genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  6  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1855114--1855149	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
1856396--1856560	83	2.0	83	91	0	267	40	9	13	36	1.77
1857120--1857158	2	20.0	2	94	5	71	51	48	0	0	1.00
1862189--1862218	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1862373--1862422	23	2.2	23	85	7	66	44	0	2	54	1.11
1863047--1863073	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1863819--1863874	30	1.9	30	86	13	82	30	8	21	39	1.84
1865011--1865063	24	2.2	24	83	3	63	24	18	9	47	1.78
1866053--1866100	24	2.0	24	84	8	62	50	2	8	39	1.44
1873034--1873067	17	2.0	17	88	0	50	35	5	20	38	1.77
1874757--1874792	16	2.1	18	90	10	58	52	2	0	44	1.15
1880354--1880402	4	12.2	4	95	0	89	51	26	0	22	1.49
1880802--1881344	63	8.5	62	73	16	377	27	10	11	50	1.71
1880783--1881094	130	2.4	130	90	4	481	25	10	12	51	1.70
1881220--1881335	55	2.1	54	87	7	164	26	9	10	53	1.65
1882915--1882969	27	2.0	28	82	3	67	47	5	9	38	1.58
1887241--1887311	19	3.7	20	79	9	76	30	4	2	61	1.29
1891673--1891725	27	2.0	27	88	0	79	9	26	24	39	1.86
1897464--1897596	48	2.8	48	88	0	212	42	15	17	25	1.88
1897425--1897596	96	1.8	93	87	6	256	40	16	18	25	1.90
1898152--1898275	43	2.9	42	85	4	160	29	27	16	27	1.97
1906330--1906355	7	3.7	7	100	0	52	42	0	26	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1914751--1914831	40	2.0	40	82	0	99	20	19	23	35	1.96
1918120--1918202	18	4.6	18	78	3	78	16	39	32	10	1.84
1922353--1922385	16	2.1	16	100	0	66	18	33	12	36	1.88
1929845--1930387	51	10.7	51	76	7	442	26	16	26	30	1.96
1929845--1930276	102	4.3	102	91	1	611	28	15	25	30	1.95
1929891--1930387	253	2.0	255	83	4	630	26	16	26	30	1.97
1938722--1938837	45	2.6	45	84	0	151	38	13	21	25	1.91
1941874--1941901	11	2.5	11	100	0	56	0	0	7	92	0.37
1947548--1947629	19	4.3	19	90	0	137	36	14	10	37	1.82
1947525--1947629	38	2.7	38	86	5	138	39	14	9	37	1.78
1961618--1961656	20	1.9	21	84	5	53	56	15	10	17	1.66
1978533--1978574	21	2.0	21	90	0	66	40	11	26	21	1.88
1979031--1979056	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
1979063--1979217	40	3.9	40	91	1	242	30	21	25	21	1.98
1979045--1979217	80	2.2	78	86	5	238	30	20	26	23	1.99
1979268--1979555	41	7.0	41	87	5	402	19	21	30	28	1.98
1979268--1979598	123	2.7	119	79	8	360	20	21	28	29	1.98
1980032--1980059	6	4.7	6	100	0	56	35	14	17	32	1.90
1984715--1985130	43	9.7	42	75	6	174	22	18	32	25	1.97
1984757--1985134	43	8.8	43	77	2	375	22	19	33	25	1.97
1984757--1985150	129	3.1	128	79	3	459	22	19	32	25	1.97
1985183--1985224	22	1.9	22	85	0	57	42	26	19	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988327--1988393	18	3.8	17	92	4	98	16	40	34	8	1.80
1995918--1996132	75	2.9	75	94	0	376	34	15	19	29	1.93
2000555--2001115	115	4.9	114	88	2	820	25	25	22	26	2.00
2000560--2001115	229	2.4	229	91	1	902	25	25	23	26	2.00
2012613--2012660	21	2.4	20	86	6	62	27	2	8	62	1.35
2014291--2014355	29	2.2	29	83	0	94	21	15	12	50	1.76
2021003--2021059	27	2.2	26	81	9	62	43	8	3	43	1.52
2025645--2025691	21	2.3	20	82	10	60	23	0	6	70	1.10
2029664--2029690	7	3.9	7	100	0	54	74	11	14	0	1.08
2035873--2035907	14	2.6	13	86	8	52	20	2	2	74	1.08
2036313--2036354	20	2.1	20	91	8	68	45	4	7	42	1.52
2042556--2042685	43	3.0	42	80	12	165	30	27	19	23	1.98
2044219--2044322	52	2.0	52	98	0	199	39	13	14	32	1.85
2046235--2046274	20	2.0	20	85	9	55	35	2	5	57	1.34
2047959--2048116	73	2.2	73	97	0	298	31	12	20	35	1.90
2056824--2056869	18	2.6	18	89	0	65	26	15	8	50	1.73
2062954--2063035	40	2.0	40	92	0	137	46	1	7	45	1.39
2063102--2063278	87	2.0	88	98	1	347	49	5	6	37	1.53
2063941--2064146	72	2.9	72	88	0	295	33	11	11	44	1.76
2067126--2067162	19	1.9	19	100	0	74	37	2	16	43	1.62
2068563--2068691	55	2.5	51	78	6	143	36	20	12	31	1.89
2071202--2071240	19	2.2	19	86	9	55	5	2	20	71	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076592--2076622	16	1.9	16	100	0	62	45	9	0	45	1.36
2077004--2077062	29	2.1	29	93	3	102	45	15	13	25	1.82
2077086--2077148	29	2.2	29	94	0	108	23	17	7	50	1.72
2077086--2077164	29	2.7	29	86	0	77	22	18	8	49	1.75
2091546--2091667	65	1.9	65	84	3	165	41	17	17	23	1.89
2092093--2092139	21	2.3	20	89	7	69	25	0	8	65	1.20
2095639--2095699	32	1.9	32	90	3	97	42	16	8	32	1.78
2097459--2097506	21	2.3	21	92	0	78	25	27	20	27	1.99
2108285--2108331	21	2.3	20	82	10	60	23	0	6	70	1.10
2115154--2115847	347	2.0	347	100	0	1388	26	25	16	31	1.96
2116749--2116869	55	2.3	53	82	5	147	35	22	13	28	1.92
2117124--2117177	28	1.9	28	88	7	83	31	16	20	31	1.95
2123766--2123801	15	2.4	15	95	0	63	41	11	2	44	1.54
2124319--2124354	15	2.4	15	95	0	63	41	11	2	44	1.54
2123486--2124594	553	2.0	553	99	0	2191	35	16	16	32	1.91
2134426--2134474	20	2.5	20	83	3	55	63	6	2	28	1.30
2137105--2137213	53	2.0	54	92	3	184	32	12	10	44	1.76
2137900--2137932	17	1.9	17	93	0	57	63	3	3	30	1.24
2140204--2140260	28	2.0	28	83	6	71	33	1	5	59	1.30
2143053--2143274	110	2.0	111	98	1	428	44	18	5	31	1.72
2150175--2150210	18	2.0	18	88	0	54	80	2	16	0	0.83
2156852--2156954	27	3.8	27	93	0	179	16	22	37	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156971--2157008	19	2.0	19	94	0	67	34	0	18	47	1.49
2157083--2157132	15	3.1	16	78	18	59	56	6	0	38	1.24
2157129--2157257	49	2.7	46	81	12	154	51	14	1	31	1.52
2157176--2157262	22	3.7	22	82	14	120	52	13	1	32	1.48
2157303--2157359	27	2.1	27	90	0	87	35	1	14	49	1.53
2157638--2157682	16	2.9	15	81	12	63	60	2	0	37	1.09
2159202--2159229	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2160056--2160205	18	8.1	18	74	12	115	45	10	13	30	1.77
2160042--2160084	20	2.1	21	82	4	52	39	9	20	30	1.84
2160062--2160163	35	2.9	34	78	8	98	48	11	13	26	1.77
2160145--2160188	24	1.9	22	90	9	70	40	9	6	43	1.63
2160644--2160694	13	3.8	13	81	2	57	0	19	0	80	0.71
2160758--2160803	24	1.9	24	86	0	65	8	28	39	23	1.84
2160828--2160876	16	3.1	16	76	5	55	0	12	10	77	0.99
2160985--2161026	9	4.8	9	83	13	52	0	16	0	83	0.65
2160987--2161026	19	2.1	19	90	9	64	0	15	0	85	0.61
2161369--2161520	30	5.1	31	79	9	165	44	3	17	34	1.67
2161384--2161520	59	2.3	60	86	5	199	44	3	17	34	1.66
2168851--2168880	14	2.1	14	93	6	51	16	0	10	73	1.09
2171474--2171528	20	2.5	22	80	11	60	52	0	0	47	1.00
2185221--2185255	16	2.1	17	89	5	54	45	0	0	54	0.99
2185244--2185498	86	3.0	86	98	1	487	41	11	3	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192439--2192497	21	2.9	21	80	5	59	49	0	0	50	1.00
2193140--2193299	49	3.3	49	100	0	320	44	10	11	34	1.74
2193655--2193697	15	2.8	15	78	3	50	39	0	0	60	0.97
2195938--2195984	22	2.2	21	85	11	60	53	0	0	46	1.00
2196841--2196903	30	2.0	32	87	6	94	42	9	17	30	1.81
2197246--2197271	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2200538--2200593	31	1.9	31	85	10	82	37	3	5	53	1.41
2201573--2201749	87	2.0	88	98	1	347	55	6	7	29	1.54
2201659--2201708	26	2.0	24	84	7	64	72	0	6	22	1.07
2203227--2203361	31	4.3	30	73	15	103	47	13	14	25	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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