genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23899160--23899666	221	2.3	219	86	3	660	28	24	16	30	1.96
23899592--23900491	88	10.2	88	87	1	1126	24	26	23	25	2.00
23900297--23900426	44	3.0	43	65	7	100	20	25	26	26	1.99
23906998--23907052	21	2.7	21	91	5	87	36	18	10	34	1.86
23909504--23909681	97	1.8	98	90	3	288	34	17	18	29	1.94
23910042--23910087	19	2.3	20	85	7	58	28	2	4	65	1.23
23912284--23912508	5	45.0	5	91	3	364	40	1	19	39	1.62
23912711--23912750	21	2.0	21	85	5	55	17	7	12	62	1.52
23913214--23913248	17	2.1	16	89	5	52	62	0	0	37	0.95
23913203--23913251	20	2.3	20	82	6	62	65	0	2	32	1.04
23922947--23922979	16	2.1	16	88	11	50	36	3	15	45	1.61
23923721--23923749	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
23925788--23925985	69	2.8	70	82	1	245	32	24	21	22	1.98
23925788--23925995	70	3.0	70	82	1	247	32	23	21	22	1.98
23926486--23926562	13	5.5	13	67	27	50	32	15	3	48	1.64
23926499--23926578	16	5.4	16	67	27	68	32	16	2	48	1.59
23926486--23926587	29	3.5	29	100	0	204	32	16	3	47	1.65
23926978--23927031	20	2.7	19	76	23	58	70	0	3	25	1.04
23927883--23927925	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
23927881--23927927	23	2.0	23	100	0	94	46	17	0	36	1.48
23927885--23927934	23	2.2	23	92	0	82	52	14	0	34	1.42
23929882--23929918	19	1.9	19	94	0	65	24	13	27	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23930693--23930726	6	5.3	6	86	13	50	20	0	0	79	0.73
23937768--23937817	23	2.2	23	92	0	82	54	12	0	34	1.38
23962239--23962296	21	2.8	21	80	14	66	0	22	1	75	0.89
23962237--23962291	22	2.5	23	85	11	71	0	23	1	74	0.91
23973011--23973054	20	2.2	20	84	11	56	31	2	2	63	1.19
23973367--23973422	28	2.0	29	86	10	80	28	0	1	69	0.98
23975487--23975596	51	2.2	51	85	3	141	29	15	9	46	1.76
23977361--23977408	15	3.0	16	75	9	53	37	0	4	58	1.18
23980756--23980797	6	7.0	6	94	0	66	50	0	0	50	1.00
23980756--23980797	4	10.5	4	89	0	66	50	0	0	50	1.00
23983972--23984033	31	2.1	30	84	6	81	50	4	0	45	1.23
23990591--23990625	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
23990726--23990769	13	3.7	13	77	22	60	54	0	0	45	0.99
23990713--23990770	22	2.7	22	97	2	109	53	0	0	46	1.00
23995153--23995179	11	2.5	11	100	0	54	33	22	11	33	1.89
23996247--23996290	16	2.6	17	89	3	63	18	0	25	56	1.41
23996250--23996290	17	2.5	16	88	4	55	17	0	26	56	1.41
23996743--23996784	20	2.0	21	81	9	50	54	2	7	35	1.41
24003016--24003061	20	2.2	20	80	7	56	69	2	21	6	1.22
24003917--24003963	3	15.7	3	86	0	67	31	2	4	61	1.27
24004015--24004067	21	2.5	21	84	12	72	30	0	5	64	1.17
24010828--24010945	30	3.8	29	76	15	101	27	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24012439--24012483	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
24012516--24012540	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
24019145--24019184	11	3.6	11	89	0	62	65	2	0	32	1.06
24027830--24028095	43	6.0	44	74	7	180	32	15	21	29	1.95
24027876--24028189	89	3.5	90	81	4	343	31	16	23	28	1.96
24027801--24028189	45	8.8	45	75	6	276	32	15	23	28	1.96
24029686--24029738	3	18.3	3	81	14	67	30	0	1	67	1.01
24030010--24030040	15	2.1	15	93	0	53	19	9	0	70	1.14
24031830--24031859	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24033594--24033960	50	7.3	50	65	2	153	23	23	21	30	1.99
24033544--24033952	100	4.1	100	88	0	593	24	22	22	31	1.99
24034030--24034124	50	1.9	50	86	0	136	23	25	22	29	1.99
24034029--24034136	50	2.2	50	81	0	126	24	24	21	30	1.99
24034188--24034316	45	2.9	44	68	4	125	25	24	19	30	1.98
24034289--24034793	44	11.7	44	85	7	664	30	26	16	26	1.97
24044984--24045059	15	5.1	15	67	10	57	46	6	22	25	1.76
24044980--24045059	30	2.7	30	94	0	133	47	6	22	23	1.74
24049893--24049943	15	3.4	15	68	10	50	49	7	19	23	1.74
24049889--24049968	30	2.7	30	92	0	124	47	6	21	25	1.73
24052414--24052445	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
24064397--24064429	17	2.0	16	94	5	57	60	0	0	39	0.97
24067267--24067460	62	3.2	59	78	13	198	40	3	3	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24076663--24076700	8	4.6	8	87	6	58	13	2	0	84	0.73
24077852--24077910	29	2.0	29	86	0	82	35	6	11	45	1.67
24078844--24078908	29	2.2	30	83	8	80	56	4	6	32	1.44
24079185--24079291	53	2.0	53	96	0	196	31	24	1	42	1.65
24079826--24079866	16	2.6	16	100	0	82	43	0	4	51	1.23
24084164--24084205	20	2.1	20	100	0	84	23	4	40	30	1.75
24092914--24092944	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
24096895--24096925	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
24099579--24099633	23	2.4	24	75	9	60	38	1	5	54	1.34
24103283--24103441	43	4.0	42	72	19	140	23	13	25	37	1.92
24105791--24105890	47	2.1	47	81	3	112	26	15	28	31	1.95
24108635--24108818	76	2.4	76	92	0	296	22	15	28	33	1.95
24114512--24114559	24	2.0	24	83	0	60	6	18	25	50	1.70
24118893--24119098	103	2.0	103	90	0	322	31	16	16	35	1.92
24124956--24124994	10	3.9	10	80	12	53	17	23	15	43	1.87
24124946--24124991	20	2.3	20	78	14	58	23	26	15	34	1.94
24130724--24130767	12	3.5	12	82	17	54	29	2	2	65	1.16
24130700--24130773	26	3.0	24	78	11	71	25	5	1	67	1.20
24133167--24133338	43	4.0	43	72	10	136	30	26	17	25	1.97
24136732--24136769	19	2.0	19	100	0	76	52	10	21	15	1.72
24144023--24144308	143	2.0	143	100	0	572	32	20	13	32	1.91
24144023--24144361	143	2.4	142	90	4	364	35	18	12	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24144356--24144409	27	2.0	28	85	3	74	46	1	9	42	1.46
24149565--24149605	16	2.6	16	100	0	82	26	29	7	36	1.83
24149730--24149755	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
24149704--24149755	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
24149906--24149953	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
24150172--24150231	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
24150445--24150481	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
24150535--24150565	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24159416--24159478	10	6.4	10	77	14	51	31	1	0	66	1.01
24159395--24159510	40	2.9	41	88	8	184	35	3	0	60	1.20
24159435--24159501	11	6.4	11	75	18	63	37	2	0	59	1.13
24159484--24159523	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
24159483--24159537	21	2.5	20	80	13	56	38	1	3	56	1.28
24160043--24160345	65	4.9	57	73	19	225	29	1	23	45	1.61
24160100--24160345	65	3.8	64	87	2	357	28	1	24	45	1.63
24164497--24165232	365	2.0	366	98	0	1411	31	16	21	30	1.96
24165586--24165913	113	2.9	113	82	6	405	25	24	24	26	2.00
24166460--24166534	14	5.1	14	75	10	60	28	1	32	38	1.65
24166515--24166554	14	2.9	14	88	0	53	20	0	45	35	1.51
24166527--24166565	12	3.1	12	88	7	51	17	0	51	30	1.46
24166534--24166571	19	2.0	19	89	0	58	18	0	47	34	1.49
24166694--24166858	42	3.9	42	91	4	278	23	21	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24166694--24166858	85	2.0	84	92	3	278	23	21	23	32	1.98
24167526--24167566	16	2.6	16	92	0	73	34	7	29	29	1.84
24169642--24170010	26	14.2	26	84	1	427	36	19	17	26	1.93
24170165--24170229	27	2.4	27	82	7	71	16	21	26	35	1.95
24177411--24177634	26	8.6	26	88	0	322	36	18	18	27	1.94
24177411--24177731	52	5.9	52	80	9	331	35	18	18	26	1.94
24177411--24177742	78	4.1	78	79	11	337	36	19	18	26	1.94
24177597--24177669	38	1.9	38	88	5	112	31	23	21	23	1.98
24177571--24177698	64	2.0	64	85	8	172	32	21	21	25	1.97
24177545--24177715	90	1.9	90	89	4	265	34	19	19	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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