genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  27  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8567915--8567967	16	3.5	15	77	7	54	20	1	3	73	1.08
8570434--8570464	14	2.3	13	94	5	53	90	9	0	0	0.46
8573205--8573269	26	2.5	26	82	5	69	32	3	6	58	1.38
8584811--8585262	44	9.9	45	75	7	349	33	16	20	29	1.94
8584962--8585121	51	3.3	50	71	16	163	33	14	21	30	1.93
8584900--8585252	96	3.8	95	84	5	384	34	16	20	29	1.94
8585091--8585383	44	6.6	44	75	10	231	34	18	18	28	1.95
8586987--8587042	28	2.0	29	85	3	78	12	3	7	76	1.11
8587005--8587052	17	2.9	15	77	22	51	12	4	4	79	1.02
8588990--8589036	22	2.1	22	100	0	94	31	25	8	34	1.86
8595550--8595727	95	1.9	95	84	2	241	41	2	15	40	1.62
8595930--8596209	126	2.2	126	90	0	425	31	18	22	26	1.98
8599777--8599814	18	2.1	18	90	0	58	42	10	26	21	1.85
8601658--8601743	22	3.5	22	69	21	64	44	1	27	26	1.62
8601707--8601748	11	3.7	12	87	9	61	45	0	30	23	1.53
8606660--8606712	18	2.9	18	88	2	70	20	18	30	30	1.97
8609193--8609242	26	1.9	26	84	8	66	46	14	2	38	1.56
8612869--8612926	6	9.2	6	74	10	53	75	3	18	1	1.03
8612874--8612914	21	1.9	22	85	14	59	75	4	17	2	1.08
8642284--8642332	20	2.5	19	76	3	53	28	20	0	51	1.48
8649909--8649955	23	2.0	24	91	4	78	70	4	6	19	1.26
8652612--8652825	104	2.1	104	96	0	392	33	21	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8653477--8653507	12	2.5	13	94	5	55	16	22	0	61	1.34
8669335--8669368	10	3.4	10	95	0	59	23	0	0	76	0.79
8669587--8669624	15	2.3	16	86	13	51	84	0	15	0	0.63
8669587--8669625	17	2.2	18	86	4	53	84	0	15	0	0.62
8669716--8669751	18	2.0	18	94	0	63	11	36	13	38	1.81
8675228--8675413	69	2.7	69	82	3	214	32	25	22	19	1.98
8675435--8675548	59	1.9	59	96	0	210	33	13	12	41	1.81
8675964--8676039	11	7.0	11	71	11	50	36	0	1	61	1.04
8688588--8688624	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
8698056--8698151	33	3.0	32	80	14	119	44	0	13	41	1.44
8698246--8698674	126	3.4	125	85	2	576	39	16	16	27	1.90
8701821--8702011	62	3.1	61	83	9	223	51	8	4	35	1.53
8702092--8702135	21	2.1	21	91	0	70	4	9	45	40	1.56
8702390--8702425	18	2.0	18	100	0	72	38	5	27	27	1.79
8703933--8704005	30	2.3	32	77	11	80	64	2	2	30	1.21
8704134--8704193	21	3.0	21	72	13	56	45	1	23	30	1.63
8705095--8705143	16	3.1	16	90	0	80	34	6	34	24	1.80
8705125--8705212	44	2.0	46	93	4	153	27	4	30	37	1.77
8705354--8705728	121	3.1	121	99	0	734	51	4	0	42	1.28
8705726--8705764	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
8709106--8709132	14	1.9	14	100	0	54	66	0	25	7	1.17
8709494--8709523	14	2.1	14	100	0	60	43	6	26	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8713656--8713717	31	2.0	31	96	0	115	37	9	17	35	1.83
8719407--8719439	7	4.7	7	92	0	57	3	0	39	57	1.14
8721728--8721839	43	2.6	42	78	9	95	26	16	26	30	1.96
8730188--8730222	16	2.1	18	89	10	56	57	31	5	5	1.46
8731559--8731636	3	25.3	3	72	12	52	30	2	3	62	1.26
8731568--8731636	13	5.5	13	71	11	54	31	1	4	62	1.24
8731559--8731636	19	3.9	19	69	22	61	30	2	3	62	1.26
8732371--8732490	61	2.0	61	96	0	222	56	8	2	32	1.42
8732867--8732906	18	2.2	18	86	0	53	45	10	20	25	1.81
8734447--8734507	30	2.0	31	84	9	81	65	0	3	31	1.09
8742891--8742947	13	4.4	13	71	8	53	57	1	1	38	1.19
8743071--8743136	3	22.0	3	96	0	123	66	1	0	31	1.01
8744122--8744163	20	2.0	21	82	13	52	7	4	35	52	1.50
8745664--8745758	40	2.4	40	94	1	165	10	14	30	44	1.79
8747208--8747253	16	2.9	16	90	6	67	41	2	32	23	1.67
8747230--8747327	44	2.2	44	83	1	124	34	5	27	32	1.79
8747474--8747534	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
8747481--8747624	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
8747449--8747656	91	2.3	91	89	2	301	46	3	3	46	1.37
8747430--8747616	44	4.1	43	69	16	119	48	3	2	45	1.32
8747499--8747637	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
8748909--8748975	27	2.5	28	79	16	70	34	16	11	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8757025--8757208	63	2.7	68	78	12	189	44	14	10	30	1.79
8757097--8757189	32	3.0	31	73	14	109	45	16	10	27	1.80
8757097--8757205	31	3.4	32	73	14	109	45	15	10	28	1.78
8757609--8757640	8	4.0	8	91	0	55	40	0	0	59	0.97
8757607--8757644	16	2.3	17	90	9	69	42	0	0	57	0.98
8758758--8758865	40	2.7	41	85	2	130	33	8	19	38	1.82
8759055--8759159	45	2.3	45	87	6	158	22	19	16	41	1.89
8759139--8759182	6	7.2	6	84	5	61	18	20	15	45	1.85
8760179--8760282	41	2.5	41	87	0	136	27	26	18	26	1.98
8762818--8762843	11	2.4	11	100	0	52	15	26	0	57	1.38
8770561--8770795	117	2.0	117	98	0	452	50	10	12	25	1.73
8780014--8780062	20	2.5	20	86	3	64	55	2	2	40	1.23
8794476--8795294	207	4.0	207	80	3	777	19	20	25	34	1.96
8794476--8795278	69	11.6	69	77	2	599	19	20	24	34	1.96
8804651--8804702	27	1.9	27	88	7	79	44	26	17	11	1.83
8807535--8807573	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
8810301--8810334	11	3.1	11	86	0	50	44	0	55	0	0.99
8815964--8816065	44	2.4	41	72	19	100	36	30	3	29	1.76
8815977--8816065	44	2.0	46	93	4	155	38	30	4	26	1.76
8816049--8816088	16	2.5	16	87	0	53	25	30	2	42	1.68
8824511--8824540	15	2.0	15	100	0	60	20	13	26	40	1.89
8826665--8826731	34	1.9	35	90	3	109	47	11	7	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8826985--8827072	30	2.9	30	80	11	81	45	10	14	29	1.78
8864958--8865011	17	2.9	19	81	18	69	48	0	0	51	1.00
8864965--8865011	20	2.7	18	81	18	55	46	0	0	53	1.00
8864948--8865003	17	3.8	16	79	15	59	50	0	0	50	1.00
8865122--8865152	14	2.2	14	94	0	53	32	0	3	64	1.09
8865202--8865254	27	2.0	26	81	3	61	69	3	26	0	1.05
8866055--8866136	41	2.0	41	83	9	105	37	1	24	36	1.64
8866073--8866156	41	2.0	41	84	4	107	35	1	25	38	1.64
8866107--8866177	36	2.1	33	82	12	81	35	2	23	38	1.70
8880640--8880664	12	2.1	12	100	0	50	8	52	8	32	1.60
8881089--8881122	7	4.9	7	100	0	68	14	14	11	58	1.63
8882618--8882648	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
8896174--8896456	141	2.0	142	99	0	559	38	4	8	48	1.55
8897033--8897099	26	2.7	24	77	11	64	43	1	1	53	1.19
8900081--8900118	20	1.9	20	88	0	58	76	5	15	2	1.08
8900094--8900135	21	2.0	22	85	4	59	78	7	11	2	1.04
8913108--8913162	4	13.8	4	88	0	83	29	1	21	47	1.61
8913252--8913306	4	13.8	4	88	0	83	29	1	21	47	1.61
8913052--8913329	144	1.9	144	100	0	556	33	17	17	32	1.93
8914808--8915044	118	2.0	118	95	1	422	35	8	9	46	1.66
8918237--8918313	14	5.0	15	70	20	52	35	7	15	41	1.76
8920805--8920923	61	2.0	60	96	1	220	15	23	12	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8920948--8921034	42	2.0	44	95	4	160	24	9	10	56	1.62
8924256--8924343	43	2.0	43	97	0	167	26	15	19	38	1.92
8924866--8924913	17	2.7	18	78	18	55	60	6	4	29	1.40
8930289--8930319	16	2.0	16	93	6	55	19	6	29	45	1.75
8930527--8930567	19	2.1	20	95	4	75	29	9	14	46	1.77
8930640--8930880	126	1.9	126	87	1	358	40	12	7	39	1.71
8933656--8933681	12	2.2	12	100	0	52	46	7	0	46	1.31
8937332--8937373	21	2.0	22	90	4	68	69	7	21	2	1.25
8947746--8947799	27	1.9	29	81	7	67	35	3	1	59	1.26
8947860--8947912	16	3.3	16	81	7	63	39	3	24	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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