genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208717--2208772	21	2.5	22	72	16	62	48	8	1	41	1.45
2211999--2212054	29	1.9	29	85	0	76	33	8	21	35	1.85
2215206--2215244	18	2.2	18	86	9	53	41	2	0	56	1.13
2217311--2217349	18	2.1	19	86	13	55	33	2	0	64	1.08
2220031--2220107	31	2.5	30	79	6	82	45	12	14	27	1.81
2220760--2220799	5	7.8	5	86	13	55	0	17	0	82	0.67
2224373--2224733	153	2.4	154	85	1	456	37	17	12	33	1.87
2225266--2225307	16	2.6	17	85	7	52	73	9	9	7	1.24
2226844--2226881	18	2.1	18	85	9	51	36	15	28	18	1.92
2234502--2234539	2	19.5	2	84	15	53	47	2	0	50	1.15
2237977--2238028	23	2.3	24	74	12	56	51	1	5	40	1.37
2244819--2244848	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
2258150--2258220	10	7.7	9	80	13	74	80	0	19	0	0.72
2258150--2258220	18	3.8	19	82	10	85	80	0	19	0	0.72
2258141--2258214	29	2.5	29	89	8	105	81	0	18	0	0.70
2258141--2258220	37	2.1	38	88	6	119	81	0	18	0	0.70
2258474--2258639	18	9.2	17	69	19	88	31	15	12	40	1.84
2258470--2258639	17	9.4	18	67	18	68	31	15	12	40	1.84
2258545--2258639	33	2.7	36	80	4	106	34	14	12	37	1.84
2262466--2262523	27	2.2	27	77	19	68	62	1	5	31	1.27
2276496--2276794	151	2.0	148	90	3	465	20	15	23	41	1.89
2281229--2281367	70	2.0	70	85	0	188	37	20	19	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281299--2281650	90	3.9	90	83	5	449	34	25	17	22	1.95
2281299--2281650	185	1.9	178	86	7	492	34	25	17	22	1.95
2283068--2283123	29	1.9	29	85	7	78	42	16	12	28	1.84
2284282--2284317	16	2.3	16	90	4	56	25	25	25	25	2.00
2290261--2290473	110	1.9	110	86	0	300	26	10	23	39	1.86
2310615--2310669	21	2.6	22	73	21	55	27	5	61	5	1.40
2312752--2312792	15	2.7	15	80	0	55	60	2	9	26	1.40
2312792--2313074	141	2.0	142	99	0	559	45	2	6	45	1.40
2314731--2314854	64	1.9	64	91	0	203	28	12	29	29	1.93
2316649--2316700	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
2316662--2316713	19	2.6	20	81	6	52	46	0	1	51	1.12
2319445--2319477	16	2.1	16	88	11	50	48	9	0	42	1.35
2319851--2319934	30	2.7	30	78	9	80	51	8	8	32	1.62
2320959--2320984	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
2331245--2331279	12	2.9	12	95	0	61	5	25	2	65	1.28
2338512--2338983	147	3.2	147	90	1	705	27	23	19	28	1.99
2344437--2344498	25	2.5	25	94	0	106	25	20	19	33	1.96
2351115--2351161	21	2.3	21	85	3	60	57	6	2	34	1.36
2351526--2351553	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2352571--2352597	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2352663--2352700	4	9.2	4	94	5	67	52	0	0	47	1.00
2354446--2354485	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354434--2354500	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
2354469--2354508	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
2355878--2355916	7	5.6	7	100	0	78	69	15	0	15	1.20
2356412--2356451	7	5.7	7	90	0	62	77	0	0	22	0.77
2356411--2356452	13	3.2	13	86	6	57	76	0	0	23	0.79
2361832--2362008	96	1.9	95	82	8	225	29	6	17	46	1.72
2363669--2363707	20	2.0	20	89	0	60	28	2	2	66	1.18
2376551--2376596	22	2.1	22	95	0	83	43	19	8	28	1.80
2379796--2380400	263	2.3	262	88	2	863	29	15	19	35	1.93
2380388--2380412	12	2.1	12	100	0	50	8	8	24	60	1.52
2384277--2384420	58	2.4	58	80	4	164	34	13	23	29	1.92
2384643--2384673	12	2.6	12	94	0	53	22	9	9	58	1.59
2385347--2385384	19	2.0	19	100	0	76	42	10	15	31	1.81
2385477--2385541	33	2.0	33	87	0	94	64	6	13	15	1.47
2387030--2387063	18	1.9	18	94	5	61	29	0	0	70	0.87
2387031--2387068	17	2.2	17	86	9	51	34	0	0	65	0.93
2388313--2388370	29	2.0	30	86	3	82	27	15	10	46	1.78
2390980--2391004	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
2395164--2395191	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2395134--2395275	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
2395264--2395305	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2395279--2395340	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395134--2395297	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
2396407--2396448	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2402114--2402155	18	2.2	19	84	16	52	64	2	2	30	1.19
2404392--2404433	18	2.2	19	84	16	52	64	2	2	30	1.19
2409767--2410152	136	2.7	140	85	9	450	37	19	15	28	1.92
2410209--2410471	132	2.0	131	87	4	377	34	19	16	28	1.94
2410233--2410633	130	3.1	130	81	6	407	36	19	15	28	1.93
2422686--2422744	30	1.9	31	89	3	93	28	6	16	47	1.72
2427535--2427567	17	1.9	17	88	11	50	54	0	3	42	1.15
2428161--2428199	18	2.2	18	90	0	60	48	10	7	33	1.66
2428674--2428811	69	2.0	69	91	0	222	44	9	13	33	1.75
2429638--2431285	889	1.9	878	100	0	2648	41	12	13	31	1.82
2438164--2438196	15	2.2	15	89	10	50	51	18	27	3	1.60
2444708--2444776	31	2.2	31	78	0	75	39	21	15	23	1.92
2449253--2449509	87	3.0	88	81	6	310	23	12	18	46	1.82
2452349--2452403	27	2.0	27	89	0	83	56	7	12	23	1.61
2454906--2454955	21	2.4	21	80	3	57	50	2	0	48	1.12
2454918--2454959	21	2.0	21	90	0	66	47	2	0	50	1.14
2461617--2461648	15	2.1	15	100	0	64	40	0	31	28	1.57
2473401--2473445	22	2.1	22	84	12	58	55	2	13	28	1.50
2473887--2473911	13	1.9	13	100	0	50	16	0	44	40	1.47
2484683--2484758	1	76.0	1	77	0	62	86	7	1	3	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484683--2484758	8	9.5	8	79	10	77	86	7	1	3	0.73
2484683--2484758	16	4.7	15	81	13	89	86	7	1	3	0.73
2484788--2484824	6	5.8	6	93	6	56	83	0	16	0	0.64
2484790--2484824	7	5.3	7	93	6	56	85	0	14	0	0.59
2484788--2484824	13	2.8	13	84	15	58	83	0	16	0	0.64
2487272--2487773	44	11.5	43	66	13	202	31	18	21	28	1.96
2487259--2487511	129	2.0	129	92	1	418	32	18	20	28	1.97
2487478--2487693	46	4.8	46	73	8	192	30	19	22	27	1.98
2487483--2487773	134	2.2	134	94	1	503	30	18	21	29	1.97
2487253--2487815	309	1.8	304	88	2	867	31	18	21	28	1.97
2488461--2488485	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02
2489354--2489405	3	18.0	3	76	7	54	30	5	1	61	1.30
2489306--2489405	6	16.8	6	68	13	55	32	6	3	59	1.37
2489306--2489405	9	11.2	9	70	13	55	32	6	3	59	1.37
2489501--2489546	23	2.0	23	86	0	65	39	4	2	54	1.32
2489953--2490168	109	2.0	108	93	2	371	30	17	18	33	1.94
2490806--2490861	29	1.9	29	85	7	78	41	17	16	25	1.89
2491525--2492525	500	2.0	501	99	0	1995	38	9	11	39	1.75
2497441--2497496	30	1.9	28	85	7	76	66	3	1	28	1.19
2499758--2499915	63	2.6	59	75	11	201	32	15	15	36	1.90
2507687--2507735	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
2508831--2509169	109	3.1	109	100	0	678	53	4	5	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510714--2510790	31	2.5	31	85	4	84	24	5	15	54	1.61
2516301--2516377	31	2.5	31	85	4	84	25	6	14	53	1.65
2520095--2520155	25	2.4	26	78	10	65	29	1	19	49	1.58
2520417--2521130	175	4.1	175	86	1	946	43	21	12	22	1.85
2523682--2523717	18	2.0	18	94	0	63	22	30	5	41	1.76
2525127--2525357	46	5.0	46	90	0	372	34	9	26	29	1.87
2526248--2526637	125	3.1	125	92	0	636	36	20	13	29	1.90
2537017--2537042	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2540085--2540526	230	1.9	230	81	6	529	42	15	10	31	1.81
2540556--2540926	112	3.3	112	79	10	337	52	12	12	23	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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