genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25352432--25352550	60	2.0	59	80	4	132	44	4	9	42	1.56
25356212--25356867	50	13.1	50	72	3	442	24	19	23	32	1.97
25356201--25356867	100	6.7	100	87	1	906	24	19	23	32	1.97
25387657--25387720	12	5.8	11	77	14	60	17	4	0	78	0.92
25387657--25387700	21	2.1	21	83	8	54	15	4	0	79	0.89
25387658--25387715	17	3.5	16	83	6	64	17	5	0	77	0.94
25387664--25387727	27	2.4	28	82	10	71	18	6	0	75	1.01
25390523--25390564	22	1.9	22	95	0	75	9	21	28	40	1.84
25398679--25398711	9	3.7	9	91	0	57	27	27	12	33	1.92
25398831--25398856	4	6.5	4	100	0	52	26	0	73	0	0.84
25399885--25399929	14	3.2	14	78	12	56	51	22	0	26	1.49
25399975--25400026	20	2.4	22	87	9	72	48	30	0	21	1.51
25400062--25400185	7	17.6	7	70	11	65	49	28	1	20	1.59
25400151--25400180	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47
25400553--25400582	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47
25400541--25400587	22	2.2	21	81	11	51	48	27	0	23	1.51
25400141--25400947	402	2.0	402	99	0	1589	41	14	5	37	1.70
25400903--25401196	41	7.2	41	87	0	426	30	31	20	17	1.95
25401263--25401368	39	2.7	40	76	10	110	23	17	18	39	1.92
25406664--25406849	88	2.1	89	78	10	204	25	23	23	27	2.00
25413455--25413526	19	3.7	19	89	7	108	36	16	12	34	1.87
25414036--25414214	49	3.5	50	79	7	155	22	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25418599--25418631	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
25419523--25419678	32	5.0	32	81	4	192	37	18	20	23	1.94
25419524--25419678	61	2.5	61	91	3	238	36	18	20	23	1.95
25419844--25419925	24	3.4	24	82	0	92	43	23	9	23	1.83
25419856--25419977	24	5.1	24	82	0	118	42	22	9	26	1.83
25419995--25420078	27	2.7	33	71	21	108	17	20	22	39	1.92
25440477--25440611	41	3.1	44	74	14	111	30	24	16	28	1.96
25446517--25446898	54	7.1	54	81	3	414	43	21	18	16	1.88
25446517--25446909	27	14.7	27	77	8	324	42	21	18	17	1.89
25447051--25447113	26	2.4	26	86	0	90	15	22	25	36	1.94
25447220--25447313	28	3.4	28	83	1	109	22	21	25	30	1.98
25451666--25451732	19	3.4	19	72	11	71	46	14	7	31	1.73
25451658--25451738	41	2.0	41	100	0	162	44	14	9	30	1.78
25460095--25460128	4	8.8	4	87	6	52	76	0	20	2	0.92
25463156--25463180	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
25479814--25479910	20	4.8	20	73	8	74	13	24	19	42	1.87
25479814--25479930	60	2.0	60	80	0	135	16	24	17	41	1.89
25484425--25484454	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
25490717--25490741	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
25493100--25493158	30	1.9	32	86	6	86	38	8	8	44	1.65
25495425--25495491	27	2.5	27	78	4	73	17	23	34	23	1.96
25498328--25498381	18	3.2	18	70	20	62	64	0	5	29	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25498331--25498381	14	3.0	19	65	28	51	62	0	5	31	1.19
25500366--25500404	16	2.5	16	95	4	71	61	5	0	33	1.18
25500607--25500718	57	1.9	58	83	5	147	39	9	16	34	1.81
25501649--25501683	17	2.1	17	94	0	61	68	17	0	14	1.21
25512210--25512385	44	4.0	44	100	0	352	29	9	6	54	1.58
25523860--25523930	31	2.3	30	83	4	97	42	15	9	32	1.80
25525469--25525540	26	2.8	25	74	15	76	18	25	19	37	1.94
25525609--25525678	25	2.8	25	76	4	61	24	25	18	31	1.98
25527451--25527497	21	2.2	21	85	7	60	40	12	4	42	1.63
25529246--25529291	22	2.1	22	83	0	56	36	21	30	10	1.88
25531835--25531966	45	3.0	42	82	10	140	33	28	15	22	1.95
25532215--25532249	17	2.1	17	88	0	52	40	14	5	40	1.69
25535224--25535267	21	2.0	22	83	12	56	40	9	4	45	1.56
25544121--25544156	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
25546473--25546518	20	2.2	21	80	3	58	0	43	15	41	1.46
25551764--25551807	20	2.1	22	91	8	74	65	13	0	20	1.26
25552299--25552336	11	3.7	10	86	13	51	76	10	0	13	1.02
25552461--25552966	154	3.3	152	86	3	726	28	12	7	50	1.67
25557753--25558293	45	12.0	45	100	0	1082	44	22	11	22	1.84
25559009--25559070	29	2.1	29	100	0	124	35	24	19	20	1.96
25562538--25562626	29	3.1	29	80	16	96	48	0	1	50	1.08
25567577--25567665	29	3.1	29	80	16	96	48	0	1	50	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25572115--25572164	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
25582458--25582508	16	3.3	15	76	12	50	64	1	0	33	1.05
25585076--25585111	8	4.4	8	96	3	63	66	0	0	33	0.92
25585076--25585116	8	4.9	9	93	3	52	60	0	2	36	1.10
25585096--25585149	20	2.6	22	77	16	62	57	0	1	40	1.09
25596481--25596564	6	14.0	6	96	0	141	16	2	34	46	1.60
25609176--25609205	13	2.2	14	94	5	53	46	0	6	46	1.29
25612041--25612108	4	16.8	4	93	3	118	48	23	0	27	1.51
25612664--25612700	6	6.0	6	87	6	56	16	16	18	48	1.81
25615426--25615480	27	2.0	27	89	6	85	27	5	18	49	1.69
25615408--25615513	32	3.5	32	77	15	98	25	3	19	50	1.64
25616687--25616724	20	1.9	20	100	0	76	47	0	2	50	1.15
25616691--25616734	20	2.2	20	87	0	61	50	0	4	45	1.22
25616817--25616854	14	2.7	15	88	8	53	42	15	2	39	1.61
25618408--25618477	25	2.7	25	88	4	95	28	24	25	21	1.99
25626908--25626942	18	1.9	18	94	0	61	48	0	14	37	1.44
25626909--25626947	18	2.2	18	86	4	53	48	0	15	35	1.45
25627007--25627090	25	3.4	25	93	1	134	40	5	29	23	1.78
25627203--25627257	21	2.6	21	76	2	56	14	23	18	43	1.87
25628961--25629015	22	2.5	22	82	5	67	45	18	25	10	1.82
25629492--25629521	14	2.1	14	100	0	60	43	20	0	36	1.52
25634124--25634154	10	3.1	10	95	0	53	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25634145--25634197	21	2.5	21	81	3	61	32	0	3	64	1.12
25634238--25634283	23	1.9	25	83	16	62	28	2	6	63	1.31
25639643--25639796	43	3.6	41	81	10	157	24	19	26	29	1.98
25639640--25639796	86	1.8	86	83	6	212	23	19	26	30	1.98
25660588--25660775	43	4.3	43	91	2	288	25	15	26	32	1.96
25663248--25663316	34	2.0	34	97	0	129	46	5	7	40	1.55
25663829--25664032	91	2.3	90	84	1	257	34	16	21	27	1.95
25673377--25673436	9	6.2	9	76	19	50	70	3	3	23	1.18
25673371--25673436	28	2.3	30	82	12	86	68	3	3	25	1.19
25673799--25673858	19	3.0	20	76	14	52	61	0	6	31	1.22
25673834--25673905	9	7.7	10	69	18	57	65	1	8	25	1.29
25673825--25673866	20	2.2	19	91	4	66	69	0	4	26	1.08
25673854--25673905	26	2.0	25	82	14	61	63	1	9	25	1.35
25674263--25674302	9	4.4	9	90	0	62	40	25	10	25	1.86
25674263--25674302	18	2.2	18	100	0	80	40	25	10	25	1.86
25674301--25674375	37	2.0	37	97	0	141	46	16	5	32	1.69
25674310--25674370	17	3.4	17	68	12	50	52	14	3	29	1.58
25674301--25674392	37	2.5	37	89	7	125	47	15	5	31	1.68
25674496--25674528	17	1.9	17	93	0	57	27	3	0	69	1.03
25674499--25674554	24	2.3	25	90	6	89	28	1	1	67	1.10
25674562--25674594	13	2.5	13	100	0	66	12	0	45	42	1.41
25679679--25679742	28	2.4	26	80	12	76	48	7	1	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25680283--25680324	21	2.0	21	90	0	66	30	16	21	30	1.95
25680270--25680405	44	3.1	43	72	14	134	36	15	21	27	1.93
25680194--25680480	87	3.3	87	86	0	358	35	15	21	27	1.94
25680570--25680695	38	3.3	38	83	2	164	35	17	17	29	1.93
25682521--25682582	29	2.1	29	96	0	115	48	16	4	30	1.67
25690525--25690563	18	2.2	18	90	0	60	0	30	0	69	0.89
25691645--25691687	21	1.9	23	86	13	63	53	2	20	23	1.57
25692394--25692449	24	2.3	24	81	6	69	46	10	14	28	1.78
25693304--25693365	27	2.3	27	80	5	72	22	24	29	24	1.99
25693611--25693635	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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