genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  65  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21461064--21461347	42	7.0	41	72	16	214	37	25	15	21	1.93
21461352--21461542	51	3.8	51	80	1	222	31	27	16	24	1.97
21461354--21461538	101	1.8	102	86	1	273	31	26	17	24	1.97
21461349--21461574	101	2.2	102	79	2	258	30	27	16	25	1.97
21462791--21462964	51	3.4	49	80	3	177	32	27	16	23	1.96
21468707--21468977	42	6.5	42	73	13	211	39	23	15	21	1.92
21468703--21468996	84	3.5	83	91	2	446	38	23	15	22	1.92
21469003--21469179	51	3.5	51	76	6	171	31	27	15	25	1.96
21484507--21484658	35	4.3	34	80	8	144	18	10	28	42	1.83
21494408--21494436	11	2.6	11	100	0	58	27	24	10	37	1.88
21496900--21496956	28	2.0	28	96	0	105	21	15	21	42	1.89
21497552--21497587	17	2.1	17	89	0	54	22	2	13	61	1.46
21499617--21499658	11	3.8	11	84	9	50	73	2	7	16	1.15
21501707--21501774	35	1.9	35	93	0	118	25	25	20	29	1.99
21502958--21503190	50	4.6	50	80	7	177	28	22	27	21	1.99
21503012--21503197	50	3.8	48	81	5	178	27	23	27	21	1.99
21504338--21504538	100	2.0	101	99	0	395	33	12	19	33	1.90
21506655--21506731	36	2.1	36	100	0	154	48	23	5	23	1.71
21507361--21507569	97	2.2	97	100	0	418	44	8	7	39	1.64
21509967--21509991	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21523010--21523051	22	1.9	22	100	0	84	35	23	26	14	1.93
21525065--21525305	48	4.8	49	75	10	188	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21531410--21531650	41	5.8	41	82	7	238	26	17	26	29	1.97
21539591--21539620	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
21552078--21552140	21	3.0	21	79	4	74	49	19	20	11	1.78
21566819--21566900	42	2.0	42	83	9	105	31	23	14	30	1.94
21569447--21569604	43	3.7	43	82	5	196	35	26	16	21	1.94
21569409--21569601	85	2.3	84	91	0	305	34	24	17	23	1.95
21570205--21570237	12	2.8	12	100	0	66	69	15	0	15	1.19
21577937--21577985	22	2.2	22	89	10	82	26	2	2	69	1.10
21582203--21582351	72	2.1	73	98	1	291	49	4	5	40	1.44
21584035--21584256	107	2.1	107	97	1	419	32	18	20	29	1.96
21585974--21586233	132	2.0	132	88	1	387	28	22	18	31	1.97
21585998--21586395	132	3.0	132	80	6	339	27	22	20	30	1.98
21586198--21586490	127	2.3	127	95	0	523	24	20	23	31	1.98
21586205--21586399	44	4.5	42	70	12	146	26	21	21	30	1.98
21587157--21587293	43	3.2	43	62	13	100	24	19	24	31	1.98
21587287--21587422	43	3.2	43	62	15	109	27	24	20	27	1.99
21587088--21587559	174	2.7	172	91	1	755	24	22	23	30	1.99
21587088--21587559	86	5.4	86	93	1	746	24	22	23	30	1.99
21587330--21587465	43	3.2	43	62	15	109	23	19	23	33	1.97
21587089--21587559	260	1.8	260	91	1	775	24	22	22	30	1.99
21587989--21588184	108	1.8	107	87	4	295	46	11	17	24	1.80
21588158--21588245	45	1.9	47	83	4	117	48	9	14	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21588150--21588250	45	2.3	43	80	10	112	51	8	13	25	1.70
21588521--21588574	20	2.9	18	79	15	56	1	16	3	77	1.00
21588517--21588579	32	2.1	29	82	14	74	1	19	3	76	1.01
21589014--21589088	1	75.0	1	70	0	51	1	1	12	85	0.73
21589013--21589088	11	6.8	11	76	18	77	1	1	13	84	0.76
21589014--21589089	17	4.4	17	74	18	68	1	1	13	84	0.76
21589032--21589089	9	6.7	9	92	5	84	0	0	15	84	0.62
21589013--21589085	24	3.0	24	84	11	87	1	1	13	83	0.78
21589023--21589085	15	4.5	15	80	15	73	1	0	14	84	0.71
21594468--21594505	16	2.4	17	82	13	53	81	2	15	0	0.80
21600027--21600175	74	2.0	75	94	3	266	44	8	14	32	1.76
21600210--21600416	67	3.0	67	65	22	176	44	6	5	42	1.54
21600151--21600707	138	4.1	138	90	3	833	42	8	5	43	1.59
21607837--21607884	23	2.1	22	81	11	53	37	8	12	41	1.73
21612550--21612608	25	2.4	25	88	0	82	22	20	22	35	1.96
21613251--21613298	20	2.4	20	77	19	55	64	4	14	16	1.43
21618437--21618509	25	2.9	26	76	13	80	26	24	20	28	1.99
21622641--21622749	50	2.2	50	90	3	168	30	18	22	28	1.97
21638555--21638707	52	2.9	52	96	0	270	20	22	13	44	1.85
21650467--21650709	50	4.8	50	79	4	222	22	27	20	29	1.99
21659127--21659268	75	1.9	75	89	5	225	44	9	15	30	1.78
21659633--21659844	69	3.1	69	65	16	197	43	7	5	43	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21659250--21659935	138	5.0	137	92	1	1028	42	8	5	43	1.57
21659719--21659929	66	3.2	65	65	16	169	45	7	5	41	1.53
21659664--21659874	69	3.1	69	65	16	195	44	8	4	43	1.55
21665811--21665864	25	2.2	25	83	6	65	57	1	3	37	1.27
21673405--21673441	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
21674262--21674304	12	3.5	12	78	6	50	27	2	18	51	1.59
21674262--21674312	25	2.0	25	84	0	66	25	1	19	52	1.56
21674312--21674361	16	3.4	16	68	21	54	28	4	12	56	1.54
21674270--21674343	9	8.7	9	69	16	50	25	2	17	54	1.56
21674301--21674376	28	2.9	27	85	14	99	26	3	13	56	1.54
21674270--21674411	58	2.4	59	80	8	146	26	4	14	54	1.61
21674283--21674379	24	4.1	24	75	17	87	27	3	14	54	1.55
21674279--21674427	30	5.1	30	77	7	135	26	4	14	55	1.57
21675827--21675925	38	2.6	38	93	3	164	45	20	4	30	1.69
21675840--21675918	22	3.9	20	71	28	69	48	20	2	29	1.63
21681132--21681295	29	5.9	27	74	14	95	25	17	25	31	1.97
21681132--21681264	29	4.7	29	81	2	146	25	16	25	32	1.96
21684395--21684471	40	1.9	40	100	0	154	42	7	25	23	1.81
21689347--21689687	68	5.0	67	84	2	405	33	18	22	25	1.96
21689347--21689687	136	2.5	136	86	0	466	33	18	22	25	1.96
21692871--21692958	30	2.9	30	87	0	113	37	23	18	20	1.94
21694953--21695032	29	2.7	30	82	5	101	20	28	13	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21695020--21695089	29	2.4	28	74	9	68	25	25	11	37	1.90
21695153--21695236	41	2.0	41	95	4	152	53	10	10	25	1.67
21700562--21700620	28	2.1	28	93	0	100	33	15	3	47	1.62
21700574--21700633	28	2.1	28	81	6	68	38	20	3	38	1.69
21701979--21702022	22	2.0	22	100	0	88	22	18	36	22	1.95
21740119--21740197	39	2.0	39	100	0	158	41	17	2	37	1.63
21740206--21740238	17	1.9	17	93	0	57	39	12	6	42	1.67
21748519--21748821	141	2.1	141	84	5	398	29	15	14	39	1.87
21749055--21749304	68	3.7	69	96	1	450	25	10	18	46	1.80
21751067--21751303	51	4.7	51	77	4	248	26	15	28	29	1.96
21751067--21751303	99	2.4	100	94	2	413	26	15	28	29	1.96
21757042--21757440	51	7.9	51	77	4	290	28	15	26	30	1.95
21756994--21757440	102	4.4	102	88	2	569	28	15	26	30	1.96
21759323--21759351	15	1.9	15	100	0	58	31	6	41	20	1.79
21768518--21768650	50	2.7	50	77	0	122	26	27	20	25	1.99
21770618--21770661	20	2.2	20	84	15	56	29	4	9	56	1.50
21771956--21771997	19	2.3	18	88	12	59	69	2	11	16	1.29
21772333--21772362	14	2.1	14	93	0	51	6	3	33	56	1.42
21784591--21784728	49	2.8	50	79	2	161	22	28	21	26	1.99
21794734--21794844	48	2.3	48	84	0	132	44	20	9	25	1.82
21798610--21798718	56	2.0	56	87	1	157	33	14	22	29	1.94
21798611--21798743	55	2.4	56	81	6	155	34	18	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21798735--21799060	70	4.6	70	87	6	482	57	1	9	32	1.38
21798969--21799010	17	2.3	18	88	12	59	50	0	14	35	1.43
21799068--21799100	16	2.1	16	94	0	57	78	0	9	12	0.95
21799008--21799089	36	2.2	36	76	6	85	68	0	7	24	1.15
21799957--21799988	6	5.2	6	96	3	55	3	15	0	81	0.82
21805387--21805445	3	19.3	3	92	3	100	32	1	1	64	1.13
21805971--21806113	72	2.0	71	94	1	250	27	20	19	32	1.97
21810287--21810313	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
21817127--21817170	20	2.1	21	84	12	56	40	15	0	43	1.47
21817973--21818026	25	2.2	25	86	0	72	33	18	29	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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