genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775173--22775378	105	2.0	101	85	7	272	47	12	13	27	1.78
22775306--22775743	218	2.0	219	95	2	781	47	11	13	27	1.78
22775453--22775596	75	2.0	71	84	5	189	52	9	10	28	1.66
22775941--22776001	18	3.3	18	65	17	52	65	8	1	24	1.29
22775940--22776002	19	3.3	19	69	8	65	66	7	1	23	1.27
22776608--22776636	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
22779911--22780138	43	5.3	43	82	2	253	22	17	30	29	1.96
22780659--22781007	41	8.5	41	94	1	601	19	21	28	29	1.98
22781412--22781441	15	2.0	15	100	0	60	26	0	46	26	1.53
22785538--22785684	43	3.4	43	84	1	188	26	16	31	25	1.96
22785667--22785709	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
22800588--22800751	44	3.6	43	81	14	193	32	15	21	29	1.95
22800729--22800772	7	6.3	7	81	0	52	36	6	31	25	1.82
22800729--22800772	21	2.1	21	91	0	70	36	6	31	25	1.82
22800595--22800759	51	3.4	51	80	11	209	33	14	23	28	1.94
22800695--22800817	64	1.9	65	94	1	221	33	11	26	28	1.91
22816369--22816402	17	2.1	16	88	5	50	8	0	17	73	1.08
22823868--22824076	46	4.6	46	96	0	384	33	13	20	32	1.92
22826615--22826775	79	2.0	79	95	0	286	31	20	24	24	1.98
22843480--22843540	9	6.6	9	74	12	52	21	1	4	72	1.13
22843474--22843540	28	2.4	27	79	13	75	22	1	4	71	1.12
22843478--22843542	29	2.3	29	79	15	73	23	1	4	70	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22854045--22854100	29	1.9	29	88	0	85	39	5	17	37	1.73
22855058--22855084	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
22856243--22856287	20	2.2	21	92	4	74	64	4	11	20	1.42
22857843--22857871	13	2.3	13	94	5	51	51	3	10	34	1.53
22863512--22863588	29	2.7	27	74	16	68	9	7	14	68	1.37
22897671--22897706	16	2.2	16	100	0	72	50	5	11	33	1.61
22902595--22902648	22	2.3	24	78	15	60	35	3	7	53	1.47
22914995--22915033	18	2.2	18	90	4	62	53	2	0	43	1.14
22915005--22915108	39	2.7	37	78	12	102	62	3	0	33	1.13
22915050--22915108	18	3.3	18	73	13	59	62	5	0	32	1.17
22917987--22918028	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
22918691--22918776	44	2.0	44	92	0	145	40	11	17	30	1.85
22920764--22920877	57	2.0	57	100	0	228	40	15	8	35	1.79
22927596--22927628	14	2.3	15	85	15	52	48	18	0	33	1.48
22933024--22933072	8	6.0	8	77	13	55	12	14	2	71	1.23
22933020--22933063	17	2.6	17	82	13	56	9	15	2	72	1.19
22933138--22933175	20	1.9	20	88	0	58	34	2	0	63	1.09
22934294--22934346	27	2.0	27	100	0	106	30	3	15	50	1.61
22944867--22944896	10	3.0	10	95	0	51	50	3	10	36	1.53
22944880--22945060	55	3.3	55	99	0	353	44	4	12	38	1.62
22945055--22945214	59	2.7	58	92	2	250	29	0	27	42	1.60
22945055--22945214	29	5.5	29	90	4	250	29	0	27	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22946689--22946713	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
22947671--22947704	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
22947795--22947860	31	2.1	33	88	5	100	68	0	0	31	0.90
22947885--22947973	29	3.3	29	62	20	75	40	0	29	30	1.57
22947862--22947983	51	2.4	51	93	4	201	41	0	29	28	1.56
22947956--22947981	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
22961178--22961208	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22968288--22968339	24	2.2	24	96	0	95	28	3	46	21	1.69
22969267--22969309	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
22970250--22971236	488	2.0	490	94	3	1714	36	15	11	36	1.84
22974263--22974320	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
22974971--22975463	45	11.1	44	71	10	306	26	23	19	30	1.98
22974980--22975463	87	5.5	87	76	11	369	27	23	19	30	1.98
22975164--22975409	132	1.9	132	88	0	375	26	27	19	26	1.99
22981971--22982016	11	4.1	11	82	2	56	19	28	2	50	1.60
22981971--22982076	22	5.0	21	68	22	69	24	27	1	46	1.63
22981994--22982092	50	2.0	50	88	6	146	25	26	2	46	1.64
22981980--22982079	11	9.6	10	71	22	57	23	28	2	47	1.63
22982429--22982536	50	2.2	50	89	1	173	27	23	21	27	1.99
22983907--22983943	18	2.1	18	89	0	56	21	27	8	43	1.80
22986116--22986173	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
22987933--22987982	23	2.1	23	82	10	57	8	10	14	68	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22988926--22988959	17	1.9	18	88	5	52	32	0	8	58	1.29
22988924--22988967	18	2.4	18	77	11	54	29	0	9	61	1.27
22995265--22995323	28	2.0	31	83	9	79	44	0	5	50	1.24
22997390--22997523	67	2.0	67	91	0	214	30	2	24	41	1.70
22998288--22998364	29	2.6	30	83	10	104	48	9	15	27	1.75
22998514--22998548	16	2.1	17	89	5	54	51	5	0	42	1.25
22998657--22998696	21	1.9	21	89	0	62	37	5	0	57	1.21
23003666--23003698	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
23003875--23003994	40	3.0	37	72	20	107	37	5	1	55	1.31
23010482--23010556	37	2.0	37	97	0	141	37	14	8	40	1.76
23013532--23013824	129	2.3	129	96	1	552	32	23	16	27	1.96
23013592--23014046	172	2.6	172	84	8	586	30	23	18	27	1.97
23013532--23014001	44	10.9	44	69	14	257	30	23	17	27	1.97
23013973--23014090	44	2.7	44	82	13	161	27	27	19	26	1.99
23013796--23014088	89	3.4	88	73	11	298	27	24	19	27	1.99
23013797--23014090	45	6.7	45	71	19	178	27	25	19	27	1.99
23016110--23016140	13	2.4	13	94	0	53	41	16	38	3	1.64
23027909--23027933	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
23028094--23028119	9	2.9	9	100	0	52	34	34	7	23	1.83
23031924--23031956	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
23037801--23037838	20	1.9	20	94	0	67	50	0	0	50	1.00
23043950--23043999	26	1.9	26	83	0	64	36	0	10	54	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23051139--23051172	17	2.0	17	94	0	59	55	5	14	23	1.61
23051598--23051651	21	2.6	21	87	0	81	25	38	0	35	1.57
23069283--23069324	18	2.3	19	91	4	68	42	0	4	52	1.22
23078589--23079084	166	3.0	165	88	1	749	28	23	19	28	1.99
23097751--23097795	20	2.3	20	88	3	65	64	15	4	15	1.44
23097988--23098037	26	1.9	26	91	0	82	34	14	4	48	1.62
23103747--23103801	16	3.4	16	78	9	51	34	10	9	45	1.71
23103877--23103918	16	2.6	16	84	0	57	40	23	9	26	1.85
23104082--23104124	15	2.9	15	86	6	52	44	9	4	41	1.57
23104082--23104111	15	1.9	16	93	6	53	43	10	6	40	1.64
23109631--23109674	17	2.6	17	85	7	54	18	40	25	15	1.90
23111993--23112228	39	6.1	39	82	0	256	31	5	18	44	1.74
23111991--23112225	117	2.0	117	83	0	299	30	5	18	44	1.74
23116428--23116472	21	2.1	21	100	0	90	37	4	15	42	1.67
23116691--23116760	29	2.4	29	90	2	106	35	1	12	50	1.50
23117642--23117683	21	2.0	21	95	0	75	35	4	16	42	1.69
23117646--23117691	21	2.2	21	88	0	65	41	4	15	39	1.67
23117653--23117696	21	2.2	20	84	8	54	47	4	11	36	1.60
23117767--23117912	73	2.0	73	95	2	267	37	19	12	30	1.89
23119503--23120071	284	2.0	285	97	0	1077	31	8	19	40	1.81
23120564--23120603	18	2.2	18	86	0	53	32	17	15	35	1.91
23121183--23121227	21	2.1	21	92	8	74	42	4	13	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23121718--23121783	29	2.2	30	89	7	100	34	1	13	50	1.51
23124172--23124242	25	2.8	25	89	0	88	32	23	22	21	1.98
23124172--23124253	25	3.3	25	84	0	74	32	21	23	21	1.98
23125812--23125919	17	6.4	17	71	0	90	27	7	17	47	1.74
23131850--23131884	6	5.8	6	100	0	70	14	17	0	68	1.21
23132530--23132585	29	1.9	29	81	0	67	26	14	17	41	1.88
23132714--23132782	22	3.1	22	89	0	102	31	26	0	42	1.56
23132789--23132827	21	1.9	20	85	15	53	35	30	0	33	1.58
23132735--23132834	52	1.9	52	85	4	139	33	29	0	38	1.58
23132871--23132928	29	2.0	28	90	9	91	39	0	1	58	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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