genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   

This is table  8  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540907--2541620	205	3.5	204	86	2	914	52	12	16	18	1.74
2544065--2544095	10	3.0	10	95	4	53	32	0	0	67	0.91
2544065--2544100	14	2.5	14	90	4	54	33	0	0	66	0.92
2547102--2547154	20	2.8	18	75	13	52	50	11	5	32	1.61
2552483--2552641	53	3.0	53	100	0	318	35	24	3	35	1.74
2553298--2553561	147	1.8	145	83	4	350	34	24	14	26	1.94
2553298--2553607	147	2.1	147	80	5	331	35	23	15	25	1.94
2555542--2555630	38	2.2	40	88	5	128	52	6	1	39	1.35
2556835--2556989	77	2.0	78	98	1	303	37	3	12	45	1.61
2561311--2561586	138	2.0	139	98	0	536	31	13	13	41	1.83
2563448--2563816	183	2.0	183	100	0	738	26	14	17	41	1.88
2572222--2572267	25	1.9	24	86	8	67	73	2	19	4	1.10
2573386--2573414	6	4.8	6	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2574523--2574629	52	2.1	51	89	5	162	42	26	11	20	1.85
2582374--2582858	257	1.9	257	91	1	792	38	17	15	28	1.90
2591950--2592037	43	2.1	41	93	4	149	55	7	9	27	1.59
2592811--2592880	33	2.1	33	86	5	97	34	5	32	27	1.80
2599740--2599774	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2599934--2600029	45	2.2	44	84	1	129	32	30	7	30	1.85
2600013--2600060	16	3.0	16	93	0	78	33	39	0	27	1.57
2601023--2601262	101	2.4	101	89	0	363	31	15	25	28	1.95
2601260--2601307	24	2.0	24	95	0	87	43	6	25	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601716--2601766	26	2.0	26	100	0	102	33	3	23	39	1.73
2605326--2605360	17	2.1	17	88	0	52	22	0	20	57	1.41
2605364--2605401	15	2.5	15	79	12	51	15	5	31	47	1.68
2610858--2610937	39	2.1	39	90	4	126	20	3	43	32	1.69
2610865--2610947	39	2.1	39	82	4	96	19	4	44	31	1.71
2611004--2611034	3	10.3	3	92	0	53	35	0	64	0	0.94
2611041--2611086	18	2.6	18	82	0	56	19	0	50	30	1.48
2611038--2611084	21	2.2	20	82	10	58	19	0	53	27	1.45
2623403--2623791	193	2.0	193	98	0	751	34	11	13	40	1.81
2647108--2647161	26	2.1	26	82	6	65	31	0	5	62	1.18
2647144--2647177	16	2.2	16	89	5	52	26	0	5	67	1.13
2650718--2650765	4	12.0	4	100	0	96	25	0	25	50	1.50
2655958--2655991	18	1.9	17	94	5	59	47	0	0	52	1.00
2655977--2656040	26	2.4	27	86	5	94	57	1	3	37	1.24
2663808--2663839	13	2.5	13	100	0	64	40	0	0	59	0.97
2667641--2667773	46	2.9	46	85	0	176	38	11	23	27	1.89
2669914--2669946	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
2680464--2680548	31	2.8	32	89	7	124	22	3	10	63	1.41
2680507--2680550	22	2.0	23	86	4	63	22	4	9	63	1.42
2680464--2680563	31	3.3	31	86	8	109	24	4	10	62	1.44
2682269--2682328	31	1.9	31	86	0	84	36	20	11	31	1.88
2684137--2684167	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688479--2688637	75	2.1	76	97	1	302	31	13	3	50	1.59
2699832--2700238	208	2.0	208	100	0	814	39	14	9	37	1.78
2701278--2701328	22	2.4	21	80	6	57	17	21	25	35	1.95
2703134--2703230	43	2.3	43	82	7	126	25	15	26	31	1.96
2705229--2705387	57	2.7	58	71	5	133	43	16	3	36	1.66
2706328--2706354	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
2714412--2714471	29	2.1	29	100	0	120	31	23	13	31	1.93
2717051--2717079	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
2717625--2717649	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2718459--2718500	22	1.9	22	85	0	57	19	21	28	30	1.97
2731985--2732013	7	4.3	7	95	4	51	24	0	0	75	0.80
2734619--2734902	145	2.0	145	84	0	370	44	12	18	24	1.84
2737172--2737208	19	1.9	19	94	0	65	45	8	2	43	1.47
2739954--2740071	41	2.8	42	78	6	123	21	17	24	36	1.95
2744964--2744988	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2746716--2746748	15	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
2746712--2746758	16	2.8	16	78	12	51	38	0	2	59	1.09
2749443--2749537	24	4.2	22	74	16	70	15	11	6	66	1.43
2749465--2749537	20	3.3	23	74	16	64	15	10	5	68	1.36
2749489--2749554	20	3.2	20	78	2	69	15	10	7	66	1.43
2749512--2749584	20	3.7	20	77	14	78	20	10	12	56	1.66
2753816--2753866	27	1.9	26	84	4	66	21	9	11	56	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754705--2754734	6	5.0	6	91	0	51	33	30	0	36	1.58
2764034--2764059	4	6.5	4	100	0	52	23	0	26	50	1.50
2791541--2791648	44	2.5	44	87	3	146	32	21	30	15	1.94
2792504--2792556	21	2.5	21	84	0	70	30	33	9	26	1.88
2794547--2794599	21	2.5	21	84	0	70	30	33	9	26	1.88
2804849--2804896	24	2.0	24	100	0	96	16	20	45	16	1.85
2805735--2805790	29	1.9	29	96	0	103	57	7	0	35	1.26
2816884--2816910	12	2.2	12	100	0	54	29	7	11	51	1.64
2820957--2820995	16	2.4	16	82	0	51	2	15	7	74	1.15
2831968--2832047	34	2.3	36	81	14	96	48	1	1	48	1.17
2832245--2832303	29	2.0	29	86	3	82	30	3	13	52	1.57
2837404--2837441	19	2.1	19	85	9	53	47	0	13	39	1.42
2848636--2848669	17	2.1	16	88	5	50	32	0	0	67	0.91
2855026--2855061	16	2.2	16	95	0	63	19	2	0	77	0.88
2856504--2856716	46	4.8	45	78	15	221	27	23	15	33	1.95
2856590--2856665	37	2.1	37	92	0	125	27	23	13	35	1.92
2856544--2856716	83	2.0	85	87	6	251	27	23	15	33	1.94
2864383--2864495	54	2.1	54	96	0	217	21	18	14	46	1.84
2864901--2865694	375	2.1	375	99	0	1563	45	7	8	37	1.63
2865952--2866441	146	3.4	141	84	9	603	53	7	7	31	1.57
2865952--2866446	139	3.4	143	85	6	631	53	7	7	31	1.58
2867711--2867739	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2868609--2868643	17	2.1	16	94	5	61	45	0	8	45	1.34
2868881--2868910	13	2.4	12	89	10	51	30	3	23	43	1.70
2870717--2871425	102	7.0	102	98	0	1321	32	27	18	20	1.96
2873835--2873868	17	2.0	17	100	0	68	29	23	23	23	1.99
2874167--2874222	16	3.5	16	82	4	69	41	5	23	30	1.76
2875239--2875316	38	2.1	38	100	0	156	41	20	2	35	1.66
2878581--2878637	24	2.3	25	79	11	64	66	12	8	12	1.44
2880765--2880803	20	1.9	20	89	5	60	35	0	0	64	0.94
2881999--2882033	17	2.1	16	94	5	61	45	0	8	45	1.34
2882910--2882961	19	2.8	17	78	21	52	48	9	5	36	1.60
2883672--2884281	309	2.0	302	97	2	1139	41	6	7	44	1.59
2886263--2886326	32	2.0	32	96	0	119	42	3	29	25	1.70
2886265--2886325	16	3.8	16	86	0	95	42	3	29	24	1.70
2886314--2886406	44	2.1	44	84	9	118	33	4	26	35	1.76
2893252--2893291	18	2.2	18	95	0	71	30	5	12	52	1.60
2895968--2895994	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
2898970--2899050	41	2.0	41	97	0	153	34	19	11	34	1.87
2902476--2902869	126	3.1	126	85	3	510	27	15	18	38	1.91
2902927--2903033	34	3.1	34	81	2	115	45	13	0	41	1.43
2902934--2903050	33	3.4	34	77	3	128	40	15	0	43	1.52
2903072--2903143	27	2.6	28	86	4	112	48	23	0	27	1.51
2904078--2904125	24	2.0	23	88	4	69	70	0	27	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904078--2904114	14	2.7	14	84	15	51	75	0	24	0	0.80
2905922--2905952	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
2913539--2913713	33	4.6	39	72	19	140	33	26	18	21	1.96
2913582--2913737	33	4.6	33	76	18	135	33	26	20	18	1.96
2913502--2913711	76	2.8	76	88	3	307	32	26	20	20	1.97
2913688--2913744	28	2.0	29	96	3	107	24	29	24	21	1.99
2915594--2915630	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
2916408--2916433	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
2927338--2927375	2	19.0	2	88	0	58	44	0	5	50	1.24
2929617--2929678	27	2.3	27	86	5	81	38	0	4	56	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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