genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  28  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8950236--8950329	48	2.0	48	83	8	120	31	17	22	28	1.96
8953225--8953254	13	2.3	13	100	0	60	23	30	6	40	1.80
8956347--8956418	36	2.0	36	88	0	108	33	11	31	23	1.90
8963990--8964014	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
8966707--8966734	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8978167--8978204	3	12.7	3	94	0	67	68	2	0	28	1.03
8978745--8978780	13	2.8	13	86	0	54	5	13	0	80	0.88
8979072--8979135	31	2.1	31	82	5	76	56	6	6	31	1.49
8980406--8980445	21	1.9	21	84	0	53	55	2	7	35	1.42
8981096--8981152	28	2.2	25	81	9	60	28	12	15	43	1.83
8981408--8981687	124	2.2	125	85	6	363	30	15	20	32	1.94
8982229--8982286	12	5.2	12	72	16	61	36	0	24	39	1.55
8982210--8982286	22	3.5	22	89	3	111	40	0	24	35	1.56
8988851--8988937	41	2.1	41	87	4	122	59	13	0	26	1.35
8988862--8988949	41	2.1	41	91	0	140	61	11	0	27	1.30
8991368--8991435	32	2.1	32	91	5	111	52	17	0	29	1.45
8991452--8992048	298	2.0	299	99	0	1187	33	14	12	39	1.83
8999029--8999203	88	2.0	86	81	6	201	34	8	10	45	1.70
9000567--9000608	21	2.0	21	85	0	57	30	9	23	35	1.87
9001175--9001241	29	2.3	29	84	5	82	64	5	4	25	1.36
9001768--9001792	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
9009022--9009097	32	2.4	34	82	10	106	47	2	23	26	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9009107--9009194	38	2.3	38	94	0	149	37	15	14	31	1.89
9013014--9013076	29	2.2	29	88	5	94	66	1	0	31	1.01
9013014--9013088	29	2.6	28	77	8	80	65	1	0	33	1.01
9013129--9013192	20	3.3	19	76	12	67	65	4	4	25	1.31
9016518--9016551	14	2.3	15	90	5	52	79	0	2	17	0.86
9017318--9017395	30	2.8	28	84	9	97	37	1	39	21	1.62
9017718--9017764	21	2.3	20	79	17	53	38	2	2	57	1.23
9017717--9017824	9	11.6	9	67	20	53	31	1	1	64	1.14
9020735--9020787	21	2.5	21	90	0	88	22	7	39	30	1.82
9023823--9023849	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
9025159--9025209	11	4.6	12	77	22	58	54	0	0	45	0.99
9025170--9025221	24	2.2	24	86	13	72	57	1	0	40	1.10
9025166--9025221	14	4.3	13	80	13	53	57	1	0	41	1.09
9030359--9030412	27	1.9	30	85	11	78	37	1	1	59	1.19
9031868--9031925	21	2.8	21	81	5	64	46	17	22	13	1.83
9031872--9032022	42	3.6	42	80	3	135	48	15	21	14	1.80
9031878--9032016	21	6.6	21	71	4	84	47	15	21	15	1.82
9035808--9035876	27	2.6	27	83	0	93	21	33	34	10	1.87
9035933--9036026	10	9.3	10	79	10	66	67	1	31	0	0.98
9035939--9036020	5	16.4	5	80	9	78	65	1	32	0	1.00
9035949--9036026	20	3.9	20	78	9	88	65	0	34	0	0.93
9035937--9036059	30	3.7	33	76	20	105	65	0	34	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9036283--9036367	10	9.3	10	72	21	62	68	0	31	0	0.90
9036291--9036359	4	16.8	4	78	21	56	71	0	28	0	0.87
9036289--9036406	15	8.0	14	72	20	73	71	0	28	0	0.87
9036303--9036372	30	2.4	30	90	7	108	70	0	30	0	0.88
9036282--9036395	23	4.8	23	75	13	90	67	0	32	0	0.91
9035949--9036616	336	2.0	337	89	5	1026	44	2	18	34	1.63
9037009--9037390	155	2.5	154	88	4	567	51	7	8	31	1.60
9037289--9037491	100	2.0	101	87	6	297	49	7	8	33	1.62
9043314--9043347	11	3.2	11	87	4	52	73	8	0	17	1.08
9043779--9043825	26	1.9	26	83	12	64	57	0	2	40	1.11
9053500--9053533	11	3.2	11	87	4	52	73	8	0	17	1.08
9053965--9054011	26	1.9	26	83	12	64	57	0	2	40	1.11
9070108--9070371	113	2.3	113	77	5	257	23	24	25	26	2.00
9071321--9072147	76	10.4	77	86	7	795	26	15	19	37	1.92
9073061--9073200	29	4.8	29	81	6	158	33	24	5	36	1.79
9073061--9073200	59	2.4	58	84	8	185	33	24	5	36	1.79
9073344--9073390	24	1.9	24	83	12	60	65	2	23	8	1.31
9073716--9073812	24	4.1	23	87	7	115	77	0	22	0	0.77
9073715--9073809	37	2.5	37	83	11	113	75	0	24	0	0.80
9073715--9073797	43	1.9	43	85	9	116	73	0	26	0	0.83
9073719--9073809	6	14.3	6	82	7	101	76	0	23	0	0.78
9073719--9073810	7	13.3	7	78	11	66	77	0	22	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9074054--9074097	23	2.0	23	86	4	63	27	43	27	2	1.67
9074200--9074237	10	3.8	10	92	0	67	86	0	13	0	0.56
9074203--9074237	9	3.7	9	85	14	52	88	0	11	0	0.51
9074201--9074243	18	2.3	18	92	8	68	83	0	16	0	0.64
9074514--9074551	20	1.9	20	88	0	58	34	21	7	36	1.82
9074674--9074719	17	2.6	17	83	12	58	28	15	10	45	1.79
9074777--9074829	18	3.0	18	72	10	56	28	15	13	43	1.84
9074828--9074875	23	2.0	24	88	8	71	39	14	8	37	1.76
9074965--9075155	17	10.5	17	64	22	61	31	15	9	43	1.78
9075076--9075159	36	2.3	36	89	0	123	35	13	8	42	1.74
9074965--9075155	18	10.5	18	64	18	74	31	15	9	43	1.78
9076918--9076973	26	2.1	28	80	12	73	66	1	8	23	1.30
9076920--9076973	27	2.1	26	86	6	74	66	1	9	22	1.30
9078830--9078998	44	3.8	44	76	0	167	28	24	19	27	1.99
9078821--9078982	88	1.8	89	83	1	218	25	24	19	30	1.98
9079303--9080013	373	1.9	371	99	0	1395	37	14	6	41	1.71
9088378--9088422	23	1.9	24	90	4	74	22	2	8	66	1.30
9088382--9088433	24	2.2	23	82	3	59	23	3	7	65	1.35
9092367--9092408	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
9096865--9096907	16	2.8	15	79	6	50	27	2	2	67	1.15
9097022--9097058	18	2.1	18	94	0	65	62	13	18	5	1.50
9100802--9100853	19	2.8	18	71	28	54	26	3	3	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9101420--9101457	19	2.1	19	85	9	53	55	2	5	36	1.37
9101729--9101768	18	2.2	19	90	4	64	57	2	2	37	1.26
9103235--9103273	18	2.2	18	90	0	60	20	28	30	20	1.98
9109083--9109302	107	2.1	107	88	0	323	26	20	24	29	1.99
9109221--9109550	50	6.6	50	87	2	448	24	23	21	29	1.99
9141144--9141275	50	2.6	51	84	3	169	25	14	25	34	1.94
9141248--9141279	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
9141286--9141371	45	1.9	45	90	0	136	25	17	24	32	1.97
9145020--9145098	29	2.7	29	82	5	79	24	20	20	35	1.96
9147722--9147880	43	3.7	43	81	0	201	32	29	14	23	1.94
9147722--9147890	86	2.0	86	87	0	248	30	30	14	24	1.94
9148264--9148393	66	2.0	65	81	6	154	15	27	15	41	1.87
9153958--9154059	43	2.4	43	98	0	195	34	0	16	48	1.53
9153958--9154057	9	11.6	9	71	12	59	34	1	17	48	1.54
9158607--9158824	71	3.1	72	72	4	217	48	12	5	33	1.63
9160764--9160811	18	2.5	19	80	13	53	37	4	31	27	1.76
9160876--9161012	41	3.4	40	79	3	132	17	22	16	43	1.88
9162414--9162455	21	2.0	21	95	0	75	38	30	0	30	1.58
9167000--9167181	63	2.9	63	77	3	170	34	33	6	25	1.82
9167003--9167239	63	3.8	60	70	17	164	33	32	7	26	1.85
9179593--9179829	118	2.0	119	99	0	467	50	5	5	39	1.46
9184532--9184566	18	2.0	18	88	5	54	17	11	5	65	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9186554--9186580	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
9196143--9196348	43	4.8	43	80	4	157	29	25	18	26	1.98
9196168--9196361	43	4.5	43	81	4	214	30	27	16	25	1.97
9199316--9199341	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
9199345--9199390	14	3.2	14	81	6	56	34	34	2	28	1.70
9199346--9199391	15	3.1	15	84	3	58	36	34	2	26	1.69
9199805--9199911	40	2.7	40	75	1	108	21	19	18	40	1.92
9207933--9208046	9	12.4	9	85	3	156	35	30	9	24	1.88
9208672--9208735	20	3.3	20	68	12	62	45	15	4	34	1.67
9208665--9208794	37	3.6	37	86	8	189	48	13	4	33	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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