genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8236657--8236736	40	2.0	40	95	0	142	40	23	11	25	1.88
8245639--8245684	19	2.4	19	89	7	67	69	2	2	26	1.11
8248704--8248732	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
8248698--8248732	18	1.9	18	88	0	52	17	2	2	77	1.02
8257579--8257676	52	1.9	52	82	2	126	34	11	9	44	1.72
8261101--8261153	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
8261235--8261273	19	2.0	19	90	5	60	33	2	0	64	1.08
8261235--8261274	20	2.0	20	85	9	55	35	2	0	62	1.09
8261283--8261350	19	3.5	19	78	13	68	33	0	8	57	1.30
8261300--8261351	19	2.7	19	90	0	77	30	0	11	57	1.34
8263350--8263476	33	3.9	33	77	4	116	21	23	11	43	1.85
8269823--8269876	27	2.0	27	96	0	99	31	14	27	25	1.95
8272314--8272362	24	2.0	24	100	0	98	28	26	12	32	1.92
8274844--8275243	44	9.1	44	80	3	286	34	19	18	28	1.95
8274844--8275243	88	4.5	88	82	3	419	34	19	18	28	1.95
8274832--8275219	177	2.2	176	81	5	442	33	19	18	29	1.95
8276983--8277026	15	2.8	16	89	6	72	18	6	4	70	1.27
8277374--8277438	28	2.4	28	97	2	123	41	9	0	49	1.35
8278698--8278758	26	2.4	25	94	2	104	49	0	8	42	1.32
8280118--8280144	14	1.9	14	100	0	54	40	0	22	37	1.54
8280232--8280286	27	2.0	28	92	3	94	38	7	3	50	1.48
8280650--8280691	22	2.0	22	90	4	68	40	9	2	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8281520--8281564	22	2.0	22	87	8	65	48	0	0	51	1.00
8282696--8282777	9	8.6	9	75	10	65	62	0	3	34	1.13
8282694--8282779	20	4.2	20	75	16	63	63	0	3	32	1.11
8282694--8282787	21	4.7	21	76	15	67	63	0	4	31	1.13
8282695--8282778	10	8.6	10	70	12	50	63	0	3	33	1.12
8298971--8298995	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8308229--8308277	16	3.1	17	80	11	59	55	4	4	36	1.38
8308423--8308455	12	2.8	12	90	0	57	45	0	12	42	1.41
8308439--8308494	20	2.8	20	75	5	60	55	1	8	33	1.42
8308440--8308508	20	3.2	20	77	8	57	55	1	7	36	1.37
8308495--8308551	23	2.4	23	82	5	69	47	1	8	42	1.45
8310073--8310393	129	2.5	126	85	5	414	27	22	18	30	1.97
8323072--8323149	23	3.4	23	82	7	86	41	25	12	20	1.88
8326816--8327069	27	9.4	27	83	4	316	44	18	18	19	1.87
8327231--8327285	26	2.1	26	86	3	74	21	27	18	32	1.96
8327244--8327317	26	2.8	26	83	0	94	20	22	18	37	1.94
8327425--8327485	30	2.0	30	93	0	104	27	26	19	26	1.99
8327771--8327835	32	2.0	32	93	0	112	41	7	20	30	1.80
8329002--8329142	21	6.7	21	69	6	97	19	21	15	43	1.87
8329002--8329143	42	3.4	42	80	3	135	19	21	15	43	1.87
8335272--8335316	19	2.3	20	81	7	58	22	26	0	51	1.49
8336226--8336470	128	1.9	128	86	0	346	29	21	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8336690--8336771	38	2.1	39	86	2	112	43	8	21	25	1.81
8341457--8341823	190	1.9	188	86	4	524	28	19	18	34	1.95
8341847--8341886	22	1.9	20	90	10	62	42	5	15	37	1.68
8341889--8342072	95	2.0	91	85	8	244	40	17	18	23	1.91
8342586--8342626	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
8342853--8343069	109	2.0	110	88	5	323	35	20	16	27	1.94
8343012--8343110	52	2.0	49	88	6	144	30	21	16	32	1.95
8346361--8346393	15	2.2	15	94	0	57	15	6	3	75	1.11
8356233--8356276	11	3.9	11	79	5	52	6	15	0	77	0.97
8362427--8362482	29	1.9	29	92	0	94	51	12	12	23	1.73
8372008--8372049	15	2.7	16	88	3	68	28	0	0	71	0.86
8371931--8372057	68	1.9	68	82	9	161	31	5	1	61	1.28
8372008--8372056	15	3.2	15	86	11	64	28	2	0	69	1.00
8372007--8372058	8	6.5	8	76	14	54	26	1	0	71	0.97
8379870--8379925	15	3.7	15	76	9	60	32	17	0	50	1.47
8380249--8380273	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8384856--8384884	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
8386055--8386099	23	2.2	20	81	18	56	24	2	4	68	1.19
8386056--8386534	238	2.0	239	99	0	951	36	10	10	43	1.73
8387805--8387844	16	2.4	17	87	4	55	17	0	12	70	1.18
8401451--8401506	24	2.3	24	84	0	76	37	33	16	12	1.86
8401555--8401875	76	4.2	75	84	5	385	33	24	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8401659--8401765	25	4.2	25	70	11	74	34	25	13	27	1.93
8401678--8401867	25	7.5	25	68	13	75	32	23	14	28	1.94
8401555--8401875	152	2.1	152	85	5	427	33	24	14	28	1.94
8401803--8401882	25	3.2	25	75	10	74	35	22	15	27	1.94
8402404--8402473	3	23.3	3	97	0	131	68	31	0	0	0.90
8404086--8404157	36	2.0	36	100	0	144	25	13	11	50	1.75
8405903--8405941	20	2.0	20	89	0	60	48	12	10	28	1.74
8405891--8405957	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
8407014--8407071	30	1.9	30	92	0	98	18	41	29	10	1.84
8411757--8411812	21	2.5	22	88	8	78	48	3	8	39	1.52
8414862--8414917	29	2.0	29	85	3	78	32	30	16	21	1.95
8416510--8416561	26	2.0	26	100	0	104	30	7	30	30	1.85
8416752--8416784	17	1.9	17	93	0	57	24	0	9	66	1.20
8417552--8417579	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
8428881--8429131	105	2.4	103	79	7	245	35	16	16	31	1.92
8428965--8429138	52	3.3	52	76	7	183	32	14	21	31	1.94
8433844--8433883	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
8434810--8434897	44	2.0	44	84	0	113	14	15	30	38	1.88
8439492--8439567	29	2.6	30	78	16	86	60	0	9	30	1.28
8439535--8439583	24	2.0	24	84	7	64	59	0	16	24	1.37
8439486--8439546	3	20.7	3	89	3	70	62	0	6	31	1.21
8444481--8444662	101	1.9	99	88	7	284	38	10	10	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8458338--8458662	30	10.8	30	85	0	407	31	10	15	43	1.80
8458338--8458672	90	3.7	89	87	2	458	31	10	15	42	1.80
8468878--8468912	17	2.1	17	88	0	52	2	42	0	54	1.15
8470889--8470931	21	2.1	21	87	8	63	9	2	4	83	0.87
8482888--8482941	24	2.3	24	96	3	101	51	16	0	31	1.45
8484380--8484413	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
8493780--8493875	31	3.1	31	95	3	174	45	12	9	32	1.74
8494827--8494893	14	5.2	13	70	22	52	34	5	0	59	1.22
8496291--8496357	14	5.2	13	70	22	52	59	0	5	34	1.22
8497312--8497407	31	3.1	31	95	3	174	32	9	12	45	1.74
8499543--8499568	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
8506900--8506937	16	2.2	17	81	13	51	63	5	2	28	1.30
8509197--8509302	53	2.0	53	98	0	203	25	12	24	37	1.90
8511725--8511762	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
8519412--8519454	16	2.8	16	78	3	52	9	13	6	69	1.35
8529098--8529131	15	2.3	15	89	0	50	70	0	5	23	1.09
8543464--8543506	23	1.9	23	85	4	61	58	2	2	37	1.24
8544560--8544584	6	4.2	6	100	0	50	16	0	36	48	1.46
8553612--8553712	29	3.5	29	94	4	177	37	12	0	49	1.41
8553781--8553879	27	3.7	27	90	0	153	26	28	27	18	1.98
8554027--8554065	19	2.0	21	85	10	55	25	0	7	66	1.18
8554716--8554760	18	2.5	18	77	0	54	28	8	46	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8557863--8558088	26	8.7	26	100	0	452	49	7	19	23	1.74
8560186--8560299	22	5.4	21	71	24	82	0	30	0	69	0.89
8560180--8560320	41	3.4	41	75	18	139	0	32	0	67	0.91
8560156--8560268	26	4.4	25	71	17	90	0	30	0	69	0.89
8560215--8560300	34	2.5	35	83	10	108	0	31	0	68	0.90
8560211--8560300	35	2.5	35	87	8	119	0	30	0	70	0.88
8560173--8560334	83	1.9	83	86	10	233	0	32	0	67	0.91
8560231--8560322	20	4.8	19	77	15	75	0	34	0	65	0.93
8560363--8560431	27	2.6	27	95	0	120	15	26	28	28	1.96
8560500--8560600	29	3.5	28	92	8	159	47	0	13	38	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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