genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  21  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6739030--6739100	15	4.8	15	78	3	65	18	0	29	52	1.46
6739073--6739240	7	23.4	7	70	18	69	22	0	27	50	1.49
6739021--6739260	108	2.2	108	84	5	299	22	0	27	50	1.49
6739012--6739255	21	11.3	21	70	14	97	22	0	27	50	1.50
6739030--6739240	14	14.6	14	68	14	83	20	0	27	51	1.48
6739225--6739307	33	2.5	34	81	15	109	27	0	30	42	1.56
6739302--6739536	21	10.9	22	72	15	118	20	0	29	49	1.52
6739320--6739352	15	2.3	14	94	5	57	12	0	30	57	1.35
6739406--6739465	22	2.7	22	80	14	70	18	1	25	55	1.52
6739455--6739603	7	20.7	7	68	19	67	24	0	28	46	1.53
6739455--6739603	36	3.9	37	73	18	112	24	0	28	46	1.53
6739450--6739540	43	2.1	42	88	6	130	24	0	30	45	1.54
6739527--6739591	22	2.9	22	75	13	60	26	0	24	49	1.51
6739577--6739646	22	3.2	21	78	13	72	24	0	25	50	1.50
6739555--6739679	7	17.6	7	69	6	54	22	0	28	48	1.51
6739472--6739692	14	16.1	14	66	15	56	23	0	28	47	1.52
6739637--6739693	27	2.1	27	93	0	96	21	0	33	45	1.52
6739664--6739728	33	2.0	33	84	6	87	20	0	33	46	1.51
6739703--6739779	22	3.5	22	82	5	77	18	0	24	57	1.41
6739783--6739927	14	10.8	14	70	21	71	20	1	28	49	1.57
6739797--6739930	22	6.3	21	70	17	82	20	0	29	49	1.54
6739783--6739934	7	21.4	7	66	14	53	20	1	28	49	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6739893--6740210	33	9.6	32	72	14	193	22	0	31	46	1.52
6739831--6740131	132	2.3	132	84	4	367	22	0	28	48	1.54
6739989--6740057	21	3.2	21	85	6	95	14	0	27	57	1.37
6740034--6740068	15	2.2	16	90	5	54	20	0	22	57	1.41
6739302--6740057	21	36.3	20	64	19	91	21	0	28	49	1.53
6740239--6740276	7	5.1	7	96	3	58	55	0	0	44	0.99
6740239--6740279	15	2.8	14	85	10	55	51	0	0	48	1.00
6740764--6740803	18	2.2	18	86	0	53	40	10	30	20	1.85
6741647--6741684	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
6742705--6742748	11	3.8	12	80	19	58	43	0	31	25	1.55
6745097--6745138	16	2.6	16	78	14	50	30	2	7	59	1.37
6746352--6746419	32	2.1	33	83	8	86	63	0	1	35	1.04
6766740--6766767	10	2.8	10	100	0	56	32	25	0	42	1.55
6768472--6768532	32	1.9	32	93	0	104	21	32	0	45	1.52
6771300--6771431	48	2.7	49	78	10	137	28	24	11	35	1.90
6778468--6778500	12	2.5	14	85	14	52	39	0	0	60	0.97
6781617--6781646	15	1.9	16	93	6	53	0	16	0	83	0.65
6786230--6786260	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
6788154--6788210	23	2.6	21	78	10	69	50	8	14	26	1.71
6789839--6789897	31	2.0	30	83	12	77	38	15	3	42	1.63
6791426--6791458	18	1.9	18	88	11	52	33	0	3	63	1.10
6792485--6792543	29	2.0	29	86	0	82	22	15	6	55	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6792801--6792913	34	3.3	33	77	10	111	27	9	15	46	1.77
6797519--6797569	15	3.4	15	77	0	57	33	5	0	60	1.21
6797530--6797571	18	2.3	19	80	8	52	30	7	0	61	1.22
6798516--6798570	17	3.2	18	71	10	51	23	41	12	21	1.88
6798516--6798579	34	2.0	30	82	14	76	25	42	12	20	1.87
6799725--6799938	107	2.0	106	97	0	401	39	6	14	40	1.71
6800980--6801014	3	11.7	3	87	0	52	65	5	0	28	1.15
6800981--6801014	9	3.8	9	96	0	59	67	5	0	26	1.13
6802007--6802076	16	4.4	16	94	0	104	31	0	34	34	1.58
6802055--6802164	45	2.6	41	78	9	116	35	4	28	31	1.77
6802310--6802344	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6806339--6806797	93	5.0	92	90	3	685	32	9	22	35	1.86
6819058--6819166	29	3.7	30	86	7	161	31	26	2	39	1.70
6819037--6819161	59	2.1	59	91	2	198	31	26	4	38	1.75
6819625--6819704	18	4.4	18	67	20	51	63	0	36	0	0.94
6819634--6819666	15	2.1	16	88	5	50	63	0	36	0	0.95
6819631--6819708	24	3.2	25	77	18	76	66	0	33	0	0.92
6819641--6819708	31	2.2	32	82	12	79	67	0	32	0	0.91
6819676--6819700	11	2.3	11	100	0	50	72	0	28	0	0.86
6819999--6820073	7	10.0	7	83	13	96	82	0	17	0	0.67
6819999--6820083	25	3.3	25	79	12	91	82	1	16	0	0.73
6819999--6820073	31	2.5	30	85	14	109	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6819999--6820082	31	2.7	31	80	14	102	82	1	16	0	0.74
6820255--6820279	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
6820229--6820277	15	3.2	15	82	5	53	26	2	0	71	0.97
6820423--6820470	18	2.6	19	77	6	55	35	14	4	45	1.64
6820518--6820563	18	2.6	19	86	10	62	39	15	4	41	1.67
6820536--6820619	36	2.4	36	77	11	95	35	10	5	47	1.63
6820651--6821004	17	19.6	18	69	18	191	31	14	9	44	1.76
6820778--6821006	36	6.3	37	73	13	147	32	15	8	43	1.77
6820797--6820855	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
6820669--6821004	35	9.2	36	69	18	164	32	13	8	44	1.75
6820937--6821059	37	3.4	37	75	11	119	30	17	9	42	1.81
6821066--6821105	21	2.0	20	90	5	62	42	2	10	45	1.51
6821166--6821219	17	2.9	19	86	10	85	29	12	11	46	1.77
6821166--6821221	18	3.1	18	87	7	87	28	12	10	48	1.74
6827859--6827953	1	95.0	1	70	0	55	84	7	8	0	0.79
6827871--6827953	22	3.8	21	79	16	89	84	8	7	0	0.78
6827859--6827952	10	8.9	10	76	14	82	84	7	8	0	0.79
6828737--6829049	155	2.0	155	85	9	431	29	14	16	40	1.87
6828958--6829127	78	2.1	79	91	6	272	26	12	17	43	1.85
6830165--6830203	20	1.9	21	84	5	53	76	7	10	5	1.13
6830437--6830488	18	3.2	17	82	17	67	67	0	32	0	0.91
6830492--6830535	7	6.4	7	85	15	65	86	2	11	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6830672--6830741	15	4.8	14	78	19	63	82	2	14	0	0.77
6830670--6830740	28	2.5	28	80	13	83	83	2	14	0	0.77
6830670--6830740	9	7.7	9	73	16	56	83	2	14	0	0.77
6830670--6830741	16	4.8	15	81	10	67	81	2	15	0	0.79
6830879--6830925	22	2.1	23	84	11	62	34	4	0	61	1.15
6831076--6831118	22	2.0	22	90	0	68	39	13	9	37	1.78
6831231--6831725	17	26.9	19	66	18	137	32	13	8	46	1.72
6831249--6831355	36	3.0	34	77	10	108	31	13	5	49	1.64
6831436--6831644	54	3.9	53	80	12	184	31	13	9	44	1.76
6831494--6831644	35	4.3	35	78	12	139	31	15	7	45	1.75
6831605--6831723	39	3.0	40	80	9	145	36	12	8	42	1.73
6831605--6831762	39	4.2	37	75	16	130	36	11	8	43	1.72
6831876--6831929	17	2.9	19	86	10	85	29	12	11	46	1.77
6831876--6831931	18	3.1	18	87	7	87	28	12	10	48	1.74
6833543--6833586	21	2.1	21	95	0	79	31	15	13	38	1.87
6844165--6844192	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
6849870--6849943	29	2.5	29	86	8	96	50	13	13	22	1.77
6855041--6855192	74	2.0	75	98	1	297	40	5	2	51	1.38
6855576--6855730	53	2.9	53	81	7	138	29	27	0	42	1.60
6855606--6855730	53	2.4	52	87	4	171	29	27	0	42	1.61
6857976--6858003	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
6861117--6861213	40	2.5	40	86	1	115	34	21	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6862933--6863051	36	3.3	36	67	21	113	62	12	3	21	1.45
6862918--6863065	72	2.0	73	97	2	280	60	12	5	21	1.51
6863325--6863423	40	2.5	40	86	1	128	33	22	25	19	1.97
6863487--6863646	41	3.9	41	88	1	212	24	20	26	28	1.99
6863487--6863684	83	2.4	81	81	6	211	23	20	25	30	1.98
6864282--6864355	29	2.5	29	88	2	112	25	0	29	44	1.54
6869358--6869521	81	2.0	82	98	1	321	46	10	3	39	1.57
6871496--6871612	40	3.0	39	80	8	148	36	17	20	25	1.94
6871498--6871632	39	3.4	38	77	11	123	39	19	20	21	1.93
6871661--6871763	40	2.6	40	84	0	134	20	18	25	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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