genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   

This is table  58  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19125343--19125749	203	2.0	204	99	0	807	29	18	16	35	1.93
19135571--19135663	42	2.2	42	90	0	141	18	32	24	24	1.97
19135709--19135819	43	2.6	43	89	0	177	24	33	25	17	1.96
19140269--19140300	7	4.6	7	100	0	64	43	25	0	31	1.55
19142332--19142359	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
19146308--19146597	50	5.8	50	85	1	343	21	28	21	27	1.99
19146308--19146597	149	1.9	149	82	2	359	21	28	21	27	1.99
19153830--19153864	17	2.1	17	94	0	61	31	37	14	17	1.89
19153849--19154139	50	5.8	50	80	6	304	22	29	21	27	1.99
19160402--19160447	21	2.1	22	84	4	58	60	2	0	36	1.09
19168186--19168253	25	2.6	25	81	4	73	23	23	23	29	1.99
19171557--19171642	25	3.4	25	70	17	70	25	22	23	29	1.99
19171774--19171807	17	1.9	18	88	5	52	52	11	0	35	1.38
19181690--19181733	22	2.0	22	81	4	52	31	29	11	27	1.91
19183040--19183220	51	3.6	49	83	5	204	29	25	16	29	1.96
19190730--19190755	9	2.9	9	100	0	52	57	23	11	7	1.59
19192230--19192304	37	2.0	37	94	0	132	37	17	12	33	1.86
19192909--19192950	22	2.0	21	90	4	66	30	4	33	30	1.78
19193939--19193997	30	2.0	30	83	6	75	28	15	25	30	1.96
19196529--19196574	14	3.3	14	84	0	56	60	6	17	15	1.55
19196556--19196582	14	1.9	14	100	0	54	51	11	22	14	1.73
19198450--19198532	26	3.2	26	70	5	60	44	1	31	22	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19198449--19198566	54	2.2	54	88	5	170	38	0	33	27	1.63
19198549--19198599	20	2.6	19	87	6	75	39	1	33	25	1.67
19199202--19199244	23	1.9	22	85	4	59	34	9	13	41	1.77
19200923--19200979	29	2.0	29	92	0	96	42	0	8	49	1.34
19200929--19200979	15	3.5	15	71	15	52	45	0	5	49	1.26
19206565--19206594	7	4.3	7	100	0	60	0	13	26	60	1.34
19207687--19207802	52	2.2	52	90	1	180	28	28	0	42	1.62
19207803--19207868	10	6.5	10	75	1	60	34	0	0	65	0.93
19207805--19207868	30	2.1	30	100	0	128	34	0	0	65	0.93
19208936--19208960	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
19209607--19209641	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
19210322--19210378	29	2.0	29	100	0	114	45	26	0	28	1.54
19210355--19210443	18	5.3	18	73	17	93	47	24	0	28	1.52
19210326--19210472	47	3.1	47	98	0	276	46	26	0	27	1.53
19210420--19210482	29	2.2	29	97	0	117	46	30	0	23	1.53
19210480--19210671	55	3.5	55	96	0	357	37	11	7	43	1.70
19213808--19214120	125	2.5	123	93	2	520	32	20	15	31	1.93
19214341--19214403	29	2.2	28	77	5	74	41	17	15	25	1.89
19216918--19216990	5	14.6	5	79	0	83	26	34	0	39	1.56
19216918--19216989	15	4.8	15	92	0	117	26	34	0	38	1.57
19217894--19218182	51	5.7	50	79	6	271	29	24	14	30	1.95
19217894--19218193	102	3.0	102	83	2	347	29	24	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19218526--19218602	37	2.1	37	97	0	145	38	24	1	35	1.64
19219690--19219725	18	1.9	19	88	5	56	33	22	0	44	1.53
19221250--19221312	5	12.6	5	82	0	81	25	34	0	39	1.56
19221250--19221312	15	4.2	15	89	0	99	25	34	0	39	1.56
19222222--19222658	51	8.6	50	79	4	389	28	24	15	31	1.96
19222222--19222661	102	4.3	101	89	2	491	28	25	15	30	1.96
19222275--19222661	102	3.8	103	90	4	513	28	25	15	30	1.96
19229951--19229991	19	2.0	20	86	9	57	80	7	0	12	0.90
19238118--19238589	44	10.8	44	80	2	520	29	15	24	30	1.95
19238118--19238576	87	5.2	87	84	3	544	29	14	25	30	1.95
19238117--19238589	132	3.6	132	87	2	614	29	15	24	30	1.95
19238714--19238942	44	5.2	43	66	14	110	27	19	22	30	1.98
19238753--19239073	132	2.4	132	93	1	529	27	19	23	29	1.98
19239286--19239316	4	8.0	4	92	7	55	77	0	0	22	0.77
19239286--19239317	11	2.8	11	95	4	55	78	0	0	21	0.76
19241937--19241995	30	2.0	29	84	15	77	59	6	13	20	1.57
19261484--19261655	43	4.0	42	81	5	204	29	16	22	31	1.96
19261484--19261655	85	2.0	85	84	6	224	29	16	22	31	1.96
19262998--19263027	15	1.9	16	93	6	53	23	16	0	60	1.36
19264199--19264259	32	1.9	32	100	0	122	13	19	24	42	1.87
19264235--19264275	21	2.0	21	100	0	82	19	19	26	34	1.96
19265814--19265853	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19267187--19267421	27	8.6	27	87	1	317	39	24	18	17	1.92
19267187--19267440	82	3.1	80	86	3	348	38	23	19	18	1.93
19267187--19267421	109	2.2	109	88	0	353	39	24	18	17	1.92
19267447--19267495	24	2.0	24	84	4	62	24	18	24	32	1.97
19267482--19267550	24	2.9	24	80	4	77	27	5	21	44	1.75
19267671--19267818	32	4.7	32	76	1	154	20	20	22	36	1.95
19267671--19267818	63	2.3	64	87	1	208	20	20	22	36	1.95
19267824--19267873	22	2.3	22	78	0	55	22	16	14	48	1.81
19276913--19276973	25	2.4	25	80	0	68	26	16	16	40	1.89
19283807--19283920	53	2.2	53	98	1	221	40	8	18	32	1.81
19284444--19284511	22	3.0	23	72	20	79	36	5	11	45	1.65
19284440--19284510	23	3.1	23	73	18	85	35	7	11	46	1.67
19288174--19288213	21	1.9	21	84	0	53	52	10	12	25	1.70
19288741--19288775	12	2.8	13	86	8	54	71	0	8	20	1.11
19289158--19289258	40	2.5	40	90	1	157	23	22	17	35	1.95
19290743--19290780	19	2.0	20	90	10	62	36	5	0	57	1.21
19295278--19295321	16	2.8	15	83	10	52	47	0	11	40	1.39
19295249--19295320	32	2.3	31	85	9	92	43	0	12	44	1.42
19296075--19296206	40	3.3	39	84	8	167	19	28	18	33	1.96
19298260--19298549	50	5.7	50	82	4	287	26	22	28	22	1.99
19299947--19299972	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
19301642--19301680	20	2.0	20	94	0	69	7	28	25	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19303970--19304059	24	3.8	24	82	5	101	21	16	16	45	1.85
19306240--19306282	19	2.2	20	88	12	63	18	4	2	74	1.10
19321654--19321702	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
19325418--19325460	21	2.0	22	86	4	61	9	25	2	62	1.37
19325511--19325540	16	1.9	16	93	6	53	10	6	0	83	0.81
19327517--19327557	22	2.0	20	85	9	55	58	9	4	26	1.50
19335381--19335479	19	5.3	18	70	23	64	49	5	3	42	1.40
19338599--19338872	41	6.6	40	79	8	217	22	17	24	35	1.95
19338643--19338875	84	2.8	84	94	0	403	20	18	24	37	1.94
19338591--19338919	125	2.6	125	80	8	348	23	17	24	34	1.96
19340886--19340931	16	2.9	16	84	12	51	39	4	0	56	1.19
19342299--19342334	16	2.2	16	100	0	72	38	11	5	44	1.63
19351300--19351326	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
19360964--19360988	8	3.1	8	100	0	50	24	40	12	24	1.88
19365331--19365385	25	2.2	25	100	0	110	23	23	25	27	2.00
19365931--19366744	406	2.0	406	99	0	1619	29	10	21	37	1.88
19367919--19368092	43	4.1	43	79	4	194	29	26	15	28	1.96
19369922--19370110	97	1.9	97	97	0	360	35	20	16	27	1.94
19375339--19375433	47	2.0	47	97	0	181	33	10	24	31	1.89
19381872--19381958	43	2.0	44	84	2	113	29	27	17	25	1.97
19390691--19390717	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
19406955--19408345	697	2.0	697	91	0	2239	30	17	21	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19409427--19409487	24	2.5	24	81	5	79	18	18	24	39	1.92
19413071--19413166	47	2.0	47	93	0	165	19	32	23	23	1.98
19419322--19419464	41	3.5	41	85	0	160	20	23	23	32	1.98
19424586--19424624	19	2.0	20	90	5	62	30	20	30	17	1.96
19427542--19427592	23	2.2	23	89	6	77	29	9	19	41	1.84
19427919--19427957	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
19431035--19431085	20	2.5	20	96	0	93	39	15	7	37	1.77
19434064--19434200	40	3.4	41	84	6	165	38	21	19	19	1.93
19434237--19434389	41	3.7	40	84	6	191	23	20	26	29	1.99
19435395--19435696	122	2.4	126	86	6	434	38	13	13	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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