genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653638--653750	56	2.0	56	98	0	217	43	15	14	27	1.85
656661--656694	11	3.1	11	91	8	52	35	0	0	64	0.94
656807--656869	30	2.1	30	100	0	126	57	11	3	28	1.49
663684--663729	24	1.9	24	90	0	74	58	2	8	30	1.40
672792--672894	54	1.9	54	87	0	152	30	22	19	28	1.98
677317--677423	52	2.1	52	96	0	196	36	17	11	34	1.86
678068--678283	108	2.0	108	97	0	405	26	14	20	37	1.92
679600--679644	20	2.3	19	88	7	63	31	0	0	68	0.89
680456--680515	20	3.0	21	72	22	65	41	0	0	58	0.98
688372--688474	27	3.8	27	88	2	145	18	28	36	16	1.92
688527--688580	22	2.4	22	79	17	58	68	1	25	3	1.16
691596--691620	5	5.0	5	100	0	50	20	60	20	0	1.37
691766--691836	35	2.0	35	100	0	142	22	19	5	52	1.67
693540--693657	57	2.1	56	80	1	128	41	5	12	40	1.65
716573--716768	97	2.0	97	98	0	383	36	7	13	43	1.71
717489--717522	17	2.0	17	88	11	52	41	0	2	55	1.15
722252--722434	46	4.0	46	94	0	307	28	21	15	33	1.95
722252--722434	91	2.0	91	92	2	305	28	21	15	33	1.95
722252--722426	45	4.0	41	83	11	151	29	21	16	33	1.95
726379--726418	20	2.0	20	85	5	53	37	2	7	52	1.43
727161--727199	21	1.9	20	84	5	51	53	5	2	38	1.37
735905--735946	10	4.0	10	87	9	57	83	0	14	2	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741064--741130	32	2.0	35	82	8	86	49	1	1	47	1.19
741812--741856	23	2.0	23	95	0	81	48	0	6	44	1.29
741800--741869	23	2.6	27	74	23	76	45	1	4	48	1.30
744872--744896	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
749334--751210	932	2.0	932	99	0	3740	42	8	10	38	1.70
759833--759885	24	2.2	23	83	12	63	43	1	0	54	1.11
761247--761280	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
770419--770466	18	2.5	20	76	13	55	33	22	16	27	1.96
769457--771763	952	2.4	958	92	2	3777	30	12	22	34	1.91
776972--777130	56	2.8	56	96	1	284	33	13	16	35	1.88
779384--779441	20	2.8	21	81	5	73	32	5	24	37	1.77
787856--787890	18	1.9	18	88	0	52	77	8	11	2	1.10
791716--792028	156	2.0	156	95	0	563	40	10	11	37	1.77
793830--793874	22	2.0	22	91	0	72	46	6	20	26	1.75
794174--794199	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
797496--797538	20	2.2	20	86	0	59	44	6	0	48	1.29
803362--803404	20	2.1	21	86	4	61	30	0	9	60	1.28
805061--805135	27	2.8	27	78	9	82	44	0	17	38	1.49
806712--806737	6	4.3	6	100	0	52	0	50	0	50	1.00
811033--811064	16	2.1	16	94	5	57	18	28	18	34	1.95
811889--811954	24	2.8	23	75	11	62	50	1	3	45	1.26
814148--814245	21	4.7	20	67	18	58	27	25	29	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814448--814590	30	4.8	30	81	0	133	16	37	32	14	1.89
814448--814576	60	2.1	61	81	2	154	15	37	32	14	1.88
820513--820560	19	2.5	19	83	13	62	37	0	6	56	1.25
825622--825684	27	2.5	26	76	19	69	44	3	0	52	1.17
826299--826418	63	1.9	62	81	8	145	55	14	6	23	1.62
828252--828317	28	2.5	26	82	9	80	45	4	4	45	1.44
830405--830464	25	2.3	26	80	11	70	38	0	1	60	1.07
830416--830464	25	1.9	25	87	4	71	36	0	0	63	0.95
834548--834641	48	2.0	47	89	4	145	29	29	1	39	1.64
853018--853093	24	3.1	24	90	5	109	21	23	18	36	1.95
858614--858666	27	2.0	27	81	7	63	28	9	13	49	1.73
863776--863809	18	1.9	17	94	5	59	55	0	0	44	0.99
864111--864153	23	1.9	22	86	13	61	39	0	6	53	1.28
870703--870758	26	2.2	26	96	0	103	25	21	7	46	1.76
871019--871058	19	2.1	19	95	0	71	40	5	20	35	1.74
878251--878292	17	2.4	18	92	4	68	47	4	19	28	1.69
878802--878837	17	2.1	17	100	0	72	27	38	11	22	1.88
879765--879810	22	2.1	21	84	11	58	36	2	4	56	1.31
879842--879911	16	4.7	16	71	16	69	52	10	1	35	1.44
879852--879924	35	2.1	34	87	7	103	50	10	1	36	1.46
879874--879924	16	2.8	19	67	27	56	50	11	0	37	1.39
879959--880036	22	3.2	23	80	12	86	51	2	2	43	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883470--883508	5	7.8	5	86	11	53	82	2	2	12	0.89
883467--883508	15	2.8	15	82	13	59	80	4	2	11	0.95
889926--889962	17	2.2	16	90	4	56	51	5	0	43	1.24
890081--890145	25	2.7	24	76	13	62	43	0	6	50	1.27
891022--891049	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
898168--898227	20	3.0	20	92	0	102	30	23	13	33	1.93
906291--906979	100	6.9	100	86	2	904	30	21	22	24	1.99
906291--906979	200	3.4	200	92	1	1085	30	21	22	24	1.99
906342--907005	50	13.3	50	70	3	393	30	21	23	24	1.99
908755--908821	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
911081--911105	13	1.9	13	100	0	50	8	8	0	84	0.79
911163--911196	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
911441--911480	18	2.2	18	86	8	55	35	2	0	62	1.09
911446--911487	19	2.2	19	83	8	50	45	4	0	50	1.23
912707--912765	22	2.7	23	75	19	72	62	3	0	33	1.12
913427--913545	8	13.7	9	69	21	51	76	2	5	15	1.07
913413--913455	13	3.2	13	90	3	59	74	4	0	20	1.00
913424--913545	18	7.1	16	74	19	79	76	2	4	16	1.07
913478--913531	19	2.8	19	78	10	65	75	1	9	12	1.11
913470--913537	19	3.8	17	76	14	57	76	2	7	13	1.11
914569--914615	23	2.0	24	83	4	60	21	6	2	70	1.20
915284--915330	21	2.2	22	88	3	69	63	4	0	31	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917938--917994	22	2.6	22	76	15	55	64	3	7	24	1.34
923806--923830	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
927036--927064	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
927325--927457	60	2.2	60	83	12	159	30	11	2	55	1.47
932006--932081	29	2.6	30	91	4	120	44	0	2	52	1.14
935612--935654	8	5.2	8	85	2	59	53	0	0	46	1.00
935609--935670	8	7.3	9	79	15	53	59	0	0	40	0.97
936289--936336	25	1.9	25	87	8	71	18	10	27	43	1.82
936298--936336	13	3.1	13	85	7	53	17	7	28	46	1.76
941461--941529	21	3.1	21	69	15	66	30	7	8	53	1.59
944934--944963	12	2.5	12	94	0	51	56	0	26	16	1.40
944935--944970	18	1.9	19	94	5	65	55	0	25	19	1.43
948328--948371	7	6.3	7	83	0	61	22	0	27	50	1.50
948328--948379	14	3.7	14	81	0	59	21	0	30	48	1.51
948545--948716	14	11.9	14	66	11	69	19	4	31	44	1.69
948545--948715	7	24.6	7	70	3	58	19	4	32	44	1.69
948564--948656	49	1.9	49	82	6	118	18	4	30	47	1.68
948580--948686	28	3.9	28	75	19	91	22	3	28	45	1.69
951793--951853	27	2.3	27	94	0	113	32	26	3	37	1.73
951921--951992	27	2.7	27	100	0	144	37	30	2	29	1.72
953793--953825	15	2.3	15	89	5	50	60	12	6	21	1.53
955833--955857	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
961663--961692	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
961384--962051	334	2.0	334	99	0	1309	27	22	16	33	1.95
962885--962944	30	2.0	30	100	0	120	40	3	6	50	1.45
968289--968455	89	1.9	89	88	2	255	28	13	16	41	1.86
979044--979322	124	2.2	124	85	5	384	31	24	15	28	1.95
994735--994778	17	2.6	18	82	10	65	18	2	31	47	1.61
996185--996292	49	2.3	47	79	7	132	28	17	9	44	1.80
1005534--1005563	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
1005470--1005850	189	2.0	191	98	1	748	34	26	5	33	1.80
1007353--1007405	13	4.1	13	85	0	79	37	26	5	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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