genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  88  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28492638--28492696	24	2.5	24	86	5	84	22	8	23	45	1.79
28492760--28492824	27	2.4	27	80	14	73	20	24	21	33	1.97
28492778--28492830	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
28492822--28492877	26	2.2	26	86	0	76	12	23	32	32	1.92
28492868--28492989	32	3.8	32	82	4	156	23	19	19	36	1.95
28492868--28492989	64	1.9	64	86	0	172	23	19	19	36	1.95
28492875--28493023	64	2.3	64	78	0	163	25	20	18	35	1.95
28507058--28507160	53	1.9	53	96	0	188	39	12	8	38	1.74
28511044--28511103	27	2.1	27	84	9	75	43	0	1	55	1.10
28511069--28511105	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
28518063--28518137	23	3.3	23	87	7	84	37	17	20	25	1.94
28518075--28518138	23	2.8	23	92	4	103	37	18	20	23	1.94
28518443--28518474	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
28519177--28519241	30	2.3	27	84	7	76	44	3	0	52	1.16
28519207--28519243	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
28522510--28522600	37	2.5	37	80	8	105	31	23	1	43	1.61
28523296--28523327	9	3.6	9	91	0	55	0	25	0	75	0.81
28523287--28523324	13	2.9	13	88	0	58	2	26	0	71	1.00
28523499--28523537	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
28534319--28534343	11	2.3	11	100	0	50	12	36	44	8	1.71
28534456--28534528	11	6.6	11	87	9	105	21	35	0	42	1.54
28534459--28534529	22	3.2	22	90	6	117	23	33	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28534610--28534640	12	2.6	12	89	0	53	32	0	0	67	0.91
28534597--28534640	11	3.9	11	76	5	52	34	0	0	65	0.93
28535745--28535769	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28536411--28536450	18	2.2	18	90	0	62	25	30	5	40	1.77
28537725--28537929	111	1.8	111	95	0	374	40	9	8	41	1.68
28540918--28541263	124	2.8	125	94	1	599	32	21	16	28	1.95
28547827--28547868	21	2.0	21	100	0	84	66	9	9	14	1.44
28549501--28549531	15	2.1	15	100	0	62	35	19	12	32	1.90
28552775--28552819	21	2.1	22	83	4	56	13	0	31	55	1.38
28553022--28553063	21	2.0	20	86	4	57	14	0	35	50	1.43
28553264--28553372	32	3.4	32	87	2	148	18	4	30	46	1.69
28555628--28555726	23	4.3	23	78	6	85	15	13	15	56	1.67
28555926--28555960	14	2.5	14	95	0	61	40	20	5	34	1.76
28556570--28556940	187	2.0	187	81	7	432	44	17	14	23	1.85
28558640--28558701	30	2.2	27	88	8	88	56	0	8	35	1.29
28562247--28562307	13	4.7	13	85	0	86	22	9	24	42	1.84
28562247--28562307	26	2.3	26	91	0	104	22	9	24	42	1.84
28563172--28563216	21	2.1	21	100	0	90	40	24	13	22	1.90
28574350--28574410	30	2.0	30	87	6	88	36	0	42	21	1.53
28575449--28575546	25	3.9	25	75	2	90	20	30	15	33	1.93
28575534--28575630	50	1.9	50	83	8	126	23	26	22	26	2.00
28575534--28575620	25	3.5	25	90	0	129	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28581379--28581410	16	2.0	16	93	0	55	40	25	12	21	1.88
28581793--28581835	22	2.0	22	86	4	61	60	2	11	25	1.43
28585741--28585908	25	6.8	25	70	10	107	33	20	25	20	1.97
28585830--28585908	26	3.2	25	78	5	72	34	20	25	20	1.96
28585847--28585930	26	3.3	27	77	11	88	34	19	26	20	1.96
28586339--28586377	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
28587794--28587880	45	2.0	44	93	2	147	48	5	4	41	1.48
28598691--28598724	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
28605351--28605428	39	2.0	41	82	10	99	55	5	3	35	1.40
28609945--28610049	25	3.9	28	75	15	96	62	5	4	26	1.37
28611869--28611899	15	2.1	15	100	0	62	0	25	0	74	0.82
28617031--28617064	11	3.1	11	82	0	50	20	32	2	44	1.67
28617031--28617072	22	1.9	22	90	9	68	23	30	2	42	1.67
28617989--28618013	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
28618639--28618676	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
28619176--28619215	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
28619232--28619270	21	1.9	21	84	5	53	48	30	0	20	1.50
28619222--28619306	33	2.6	33	90	0	134	43	35	0	21	1.53
28619262--28619423	27	6.4	27	72	11	103	46	34	0	18	1.49
28619274--28619318	15	3.2	15	71	28	53	44	31	0	24	1.54
28619322--28619356	12	2.9	12	95	0	61	57	28	0	14	1.38
28619347--28619425	12	6.0	13	73	15	56	44	37	0	17	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28619410--28619573	22	7.8	21	80	5	188	47	28	0	23	1.56
28619410--28619573	42	3.9	43	82	5	201	47	28	0	23	1.56
28619398--28619576	21	8.5	20	79	9	144	46	29	0	22	1.56
28619410--28619575	64	2.7	61	85	3	174	48	27	0	23	1.56
28619604--28619632	15	1.9	15	100	0	58	48	20	0	31	1.50
28619525--28619617	27	3.6	27	84	7	115	46	29	0	24	1.53
28619651--28619713	6	10.0	6	77	16	65	34	44	1	19	1.60
28619663--28619751	21	4.4	21	78	13	105	42	33	0	23	1.54
28619651--28619726	39	1.9	39	97	0	143	38	40	1	19	1.60
28619560--28619759	95	2.1	95	80	10	239	44	32	0	22	1.57
28619750--28619784	18	1.9	18	88	0	52	48	34	2	14	1.58
28619804--28619966	35	4.4	36	67	11	98	46	9	6	36	1.64
28619787--28620031	112	2.2	111	93	1	409	45	8	7	38	1.63
28620003--28620067	22	2.7	23	76	13	69	52	1	3	43	1.26
28620614--28620639	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
28626922--28627031	55	2.0	53	84	3	139	42	15	28	13	1.85
28628331--28628474	44	3.3	43	69	8	128	23	31	22	22	1.99
28628317--28628563	88	2.8	88	87	2	343	26	27	23	22	1.99
28628317--28628512	44	4.5	43	66	12	114	26	26	24	22	2.00
28628558--28629065	44	11.6	43	88	2	642	29	21	25	24	1.99
28628558--28629066	88	5.8	88	89	1	709	29	21	24	24	1.99
28641000--28641037	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28641445--28641476	17	2.0	17	88	11	50	40	0	3	56	1.15
28641879--28641912	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
28646180--28646218	20	2.0	20	84	0	51	66	2	5	25	1.25
28652413--28652438	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
28652410--28652452	9	4.8	9	85	0	50	9	2	53	34	1.46
28653039--28653105	6	10.2	6	78	15	53	23	4	0	71	1.04
28654253--28654284	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
28669744--28670022	116	2.4	116	89	4	408	40	14	4	40	1.67
28672859--28672888	15	2.0	15	93	0	51	60	6	3	30	1.39
28685380--28685448	28	2.4	29	75	2	68	34	18	13	33	1.90
28688779--28688942	27	6.1	27	85	2	213	23	21	10	43	1.84
28688779--28688942	81	2.0	81	89	2	249	23	21	10	43	1.84
28691168--28691287	41	3.0	41	81	2	118	15	20	32	32	1.93
28691225--28691333	39	2.8	38	83	9	132	12	26	33	27	1.93
28691928--28692031	54	1.9	54	82	0	127	26	20	25	26	1.99
28710886--28711008	54	2.3	54	80	5	142	21	24	29	25	1.99
28714538--28714602	32	2.0	32	96	0	121	33	21	9	35	1.85
28719607--28719664	29	2.0	29	100	0	116	41	10	6	41	1.66
28721448--28721586	68	2.1	66	86	5	199	32	22	15	29	1.95
28722176--28722208	13	2.5	13	100	0	66	21	9	27	42	1.83
28727361--28727487	63	2.0	63	98	0	245	51	1	7	39	1.41
28730793--28730855	13	4.9	12	81	12	56	36	28	1	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28732078--28732683	303	2.0	303	100	0	1212	37	16	8	37	1.80
28738600--28738634	16	2.1	17	89	5	54	57	5	0	37	1.23
28739017--28739289	135	2.0	136	99	0	539	38	13	13	35	1.84
28747695--28747745	25	2.0	25	100	0	102	41	23	15	19	1.90
28752849--28752879	16	2.0	16	93	6	55	58	9	25	6	1.54
28752884--28752924	13	2.9	15	79	17	52	73	0	26	0	0.84
28754319--28754346	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
28754665--28754690	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28756225--28756332	40	2.7	40	88	0	162	33	19	5	41	1.75
28758919--28758949	11	2.7	11	95	5	53	38	3	0	58	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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