.1	58	62	24	142	47	7	13	31	1.71
27642645--27642997	115	3.1	115	95	2	638	47	6	12	32	1.67
27644661--27644847	100	1.9	100	84	2	250	27	17	19	35	1.94
27644979--27645517	44	11.8	43	65	20	143	28	23	17	30	1.97
27644935--27645484	142	4.0	141	75	13	600	28	22	17	31	1.96
27645014--27645564	274	2.0	275	97	0	1032	28	23	17	30	1.97
27645562--27646772	131	9.2	131	79	7	1160	25	24	20	29	1.99
27645941--27646056	44	2.6	44	86	2	153	29	22	20	27	1.99
27645401--27646486	539	2.0	539	94	0	1895	25	24	20	29	1.99
27652868--27652918	21	2.4	22	72	24	54	58	17	5	17	1.57
27653095--27653124	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27653420--27653459	20	2.0	21	90	5	64	62	5	10	22	1.46
27655216--27655685	87	5.4	87	89	1	694	25	24	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27656884--27656933	7	7.1	7	74	17	50	14	18	0	68	1.22
27657387--27657422	14	2.6	14	86	4	56	8	0	11	80	0.90
27669139--27669383	122	2.1	116	79	11	259	32	26	13	26	1.94
27669167--27669403	122	1.9	122	86	3	334	32	27	13	26	1.94
27670721--27670890	86	2.0	86	94	0	295	41	17	24	17	1.90
27671165--27671276	27	4.2	27	82	2	136	41	23	17	17	1.90
27671165--27671276	53	2.1	54	85	5	156	41	23	17	17	1.90
27673068--27673259	105	1.8	105	86	0	276	34	16	17	31	1.92
27674823--27674856	8	4.1	8	88	3	50	47	8	0	44	1.34
27675379--27675403	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27682332--27682375	20	2.2	20	91	0	70	79	2	11	6	1.01
27683351--27683426	35	2.2	34	82	13	93	34	6	0	59	1.24
27684515--27684817	151	2.0	152	99	0	599	37	9	13	38	1.77
27686596--27686689	40	2.4	39	82	8	111	35	25	20	19	1.96
27686868--27687374	114	4.4	114	90	0	746	36	18	21	23	1.95
27688074--27688116	22	2.0	21	95	4	77	18	2	27	51	1.59
27688195--27688264	7	10.0	7	79	0	77	21	0	32	45	1.52
27688196--27688280	14	6.1	14	78	6	93	23	1	31	43	1.61
27688198--27688250	21	2.5	21	93	0	88	22	0	30	47	1.52
27688195--27688271	28	2.8	28	89	0	109	23	0	31	45	1.53
27688196--27688280	7	12.3	7	74	6	57	23	1	31	43	1.61
27688637--27688674	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27689199--27689256	24	2.5	24	85	2	82	29	37	0	32	1.58
27689932--27690034	39	2.5	40	87	10	138	63	0	1	33	1.12
27690964--27691039	28	2.6	29	83	12	84	51	14	0	34	1.43
27690982--27691317	9	39.1	9	69	18	157	47	17	0	34	1.54
27690993--27691039	12	4.2	12	79	20	66	53	14	0	31	1.42
27690990--27691039	20	2.5	20	93	3	82	52	16	0	32	1.44
27691100--27691141	22	1.9	22	95	0	75	47	14	0	38	1.44
27690982--27691283	34	8.8	34	70	17	146	47	17	0	34	1.55
27691058--27691288	25	9.2	25	70	20	103	47	18	0	34	1.52
27695738--27696016	44	6.5	43	76	11	186	29	20	25	25	1.99
27695765--27696033	42	6.3	43	83	3	301	27	19	26	26	1.99
27695765--27696033	85	3.1	86	82	2	308	27	19	26	26	1.99
27700288--27700349	20	3.1	20	84	9	90	46	25	22	4	1.71
27700272--27700349	40	2.0	40	87	5	113	44	25	23	6	1.76
27703682--27703715	15	2.3	15	100	0	68	29	29	8	32	1.87
27713394--27713461	31	2.2	31	97	0	127	35	8	19	36	1.83
27716960--27717009	26	1.9	26	88	8	75	70	8	14	8	1.34
27716969--27717015	19	2.5	20	80	16	55	68	10	12	8	1.40
27719084--27719108	13	1.9	13	100	0	50	28	24	0	48	1.52
27721732--27721806	28	2.7	28	95	0	132	30	25	12	32	1.92
27722398--27722426	14	2.0	15	93	6	51	48	24	0	27	1.51
27725892--27726404	261	2.0	261	100	0	1026	45	12	12	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27734592--27734634	22	2.0	22	86	4	61	46	0	13	39	1.44
27734643--27734682	18	2.2	19	90	4	64	40	2	0	57	1.12
27737031--27737060	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
27742456--27742631	63	2.8	63	80	1	165	34	34	4	26	1.77
27742477--27742694	63	3.5	64	80	5	201	35	32	6	26	1.82
27742549--27742752	63	3.2	63	80	2	178	33	31	7	27	1.84
27750532--27750611	42	1.9	41	92	2	133	33	26	21	18	1.96
27750521--27750676	41	3.8	41	79	4	136	32	25	21	20	1.97
27750957--27750983	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
27760726--27760783	25	2.3	25	90	0	89	36	15	18	29	1.92
27760727--27760834	25	4.3	25	75	13	78	32	20	19	27	1.97
27778819--27778917	20	4.9	20	71	14	78	33	20	34	12	1.89
27781562--27781675	41	2.8	40	80	4	120	34	28	17	19	1.95
27783917--27783950	17	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
27790081--27790121	6	6.8	6	100	0	82	0	0	31	68	0.90
27795146--27795206	18	3.1	18	73	26	61	19	1	1	77	0.95
27795146--27795235	45	2.1	40	80	10	90	22	1	4	72	1.09
27808600--27808633	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
27811663--27811701	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
27813380--27813569	100	1.9	100	83	2	247	25	21	23	30	1.99
27813755--27814001	131	1.9	131	88	3	372	25	25	21	27	1.99
27813964--27814649	88	7.8	88	89	0	942	20	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27813719--27814067	131	2.6	128	74	11	330	24	24	22	27	2.00
27815954--27815986	14	2.3	15	89	5	50	30	33	9	27	1.88
27820542--27820579	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
27820620--27820649	15	2.1	15	93	6	53	70	3	6	20	1.25
27820930--27821033	26	3.8	27	72	14	81	57	6	2	32	1.39
27821029--27821066	13	2.8	14	80	19	53	23	5	5	65	1.34
27821266--27821322	3	19.0	3	88	0	69	63	5	3	28	1.33
27823885--27823923	20	2.0	20	85	9	55	41	28	0	30	1.57
27826653--27826784	27	4.9	27	80	0	147	36	18	21	23	1.95
27835193--27835244	26	2.0	26	88	3	79	30	0	1	67	1.02
27842562--27842606	22	2.0	22	95	0	81	26	20	13	40	1.89
27842566--27842613	22	2.2	22	88	0	69	31	20	10	37	1.87
27850427--27850452	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27852672--27852709	19	2.0	19	89	0	58	28	18	5	47	1.70
27856700--27856774	27	2.8	28	85	6	100	21	32	12	34	1.90
27858311--27858560	27	9.3	27	82	5	256	23	15	19	42	1.89
27858311--27858560	81	3.1	80	79	4	295	23	15	19	42	1.89
27862787--27862884	27	3.6	27	87	0	133	26	24	27	21	1.99
27883156--27883253	27	3.6	27	87	0	133	26	24	27	21	1.99
27886660--27886703	22	2.0	22	86	0	61	9	15	27	47	1.76
27886797--27886998	43	4.7	43	90	2	316	32	28	17	21	1.96
27897523--27897856	4	83.5	4	96	1	625	24	0	25	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27900328--27900362	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
27900828--27900857	12	2.6	11	90	10	51	6	13	6	73	1.24
27901645--27901706	31	2.0	31	96	0	115	43	14	9	32	1.78
27907649--27907709	12	5.5	11	74	14	54	0	14	13	72	1.13
27907684--27907728	9	4.9	9	80	2	54	0	13	11	75	1.05
27907652--27907729	30	2.6	30	80	13	106	0	12	14	73	1.11
27908269--27908330	31	2.0	31	96	0	115	40	16	11	32	1.83
27914467--27914570	49	2.1	50	90	1	165	31	19	26	22	1.97
27914461--27914573	25	4.6	25	79	8	133	30	20	26	23	1.98
27914467--27914583	49	2.4	49	86	1	162	31	18	26	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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