genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21086713--21086900	89	2.1	89	86	3	254	38	14	25	21	1.92
21086684--21086989	119	2.6	119	85	5	404	38	14	24	22	1.91
21086764--21086958	89	2.2	90	83	9	256	40	13	23	22	1.90
21086909--21086988	30	2.7	30	78	5	72	43	10	18	27	1.82
21099144--21099196	27	2.0	27	92	0	88	32	13	15	39	1.85
21109841--21109889	19	2.6	19	96	0	89	28	22	28	20	1.98
21110688--21110807	38	3.2	38	92	2	188	35	29	19	16	1.94
21115098--21115350	127	2.0	127	99	0	497	25	23	21	29	1.99
21123947--21123980	18	1.9	18	88	5	52	20	55	2	20	1.56
21124213--21124281	19	3.5	19	72	24	63	14	5	1	78	1.01
21124218--21124311	40	2.3	39	82	12	109	14	7	2	75	1.11
21126073--21126998	461	2.0	462	88	2	1398	29	12	14	42	1.83
21146506--21146575	35	2.0	35	100	0	140	48	17	20	14	1.81
21148255--21148291	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
21150054--21150126	38	1.9	38	91	0	119	17	20	27	34	1.95
21150057--21150143	38	2.3	38	83	0	102	19	21	24	34	1.96
21150150--21150245	38	2.5	38	84	3	131	17	18	28	35	1.94
21150054--21150241	98	1.9	98	87	2	279	17	19	27	35	1.94
21157964--21158633	335	2.0	335	92	0	1115	31	14	23	30	1.94
21161092--21161166	22	3.7	21	76	20	88	18	18	26	36	1.94
21164409--21165080	339	2.0	331	94	2	1184	36	15	13	33	1.87
21170841--21171319	239	2.0	240	99	0	951	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21171908--21172051	50	2.9	50	88	0	207	26	25	29	18	1.98
21175302--21175328	13	2.1	13	100	0	54	37	22	14	25	1.93
21183568--21183593	12	2.2	12	100	0	52	23	26	7	42	1.81
21190858--21190914	30	1.9	29	82	10	71	43	5	21	29	1.74
21202481--21202563	25	3.4	25	67	18	75	22	13	15	48	1.80
21202485--21202639	48	3.2	48	90	0	238	22	14	15	47	1.81
21202503--21202577	22	3.2	22	68	14	60	25	13	16	45	1.83
21219642--21219844	104	2.0	104	96	0	379	38	19	14	27	1.91
21221777--21221879	53	1.9	53	96	0	188	34	2	20	41	1.67
21223847--21223885	20	2.0	20	85	10	53	58	17	10	12	1.61
21224461--21224490	13	2.3	13	94	0	51	66	0	10	23	1.21
21229792--21229834	20	2.2	20	86	0	59	9	32	23	34	1.87
21237729--21237806	40	2.0	40	89	0	120	26	28	15	29	1.96
21251362--21251639	30	9.3	30	80	5	192	38	14	23	23	1.92
21251362--21251695	60	5.6	60	74	6	248	39	14	23	22	1.91
21251479--21251549	29	2.4	30	85	2	99	42	15	26	15	1.87
21251419--21251673	30	8.5	30	78	5	160	40	13	23	22	1.90
21258633--21258657	12	2.1	12	100	0	50	40	24	28	8	1.83
21263189--21263227	19	2.1	19	85	0	51	25	5	15	53	1.62
21265465--21265522	17	3.5	16	78	21	66	60	6	25	6	1.48
21265455--21265556	33	3.1	33	92	1	159	56	7	26	8	1.57
21265455--21265533	17	4.9	15	72	26	63	58	8	25	7	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21265455--21265536	16	5.0	16	72	26	64	58	8	25	7	1.53
21266882--21266936	27	2.0	27	96	0	101	32	7	27	32	1.84
21267993--21268032	16	2.5	16	87	0	53	32	17	32	17	1.93
21268792--21268879	27	3.3	27	87	1	124	34	18	22	25	1.96
21268953--21269047	24	4.0	24	87	0	127	25	7	23	44	1.79
21269004--21269085	24	3.4	24	83	3	94	24	8	20	46	1.78
21269154--21269213	27	2.2	27	85	5	77	21	21	21	35	1.96
21269202--21269252	26	2.0	26	84	0	66	13	19	29	37	1.90
21269254--21269382	32	4.0	32	77	4	143	20	18	21	39	1.92
21272482--21272570	27	3.3	27	87	1	126	32	17	23	25	1.97
21272482--21272590	27	4.1	26	84	2	101	30	17	22	29	1.97
21272644--21272738	24	4.0	24	87	0	127	25	7	23	44	1.79
21272695--21272776	24	3.4	24	83	3	94	24	8	20	46	1.78
21272845--21272904	27	2.2	27	85	5	77	21	21	21	35	1.96
21272893--21272943	26	2.0	26	84	0	66	13	19	29	37	1.90
21272945--21273073	32	4.0	32	77	4	143	20	18	21	39	1.92
21279666--21279695	15	2.1	14	93	6	51	33	13	13	40	1.83
21282758--21282802	19	2.4	19	96	0	81	28	28	26	15	1.96
21288491--21288536	22	2.0	23	84	12	60	15	10	10	63	1.53
21292248--21292284	19	1.9	19	100	0	74	43	16	0	40	1.48
21298040--21298073	16	2.1	17	88	5	52	38	20	5	35	1.77
21298155--21298212	29	2.0	29	96	0	107	37	27	15	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21302315--21302348	2	17.0	2	93	0	59	47	2	50	0	1.16
21303714--21303782	35	2.0	35	91	0	111	24	20	26	28	1.99
21339921--21339951	16	1.9	16	93	0	53	38	22	0	38	1.54
21341550--21341600	21	2.4	21	86	3	66	21	9	27	41	1.84
21342043--21342087	24	2.0	22	83	12	56	26	2	15	55	1.52
21351418--21351468	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
21367986--21368041	27	2.1	27	100	0	112	51	23	0	25	1.48
21370523--21370572	25	2.0	25	100	0	100	36	24	16	24	1.94
21376678--21378065	27	51.3	27	82	5	1434	40	19	15	24	1.90
21378257--21378333	26	3.0	26	83	7	102	15	16	25	41	1.88
21379554--21379678	35	3.5	35	82	1	142	16	10	33	40	1.82
21383469--21383517	25	2.0	25	88	8	73	57	2	4	36	1.30
21384167--21384225	30	2.0	30	86	3	84	47	10	8	33	1.68
21391133--21391184	21	2.4	22	87	9	72	59	0	1	38	1.08
21391134--21391182	16	3.1	15	81	16	55	57	0	2	40	1.10
21391317--21391356	11	3.7	11	86	3	55	67	0	0	32	0.91
21400947--21400998	21	2.4	22	87	9	72	59	0	1	38	1.08
21400948--21400996	16	3.1	15	81	16	55	57	0	2	40	1.10
21401131--21401170	11	3.7	11	86	3	55	67	0	0	32	0.91
21411136--21411218	27	3.1	27	83	0	103	36	10	24	28	1.89
21414513--21414559	17	2.8	17	84	9	62	46	0	2	51	1.13
21414513--21414559	12	4.1	12	74	20	55	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21414594--21414645	20	2.8	18	78	21	63	51	1	3	42	1.31
21415957--21415989	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
21417077--21417132	28	2.0	28	100	0	112	32	25	21	21	1.98
21417496--21417826	27	12.3	27	82	1	367	19	15	25	39	1.90
21417496--21417826	54	6.1	54	84	1	412	19	15	25	39	1.90
21417497--21417814	81	3.9	81	84	1	404	19	15	25	38	1.91
21418038--21418086	19	2.6	19	93	3	82	28	42	16	12	1.84
21420998--21421127	60	2.2	59	81	5	161	42	12	5	40	1.65
21421736--21421862	61	2.1	61	83	2	157	37	7	13	40	1.74
21424801--21424843	18	2.4	19	80	11	54	51	0	9	39	1.34
21425075--21425122	20	2.4	21	86	6	64	35	0	43	20	1.52
21425384--21425418	18	1.9	18	94	0	61	37	25	11	25	1.90
21426395--21426437	21	2.0	21	90	0	68	41	16	20	20	1.90
21430161--21430232	27	2.6	28	93	6	121	41	9	0	48	1.36
21430301--21430377	27	2.9	27	96	0	136	27	29	27	15	1.96
21430529--21430567	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
21430637--21430677	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
21437105--21437272	39	4.4	37	78	12	160	0	29	0	70	0.88
21437105--21437269	37	4.4	36	76	20	130	0	29	0	70	0.88
21437106--21437288	80	2.3	77	87	10	269	0	28	0	70	0.91
21437223--21437274	18	2.9	18	79	0	68	0	26	0	73	0.84
21437376--21437453	27	2.9	27	94	0	129	14	30	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21437511--21437579	27	2.5	28	95	4	124	47	0	10	42	1.37
21442041--21442193	73	2.1	73	93	1	261	44	10	20	24	1.83
21442485--21442516	14	2.1	16	88	11	50	56	0	31	12	1.37
21448509--21448574	32	2.0	33	82	8	82	33	18	22	25	1.97
21449035--21449064	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
21452099--21452139	20	2.0	20	85	4	55	7	14	2	75	1.12
21455108--21455141	11	3.2	11	91	8	61	35	8	20	35	1.84
21461060--21461347	84	3.5	84	84	7	421	36	25	16	21	1.94
21461164--21461314	76	2.0	76	93	0	257	38	26	15	19	1.91
21461239--21461332	43	2.2	43	81	9	113	34	29	15	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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