genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27382705--27382747	14	3.1	14	76	6	52	44	0	2	53	1.13
27384518--27384564	20	2.5	19	75	6	51	55	2	2	40	1.24
27386779--27386828	13	3.8	13	73	19	50	50	16	28	6	1.68
27391595--27391754	48	3.1	48	73	17	178	31	0	58	10	1.31
27391627--27391795	56	3.1	56	73	17	203	34	0	55	9	1.32
27391581--27391794	105	2.0	107	98	1	414	33	0	56	9	1.35
27391823--27391849	13	2.1	13	100	0	54	37	7	40	14	1.74
27397606--27397644	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
27397848--27397918	21	3.4	21	98	0	133	38	12	9	39	1.77
27398564--27398676	44	2.6	44	79	6	115	30	23	18	27	1.98
27398759--27398939	44	4.1	44	67	8	116	24	22	20	32	1.98
27399016--27399200	44	4.2	44	65	10	126	27	22	19	30	1.98
27398685--27399206	257	2.0	257	93	0	900	25	24	20	30	1.98
27398667--27399250	132	4.5	132	92	3	930	24	23	20	30	1.99
27400484--27400518	11	3.2	11	88	12	54	0	20	0	80	0.72
27400485--27400540	16	3.6	15	81	13	60	0	19	1	78	0.84
27400478--27400540	27	2.4	26	79	12	67	0	19	3	77	0.90
27405200--27405299	51	1.9	51	82	6	121	56	8	7	29	1.55
27405759--27405802	21	2.1	21	100	0	88	22	15	9	52	1.71
27410642--27410688	23	2.0	24	83	4	60	0	23	0	76	0.78
27410642--27410691	11	4.4	11	85	7	55	0	24	0	76	0.80
27412875--27412929	25	2.2	25	80	9	67	63	3	1	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27413665--27413703	16	2.5	15	84	8	51	56	0	0	43	0.99
27419297--27419475	71	2.5	71	79	8	195	30	22	18	29	1.97
27422116--27422169	28	1.9	28	85	7	74	31	14	1	51	1.53
27422196--27422241	18	3.0	15	80	20	51	56	0	0	43	0.99
27422203--27422241	18	2.2	17	95	4	69	58	0	0	41	0.98
27428457--27428506	25	2.0	26	88	4	75	4	24	8	64	1.38
27429518--27429574	30	1.9	30	82	3	71	43	1	22	31	1.64
27434246--27434321	38	2.0	39	92	2	127	32	11	1	53	1.45
27438619--27438655	19	1.9	19	100	0	74	67	0	5	27	1.12
27445541--27445668	20	6.3	20	72	4	96	43	21	23	11	1.85
27451740--27451778	19	2.1	19	100	0	78	20	10	25	43	1.83
27462793--27462893	52	1.9	52	86	7	143	62	10	6	19	1.50
27462857--27462984	34	3.7	34	73	6	114	61	11	8	17	1.54
27462971--27463056	40	2.1	41	84	2	111	59	10	1	29	1.38
27469616--27469786	84	2.0	85	98	1	335	45	8	8	38	1.64
27471026--27471075	16	3.1	16	80	5	64	80	2	12	6	0.98
27471026--27471075	17	3.1	15	80	8	55	80	2	12	6	0.98
27474548--27474610	32	2.0	32	93	0	108	28	22	9	39	1.85
27478643--27478725	33	2.5	32	81	11	87	33	18	4	43	1.71
27479314--27479361	18	2.7	18	81	9	62	37	16	4	41	1.68
27488968--27489016	24	2.0	24	100	0	98	28	20	8	42	1.80
27496274--27496312	19	2.1	19	95	0	69	56	10	2	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27505069--27505138	20	3.3	20	68	27	63	67	4	7	21	1.33
27505071--27505159	44	2.0	44	100	0	178	64	4	8	22	1.41
27505896--27506489	146	4.1	146	85	7	814	42	10	5	42	1.60
27506813--27506876	3	21.0	3	83	3	56	54	0	9	35	1.33
27507329--27507503	42	4.2	42	88	1	244	36	23	18	22	1.95
27507888--27507927	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
27516027--27516075	4	12.2	4	77	0	53	48	4	26	20	1.67
27519629--27519667	16	2.5	15	87	8	51	0	12	5	82	0.83
27524184--27524513	151	2.2	149	85	4	455	37	11	6	44	1.65
27527882--27527924	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
27528018--27528605	43	13.3	43	79	8	601	30	33	16	19	1.94
27528183--27528305	61	2.0	62	85	1	167	33	35	13	17	1.89
27528140--27528348	104	2.0	105	97	2	395	31	34	14	19	1.92
27528018--27528477	233	2.0	233	86	2	647	30	34	16	18	1.94
27528097--27528391	147	2.0	148	85	2	396	30	34	15	18	1.93
27534196--27534463	41	6.5	41	90	3	405	30	23	20	25	1.99
27534496--27534591	39	2.4	41	81	6	117	20	20	20	37	1.95
27540372--27540640	137	2.0	138	81	5	321	21	20	27	30	1.98
27546160--27546230	35	2.0	35	97	0	133	43	4	5	46	1.46
27546186--27546239	26	2.1	25	83	10	65	44	3	3	48	1.38
27555271--27555297	12	2.2	12	100	0	54	40	7	25	25	1.82
27555450--27555492	21	2.1	21	83	12	54	32	13	0	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27563560--27563632	20	3.7	20	79	0	74	42	21	21	13	1.88
27563551--27563629	40	2.0	40	84	0	104	43	20	22	13	1.87
27564114--27564162	21	2.4	20	80	12	64	30	22	2	44	1.64
27571209--27571275	32	2.1	32	94	0	116	34	26	8	29	1.87
27577206--27577243	20	1.9	20	88	0	58	63	18	5	13	1.48
27578092--27578137	21	2.2	21	84	7	58	17	6	2	73	1.14
27578456--27578501	16	2.8	17	83	9	69	28	0	4	67	1.10
27578535--27578622	26	3.3	26	82	3	104	29	3	7	59	1.42
27578593--27578627	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15
27582625--27582662	20	1.9	20	88	0	58	63	18	5	13	1.48
27583864--27583909	16	2.8	17	83	9	69	28	0	4	67	1.10
27583943--27584030	26	3.3	26	82	3	104	29	3	7	59	1.42
27584001--27584035	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15
27584599--27584637	17	2.2	18	90	4	62	20	2	15	61	1.45
27588811--27588864	29	1.9	27	88	3	72	24	12	7	55	1.63
27591924--27592409	139	3.5	138	84	3	586	31	20	19	28	1.97
27592059--27592502	44	9.8	44	68	12	184	30	20	20	29	1.97
27593629--27593674	21	2.2	21	84	7	58	17	6	2	73	1.14
27593993--27594038	16	2.8	17	83	9	69	28	0	4	67	1.10
27594072--27594159	26	3.3	26	82	3	104	29	3	7	59	1.42
27594130--27594164	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15
27594725--27594768	17	2.5	18	88	3	63	20	2	15	61	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27597418--27597487	25	2.8	25	100	0	140	44	0	0	55	0.99
27597423--27597499	31	2.5	32	78	18	90	46	1	0	51	1.09
27598799--27598841	20	2.1	21	82	4	52	55	2	0	41	1.12
27601076--27601110	18	1.9	18	88	0	52	68	5	5	20	1.31
27602690--27603813	44	24.9	44	72	11	561	29	20	17	31	1.96
27602821--27602934	45	2.7	42	79	11	133	28	20	20	31	1.97
27602867--27603799	89	10.3	91	70	15	296	30	21	18	30	1.96
27602817--27603253	181	2.4	181	89	1	653	29	20	17	31	1.96
27603213--27603331	21	5.5	21	62	7	67	30	27	14	27	1.95
27602959--27603524	272	2.1	270	85	3	735	30	22	17	29	1.97
27602656--27603705	453	2.3	451	84	2	1329	30	20	17	31	1.96
27603269--27603786	181	2.8	181	86	1	714	29	22	18	30	1.97
27610478--27610722	51	4.5	52	71	18	144	28	24	20	26	1.99
27610414--27610678	115	2.3	115	87	3	374	29	20	18	30	1.97
27610592--27610724	51	2.6	51	90	4	196	32	27	23	17	1.96
27610764--27611367	111	5.4	111	82	7	640	27	22	18	32	1.97
27610764--27611376	221	2.7	219	82	7	673	27	22	18	32	1.97
27611289--27611431	53	2.8	51	86	6	209	23	25	22	28	1.99
27611289--27611433	51	2.8	52	86	5	197	22	26	22	28	1.99
27614900--27615104	91	2.3	91	85	2	279	29	12	22	35	1.91
27615175--27615273	38	2.6	39	82	4	130	34	15	14	36	1.87
27620288--27620475	58	3.2	58	72	9	175	44	15	17	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27623497--27623542	22	2.1	22	91	0	74	67	17	4	10	1.37
27623988--27624036	25	2.0	25	87	0	71	24	6	8	61	1.47
27624563--27624675	29	3.9	28	72	15	104	53	12	14	20	1.72
27624558--27624672	60	1.9	59	91	1	185	52	13	13	20	1.74
27625862--27626046	92	2.0	92	84	5	239	18	19	15	47	1.83
27626537--27626592	24	2.3	24	96	0	103	26	16	8	48	1.75
27628951--27629040	30	3.1	29	76	10	87	61	3	0	35	1.13
27629655--27629697	18	2.5	17	85	7	59	34	0	4	60	1.17
27635651--27635883	122	1.9	122	85	3	326	30	27	15	27	1.96
27637092--27637205	57	2.0	57	98	1	221	42	20	19	18	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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