genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  66  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21818720--21818757	20	2.0	20	84	5	51	36	10	0	52	1.36
21819097--21819158	31	2.0	30	82	14	74	24	16	0	59	1.36
21822306--21822396	27	3.4	27	87	3	123	34	19	25	20	1.97
21826576--21826628	13	4.1	13	80	9	72	37	24	5	32	1.79
21826565--21826620	26	2.2	26	83	6	69	35	23	3	37	1.72
21831016--21831159	67	2.2	66	91	1	225	26	22	16	34	1.95
21831016--21831159	33	4.3	33	73	7	112	26	22	16	34	1.95
21831016--21831297	33	8.3	33	66	10	111	25	22	17	34	1.95
21833135--21833164	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
21833433--21833465	17	1.9	18	88	11	52	45	6	0	48	1.27
21838150--21838188	20	2.0	20	89	0	60	28	10	12	48	1.74
21838136--21838200	34	1.9	33	84	9	87	33	7	12	46	1.70
21849921--21850133	45	4.7	45	82	1	257	35	18	19	26	1.95
21849921--21850175	90	2.8	90	82	3	255	37	17	19	25	1.93
21850102--21850268	45	3.7	44	77	9	156	47	14	20	17	1.83
21853372--21853472	37	2.7	37	77	17	95	38	2	4	53	1.38
21857793--21857929	43	3.2	44	78	8	131	27	16	26	29	1.97
21857827--21857929	42	2.4	43	82	6	129	28	16	25	30	1.97
21860683--21860712	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
21862679--21862705	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21869808--21869918	53	2.1	53	85	6	145	32	25	15	27	1.95
21875053--21875149	42	2.3	43	76	5	108	24	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21876055--21876247	41	4.7	41	77	2	181	31	14	31	23	1.94
21876140--21876207	21	3.3	21	68	12	59	30	16	32	20	1.94
21876470--21876507	17	2.2	17	86	9	51	39	15	0	44	1.47
21877460--21877502	11	3.8	12	80	20	56	30	30	0	39	1.57
21877559--21877605	10	4.7	10	83	0	58	31	0	0	68	0.90
21878674--21878706	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
21879308--21879347	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
21879606--21879652	21	2.2	21	85	7	60	36	36	25	2	1.68
21879889--21880825	22	43.0	22	82	7	1078	45	31	0	22	1.55
21879918--21880825	43	21.0	43	82	6	1047	45	31	0	23	1.55
21879964--21880010	13	3.5	13	76	21	51	44	36	0	19	1.51
21879967--21880020	14	3.8	14	78	11	65	46	37	0	16	1.48
21879961--21880054	28	3.6	27	82	17	117	44	36	0	19	1.51
21883781--21884245	125	3.7	125	84	3	587	29	22	17	30	1.96
21891317--21891367	11	4.7	11	85	2	59	78	3	1	15	0.99
21891312--21891367	22	2.5	22	82	5	69	73	3	3	19	1.13
21891412--21891481	26	2.5	28	88	9	108	78	2	10	8	1.06
21891412--21891481	28	2.6	27	90	6	106	78	2	10	8	1.06
21908688--21908819	61	2.2	58	86	4	183	51	3	4	40	1.40
21920588--21920646	30	2.0	30	86	6	84	49	10	6	33	1.63
21927705--21927760	26	2.2	25	78	9	60	46	5	0	48	1.25
21932878--21933135	125	2.1	125	94	2	455	33	20	7	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21935404--21935594	64	3.0	64	89	3	305	40	25	5	27	1.78
21940876--21940991	41	2.8	41	85	2	153	18	19	28	32	1.96
21953844--21954395	136	4.1	136	92	0	908	45	15	3	34	1.64
21958229--21958329	20	5.1	20	69	9	71	16	30	20	31	1.95
21958229--21958348	40	3.0	40	87	4	179	17	30	19	32	1.95
21968487--21968527	18	2.4	17	87	4	55	41	4	4	48	1.46
21975644--21975721	40	2.0	40	89	0	120	41	17	11	29	1.85
21981558--21981635	40	2.0	40	86	0	111	43	15	10	30	1.80
21983285--21983316	13	2.3	15	89	10	50	43	12	18	25	1.85
21992920--21993007	45	2.0	45	90	0	140	26	15	22	35	1.94
21999785--21999836	24	2.1	25	85	3	70	28	5	5	59	1.44
21999845--21999900	23	2.5	21	76	21	51	26	10	0	62	1.28
21999960--21999998	19	2.1	19	85	9	53	43	5	0	51	1.24
22009265--22009915	143	4.6	143	90	0	964	29	20	22	27	1.99
22009265--22009915	285	2.3	286	89	1	1011	29	20	22	27	1.99
22009845--22009947	44	2.3	44	83	0	125	24	22	22	31	1.99
22010372--22010419	23	2.1	23	100	0	96	37	33	8	20	1.83
22011435--22011486	24	2.1	25	85	3	70	28	5	5	59	1.44
22011495--22011550	23	2.4	23	75	21	55	26	8	1	62	1.35
22018499--22018670	50	3.4	50	88	1	247	19	30	23	26	1.98
22022672--22023016	168	2.0	170	98	1	676	40	11	6	40	1.68
22025033--22025061	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22036742--22036822	30	2.7	28	80	14	83	43	6	6	44	1.54
22037384--22037453	5	14.0	5	73	16	56	37	1	1	60	1.15
22037383--22037453	25	2.9	24	85	6	79	36	1	1	60	1.14
22037511--22037573	31	2.0	31	90	0	99	31	9	20	38	1.85
22037629--22037668	20	2.0	20	100	0	80	45	15	15	25	1.84
22043316--22043653	29	11.8	29	73	7	224	27	15	19	37	1.92
22043394--22043644	115	2.2	114	81	3	272	26	16	21	35	1.94
22043326--22043653	57	5.7	57	77	3	228	27	16	19	36	1.93
22056758--22056790	16	2.0	17	88	5	50	60	9	0	30	1.27
22058547--22058593	21	2.2	22	84	3	60	57	6	14	21	1.60
22058711--22058856	48	2.8	53	80	13	185	45	15	5	33	1.70
22062649--22062687	18	2.2	18	100	0	78	23	23	15	38	1.92
22063396--22063499	43	2.4	43	91	0	172	40	14	8	36	1.77
22063701--22063729	7	4.1	7	100	0	58	17	13	27	41	1.87
22070621--22070661	14	2.7	15	85	7	57	21	2	2	73	1.07
22077216--22077254	14	2.8	14	88	0	60	33	5	15	46	1.68
22077257--22077296	15	2.7	15	80	3	55	37	2	7	52	1.43
22078668--22078708	21	2.0	21	95	0	73	14	19	29	36	1.92
22080066--22080123	18	3.0	21	71	19	63	56	0	3	39	1.16
22082293--22082389	48	2.0	48	89	2	149	43	21	13	21	1.87
22082583--22082653	36	2.0	36	88	5	108	47	15	11	25	1.78
22083381--22083483	51	2.0	51	92	0	170	17	21	21	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086600--22086673	36	2.1	36	100	0	148	40	16	10	32	1.83
22086740--22086810	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
22086757--22086810	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
22086739--22086802	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
22092844--22093015	58	2.9	59	81	7	195	52	4	1	40	1.32
22095541--22095810	147	1.9	147	79	7	311	26	15	21	37	1.93
22095604--22095939	146	2.3	146	79	7	331	26	16	20	35	1.94
22096152--22096219	34	2.0	34	88	5	102	10	36	22	30	1.87
22109447--22109474	12	2.3	12	100	0	56	39	21	39	0	1.54
22109850--22110033	43	4.3	43	76	8	110	29	20	20	29	1.98
22109955--22110079	43	2.9	42	85	5	153	24	20	21	33	1.97
22111367--22111414	21	2.3	21	89	3	71	39	6	14	39	1.71
22111377--22111417	21	2.0	21	100	0	82	39	4	12	43	1.63
22111639--22111681	20	2.2	20	91	0	68	39	4	11	44	1.62
22117774--22117813	18	2.2	18	86	8	55	40	0	2	57	1.12
22119756--22119796	22	1.9	21	85	5	55	46	0	0	53	1.00
22119989--22120047	30	2.0	30	86	6	84	33	6	5	54	1.49
22121285--22121391	28	3.9	27	73	16	69	41	3	1	53	1.30
22122827--22122989	25	6.6	24	83	6	150	33	21	23	21	1.97
22130278--22130333	25	2.2	24	84	9	76	35	19	26	17	1.94
22133020--22133088	27	2.6	25	80	13	75	27	1	1	69	1.05
22133021--22133089	9	7.6	9	72	13	52	26	1	1	71	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22133016--22133089	28	2.7	29	76	21	86	29	1	1	67	1.07
22135875--22135942	24	2.8	24	81	2	91	29	22	32	16	1.95
22135875--22135981	25	4.4	24	74	8	81	28	19	31	19	1.97
22136106--22136158	24	2.2	24	86	0	70	30	18	33	16	1.94
22140029--22140091	32	2.0	31	84	9	83	38	28	12	20	1.89
22145990--22146075	25	3.5	24	68	16	68	33	24	24	17	1.96
22146035--22146125	24	3.8	24	66	13	60	28	20	31	18	1.97
22148001--22148179	25	7.6	25	70	15	78	15	13	24	46	1.81
22148111--22148158	22	2.1	23	92	3	80	14	18	22	43	1.87
22148001--22148187	70	2.7	69	76	4	187	15	14	23	45	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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