genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25696725--25696751	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
25699829--25700031	44	4.8	43	88	9	294	0	30	0	69	0.89
25699794--25700031	10	24.2	10	67	20	103	0	30	0	69	0.88
25700074--25700141	27	2.5	27	86	9	86	20	32	26	20	1.97
25706118--25706176	29	2.1	28	87	6	84	49	5	10	35	1.59
25708242--25708280	21	1.9	20	89	5	60	33	17	20	28	1.96
25711692--25711930	72	3.3	72	91	1	374	54	15	5	24	1.62
25718917--25719080	48	3.6	47	65	20	112	31	20	14	33	1.92
25718917--25719146	91	2.5	91	84	2	275	32	22	14	30	1.94
25721923--25722110	95	2.0	95	91	0	304	25	16	25	32	1.96
25724951--25724993	21	2.1	21	86	4	61	44	2	2	51	1.27
25736785--25738372	794	2.0	794	100	0	3176	37	8	10	43	1.70
25738350--25738388	19	2.1	19	90	0	60	12	12	0	74	1.08
25738370--25738417	24	2.0	25	83	4	62	25	8	2	64	1.32
25739405--25739473	32	2.2	32	84	2	86	26	5	14	53	1.63
25740929--25740981	19	2.7	19	76	2	61	62	7	3	26	1.39
25743238--25743366	49	2.6	49	82	6	154	30	21	25	22	1.99
25747939--25747973	17	2.1	17	100	0	70	34	17	17	31	1.93
25750195--25750241	24	1.9	25	82	4	60	21	10	14	53	1.71
25750643--25750821	89	2.0	89	98	0	349	33	11	20	34	1.88
25751108--25751203	39	2.4	39	83	8	122	36	25	3	35	1.72
25754604--25754654	24	2.1	24	100	0	102	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25756445--25756509	34	1.9	34	90	0	103	43	10	10	35	1.75
25756441--25756517	34	2.3	34	79	2	102	44	12	9	33	1.75
25756978--25757144	60	2.9	57	85	7	210	25	15	13	44	1.83
25756979--25757144	57	2.8	58	84	7	201	25	15	13	44	1.84
25756893--25757380	264	1.8	265	84	4	662	28	14	14	42	1.85
25759503--25759744	27	9.0	27	82	7	287	41	19	17	21	1.90
25759503--25759758	107	2.4	107	80	10	306	40	19	17	22	1.91
25773742--25773774	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
25774360--25774385	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
25775735--25775850	44	2.6	44	75	12	121	28	22	18	31	1.97
25776406--25776736	44	7.5	44	64	5	159	20	23	26	29	1.99
25776384--25776781	88	4.5	88	90	0	571	20	23	26	29	1.99
25781390--25781443	20	2.7	20	73	23	58	29	0	5	64	1.16
25791397--25791438	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25791388--25791429	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25791658--25791706	16	3.1	16	90	0	80	22	34	4	38	1.73
25796495--25796592	41	2.4	41	84	6	119	19	20	28	31	1.97
25799975--25800026	19	2.6	20	78	6	61	17	19	15	48	1.82
25801923--25802038	43	2.7	43	74	12	121	24	20	27	27	1.99
25809340--25809364	7	3.6	7	100	0	50	64	12	12	12	1.51
25809379--25810556	587	2.0	587	97	0	2239	31	21	15	31	1.95
25813496--25813534	21	1.9	20	84	5	51	38	0	23	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25820329--25820372	21	2.1	21	83	8	54	52	20	9	18	1.72
25827381--25827414	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
25833697--25834058	180	2.0	180	99	0	715	35	15	16	33	1.90
25834025--25834107	20	4.6	18	73	17	66	44	2	2	50	1.28
25834142--25834203	12	5.1	12	72	27	51	46	0	3	50	1.17
25835936--25836048	5	22.6	5	81	0	118	38	20	6	35	1.78
25837027--25837084	14	3.8	16	76	15	52	70	0	25	3	1.03
25837038--25837082	20	2.3	20	85	11	58	73	0	22	4	1.01
25839645--25839706	26	2.4	25	78	13	63	72	3	20	3	1.13
25842290--25842328	14	3.1	14	72	27	50	61	0	0	38	0.96
25842288--25842329	16	2.6	16	81	14	50	61	0	0	38	0.96
25843875--25844123	122	2.0	123	98	0	482	39	11	13	34	1.81
25845733--25845845	5	22.6	5	81	0	118	38	20	6	35	1.78
25846824--25846881	14	3.8	16	76	15	52	70	0	25	3	1.03
25846835--25846879	20	2.3	20	85	11	58	73	0	22	4	1.01
25849442--25849503	26	2.4	25	78	13	63	72	3	20	3	1.13
25852087--25852125	14	3.1	14	72	27	50	61	0	0	38	0.96
25852085--25852126	16	2.6	16	81	14	50	61	0	0	38	0.96
25859341--25859517	42	4.2	41	84	3	203	31	19	18	31	1.96
25859332--25859517	84	2.2	84	85	4	268	30	19	18	31	1.96
25861178--25861208	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
25870444--25870474	6	5.3	6	92	7	55	16	0	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25870444--25870474	11	2.7	12	95	5	55	16	0	0	83	0.64
25870719--25870766	22	2.2	22	88	0	69	29	39	0	31	1.57
25879072--25879245	42	4.2	42	84	0	206	29	18	19	32	1.96
25882032--25882204	43	4.1	43	84	4	217	26	15	26	32	1.95
25888973--25889146	85	2.0	85	100	0	348	43	11	12	32	1.79
25891806--25891833	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29
25908735--25908836	51	2.0	52	92	1	170	43	20	23	12	1.86
25909891--25910136	85	3.0	82	83	9	295	26	23	21	28	1.99
25909891--25910137	42	6.0	41	85	8	306	25	23	21	29	1.99
25912920--25912945	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
25912922--25912969	24	2.0	25	83	4	62	41	2	2	54	1.24
25913541--25913728	93	2.0	92	87	3	270	44	10	5	39	1.61
25915165--25915197	12	2.6	13	90	4	50	6	27	45	21	1.75
25916216--25916257	20	2.2	19	87	12	59	16	16	2	64	1.40
25917326--25917446	62	2.0	62	86	0	170	34	15	7	42	1.75
25918968--25919268	150	2.0	151	99	0	595	33	31	14	19	1.92
25921091--25921135	15	3.0	15	90	6	65	33	15	0	51	1.44
25925660--25926058	195	2.0	195	98	0	771	44	7	8	39	1.62
25928714--25928752	16	2.5	16	84	15	55	74	2	17	5	1.12
25933046--25933101	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
25933077--25933116	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
25933270--25933313	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25934486--25934531	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
25952926--25952965	13	3.1	13	88	0	62	30	7	22	40	1.81
25962673--25962758	40	2.1	41	85	6	122	32	18	27	20	1.96
25962696--25962783	40	2.2	40	83	0	113	32	18	26	22	1.97
25977469--25977503	15	2.3	15	90	0	52	8	20	0	71	1.11
25979046--25979116	25	2.9	25	89	4	83	33	21	2	42	1.67
25979061--25979116	25	2.2	25	100	0	112	33	19	3	42	1.69
25980347--25980394	21	2.4	19	86	6	60	35	6	2	56	1.36
25983114--25983147	17	2.0	17	88	0	50	17	2	2	76	1.04
25985722--25985779	2	29.5	2	92	3	100	50	1	0	48	1.11
25988775--25989068	50	5.7	50	80	4	266	23	28	20	28	1.99
25988768--25989068	99	2.9	101	80	6	302	23	28	19	28	1.98
25996373--25996420	17	2.7	18	80	6	62	66	0	0	33	0.92
26011919--26011979	17	3.5	17	74	12	61	24	26	36	13	1.92
26011916--26012007	35	2.7	35	84	5	116	25	25	36	13	1.91
26013349--26013392	24	1.9	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
26013349--26013392	23	1.9	23	86	9	63	54	0	0	45	0.99
26013443--26013487	15	2.9	15	81	15	56	60	24	2	13	1.45
26019879--26019914	11	3.3	11	88	0	54	38	19	0	41	1.52
26029108--26029145	20	2.0	20	94	5	69	55	7	10	26	1.61
26029615--26029651	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
26031613--26031750	71	2.0	70	82	1	168	28	15	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26031581--26031740	48	3.4	47	82	7	171	26	16	16	39	1.91
26031587--26031740	24	6.5	24	80	1	121	27	16	16	38	1.91
26031620--26031746	24	5.3	24	83	1	130	28	17	16	37	1.91
26031623--26031753	47	2.8	47	77	5	138	29	16	16	38	1.90
26033146--26033237	37	2.4	40	81	12	106	59	3	4	32	1.33
26040689--26040774	42	2.0	43	84	6	113	25	23	36	15	1.94
26049649--26049717	31	2.2	32	82	12	90	43	4	7	44	1.51
26052567--26052610	19	2.3	19	84	11	54	50	11	18	20	1.77
26052905--26053037	61	2.2	61	88	4	200	40	3	5	50	1.43
26054035--26054141	34	3.1	34	62	10	83	39	20	17	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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