genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24177519--24177741	116	1.9	116	86	5	317	35	20	18	26	1.95
24177635--24177742	26	4.2	26	92	2	173	36	21	17	25	1.95
24178495--24178538	21	2.0	22	87	12	65	36	20	4	38	1.73
24178979--24179260	146	2.0	146	87	4	412	28	5	18	47	1.70
24179275--24179327	26	2.0	26	96	0	97	56	5	20	16	1.60
24203809--24203858	25	2.0	25	100	0	100	28	12	44	16	1.83
24212422--24212784	182	2.0	181	92	0	600	32	9	20	36	1.85
24213759--24213943	70	2.7	70	82	2	230	37	20	21	21	1.94
24216164--24216224	13	4.7	13	75	4	61	24	8	27	39	1.84
24216164--24216227	26	2.5	26	81	0	83	28	7	26	37	1.84
24218105--24218279	72	2.4	73	82	6	230	53	13	6	26	1.64
24218701--24218765	18	3.7	18	89	2	105	41	12	13	32	1.82
24221222--24221298	19	4.1	19	91	0	109	49	20	23	6	1.72
24221273--24221367	25	3.8	25	82	8	122	49	22	23	5	1.70
24221254--24221391	44	3.0	44	73	15	134	48	21	23	6	1.73
24225448--24225534	29	3.0	29	75	12	88	47	22	9	20	1.79
24225569--24225638	29	2.4	30	82	2	88	38	27	14	20	1.91
24225673--24225730	30	1.9	30	89	0	89	41	25	15	17	1.89
24227371--24227411	18	2.3	18	100	0	82	24	21	17	36	1.94
24240621--24240650	13	2.3	13	94	0	51	46	0	10	43	1.37
24242504--24242540	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
24242592--24242626	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24245946--24247316	101	14.3	101	74	11	978	38	18	15	27	1.90
24246279--24246557	88	3.2	88	78	3	303	40	17	13	28	1.87
24246378--24249670	188	17.4	189	69	13	882	38	17	15	28	1.90
24246565--24246737	88	2.0	88	88	0	256	39	13	18	28	1.88
24246915--24246948	13	2.6	13	95	0	59	29	38	11	20	1.88
24246189--24247283	465	2.3	458	79	8	1082	39	17	15	28	1.90
24246929--24247110	87	2.1	88	83	3	233	41	16	15	26	1.89
24247236--24247553	87	3.6	87	78	6	286	39	14	14	31	1.86
24247658--24247947	101	2.9	101	78	5	291	35	18	16	28	1.93
24248033--24249269	101	12.7	101	74	11	940	38	18	15	28	1.90
24248561--24248778	88	2.5	87	80	3	224	39	13	13	33	1.84
24248273--24249168	477	1.9	477	82	3	1142	39	17	14	28	1.89
24249033--24249198	87	1.9	87	81	4	201	40	14	15	29	1.86
24249012--24249207	87	2.2	87	75	5	198	40	17	14	27	1.89
24249202--24249384	87	2.1	88	85	1	242	36	18	18	27	1.93
24249291--24249784	101	4.9	101	75	3	370	38	19	14	26	1.91
24249943--24250136	100	1.9	101	85	5	268	41	19	14	25	1.89
24249853--24251299	101	15.1	97	70	13	399	39	17	15	26	1.90
24249778--24250610	464	1.8	461	85	3	1199	40	16	15	27	1.89
24250069--24250413	88	3.9	87	75	8	288	41	15	15	27	1.87
24250216--24250413	87	2.3	88	83	2	256	40	16	15	27	1.89
24250617--24250896	88	3.2	87	77	5	251	37	17	17	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24250792--24251654	100	8.9	100	72	11	473	39	17	14	28	1.89
24251192--24251739	88	6.1	88	71	15	268	39	16	14	29	1.89
24250354--24251466	577	1.9	573	79	5	1226	39	18	15	27	1.90
24251108--24251764	278	2.4	275	83	4	844	39	16	15	28	1.89
24251574--24252086	188	2.7	186	75	7	502	39	17	16	27	1.90
24251931--24252201	88	3.1	86	78	7	278	36	16	17	29	1.92
24252295--24253617	101	13.5	101	73	10	811	39	18	15	27	1.90
24253176--24253367	87	2.2	88	81	3	226	39	20	13	27	1.89
24251867--24253443	577	2.7	566	73	11	1352	38	17	16	27	1.91
24253435--24253622	105	1.8	100	79	5	214	40	17	15	25	1.89
24254842--24255406	101	5.6	100	83	4	688	39	18	15	26	1.90
24254842--24255706	201	4.4	201	81	6	987	38	19	15	26	1.91
24255300--24255585	87	3.1	87	80	10	297	37	19	15	26	1.92
24255401--24255706	100	3.0	100	86	2	418	37	20	16	25	1.93
24254842--24255694	288	2.9	287	85	5	1088	39	18	15	26	1.91
24258404--24258767	101	3.8	101	77	14	336	39	18	15	26	1.91
24258512--24258672	87	1.9	86	83	6	209	39	14	18	27	1.90
24262709--24266850	101	41.1	101	73	11	2302	39	19	15	26	1.91
24262709--24274714	201	60.6	200	70	13	5254	39	18	15	26	1.90
24264397--24264421	13	1.9	13	100	0	50	36	48	8	8	1.62
24264813--24265249	87	4.9	86	77	10	263	39	16	15	27	1.90
24265019--24265271	87	2.9	86	80	2	299	39	18	15	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24265393--24265568	88	2.0	88	84	4	230	38	15	15	29	1.89
24264318--24274716	289	35.7	288	69	16	2212	39	18	15	26	1.90
24265949--24265985	13	2.8	14	84	12	51	43	35	8	13	1.74
24266264--24267139	101	8.8	102	78	8	711	39	18	15	26	1.90
24266685--24267037	188	1.9	187	81	5	435	40	17	15	26	1.89
24264179--24268595	390	11.3	387	74	11	2157	39	18	15	26	1.90
24267157--24268596	101	14.7	101	75	11	1083	39	17	15	27	1.90
24267436--24267599	87	1.9	88	85	1	231	42	14	14	29	1.85
24267434--24267619	87	2.1	88	80	1	221	41	17	13	27	1.87
24267816--24268079	88	3.0	87	82	5	291	39	15	15	28	1.89
24268192--24268222	13	2.4	13	94	0	53	48	32	6	12	1.67
24268474--24268733	137	1.9	137	86	4	373	37	20	16	25	1.93
24268754--24268855	46	2.2	46	82	0	123	45	6	9	38	1.64
24268666--24268953	147	2.0	147	81	2	337	42	14	11	30	1.82
24268801--24269584	100	7.8	101	81	5	786	42	16	14	26	1.87
24268801--24275711	201	35.0	201	70	14	1742	39	17	15	26	1.90
24269506--24269672	88	1.9	87	91	3	273	39	14	18	27	1.89
24269695--24269792	46	2.1	46	88	3	144	43	8	11	36	1.70
24269601--24269893	148	2.0	148	82	2	356	43	14	12	29	1.82
24269741--24270538	101	7.9	101	81	5	819	42	17	14	25	1.87
24270446--24270714	88	3.1	87	89	1	387	38	18	18	23	1.93
24270608--24271326	100	7.0	99	72	9	487	39	19	15	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24271252--24271414	86	1.9	87	82	8	208	43	15	14	25	1.86
24271326--24273273	101	19.9	101	75	9	1479	39	18	15	26	1.90
24271430--24271594	88	1.9	88	82	2	206	38	13	16	30	1.88
24271527--24272782	100	12.8	99	76	9	932	39	18	15	26	1.90
24271717--24271891	86	2.0	87	84	5	230	41	16	15	26	1.88
24271987--24272181	88	2.2	88	88	3	286	38	18	15	27	1.91
24273167--24273360	87	2.2	87	82	2	219	39	20	15	25	1.91
24273255--24275786	101	25.9	100	71	11	1109	39	18	15	26	1.91
24273544--24273573	13	2.3	13	100	0	60	40	46	6	6	1.56
24273358--24274712	286	4.7	289	74	13	764	38	18	16	27	1.92
24273958--24274224	88	3.1	86	77	4	259	39	15	16	28	1.89
24274033--24274711	185	3.6	189	76	10	677	38	17	17	26	1.92
24274422--24274583	88	1.9	86	85	5	229	38	14	18	27	1.90
24274872--24274969	46	2.1	46	84	3	126	46	8	9	35	1.65
24274779--24275058	148	1.9	147	87	2	409	42	16	12	29	1.84
24274925--24275786	100	8.7	100	80	3	818	41	17	15	26	1.89
24274918--24275705	301	2.6	301	81	3	879	41	17	14	26	1.88
24275619--24275835	88	2.5	88	88	2	303	39	15	17	28	1.90
24277118--24277826	353	2.0	354	99	0	1411	39	9	13	37	1.78
24292833--24292895	24	2.7	21	83	16	63	57	7	0	34	1.28
24296219--24296289	34	2.1	33	82	10	81	29	2	4	63	1.27
24298283--24298365	10	8.4	10	71	22	52	51	2	0	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24298265--24298350	33	2.7	33	85	3	113	56	2	1	39	1.19
24304875--24304924	22	2.3	23	86	6	68	12	6	4	78	1.08
24304893--24304950	15	4.1	16	77	18	58	13	5	5	75	1.14
24304876--24304964	24	3.8	22	75	17	58	14	4	5	75	1.15
24304907--24304961	28	2.0	28	82	7	67	16	3	5	74	1.15
24304966--24304991	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
24305212--24305279	22	3.1	21	85	8	73	42	0	1	55	1.08
24312143--24312356	44	4.9	44	89	0	304	30	11	18	40	1.85
24312241--24312304	11	5.8	11	70	14	51	29	7	18	43	1.78
24312143--24312360	88	2.5	88	89	0	339	29	11	18	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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