genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24680243--24680315	29	2.6	28	75	10	69	23	19	21	35	1.96
24681919--24681996	28	2.8	27	75	21	72	65	5	5	24	1.34
24681957--24682004	18	2.7	18	90	3	80	68	4	4	22	1.24
24681956--24682042	9	9.4	9	70	17	54	66	4	3	25	1.26
24681992--24682034	20	2.2	20	83	8	52	72	2	2	23	1.08
24682334--24682653	88	3.6	89	82	9	352	36	19	9	34	1.84
24682801--24682873	30	2.5	30	80	10	87	58	0	5	35	1.21
24683290--24683332	21	2.0	21	86	0	59	62	0	6	30	1.21
24683388--24683433	20	2.3	21	82	14	62	67	2	4	26	1.21
24683382--24683437	9	5.9	9	75	19	51	64	1	5	28	1.26
24683454--24683483	11	2.7	11	94	0	51	30	3	0	66	1.07
24683626--24683677	10	5.2	10	76	6	52	30	0	3	65	1.10
24683625--24683764	29	5.0	28	73	17	112	32	2	3	61	1.25
24683643--24683690	19	2.5	20	80	10	55	37	2	2	58	1.22
24683627--24683733	55	1.9	55	82	16	132	31	2	2	62	1.24
24683891--24684133	89	2.7	87	77	8	238	30	11	22	35	1.89
24684157--24684202	18	2.5	17	80	13	56	30	0	4	65	1.12
24684157--24684211	19	2.9	18	75	17	58	30	0	3	65	1.10
24686063--24686319	46	5.6	46	80	5	256	17	20	15	45	1.85
24708602--24708649	24	2.0	24	87	0	69	45	10	25	18	1.81
24713097--24713237	50	2.8	50	81	1	174	21	29	23	25	1.99
24715098--24715148	14	3.5	15	76	15	54	5	13	1	78	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24723291--24723461	89	1.9	89	96	0	315	36	20	19	23	1.95
24726577--24726623	19	2.5	19	96	0	85	55	0	17	27	1.42
24727352--24727402	25	2.0	25	96	0	93	41	25	11	21	1.87
24728036--24728060	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
24729025--24729269	65	3.7	65	69	16	144	38	4	13	43	1.65
24731758--24731785	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
24739385--24739429	21	2.1	21	84	8	56	33	0	0	66	0.92
24741162--24741208	15	3.0	15	82	11	58	44	0	2	53	1.12
24746723--24746767	23	2.0	23	95	0	81	35	4	20	40	1.72
24751536--24751641	46	2.3	45	86	1	149	21	19	16	42	1.89
24751536--24751675	45	3.1	45	85	3	174	20	18	16	44	1.87
24755406--24755469	25	2.6	25	82	0	83	26	25	20	28	1.99
24755543--24755600	26	2.2	26	85	11	75	48	3	20	27	1.66
24761087--24761168	25	3.3	25	65	3	58	30	15	26	26	1.96
24761165--24761346	25	7.3	25	77	7	163	33	18	29	18	1.95
24761253--24761360	25	4.3	25	82	3	74	31	22	30	15	1.95
24776706--24776799	27	3.5	27	85	0	116	42	20	15	21	1.89
24781462--24781491	10	3.0	10	100	0	60	30	30	0	40	1.57
24789374--24789407	14	2.3	15	90	5	52	38	0	20	41	1.53
24793830--24793997	92	1.8	92	100	0	336	35	17	9	36	1.83
24797269--24797331	29	2.2	29	88	0	90	20	36	25	17	1.94
24798170--24798221	19	2.7	19	85	5	70	69	0	1	28	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24798170--24798222	20	2.7	19	80	11	63	69	0	1	28	0.99
24807781--24807835	19	3.1	18	77	10	60	29	21	20	29	1.98
24808027--24808071	18	2.5	19	85	10	67	40	15	20	24	1.91
24809744--24809855	23	4.9	23	78	0	125	30	6	26	36	1.81
24809744--24809855	46	2.4	46	89	0	179	30	6	26	36	1.81
24824001--24824063	21	3.1	21	90	4	94	36	11	15	36	1.84
24824000--24824068	19	3.5	19	88	7	102	36	11	17	34	1.86
24830965--24831183	88	2.5	86	84	4	260	24	23	27	24	2.00
24831044--24831181	44	3.2	43	70	4	132	23	22	29	23	1.99
24836654--24837073	44	9.6	43	68	11	226	26	22	26	24	2.00
24836621--24837073	88	5.1	88	90	0	654	26	22	26	24	2.00
24837044--24837354	44	7.0	44	83	1	388	30	13	25	30	1.94
24836621--24837167	264	2.1	264	82	1	639	27	21	25	25	1.99
24837044--24837354	89	3.5	88	83	1	397	30	13	25	30	1.94
24837047--24837354	133	2.3	133	95	0	553	30	13	25	30	1.94
24845128--24845171	23	2.0	22	95	4	79	56	0	0	43	0.99
24852060--24852088	14	2.1	14	100	0	58	13	13	31	41	1.84
24859040--24859096	24	2.4	24	81	0	78	38	14	15	31	1.87
24861640--24861789	45	3.4	45	82	3	178	24	24	20	32	1.98
24865242--24865296	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
24865993--24866060	31	2.2	31	86	0	100	32	14	13	39	1.85
24869423--24869458	14	2.3	17	86	13	51	5	41	0	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24876270--24876559	57	5.1	57	91	2	422	30	18	6	43	1.76
24883440--24883525	33	2.7	33	81	13	85	23	25	27	23	2.00
24883647--24883747	26	3.9	26	85	0	112	38	19	19	21	1.93
24883904--24883990	27	3.3	27	82	6	115	20	14	18	45	1.84
24896781--24896847	18	3.7	18	78	4	73	34	11	23	29	1.91
24900858--24900883	12	2.2	12	100	0	52	23	7	23	46	1.78
24907050--24907103	27	2.0	28	85	3	74	46	1	5	46	1.37
24912167--24912287	45	2.7	45	85	0	152	41	13	22	23	1.88
24912448--24912533	27	3.2	27	84	0	118	34	18	27	18	1.95
24913988--24914013	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
24919565--24919605	22	1.9	21	90	5	64	51	2	7	39	1.43
24925838--24925898	32	1.9	31	87	9	88	31	0	3	65	1.09
24925838--24925888	18	3.1	17	81	18	63	33	0	3	62	1.13
24937249--24937321	36	2.1	35	86	2	101	24	15	17	42	1.88
24942538--24942665	58	2.2	58	88	0	184	27	10	26	35	1.89
24957231--24957288	29	2.0	29	93	0	98	25	1	25	46	1.62
24959276--24959340	21	3.0	21	88	2	94	30	15	27	26	1.96
24964866--24964947	41	2.0	43	87	4	123	53	4	19	21	1.63
24976317--24976365	19	2.5	19	80	9	55	63	6	4	26	1.36
24976382--24976448	35	1.9	34	82	11	82	74	1	2	20	1.03
24978967--24979023	13	4.7	12	77	10	62	35	7	3	54	1.45
24983233--24983279	23	2.0	23	91	0	76	48	10	0	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24983862--24983893	12	2.6	12	95	5	55	3	0	6	90	0.53
24988748--24988817	23	3.0	23	87	0	86	45	12	2	38	1.57
24988766--24988824	23	2.6	23	86	0	82	52	11	0	35	1.38
24991748--24991772	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24995059--24995247	50	3.7	50	78	6	182	25	26	20	27	1.99
24996907--24996950	8	5.0	9	84	13	56	18	2	0	79	0.83
24999890--24999929	4	10.8	4	79	15	50	0	20	0	80	0.72
25008281--25008372	36	2.5	37	80	5	116	26	28	20	25	1.99
25015342--25015440	29	3.3	29	65	13	74	30	17	26	26	1.97
25015333--25015596	61	4.3	61	80	3	282	36	14	23	25	1.93
25015431--25015532	32	3.3	32	68	13	86	32	13	25	28	1.94
25015485--25015629	32	4.6	32	70	7	100	34	14	24	26	1.94
25015485--25015687	93	2.2	93	84	0	262	34	13	23	28	1.93
25027441--25027474	16	2.1	16	100	0	68	29	5	32	32	1.81
25027867--25027976	39	2.8	39	88	0	157	45	12	11	30	1.78
25031243--25031287	19	2.4	19	100	0	90	11	6	31	51	1.63
25031556--25031704	76	2.0	76	97	1	282	41	12	8	37	1.73
25048178--25048202	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25055281--25055317	11	3.6	11	79	20	53	59	0	0	40	0.97
25066530--25066598	6	11.5	6	75	17	54	72	11	2	13	1.23
25066519--25066598	28	2.9	28	83	8	103	73	11	3	11	1.21
25066564--25066607	20	2.2	20	95	0	79	72	9	2	15	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25067491--25067583	44	2.1	44	82	4	107	32	21	20	25	1.98
25067507--25067802	128	2.3	129	85	4	400	30	20	24	24	1.99
25067790--25068294	44	11.6	44	70	13	280	30	20	21	28	1.98
25067835--25068294	85	5.3	84	70	15	335	30	20	21	28	1.98
25067777--25068324	175	3.1	175	93	0	927	30	19	20	28	1.97
25068612--25068649	14	2.7	14	95	0	67	21	36	15	26	1.93
25074307--25074426	44	2.7	44	88	0	177	29	20	20	30	1.98
25074754--25075201	130	3.4	129	75	12	483	29	22	16	30	1.96
25074676--25075233	270	2.1	270	94	0	974	30	22	16	29	1.96
25075358--25075495	50	2.7	51	90	1	206	26	24	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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