genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  89  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28758930--28758980	26	2.1	23	89	10	75	27	3	0	68	1.07
28759581--28759607	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28759843--28760137	41	7.2	41	75	8	217	22	22	24	29	1.99
28760108--28760201	41	2.3	41	81	7	120	31	23	24	20	1.98
28760932--28761251	74	4.4	73	93	1	532	28	17	20	34	1.95
28760932--28761251	147	2.2	147	93	0	541	28	17	20	34	1.95
28761827--28762061	74	3.2	74	90	3	384	28	19	18	33	1.95
28761021--28762546	811	1.9	813	95	0	2772	28	10	20	40	1.86
28766291--28766344	9	6.6	9	72	20	55	48	16	0	35	1.47
28766298--28766440	16	8.2	16	74	17	101	46	13	3	36	1.61
28766298--28766432	31	4.4	31	65	20	102	45	13	3	37	1.61
28766349--28766500	43	3.4	43	73	18	164	44	11	5	37	1.66
28766384--28766437	9	6.6	9	72	20	55	48	16	0	35	1.47
28766256--28766540	93	3.1	93	98	1	545	45	12	5	36	1.65
28766298--28766525	16	14.7	15	67	22	98	45	13	4	37	1.63
28771953--28772003	21	2.4	21	90	0	75	35	17	43	3	1.68
28771887--28772084	87	2.3	87	88	3	283	38	18	31	11	1.86
28772040--28772109	21	3.3	21	85	0	86	35	15	40	8	1.78
28772411--28772760	43	8.1	43	91	0	495	21	20	28	30	1.98
28772407--28772825	129	3.2	127	81	4	457	23	19	27	28	1.98
28776146--28776183	20	2.0	20	89	5	60	34	2	10	52	1.50
28777564--28777936	87	4.3	87	89	0	541	30	22	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28777624--28777846	43	5.1	43	61	20	104	29	23	22	24	1.99
28778145--28778482	99	3.4	99	87	2	448	32	22	20	24	1.98
28778144--28778405	50	5.3	49	71	5	197	32	24	19	24	1.97
28778171--28778432	50	5.3	49	70	7	190	34	22	20	22	1.97
28778474--28778523	25	2.0	25	88	0	73	34	20	20	26	1.96
28778375--28778612	125	1.9	126	85	0	334	33	21	19	25	1.97
28778693--28779079	44	8.9	41	73	9	171	28	19	23	28	1.98
28778779--28779119	44	7.8	44	76	7	239	28	19	24	28	1.98
28778736--28779081	44	7.8	45	73	10	232	29	18	23	28	1.98
28778651--28779123	218	2.2	218	91	1	761	29	19	23	28	1.98
28779130--28779324	44	4.6	42	81	8	184	31	26	21	21	1.98
28779168--28779589	44	9.8	45	77	9	339	28	22	26	22	1.99
28779386--28779635	124	2.0	125	94	1	439	27	22	27	23	1.99
28781054--28781118	3	21.3	3	96	3	121	32	0	1	66	1.01
28781651--28781715	3	21.3	3	96	3	121	32	0	1	66	1.01
28780949--28782141	597	2.0	597	100	0	2386	30	12	7	50	1.66
28782369--28782724	109	3.3	109	91	2	554	28	16	19	35	1.94
28783419--28783507	40	2.3	38	80	17	103	32	5	3	58	1.38
28788241--28788280	20	2.0	20	100	0	80	20	25	10	45	1.81
28788996--28789035	20	2.0	20	100	0	80	20	25	10	45	1.81
28787889--28789405	755	2.0	755	99	0	3025	36	10	11	40	1.77
28789519--28789543	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28800519--28800558	20	2.0	20	100	0	80	20	25	10	45	1.81
28801042--28801066	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
28817024--28817162	46	3.0	46	89	0	206	28	24	10	37	1.88
28819167--28819231	21	3.2	20	76	12	62	29	3	1	66	1.16
28824584--28824665	40	2.0	40	85	0	110	43	2	9	43	1.50
28825894--28825958	21	3.2	20	75	20	55	29	4	1	64	1.22
28827535--28827573	17	2.3	18	82	13	55	53	5	2	38	1.37
28827974--28828230	88	2.8	90	81	7	286	41	19	8	30	1.81
28828642--28828745	20	5.3	19	73	11	66	32	4	2	59	1.33
28828698--28828745	20	2.5	19	86	6	69	35	6	2	56	1.36
28828583--28828751	19	8.8	19	70	14	82	29	7	2	60	1.38
28849326--28849426	42	2.4	42	83	0	121	23	30	22	22	1.99
28852097--28852130	16	2.1	17	88	5	52	32	17	8	41	1.80
28862917--28862952	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
28872437--28872480	23	1.9	23	86	9	63	47	0	0	52	1.00
28872517--28872599	27	3.1	27	85	3	114	18	21	36	24	1.95
28881294--28881330	16	2.4	16	90	4	58	54	5	5	35	1.47
28881450--28881571	60	2.0	60	90	3	192	54	13	0	31	1.39
28881594--28881654	19	3.1	19	82	13	77	57	13	1	27	1.46
28881610--28881655	22	2.1	22	95	0	83	63	10	0	26	1.27
28881782--28881842	19	3.1	19	88	9	95	54	13	1	31	1.49
28881594--28881968	188	2.0	187	96	1	698	54	13	0	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28882146--28882207	27	2.3	27	85	0	79	17	27	25	29	1.98
28882873--28882934	27	2.3	27	85	0	79	22	33	27	16	1.95
28885893--28885967	30	2.5	30	89	2	107	53	9	13	24	1.68
28886862--28886932	26	2.8	25	81	10	81	59	4	1	35	1.26
28887030--28887074	22	2.2	21	84	11	58	40	15	22	22	1.91
28887087--28887126	16	2.5	16	80	15	55	32	0	0	67	0.91
28890468--28890502	18	1.9	18	88	0	52	57	5	8	28	1.52
28890579--28890607	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
28891554--28891613	25	2.4	25	86	8	79	58	6	16	18	1.59
28893186--28893972	388	2.0	390	96	1	1463	23	26	13	37	1.91
28895163--28895242	28	3.0	28	74	16	80	65	2	5	27	1.27
28895224--28895273	18	2.9	18	80	11	52	62	4	8	26	1.41
28895293--28895322	15	2.0	15	93	0	51	63	6	3	26	1.35
28897806--28898133	162	2.0	163	99	0	649	37	17	9	35	1.83
28898150--28898177	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
28903132--28903176	18	2.3	20	85	11	58	0	15	8	75	1.03
28904004--28904061	16	3.7	16	72	2	55	25	10	10	53	1.66
28904928--28904954	12	2.2	12	100	0	54	40	18	14	25	1.89
28909766--28909809	22	2.0	22	90	0	70	25	29	11	34	1.91
28918531--28919039	43	11.8	43	89	0	687	23	27	21	26	1.99
28919358--28919416	21	2.8	21	78	0	73	8	42	13	35	1.75
28919464--28919514	21	2.4	21	90	0	75	3	43	17	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28929663--28929693	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
28929940--28930097	78	2.0	78	100	0	316	40	16	5	37	1.70
28930474--28930518	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
28931115--28931159	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
28932050--28932142	41	2.3	41	86	3	134	30	26	23	19	1.98
28932191--28932266	40	1.9	40	83	0	98	38	22	22	17	1.93
28932414--28932559	40	3.7	39	77	5	150	19	20	23	36	1.95
28940464--28940503	20	2.0	20	85	9	55	67	0	5	27	1.11
28940464--28940503	19	2.0	20	86	13	57	67	0	5	27	1.11
28942797--28942848	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
28947608--28947657	19	2.4	21	83	9	59	42	2	4	52	1.31
28947613--28947655	21	2.2	19	83	8	50	44	0	4	51	1.22
28949702--28949751	19	2.4	21	83	9	59	42	2	4	52	1.31
28949707--28949749	21	2.2	19	83	8	50	44	0	4	51	1.22
28954414--28954444	9	3.4	9	100	0	62	32	12	9	45	1.75
28956323--28956426	49	2.1	49	90	0	163	30	6	12	50	1.66
28984846--28984879	17	2.1	16	88	5	50	17	0	2	79	0.86
28991164--28991214	16	3.1	16	81	13	68	80	7	0	11	0.90
28991174--28991223	23	2.1	24	88	3	75	74	12	0	14	1.09
28991237--28991273	6	5.8	6	87	12	56	81	0	18	0	0.70
28993568--28994057	44	11.3	44	67	14	250	30	19	21	28	1.97
28993517--28993777	129	2.0	131	85	3	357	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28993617--28993906	85	3.4	84	72	10	260	30	18	22	28	1.97
28993569--28993904	175	1.9	175	91	0	546	30	19	22	28	1.97
28993744--28994057	129	2.4	129	92	0	520	30	19	20	29	1.97
28994921--28994954	17	2.1	16	88	5	50	17	0	2	79	0.86
28997515--28997567	21	2.5	21	87	0	79	28	7	33	30	1.85
28997959--28998017	31	1.9	31	82	3	75	37	13	10	38	1.79
29002430--29002535	40	2.7	40	80	2	117	29	15	24	31	1.95
29012706--29012855	52	2.8	55	76	11	168	29	7	14	49	1.70
29027379--29027469	40	2.3	40	84	7	114	30	21	23	24	1.99
29027579--29027728	40	3.8	40	76	8	135	29	22	20	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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