genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  60  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19770570--19770711	35	4.1	35	81	1	169	19	23	17	39	1.92
19770575--19770701	35	3.7	34	84	2	173	19	25	18	36	1.95
19778622--19778891	29	9.3	29	82	3	283	37	13	27	22	1.92
19778607--19778891	87	3.3	87	80	4	326	37	12	27	22	1.91
19779005--19779043	20	2.0	20	100	0	78	38	5	20	35	1.75
19782568--19782614	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
19789525--19789699	30	5.9	30	77	4	124	20	26	13	38	1.90
19789575--19789656	29	2.8	29	90	0	137	14	26	15	42	1.86
19789646--19789717	30	2.4	30	88	0	99	22	27	12	37	1.90
19803619--19803653	18	1.9	18	94	0	61	48	8	14	28	1.73
19818403--19818560	63	2.5	63	87	0	226	23	25	17	33	1.96
19821149--19821264	26	4.4	27	81	5	121	43	23	17	15	1.87
19821143--19821264	53	2.3	53	77	5	140	43	22	17	17	1.88
19821150--19821253	27	3.9	27	86	6	142	46	22	17	14	1.84
19822379--19822419	18	2.3	18	87	8	57	43	9	26	19	1.82
19829663--19829702	18	2.2	18	91	8	64	72	2	20	5	1.15
19831457--19831528	33	2.1	34	87	2	101	38	6	13	40	1.72
19832612--19832636	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
19834636--19834789	27	5.7	27	80	4	150	44	19	14	20	1.86
19834636--19834789	81	1.9	81	81	2	184	44	19	14	20	1.86
19837784--19838036	27	9.4	27	84	5	273	43	18	16	21	1.88
19838241--19838321	26	3.1	26	83	3	110	19	23	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19838423--19838573	28	5.4	28	82	7	182	23	23	23	30	1.99
19838423--19838567	56	2.6	56	85	0	209	23	23	23	29	1.99
19838423--19838605	56	3.2	56	81	3	150	22	23	23	30	1.99
19845214--19845270	16	3.6	16	71	19	57	29	15	7	47	1.72
19845206--19845266	16	3.8	16	75	12	54	31	16	8	44	1.77
19846709--19846750	20	2.1	20	90	0	66	50	0	2	47	1.14
19854973--19855004	17	1.9	16	93	6	55	28	37	18	15	1.92
19862967--19863053	43	2.0	43	97	0	165	37	24	6	31	1.82
19864150--19864408	138	1.9	138	83	4	335	34	22	21	21	1.97
19865604--19865648	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
19865614--19865658	20	2.3	19	85	7	63	44	13	13	28	1.81
19870071--19870173	19	5.3	19	67	13	66	14	35	17	32	1.90
19870053--19870188	39	3.5	39	85	3	175	14	34	19	31	1.92
19870048--19870228	78	2.3	77	81	4	211	15	33	18	32	1.92
19874082--19874138	20	2.8	20	73	5	53	38	21	29	10	1.87
19881744--19881790	14	3.4	14	76	5	51	44	0	23	31	1.54
19881744--19881799	27	2.1	27	96	0	103	42	0	23	33	1.54
19883281--19883332	20	2.6	20	84	0	68	44	13	7	34	1.72
19886309--19886448	54	2.6	53	83	6	156	40	20	20	19	1.91
19886309--19886457	27	5.5	28	75	9	121	40	19	19	20	1.91
19886498--19886580	24	3.5	23	85	4	103	24	8	21	45	1.79
19886725--19886927	32	6.4	32	88	0	291	20	20	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19886918--19886973	29	1.9	29	81	0	67	19	19	16	44	1.87
19887608--19887640	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
19891474--19891553	27	3.0	27	84	10	87	35	16	18	30	1.93
19891489--19891554	27	2.4	27	87	9	91	31	18	18	31	1.95
19895226--19895276	19	2.6	19	81	3	57	45	13	5	35	1.68
19896550--19896588	16	2.6	15	84	11	53	46	28	5	20	1.72
19901420--19901532	42	2.7	42	87	2	156	22	34	23	20	1.97
19904036--19904082	24	1.9	25	95	4	87	44	23	4	27	1.72
19912887--19913004	61	1.9	61	96	0	218	17	17	27	36	1.93
19921191--19921238	24	2.0	24	100	0	96	33	16	25	25	1.96
19923145--19923282	41	3.2	42	79	17	156	39	19	2	38	1.67
19923145--19923211	21	3.2	21	70	18	68	40	20	2	35	1.68
19923161--19923267	50	2.1	50	96	0	196	39	17	2	40	1.65
19923202--19923226	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
19923220--19923289	22	3.3	22	65	25	60	38	18	2	40	1.66
19924767--19924855	45	2.0	45	88	0	133	32	23	17	25	1.97
19924862--19925053	51	3.8	50	83	4	233	30	27	17	25	1.97
19924864--19925049	101	1.8	102	87	6	279	30	26	17	25	1.97
19928894--19929047	50	3.0	50	87	5	191	25	21	29	23	1.99
19928950--19929078	50	2.6	50	84	0	141	26	24	28	20	1.99
19929336--19929374	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
19932613--19932652	18	2.2	18	91	8	64	72	2	20	5	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19934419--19934490	33	2.1	34	89	2	110	38	8	13	38	1.75
19948855--19948906	21	2.8	18	78	18	61	53	7	7	30	1.57
19948866--19948909	21	2.1	21	95	0	79	54	9	6	29	1.58
19949197--19949223	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
19950432--19950498	28	2.4	28	85	2	91	34	22	20	22	1.97
19950597--19950647	26	2.0	24	88	7	75	37	17	21	23	1.94
19950603--19950652	26	1.9	26	100	0	100	36	16	24	24	1.94
19950827--19950887	27	2.3	27	85	0	77	24	9	22	42	1.84
19950841--19950957	27	4.1	27	81	9	128	21	16	18	43	1.88
19950841--19950957	54	2.1	56	85	10	159	21	16	18	43	1.88
19962991--19963029	6	6.7	6	91	5	62	69	0	2	28	1.02
19963486--19963543	31	1.9	31	92	3	100	41	6	12	39	1.69
19963934--19964035	41	2.6	39	78	15	111	47	0	7	44	1.39
19965155--19965204	21	2.4	21	82	0	55	36	34	2	28	1.69
19968380--19968416	19	1.9	19	88	0	56	59	0	2	37	1.12
19968703--19968733	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
19968820--19969010	90	2.1	91	81	1	233	35	7	18	38	1.80
19969171--19969219	21	2.3	21	86	6	64	69	2	0	28	1.00
19976045--19976151	27	4.0	27	89	7	98	39	11	14	34	1.82
19976065--19976255	27	7.4	27	74	15	172	35	12	16	36	1.86
19976141--19976169	9	3.2	9	100	0	58	24	10	10	55	1.65
19976087--19976223	72	1.9	72	89	3	213	33	10	16	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19976065--19976250	99	1.9	99	85	4	259	34	12	16	36	1.86
19987637--19987709	33	2.2	33	85	2	92	28	24	23	23	1.99
19987805--19987885	26	3.1	26	82	7	110	32	24	22	20	1.98
19987805--19987911	52	2.1	52	83	3	135	32	24	22	20	1.98
19989026--19989081	21	2.7	21	88	0	85	25	10	35	28	1.89
19989150--19989223	36	2.0	37	89	2	114	48	4	17	29	1.65
19990421--19990476	15	3.8	15	74	9	53	46	7	0	46	1.30
19992727--19992761	4	9.0	4	93	6	63	74	0	0	25	0.82
20001247--20001361	50	2.3	49	86	1	158	26	23	20	30	1.98
20001247--20001361	25	4.6	25	77	14	112	26	23	20	30	1.98
20002926--20002967	21	2.0	21	100	0	84	33	14	23	28	1.94
20003016--20003107	30	2.9	32	78	15	93	26	21	25	27	2.00
20003217--20003286	26	2.7	26	84	0	86	42	22	17	17	1.88
20006587--20006917	87	3.8	87	88	0	493	24	23	23	29	1.99
20032522--20032564	22	2.0	22	86	9	61	74	9	6	9	1.22
20034375--20034421	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
20036443--20036543	49	2.1	49	81	3	114	30	26	14	27	1.95
20037428--20037480	27	1.9	28	84	3	72	28	26	20	24	1.99
20037495--20037797	51	6.0	51	79	7	339	29	26	18	25	1.98
20037503--20037789	102	2.8	101	91	1	459	30	26	18	24	1.98
20038023--20038081	30	2.0	29	83	12	75	30	16	13	38	1.88
20039935--20039981	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20043764--20043992	61	3.8	61	83	0	278	27	26	15	31	1.96
20044211--20044246	18	1.9	19	88	5	56	13	5	19	61	1.52
20045063--20045135	20	3.7	20	72	7	67	36	23	21	17	1.94
20049345--20049387	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
20049473--20049715	43	5.7	43	85	4	312	30	27	15	26	1.96
20049465--20049740	86	3.2	87	83	5	321	32	27	14	25	1.95
20049463--20049735	129	2.1	129	81	5	320	32	27	15	24	1.95
20050787--20050817	16	1.9	16	100	0	62	38	12	12	35	1.82
20052524--20052600	39	2.0	39	100	0	154	33	28	11	25	1.91
20054001--20054286	41	7.0	42	78	10	279	33	28	16	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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