genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  86  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27932019--27932059	21	2.0	21	90	0	64	9	19	29	41	1.83
27932119--27932237	43	2.8	42	78	7	114	30	24	19	26	1.98
27933846--27933928	27	3.1	27	63	13	71	54	3	6	36	1.43
27934038--27934071	16	2.3	15	90	10	52	38	14	11	35	1.83
27935959--27936003	23	1.9	24	82	13	58	33	20	4	42	1.72
27936723--27936867	73	2.0	73	85	5	195	28	20	25	24	1.99
27936767--27937312	114	4.8	114	92	1	914	26	20	26	26	1.99
27936767--27937312	229	2.4	230	92	1	920	26	20	26	26	1.99
27937224--27937380	74	2.1	74	89	2	235	25	21	25	27	1.99
27937653--27937728	28	2.6	27	82	14	80	22	0	40	36	1.54
27937707--27937750	8	5.9	7	87	12	61	18	0	52	29	1.46
27937700--27937749	23	2.2	23	96	0	91	16	0	50	34	1.45
27937707--27937750	15	2.9	14	87	12	61	18	0	52	29	1.46
27938556--27938753	105	1.9	98	83	8	245	48	12	10	29	1.73
27938759--27939505	203	3.7	203	92	1	1209	46	11	12	29	1.77
27940048--27940782	105	7.4	102	70	18	555	47	11	12	28	1.77
27940017--27940796	195	4.0	195	89	4	1251	47	11	12	28	1.76
27942793--27942821	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
27944465--27944728	43	6.2	43	82	4	277	24	19	28	27	1.99
27944465--27944730	85	3.1	83	82	5	291	24	19	28	27	1.99
27952950--27953032	34	2.5	32	81	13	89	38	24	14	22	1.92
27962437--27962472	14	2.6	14	100	0	72	38	22	11	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27962723--27962782	28	2.2	27	82	5	68	33	23	21	21	1.97
27963129--27963237	32	3.4	32	82	5	94	38	22	21	17	1.93
27963237--27963290	26	2.1	26	89	0	81	35	22	22	20	1.96
27963284--27963343	27	2.2	27	85	11	79	31	25	23	20	1.98
27963415--27963545	24	5.5	24	85	1	156	45	18	9	27	1.79
27963562--27963921	27	13.4	27	80	2	368	23	20	20	35	1.96
27963565--27963881	81	3.9	81	86	2	406	24	20	19	35	1.96
27963645--27963963	27	11.8	26	76	8	153	22	19	21	37	1.94
27963936--27964012	38	2.0	38	94	0	136	23	19	15	41	1.89
27963974--27964028	27	2.0	27	92	0	92	20	21	18	40	1.92
27968548--27968654	50	2.1	50	82	0	133	21	32	20	25	1.97
27969316--27969351	6	6.2	6	93	6	56	2	11	16	69	1.29
27969316--27969351	17	2.1	17	89	5	54	2	11	16	69	1.29
27971783--27972117	51	6.6	51	78	9	312	29	14	25	30	1.95
27971783--27972120	102	3.3	102	80	7	377	28	15	25	30	1.96
27976212--27976246	16	2.3	15	90	5	52	20	14	2	62	1.43
27988106--27988171	25	2.6	25	83	4	89	25	19	21	33	1.97
27996521--27996625	43	2.4	43	80	12	126	36	21	20	20	1.96
27998601--27998631	10	3.0	10	95	4	53	48	0	12	38	1.42
28001510--28001577	31	2.2	31	97	0	127	38	2	20	38	1.68
28007944--28008028	42	2.0	42	90	0	134	23	23	15	37	1.93
28010609--28010633	12	2.1	12	100	0	50	44	32	0	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28016123--28016148	12	2.2	12	100	0	52	30	23	7	38	1.83
28021905--28022046	50	2.8	50	95	0	248	22	33	19	24	1.97
28024740--28024772	16	2.0	17	88	5	50	33	3	0	63	1.10
28032127--28032255	63	2.0	64	96	1	242	26	10	33	30	1.89
28033954--28034005	26	2.0	26	100	0	104	23	23	23	30	1.99
28034882--28034931	20	2.4	22	86	6	68	70	0	30	0	0.88
28046414--28046580	45	3.7	45	84	0	217	41	17	19	20	1.91
28046422--28046586	90	1.8	90	86	0	240	40	18	19	21	1.91
28046364--28046675	45	6.9	46	76	6	192	41	16	21	20	1.90
28046766--28046908	40	3.6	40	75	8	121	47	2	18	31	1.63
28048881--28048932	21	2.4	21	78	9	52	7	19	0	73	1.07
28048898--28048939	21	2.0	21	86	9	59	9	26	0	64	1.24
28049839--28049883	19	2.2	21	85	14	60	55	2	0	42	1.12
28049738--28050072	166	2.0	167	98	0	645	40	5	7	46	1.56
28050005--28050049	19	2.2	21	85	14	60	55	2	0	42	1.12
28052614--28052665	21	2.4	21	78	9	52	7	19	0	73	1.07
28052631--28052672	21	2.0	21	86	9	59	9	26	0	64	1.24
28053572--28053616	19	2.2	21	85	14	60	55	2	0	42	1.12
28064904--28065048	70	2.0	72	88	5	215	30	8	17	44	1.78
28065772--28065905	43	3.0	46	77	10	152	32	7	14	45	1.72
28065880--28065994	56	2.1	56	94	0	203	33	13	8	44	1.74
28065899--28066015	56	2.1	54	81	9	128	35	14	8	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28071754--28071908	41	3.8	41	81	5	152	20	20	25	33	1.97
28071807--28071930	41	3.0	40	79	6	124	19	21	27	31	1.97
28078243--28078267	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28080190--28080214	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
28082516--28082578	27	2.3	27	86	0	81	34	25	19	20	1.96
28082543--28082625	27	3.1	27	77	3	78	27	25	16	30	1.97
28084721--28084764	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
28084859--28084997	51	2.7	50	76	3	152	33	29	15	21	1.94
28093212--28093300	42	2.1	42	87	4	126	25	24	31	17	1.97
28094783--28094849	12	5.2	12	75	10	53	70	1	5	22	1.18
28094816--28094848	13	2.5	13	90	9	50	75	0	9	15	1.03
28097114--28097283	24	6.9	24	72	11	128	17	24	20	37	1.94
28097132--28097340	48	4.2	49	73	10	167	18	24	21	36	1.95
28100791--28100863	36	2.0	36	89	0	110	31	21	8	38	1.83
28105542--28105581	21	1.9	21	100	0	80	22	37	20	20	1.94
28105893--28105938	13	3.5	13	90	3	65	17	13	0	69	1.19
28117302--28117425	58	2.1	59	93	1	214	39	8	10	41	1.69
28117489--28117625	21	6.4	21	87	5	195	22	0	32	44	1.53
28117489--28117625	43	3.2	43	84	9	183	22	0	32	44	1.53
28117492--28117614	64	1.9	63	98	1	237	21	0	31	47	1.51
28117765--28117807	12	3.3	12	78	15	50	55	0	0	44	0.99
28118290--28118333	18	2.4	19	81	7	56	40	6	27	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28120114--28120218	51	2.1	50	84	10	133	51	1	21	24	1.58
28120205--28120246	11	3.8	11	90	0	66	47	4	26	21	1.70
28120186--28120260	33	2.2	34	81	6	91	46	2	28	22	1.65
28124612--28124666	20	2.9	20	82	12	55	47	0	5	47	1.25
28128803--28130414	805	2.0	805	99	0	3197	34	14	23	27	1.94
28132437--28132639	110	1.9	109	87	8	308	27	0	11	60	1.35
28135015--28135096	33	2.4	35	83	6	105	35	8	13	42	1.75
28138754--28138806	16	3.4	16	72	15	56	47	3	5	43	1.45
28145516--28145544	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
28150355--28150393	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
28153930--28154026	41	2.4	41	92	0	167	15	25	10	48	1.77
28155053--28155188	41	3.4	41	68	10	104	32	24	18	25	1.97
28155344--28155400	24	2.3	24	80	17	64	49	17	0	33	1.47
28156145--28156174	7	4.4	7	95	4	53	56	0	0	43	0.99
28156141--28156174	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
28156186--28156244	28	2.0	30	83	6	77	44	5	0	50	1.24
28158446--28158505	31	1.9	32	82	3	77	31	5	18	45	1.71
28168693--28168727	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
28174862--28174899	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
28176871--28176954	43	2.0	43	97	0	159	40	21	9	28	1.84
28180097--28180175	39	2.2	34	82	15	88	65	8	10	15	1.45
28184225--28184254	6	5.2	6	92	8	53	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28184119--28184249	68	1.9	72	82	9	173	51	4	3	40	1.41
28184192--28184254	11	5.8	11	75	16	60	55	1	1	41	1.19
28184658--28184708	24	2.1	25	85	3	68	35	1	5	56	1.35
28196317--28196349	17	2.0	17	88	5	50	48	6	3	42	1.43
28208559--28208596	20	1.9	20	94	0	67	34	13	21	31	1.91
28213867--28213978	42	2.7	42	88	0	161	28	32	22	16	1.96
28216231--28216375	50	2.9	50	87	0	200	26	22	28	22	1.99
28219446--28219619	80	2.1	83	96	3	327	43	4	5	47	1.44
28219630--28219662	16	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
28225547--28225578	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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