genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27144231--27144309	33	2.4	32	82	14	90	26	13	36	22	1.92
27146935--27147021	43	2.0	45	82	8	108	62	8	1	28	1.31
27147129--27147171	22	2.0	22	90	9	70	0	23	0	76	0.78
27150774--27150927	40	3.8	40	82	5	170	35	24	21	19	1.96
27150965--27151158	41	4.7	41	89	1	273	20	20	26	32	1.97
27151255--27151305	26	2.0	26	84	0	66	56	5	11	25	1.57
27151547--27151579	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
27151606--27151639	7	4.9	7	85	0	50	20	0	50	29	1.49
27151647--27151697	22	2.3	22	83	6	68	23	0	33	43	1.54
27151641--27151697	15	3.9	14	82	8	69	24	0	31	43	1.54
27151647--27151697	7	7.0	7	86	8	66	23	0	33	43	1.54
27151692--27151816	63	2.0	63	88	3	189	29	0	22	47	1.57
27152604--27152661	28	2.0	29	93	3	100	51	10	1	36	1.46
27154725--27154966	43	5.7	43	87	2	285	21	20	30	26	1.98
27154725--27154966	86	2.8	86	87	0	324	21	20	30	26	1.98
27158498--27158550	21	2.6	21	87	3	81	30	37	7	24	1.83
27159566--27159669	54	1.9	54	90	0	163	29	6	10	52	1.61
27160848--27160893	17	2.6	17	89	3	65	58	4	0	36	1.18
27173073--27173277	113	1.8	114	88	2	315	30	18	23	27	1.97
27173059--27173294	113	2.1	113	84	1	312	30	20	24	25	1.99
27173533--27173800	115	2.3	113	78	5	277	29	19	23	28	1.98
27183087--27183154	21	3.2	21	80	0	82	36	20	39	2	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27183120--27183233	33	3.5	33	84	6	142	41	19	38	0	1.58
27183144--27183232	12	7.9	12	69	18	66	41	19	39	0	1.51
27183147--27183236	21	4.1	22	80	11	103	41	18	40	0	1.51
27183514--27183547	15	2.3	15	89	0	50	14	2	23	58	1.50
27183652--27183740	42	2.1	43	87	2	126	29	20	23	26	1.99
27183847--27184030	42	4.3	42	86	10	259	25	22	22	30	1.99
27184102--27184144	22	2.0	22	85	0	59	53	25	9	11	1.67
27184624--27184700	33	2.6	28	76	15	73	38	22	12	25	1.90
27184633--27184696	33	2.0	32	84	6	85	39	26	9	25	1.86
27188606--27188671	32	2.0	34	85	8	91	40	13	7	37	1.73
27188622--27188687	35	1.9	34	84	9	89	40	13	9	36	1.76
27188900--27189039	41	3.4	41	82	3	140	29	22	17	30	1.96
27193965--27194017	25	2.1	25	96	0	97	47	11	9	32	1.71
27199321--27199435	58	2.0	59	89	1	178	49	8	2	39	1.48
27200711--27200757	24	1.9	25	83	12	62	72	6	21	0	1.07
27200726--27200759	12	2.8	13	86	13	54	73	0	26	0	0.83
27201163--27201203	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
27208180--27208213	17	1.9	18	88	5	52	52	14	23	8	1.69
27208206--27208268	32	1.9	33	84	9	85	47	3	4	44	1.40
27210154--27210206	20	2.7	20	88	8	74	60	3	0	35	1.15
27210155--27210221	20	3.3	19	78	18	64	59	1	0	38	1.06
27210898--27210944	24	1.9	25	83	12	62	72	6	21	0	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27210913--27210946	12	2.8	13	86	13	54	73	0	26	0	0.83
27211350--27211390	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
27217742--27217775	17	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
27227704--27227744	2	20.5	2	89	0	55	48	7	0	43	1.30
27228193--27228217	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27232023--27232090	31	2.2	31	86	5	93	33	13	7	45	1.71
27232818--27232873	23	2.5	21	72	18	51	67	1	5	25	1.21
27239475--27239781	88	3.5	87	86	5	429	36	23	10	30	1.88
27239475--27239781	89	3.5	88	86	5	433	36	23	10	30	1.88
27239784--27239903	47	2.5	46	76	9	118	57	2	2	37	1.26
27240065--27240151	39	2.2	38	75	15	88	32	5	3	58	1.38
27240113--27240182	30	2.4	29	90	2	104	32	7	2	57	1.41
27240150--27240189	19	2.2	17	86	8	53	32	5	2	60	1.32
27240116--27240200	30	2.9	29	83	8	93	32	7	2	57	1.38
27240099--27240202	10	10.6	10	68	14	56	29	6	2	60	1.37
27240139--27240202	20	3.2	20	78	14	78	29	4	1	64	1.23
27240139--27240223	39	2.2	40	82	8	111	29	4	1	64	1.21
27240139--27240203	11	6.4	11	74	13	59	29	4	1	64	1.22
27241445--27241517	20	3.7	20	69	7	58	23	21	19	35	1.96
27242666--27242695	12	2.5	12	94	0	51	66	13	0	20	1.24
27244279--27244918	44	14.3	44	72	6	356	28	19	21	30	1.98
27244258--27244975	179	4.0	179	92	0	1139	27	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27248658--27248706	9	5.4	9	82	0	62	44	20	6	28	1.75
27248741--27248834	20	4.3	20	64	25	57	27	2	6	63	1.30
27248851--27248904	18	2.9	18	80	2	63	11	3	46	38	1.57
27258040--27258115	38	2.1	38	85	5	102	40	1	0	57	1.07
27259810--27260074	89	3.0	87	88	3	406	34	23	10	31	1.89
27260102--27260150	19	2.6	19	78	9	57	63	2	2	32	1.17
27260076--27260194	46	2.5	48	78	10	136	63	1	1	33	1.15
27260107--27260188	29	2.9	29	73	10	80	58	2	1	37	1.19
27260986--27261053	9	7.6	9	80	12	68	29	2	1	66	1.15
27261004--27261108	27	3.9	27	80	10	108	30	2	1	64	1.18
27260987--27261100	9	12.2	9	69	15	63	29	3	1	64	1.20
27260987--27261056	19	3.8	18	76	12	70	28	2	1	67	1.14
27261187--27261402	87	2.5	86	84	6	283	31	9	21	37	1.85
27263120--27263146	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27264109--27264162	24	2.2	24	90	0	81	16	25	7	50	1.71
27284909--27284975	24	3.1	21	78	15	75	64	0	0	35	0.94
27284938--27284968	11	2.8	11	90	0	53	64	0	0	35	0.94
27284920--27284974	25	2.2	26	72	21	64	65	0	0	34	0.93
27289849--27289902	19	2.6	21	77	17	58	31	0	12	55	1.38
27291276--27291310	16	2.1	17	94	5	63	45	11	0	42	1.40
27314831--27314887	28	2.0	28	81	18	66	49	7	5	38	1.53
27319150--27319190	3	14.0	3	94	5	75	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27324500--27324565	30	2.2	28	84	10	87	56	3	0	40	1.15
27324529--27324567	10	4.0	10	80	6	53	58	0	0	41	0.98
27324531--27324573	19	2.5	17	82	14	52	53	0	0	46	1.00
27327412--27327468	25	2.3	24	87	6	78	21	24	15	38	1.92
27327423--27327480	25	2.3	25	85	5	73	24	22	20	32	1.98
27329433--27329570	69	2.0	68	90	1	213	19	7	10	61	1.53
27349753--27349808	28	2.0	29	82	10	71	50	7	19	23	1.72
27368649--27368701	27	2.0	27	81	7	63	50	7	3	37	1.49
27368773--27368962	47	4.1	46	79	10	208	61	1	13	23	1.41
27368805--27368940	21	6.1	21	70	20	80	61	1	12	25	1.40
27368811--27368848	20	1.9	20	89	10	60	60	2	15	21	1.47
27368801--27369007	23	9.0	24	72	20	99	59	1	14	24	1.44
27368949--27369030	5	15.6	5	81	12	94	59	1	20	18	1.44
27368949--27369030	24	3.3	26	83	11	102	59	1	20	18	1.44
27368773--27369034	92	2.8	92	79	10	221	61	1	15	22	1.42
27369297--27369345	22	2.1	25	85	11	68	61	0	12	26	1.31
27369404--27369443	17	2.2	19	86	8	57	70	0	10	20	1.16
27369432--27369710	5	51.4	5	70	20	61	56	1	16	25	1.48
27369432--27369583	35	4.3	35	70	15	109	53	0	15	30	1.47
27369432--27369516	18	4.8	18	76	15	88	51	0	16	31	1.45
27369503--27369548	24	1.9	24	90	0	74	52	2	21	23	1.58
27369432--27369559	52	2.5	51	83	10	152	51	0	17	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369576--27369616	17	2.4	17	91	4	64	68	4	12	14	1.36
27369570--27369646	18	4.2	17	78	14	73	66	2	10	20	1.34
27369618--27369665	25	1.9	25	87	8	71	66	0	10	22	1.22
27369599--27369656	21	2.8	21	80	14	68	67	0	10	22	1.21
27369652--27369702	6	8.8	6	89	6	79	52	0	27	19	1.46
27369647--27369702	17	3.3	17	92	5	87	53	0	25	21	1.46
27371381--27371421	20	2.0	20	95	0	73	53	34	2	9	1.47
27374879--27375069	90	2.1	91	80	6	221	56	12	5	26	1.57
27380851--27380885	13	2.7	13	100	0	70	65	8	5	20	1.40
27381408--27381493	31	2.8	31	77	12	95	52	1	2	44	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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