genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

This is table  57  of  163  ( 19464 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18687219--18687263	22	2.0	23	83	8	58	68	0	20	11	1.19
18688456--18688692	88	2.7	88	88	0	348	27	22	24	25	2.00
18688781--18689455	50	13.5	50	71	2	415	33	20	20	25	1.97
18688790--18689323	199	2.7	198	86	3	730	33	20	20	25	1.97
18688781--18689455	150	4.5	149	73	5	511	33	20	20	25	1.97
18688790--18689323	100	5.3	100	87	3	655	33	20	20	25	1.97
18690353--18690380	14	2.0	14	100	0	56	14	7	28	50	1.69
18695267--18695381	43	2.7	41	81	6	131	33	26	20	19	1.96
18695358--18695407	26	1.9	26	84	8	66	30	34	20	16	1.94
18695384--18695572	41	4.6	41	92	0	279	24	25	18	31	1.98
18697055--18697083	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
18706554--18706630	20	3.8	20	76	13	59	37	19	28	14	1.91
18706568--18706675	40	2.7	40	78	7	110	40	18	27	12	1.87
18714086--18714123	20	2.0	20	84	5	51	34	15	15	34	1.90
18726418--18726599	80	2.5	68	79	19	238	26	10	6	56	1.57
18726440--18726609	80	2.1	80	96	1	313	25	10	5	57	1.55
18731971--18732004	13	2.8	12	86	8	50	76	8	2	11	1.12
18731943--18732019	41	1.9	40	84	7	102	72	7	10	9	1.27
18732902--18732955	6	8.0	7	76	15	51	70	1	16	11	1.25
18734204--18734308	44	2.4	43	81	6	122	30	24	20	24	1.98
18734222--18734466	44	5.3	44	71	14	181	32	18	21	27	1.97
18734388--18734486	44	2.2	44	80	7	112	30	19	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734232--18734511	142	2.0	142	94	0	497	33	17	21	28	1.95
18734585--18736010	100	14.2	99	78	8	1332	33	22	20	23	1.97
18734592--18736010	301	4.7	301	90	1	2161	33	22	20	23	1.97
18734594--18735970	50	27.5	50	68	9	571	33	22	20	23	1.97
18738936--18739384	224	2.0	224	98	0	871	34	20	13	32	1.91
18741029--18741078	24	2.1	24	100	0	100	44	16	0	40	1.47
18744452--18744835	50	7.7	50	84	1	414	21	29	21	27	1.99
18747289--18747481	51	3.8	50	81	4	226	25	16	26	31	1.96
18763570--18763669	43	2.4	42	86	3	137	14	27	19	40	1.89
18763610--18763669	21	2.8	21	71	2	66	15	30	18	36	1.91
18769949--18769977	11	2.6	11	100	0	58	48	0	17	34	1.47
18770813--18770845	11	2.8	12	90	9	50	78	3	0	18	0.87
18774107--18774165	21	2.8	20	82	5	55	16	10	18	54	1.70
18779350--18779477	54	2.4	54	93	0	184	20	31	27	21	1.98
18789847--18790082	100	2.3	104	80	4	246	23	30	20	24	1.98
18789904--18790094	50	3.7	50	84	8	206	22	30	21	24	1.99
18803385--18803681	50	5.8	50	77	5	213	23	27	20	28	1.99
18811622--18811704	42	2.0	42	85	4	114	25	20	30	24	1.99
18817095--18817156	30	2.1	30	81	0	70	53	9	6	30	1.59
18824852--18824966	60	1.9	60	94	0	203	32	34	15	17	1.91
18827926--18828132	98	2.1	99	96	2	382	46	14	6	32	1.70
18829424--18829712	126	2.3	126	91	0	452	31	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18835265--18835337	11	6.6	11	78	10	69	42	1	32	23	1.63
18839379--18839420	20	2.2	19	83	12	50	42	7	2	47	1.43
18839361--18839947	249	2.3	253	83	5	740	37	9	7	44	1.66
18840440--18840878	41	10.9	41	83	5	475	17	20	34	27	1.95
18841479--18841577	21	4.6	21	69	19	60	24	0	35	40	1.55
18844946--18845036	43	2.1	43	86	6	123	36	9	9	43	1.71
18845125--18845435	43	7.3	41	82	4	334	26	18	28	26	1.98
18845125--18845435	86	3.6	85	82	3	374	26	18	28	26	1.98
18845125--18845431	128	2.4	128	81	2	366	26	18	28	26	1.98
18853863--18853930	31	2.2	31	86	5	93	22	22	16	39	1.92
18858205--18858276	30	2.4	31	84	11	87	38	0	8	52	1.32
18864479--18864574	37	2.6	36	75	14	88	38	3	5	53	1.39
18864475--18864540	30	2.2	31	84	13	84	36	0	9	54	1.32
18864548--18864602	26	2.1	25	80	12	58	41	7	3	47	1.49
18867849--18868631	389	2.0	389	91	0	1251	31	20	16	32	1.94
18889477--18889501	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18889807--18889875	25	2.8	25	78	8	77	33	18	18	28	1.95
18897407--18897439	17	1.9	17	93	0	57	12	18	30	39	1.87
18897506--18897563	25	2.3	25	85	5	73	29	18	20	31	1.97
18897446--18897559	50	2.3	50	78	3	122	22	21	22	32	1.98
18898910--18898948	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
18899157--18899279	49	2.5	49	77	6	124	22	25	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18902690--18902719	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
18912742--18912771	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
18918828--18918898	25	2.9	24	79	6	88	23	21	18	36	1.95
18918828--18918938	50	2.2	50	84	6	136	26	19	19	34	1.96
18918865--18918942	25	3.1	25	69	10	70	28	21	17	32	1.96
18920465--18920489	10	2.5	10	100	0	50	20	0	16	64	1.30
18927534--18927604	25	2.9	24	79	6	88	23	21	18	36	1.95
18927534--18927644	50	2.2	50	84	6	136	26	19	19	34	1.96
18927571--18927648	25	3.1	25	69	10	70	28	21	17	32	1.96
18929171--18929195	10	2.5	10	100	0	50	20	0	16	64	1.30
18935163--18935212	25	2.0	25	100	0	100	28	28	4	40	1.74
18935154--18935224	25	2.5	30	74	25	91	30	23	4	40	1.74
18939365--18939408	22	2.0	22	82	8	54	50	9	20	20	1.75
18939404--18939448	23	2.0	23	90	0	72	71	11	4	13	1.29
18940305--18940330	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
18943036--18943487	126	3.6	124	86	7	598	28	15	21	33	1.94
18946403--18946448	22	2.2	20	85	11	58	28	0	26	45	1.54
18946436--18946499	23	2.9	20	88	9	74	31	0	18	50	1.48
18946432--18946764	59	6.2	51	79	14	214	28	0	25	45	1.58
18946427--18947117	29	24.7	29	72	17	497	27	0	25	44	1.57
18946578--18947117	59	9.4	59	82	10	611	26	0	26	43	1.58
18946815--18946860	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18946793--18946889	51	1.9	50	93	2	167	27	1	24	46	1.59
18946895--18946940	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
18947373--18947458	43	2.0	45	90	4	140	50	12	0	37	1.41
18947871--18947905	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
18951900--18951948	23	2.1	23	100	0	98	26	12	26	34	1.92
18956291--18956341	20	2.5	20	90	6	75	21	9	17	50	1.74
18971963--18972071	29	3.8	29	88	2	157	18	27	12	41	1.87
19014054--19014121	25	2.7	25	86	4	102	30	22	20	26	1.98
19023772--19023877	53	2.0	53	100	0	212	22	13	28	35	1.92
19033861--19033892	14	2.3	14	100	0	64	37	31	9	21	1.85
19036021--19036088	27	2.5	28	78	2	75	32	30	8	27	1.87
19038703--19038820	25	4.7	25	79	9	98	29	22	23	23	1.99
19040031--19040088	25	2.3	25	87	0	80	34	20	20	24	1.97
19042720--19042758	20	1.9	20	84	5	51	20	23	12	43	1.86
19049721--19049756	14	2.6	14	91	4	56	38	33	0	27	1.57
19053348--19053447	39	2.6	38	85	4	130	49	10	5	36	1.58
19058271--19058325	20	2.8	20	91	0	92	5	25	21	47	1.72
19058265--19058333	20	3.5	20	83	0	75	8	23	23	44	1.80
19067094--19067238	72	2.0	72	98	0	281	35	12	15	36	1.86
19076795--19076832	19	2.0	19	94	0	67	36	5	23	34	1.78
19077846--19077880	16	2.1	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
19082148--19082175	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19087691--19087805	55	2.1	55	98	0	221	33	13	18	33	1.90
19091397--19091479	41	2.0	41	90	4	132	50	10	14	24	1.74
19096412--19096637	18	12.6	18	90	5	359	28	15	9	45	1.78
19097633--19097662	7	4.3	7	100	0	60	60	13	0	26	1.34
19097818--19097851	17	1.9	18	88	5	52	35	11	0	52	1.38
19101062--19101168	20	5.3	20	76	7	92	38	19	31	10	1.85
19103545--19103584	21	1.9	21	85	10	55	17	2	25	55	1.55
19106608--19106641	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
19109100--19109125	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
19120102--19120482	189	2.0	189	98	1	746	43	16	9	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163