genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

This is table  59  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19436435--19436467	6	5.7	6	96	3	59	15	0	0	84	0.61
19437845--19437880	18	2.0	18	94	0	63	16	25	11	47	1.79
19438564--19438759	43	4.6	43	81	8	188	24	16	28	31	1.96
19438564--19438759	85	2.3	85	80	7	229	24	16	28	31	1.96
19440893--19441073	90	2.0	90	94	0	317	32	17	9	39	1.83
19441297--19441367	16	4.4	16	84	7	90	39	4	22	33	1.74
19441298--19441367	32	2.2	33	90	10	110	40	2	22	34	1.69
19447043--19447091	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
19451222--19451249	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
19466020--19466073	24	2.2	25	80	9	67	44	0	0	55	0.99
19470539--19470581	17	2.4	18	81	18	54	9	30	9	51	1.65
19471535--19471586	18	2.9	18	85	2	61	82	0	11	5	0.82
19471530--19471587	18	3.2	18	74	16	57	82	0	10	6	0.83
19472515--19472568	26	2.1	25	86	3	72	37	24	18	20	1.94
19478239--19478308	6	11.5	6	76	14	63	14	2	5	77	1.07
19488474--19488537	21	3.0	22	80	11	62	59	0	4	35	1.18
19488497--19488544	14	3.1	17	69	25	52	62	0	2	35	1.07
19490393--19490462	25	2.8	25	86	0	86	21	25	21	31	1.98
19490429--19490498	25	2.8	25	84	2	97	24	22	21	31	1.98
19492989--19493013	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
19493043--19493161	24	4.9	23	71	20	57	9	14	1	74	1.13
19493076--19493135	9	7.4	8	78	12	52	11	6	1	80	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19493067--19493129	10	6.1	11	78	15	55	9	7	1	80	0.95
19493095--19493128	6	5.8	6	86	6	52	11	2	0	85	0.71
19493093--19493129	11	3.3	11	88	7	56	10	2	0	86	0.67
19493058--19493159	32	3.2	32	77	12	93	9	13	0	75	1.09
19494200--19495647	724	2.0	723	94	0	2556	24	23	19	32	1.97
19495965--19495999	17	2.0	18	88	5	54	25	14	0	60	1.35
19498289--19498458	32	5.4	32	84	1	209	40	20	18	20	1.91
19498289--19498458	64	2.7	64	87	1	236	40	20	18	20	1.91
19498634--19498687	24	2.2	24	93	0	90	44	25	11	18	1.83
19498733--19498825	27	3.5	27	91	1	152	23	25	18	32	1.97
19498731--19498958	54	4.2	54	76	5	183	21	20	18	39	1.93
19498759--19498962	27	7.6	27	78	4	151	21	19	18	40	1.91
19498894--19498977	27	3.1	27	86	3	89	20	19	19	41	1.90
19499639--19499706	31	2.3	31	94	5	122	36	35	0	27	1.58
19509306--19509367	27	2.3	27	77	0	70	35	19	12	32	1.90
19509657--19509721	34	2.0	32	90	6	103	32	23	24	20	1.98
19515290--19515314	8	3.1	8	100	0	50	28	0	24	48	1.52
19515290--19515322	15	2.1	16	88	5	50	30	0	24	45	1.53
19521798--19522508	357	2.0	355	95	1	1280	28	15	18	37	1.91
19527446--19527488	22	2.0	22	86	9	61	32	18	34	13	1.90
19531498--19531542	22	2.0	22	86	0	63	35	17	37	8	1.81
19535146--19535321	88	2.0	89	98	1	345	39	17	14	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19539332--19539408	29	2.5	31	85	4	95	48	12	12	25	1.78
19539490--19539544	26	2.1	26	100	0	110	38	7	14	40	1.74
19545225--19545263	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
19544612--19545784	628	1.9	575	93	5	1653	33	10	4	46	1.59
19545844--19545886	5	8.4	5	84	5	59	18	4	2	74	1.10
19550188--19550247	20	3.1	19	77	13	68	25	28	11	35	1.91
19558914--19559062	50	3.0	50	73	0	154	25	21	26	26	1.99
19568808--19569274	50	9.3	50	72	0	342	27	19	25	26	1.99
19568812--19569320	100	5.1	100	91	0	802	27	20	24	26	1.99
19568862--19569320	50	9.2	50	71	0	324	28	20	24	27	1.99
19570847--19570882	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
19571448--19571483	5	7.2	5	87	0	54	19	2	2	75	1.06
19572402--19572732	137	2.4	137	87	1	466	29	26	14	29	1.95
19579223--19579252	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
19581606--19581717	39	2.9	39	83	0	152	16	32	16	33	1.92
19581632--19581696	20	3.3	20	66	12	53	16	40	13	29	1.88
19585901--19585958	13	4.9	13	75	25	58	43	15	0	41	1.47
19585902--19585958	23	2.5	23	91	5	89	43	15	0	40	1.47
19587181--19588433	624	2.0	625	99	0	2499	34	13	19	32	1.91
19589861--19590005	50	2.9	49	84	4	182	26	23	28	21	1.99
19589819--19590005	100	1.8	102	81	6	234	26	21	28	23	1.99
19590250--19590298	20	2.5	20	78	15	57	57	6	26	10	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19594874--19594955	42	2.0	42	81	13	98	17	8	2	71	1.21
19600039--19600175	50	2.8	50	77	6	145	32	21	22	23	1.98
19600376--19600424	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
19617167--19617227	26	2.3	26	86	5	79	40	6	19	32	1.77
19621462--19621499	20	1.9	20	88	0	58	44	31	5	18	1.72
19623660--19623689	13	2.3	13	94	0	51	50	3	0	46	1.18
19626702--19626737	11	3.2	11	92	4	54	11	0	5	83	0.80
19636217--19636245	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
19642599--19642728	50	2.6	50	79	4	163	25	23	28	23	1.99
19650161--19650287	50	2.4	49	81	12	130	27	21	27	23	1.99
19650202--19650337	50	2.7	50	83	2	148	27	25	27	19	1.99
19650548--19650590	20	2.2	20	87	8	61	53	2	25	18	1.56
19651334--19651378	20	2.3	21	81	14	60	13	24	6	55	1.62
19651370--19651433	30	2.1	30	100	0	128	35	14	6	43	1.70
19651661--19651853	50	3.7	50	80	4	197	23	26	23	26	2.00
19654337--19654378	7	5.9	7	86	5	57	9	4	2	83	0.88
19654331--19654377	22	2.1	22	88	4	67	8	6	2	82	0.90
19656324--19656371	18	2.7	17	77	6	51	22	2	6	68	1.23
19656420--19656447	3	9.3	3	100	0	56	35	32	0	32	1.58
19657527--19657725	99	2.0	100	98	1	382	39	13	15	32	1.85
19657846--19658064	45	4.9	45	84	1	269	35	19	21	23	1.96
19658030--19658151	47	2.7	46	80	8	124	43	19	20	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19674478--19674521	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
19677157--19677225	34	2.0	34	97	0	129	39	5	13	42	1.68
19692906--19692974	6	12.0	6	83	11	83	66	1	1	30	1.09
19692906--19692976	36	2.0	34	89	5	106	66	1	2	29	1.15
19697159--19697199	20	2.0	21	85	4	57	43	9	14	31	1.78
19701518--19702148	340	1.9	341	85	3	887	34	15	20	30	1.93
19705446--19705487	22	2.0	22	86	13	63	45	2	0	52	1.13
19706169--19706228	25	2.4	25	81	10	61	36	0	6	56	1.26
19707099--19707129	3	10.3	3	92	0	53	64	0	32	3	1.09
19712792--19712916	51	2.4	52	84	6	166	27	14	30	28	1.95
19715399--19715474	30	2.5	30	84	0	98	27	25	9	38	1.86
19715459--19715648	60	3.2	60	77	4	195	18	26	16	38	1.92
19715386--19715648	120	2.2	119	84	3	341	20	26	15	36	1.93
19715459--19715680	30	7.4	30	78	5	157	18	26	16	38	1.92
19720261--19720301	18	2.3	18	95	4	75	9	17	12	60	1.57
19721169--19721197	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
19724054--19724097	20	2.2	20	91	0	70	31	22	9	36	1.86
19726329--19726440	6	18.0	6	71	10	64	69	1	23	5	1.18
19726329--19726440	25	4.2	25	76	19	95	69	1	23	5	1.18
19726348--19726495	45	3.5	42	76	13	108	64	1	24	9	1.31
19731200--19731230	14	2.2	14	94	0	53	25	6	0	67	1.14
19737199--19737232	17	2.0	17	94	0	59	2	11	5	79	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19743066--19743199	30	4.5	30	79	3	126	24	20	12	41	1.87
19753403--19753638	27	8.7	27	82	6	255	41	20	14	23	1.89
19753403--19753638	54	4.4	54	82	5	287	41	20	14	23	1.89
19753432--19753638	109	1.9	109	84	2	281	41	20	15	22	1.90
19753829--19753878	26	1.9	26	91	0	82	14	26	24	36	1.93
19755769--19755813	22	2.0	22	86	0	63	20	28	17	33	1.95
19763479--19763512	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
19766841--19766927	45	1.9	45	95	0	156	39	10	17	33	1.83
19769030--19769056	12	2.2	12	100	0	54	33	7	18	40	1.78
19770278--19770316	15	2.8	13	82	14	51	43	5	12	38	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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