genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  87  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28235350--28235384	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
28244094--28244118	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28247634--28247712	20	3.7	20	73	15	77	50	20	13	15	1.77
28247682--28247764	20	4.0	21	75	14	73	43	22	18	15	1.87
28253680--28253776	37	2.6	37	76	7	90	31	24	2	41	1.67
28260118--28260142	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
28272889--28273057	87	1.9	89	79	7	193	43	16	5	33	1.72
28273186--28273232	19	2.4	20	89	7	78	57	0	0	42	0.98
28273229--28273318	38	2.4	36	81	7	99	64	2	5	27	1.28
28273253--28273319	19	3.6	19	76	13	77	61	4	4	29	1.36
28273173--28273318	9	15.7	9	68	14	73	61	1	3	33	1.21
28273493--28273575	19	4.3	18	72	17	69	25	3	3	67	1.23
28273541--28273592	19	2.8	19	88	2	79	19	3	1	75	1.06
28275142--28275176	16	2.2	16	95	5	63	28	0	0	71	0.86
28277505--28277531	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28280173--28280528	17	20.2	17	68	14	163	46	9	12	31	1.74
28280126--28280247	36	3.5	35	77	14	117	45	11	10	32	1.75
28280187--28280528	51	6.5	52	70	13	191	46	9	13	31	1.74
28280358--28280495	69	2.0	70	97	1	260	44	7	13	34	1.73
28280391--28280528	36	3.9	36	71	9	122	43	10	14	31	1.80
28280634--28280675	21	2.0	20	90	4	66	40	9	14	35	1.78
28281287--28281343	6	9.3	6	96	3	105	0	1	15	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28281552--28281582	16	1.9	16	93	0	53	0	29	0	70	0.87
28281823--28281936	29	3.9	29	89	1	165	40	5	20	34	1.75
28282135--28283113	80	12.3	78	87	7	1121	34	21	16	28	1.95
28282653--28283113	79	5.8	78	89	5	583	35	21	16	27	1.94
28285002--28285081	11	7.5	10	77	18	65	1	8	6	83	0.85
28285002--28285044	17	2.5	17	88	11	61	0	13	2	83	0.74
28285002--28285080	8	8.6	9	75	14	56	1	8	6	83	0.86
28285029--28285084	12	4.6	12	84	10	69	1	5	8	83	0.85
28285012--28285068	14	4.1	13	77	20	53	0	7	7	85	0.73
28285002--28285080	28	2.9	27	76	14	67	1	8	6	83	0.86
28285029--28285083	23	2.4	24	87	6	78	1	3	9	85	0.79
28294845--28294878	16	2.1	16	94	0	59	0	17	0	82	0.67
28294845--28294927	11	7.3	11	76	10	69	0	20	0	79	0.73
28294856--28294919	20	3.2	19	78	21	69	0	20	0	79	0.73
28294860--28294921	32	1.9	31	87	6	88	0	20	0	79	0.74
28295078--28295144	6	10.8	6	91	4	107	0	2	14	82	0.79
28295353--28295383	16	1.9	16	93	0	53	0	29	0	70	0.87
28295624--28295737	29	3.9	29	89	1	165	40	5	20	34	1.75
28298086--28298195	37	3.0	35	77	17	109	41	2	3	51	1.33
28299835--28299999	82	2.0	82	88	2	242	23	22	30	23	1.99
28300025--28300098	39	2.0	37	89	7	114	32	4	0	63	1.13
28303594--28303625	3	10.7	3	93	0	55	37	0	62	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28306707--28306744	2	19.5	2	89	5	60	50	2	0	47	1.15
28310877--28311544	334	2.0	334	98	0	1300	42	9	23	25	1.84
28312200--28312240	21	1.9	23	85	14	61	26	19	19	34	1.96
28313244--28313326	30	2.8	30	87	8	125	36	2	6	55	1.38
28317605--28317693	25	3.1	30	81	15	116	26	24	6	41	1.80
28317615--28317661	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
28322279--28322359	25	2.9	29	83	16	125	25	23	7	43	1.80
28322279--28322325	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
28322535--28322576	23	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
28330265--28330310	23	2.0	23	100	0	92	26	26	0	47	1.52
28332714--28332747	14	2.5	13	86	9	50	26	20	2	50	1.63
28332722--28332748	14	1.9	14	100	0	54	29	14	3	51	1.60
28333030--28333114	43	2.0	43	97	0	161	21	18	31	28	1.97
28344014--28344194	90	2.0	91	98	1	355	48	13	5	32	1.65
28352353--28352409	25	2.2	25	84	9	71	64	10	1	22	1.34
28369688--28369958	43	6.3	43	86	0	308	29	28	16	26	1.97
28370028--28370114	43	2.0	43	88	0	129	43	11	11	33	1.77
28373966--28374037	15	5.1	13	72	21	56	45	34	0	19	1.51
28374045--28374098	7	7.6	7	77	4	54	50	27	0	22	1.50
28374467--28374696	41	5.7	40	82	5	257	32	24	20	22	1.98
28374467--28374700	82	2.9	82	89	1	339	32	25	20	22	1.98
28374751--28374869	39	3.1	39	80	6	125	21	18	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28378869--28378923	18	3.2	18	72	10	53	12	16	0	70	1.16
28383492--28383528	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
28383497--28383540	19	2.2	21	84	11	58	38	0	4	56	1.20
28383505--28383547	19	2.3	18	80	4	50	34	0	2	62	1.08
28383940--28384040	51	2.0	52	90	2	159	29	20	8	40	1.83
28391041--28391141	50	2.0	50	90	0	157	37	11	16	33	1.86
28399671--28399806	40	3.4	40	84	7	195	11	22	24	41	1.87
28399671--28399807	20	6.8	20	69	11	93	11	22	24	41	1.87
28402999--28403071	28	2.6	28	82	4	94	35	17	21	24	1.95
28409149--28409174	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
28409247--28409283	1	37.0	1	100	0	74	0	0	0	100	0.00
28414327--28414510	33	5.5	34	70	14	98	32	15	25	26	1.95
28414292--28414516	101	2.2	101	85	0	297	31	15	25	27	1.96
28416795--28416840	9	4.7	10	82	15	51	65	0	34	0	0.93
28416786--28416851	20	3.0	21	75	18	64	66	0	33	0	0.92
28416786--28416846	23	2.8	21	72	20	54	65	0	34	0	0.93
28416841--28416934	47	2.0	47	97	0	179	47	0	12	39	1.42
28417068--28417169	33	3.3	33	66	28	96	33	0	14	51	1.43
28417053--28417175	60	2.0	64	93	6	218	33	0	13	52	1.41
28417750--28417789	16	2.6	15	92	7	71	37	0	5	57	1.21
28419829--28420129	75	4.0	75	92	2	442	27	7	9	54	1.60
28419816--28420129	151	2.1	151	87	3	463	28	8	9	53	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28423004--28423049	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
28424962--28425007	18	2.8	17	81	12	51	2	26	2	69	1.11
28424923--28425080	73	2.1	74	94	2	273	25	18	2	53	1.57
28425280--28425317	19	2.0	20	89	5	60	76	2	0	21	0.91
28427675--28427764	43	2.1	44	85	2	119	26	20	20	33	1.97
28428351--28428401	23	2.2	23	89	0	75	45	0	29	25	1.54
28428479--28428614	40	3.3	40	79	10	139	24	18	19	37	1.94
28428498--28428608	43	2.7	41	81	9	127	21	19	18	40	1.91
28429015--28429057	16	2.6	17	81	3	52	2	9	13	74	1.16
28433977--28434018	20	2.1	20	86	0	57	16	2	9	71	1.23
28453556--28453627	36	2.0	36	100	0	144	36	13	13	36	1.85
28460286--28460378	27	3.4	27	84	8	127	35	21	21	21	1.96
28464910--28464968	30	2.0	30	86	0	82	40	5	25	28	1.77
28465494--28465631	50	2.7	50	88	1	204	23	16	28	31	1.96
28465494--28465620	51	2.5	51	92	1	202	23	16	28	31	1.96
28465737--28466949	606	2.0	607	99	0	2410	40	8	18	32	1.81
28468801--28468846	18	2.6	18	92	0	83	39	45	0	15	1.46
28468953--28468992	9	4.4	9	87	0	62	25	10	20	45	1.81
28476851--28476919	21	3.3	21	80	6	79	11	28	28	30	1.92
28481962--28481986	10	2.5	10	100	0	50	32	8	20	40	1.81
28482575--28482655	24	3.3	24	75	14	78	18	28	19	33	1.96
28482665--28482718	25	2.2	25	86	0	72	22	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28487267--28487314	6	8.3	6	81	9	55	12	50	0	37	1.41
28487270--28487320	14	3.6	14	86	0	75	15	50	0	33	1.44
28487268--28487318	8	6.4	8	81	0	57	13	50	0	35	1.42
28489015--28489058	20	2.3	19	84	7	61	27	13	15	43	1.85
28489022--28489061	20	2.0	20	95	0	71	25	15	12	47	1.80
28492206--28492269	27	2.4	27	89	0	92	34	26	17	21	1.95
28492339--28492594	27	9.5	27	85	2	309	30	22	23	23	1.99
28492339--28492594	54	4.8	54	86	2	354	30	22	23	23	1.99
28492339--28492594	81	3.2	80	87	2	354	30	22	23	23	1.99
28492628--28492680	24	2.2	24	83	3	63	16	9	26	47	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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