genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13698083--13698163	41	2.0	41	95	0	144	22	27	2	48	1.63
13706955--13707047	47	2.0	47	91	0	150	34	18	19	27	1.95
13707776--13707818	22	2.0	22	86	9	61	51	16	6	25	1.69
13719864--13719903	20	2.0	20	90	0	62	37	22	32	7	1.82
13720910--13720951	16	2.4	18	80	7	52	33	2	0	64	1.07
13729169--13729217	23	2.1	23	85	7	64	2	24	0	73	0.94
13729176--13729223	23	2.2	22	85	14	64	0	29	0	70	0.87
13730219--13730271	25	2.1	25	100	0	106	30	7	16	45	1.75
13733156--13733192	18	2.2	18	85	9	51	70	0	8	21	1.13
13745050--13745146	21	4.7	21	93	2	153	37	10	11	41	1.75
13745373--13745417	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
13747731--13747796	33	2.0	33	93	0	114	42	15	10	31	1.81
13752275--13752966	44	15.8	44	91	1	1066	26	17	25	30	1.97
13753246--13753367	44	2.8	44	75	5	113	33	14	19	31	1.92
13753766--13753809	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
13753765--13753818	21	2.7	19	86	10	81	37	9	14	38	1.79
13756423--13756461	20	2.0	20	94	0	69	56	5	12	25	1.57
13766365--13766414	25	2.0	25	96	0	91	58	30	0	12	1.34
13766991--13767079	13	6.6	13	76	12	90	33	21	1	43	1.60
13766923--13767019	41	2.4	41	83	10	135	35	17	2	45	1.60
13766991--13767079	27	3.3	26	83	10	108	33	21	1	43	1.60
13766950--13767086	68	2.0	68	87	6	199	34	18	1	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13768744--13769055	157	2.0	158	90	0	500	41	13	10	35	1.78
13773103--13773148	18	2.5	18	85	3	56	34	15	15	34	1.89
13773130--13773205	30	2.6	29	75	17	77	30	14	15	39	1.88
13774098--13774139	21	2.0	20	86	4	57	54	0	0	45	0.99
13776254--13776281	14	2.0	14	100	0	56	28	14	35	21	1.92
13781431--13781560	68	1.9	69	90	1	208	43	3	4	49	1.39
13789667--13789726	26	2.3	26	85	0	84	38	15	11	35	1.83
13796235--13796262	8	3.5	8	100	0	56	25	25	25	25	2.00
13797832--13797890	26	2.2	27	87	3	84	61	1	8	28	1.35
13797870--13797903	17	1.9	18	88	5	52	61	0	5	32	1.20
13800000--13800024	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13806007--13806058	21	2.5	21	83	0	68	30	7	30	30	1.85
13813782--13813845	27	2.4	27	89	0	101	20	15	32	31	1.94
13816736--13816847	25	4.5	25	83	5	111	25	20	16	38	1.92
13824755--13824927	21	8.3	21	81	1	188	16	22	15	45	1.84
13824754--13824905	42	3.6	42	87	1	207	16	22	14	46	1.83
13824754--13824910	84	1.9	84	87	2	235	16	22	14	46	1.83
13825731--13825768	15	2.5	15	100	0	76	34	31	26	7	1.85
13825822--13825938	56	2.1	56	83	3	146	21	27	29	22	1.99
13827569--13827595	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
13828299--13828330	16	2.0	16	93	0	55	40	12	6	40	1.68
13828373--13828424	26	2.0	26	92	0	86	59	1	11	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13829982--13830009	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
13832918--13832960	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
13833075--13833170	9	10.7	9	88	4	131	23	8	23	43	1.81
13833301--13833325	12	2.1	12	100	0	50	16	16	36	32	1.90
13837520--13837797	39	7.1	39	88	0	403	17	19	30	31	1.96
13842477--13842524	25	1.9	25	82	0	60	4	20	4	70	1.21
13847999--13848028	9	3.4	9	95	4	53	73	0	0	26	0.84
13848164--13848207	15	2.8	15	80	10	52	29	0	4	65	1.12
13848164--13848207	17	2.8	16	82	6	54	29	0	4	65	1.12
13849791--13849954	60	2.7	60	95	0	283	15	19	23	42	1.89
13849897--13849994	40	2.5	39	83	5	126	18	18	21	41	1.90
13853310--13853343	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
13854732--13854805	25	3.0	25	79	11	71	36	22	21	18	1.95
13859346--13859396	3	16.7	3	91	4	84	62	0	0	37	0.95
13859514--13859559	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
13860723--13860761	21	1.9	20	84	5	51	53	0	28	17	1.44
13861412--13861450	21	1.9	20	84	5	51	53	0	28	17	1.44
13860133--13861514	689	2.0	690	99	0	2732	38	8	15	37	1.78
13862860--13862898	18	2.2	18	95	0	69	17	23	23	35	1.95
13864051--13864090	20	2.0	20	95	0	71	37	7	10	45	1.66
13865439--13865486	20	2.4	21	89	6	73	31	4	33	31	1.77
13872265--13872304	4	10.0	4	94	0	62	50	30	0	20	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13878742--13878772	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
13879723--13879759	19	2.0	18	89	5	56	35	5	8	51	1.55
13880409--13880442	14	2.5	14	90	4	52	20	0	0	79	0.73
13880409--13880442	13	2.5	13	90	9	50	20	0	0	79	0.73
13880439--13880484	11	4.4	11	75	10	51	34	2	0	63	1.07
13880450--13880487	20	1.9	20	100	0	76	28	0	0	71	0.87
13880451--13880494	20	2.2	20	91	0	70	27	0	4	68	1.09
13883064--13883108	12	3.8	13	77	16	53	62	2	31	4	1.27
13883090--13883136	24	2.0	24	83	8	60	61	6	29	2	1.32
13883278--13883378	12	7.7	12	70	20	51	63	1	30	3	1.24
13883214--13883678	147	3.1	144	77	15	466	57	2	33	6	1.36
13883308--13883446	57	2.4	57	82	10	194	59	0	32	7	1.30
13883206--13884298	189	5.7	186	82	9	1126	57	2	33	5	1.37
13883308--13883439	60	2.2	60	89	5	198	59	0	32	7	1.25
13883278--13883678	153	2.7	149	84	7	562	58	1	33	6	1.35
13883456--13883771	60	6.2	55	65	24	212	58	1	32	7	1.35
13883452--13883582	57	2.2	57	90	4	199	58	0	32	8	1.34
13883303--13883529	3	75.7	3	63	20	66	59	0	33	6	1.29
13883313--13883678	144	2.5	147	87	8	489	57	1	33	7	1.35
13883569--13883621	12	4.2	12	72	13	52	66	3	30	0	1.10
13883509--13884298	96	8.4	96	92	2	1307	57	2	33	5	1.37
13883575--13883627	27	2.0	27	85	7	72	62	3	33	0	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13883509--13884298	285	2.8	282	94	2	1393	57	2	33	5	1.37
13884040--13884095	12	4.4	12	74	12	58	66	3	30	0	1.09
13884040--13884101	27	2.3	27	77	5	72	64	3	32	0	1.09
13883890--13884244	44	7.3	52	66	23	211	58	2	33	5	1.35
13884145--13884275	27	4.4	27	69	22	84	60	3	32	3	1.30
13884259--13884332	12	6.2	12	69	17	55	56	0	37	5	1.22
13884264--13884342	36	2.2	36	82	11	90	55	0	37	6	1.25
13885382--13885423	17	2.4	18	80	11	52	52	0	2	45	1.13
13887877--13887906	11	2.7	11	89	0	51	70	0	30	0	0.88
13895558--13895643	9	9.1	9	69	18	50	60	5	1	32	1.28
13895586--13895643	30	1.9	31	89	3	91	60	6	0	32	1.23
13898914--13899033	9	12.8	9	72	13	82	34	1	4	60	1.26
13898914--13898966	19	2.8	18	80	5	61	35	1	5	56	1.34
13898915--13898992	28	2.7	29	80	11	90	37	1	3	57	1.25
13898978--13899028	20	2.7	18	85	11	66	27	1	3	66	1.20
13909777--13909802	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
13909791--13909923	40	3.3	40	81	7	139	34	20	21	23	1.97
13909808--13909942	40	3.4	40	83	4	141	38	21	20	20	1.94
13910025--13910180	41	3.8	41	88	1	204	29	26	25	18	1.98
13910256--13910494	41	5.8	41	88	3	304	20	23	25	30	1.99
13909827--13910331	277	1.8	275	93	3	881	28	24	23	23	2.00
13910261--13910494	123	1.9	123	86	3	337	21	22	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13920342--13920512	66	2.6	65	83	4	200	40	18	26	13	1.88
13920503--13920595	21	4.4	21	79	0	96	35	15	43	6	1.72
13920692--13921043	43	8.3	43	72	11	262	21	16	31	30	1.95
13920671--13920819	79	1.9	79	98	0	289	25	15	28	30	1.96
13920772--13921022	130	1.9	128	80	6	292	20	17	31	30	1.95
13920791--13921064	87	3.2	86	90	2	408	23	17	31	27	1.97
13921048--13921148	43	2.4	43	79	1	105	29	28	20	20	1.98
13921307--13921349	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
13928679--13928709	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
13928707--13928914	108	1.9	108	100	0	416	43	12	6	37	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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