genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  25  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7824818--7824847	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
7832555--7832632	41	1.9	41	94	0	138	32	10	21	35	1.87
7838554--7838642	45	2.0	45	91	4	144	40	21	17	20	1.92
7838539--7838646	45	2.4	47	81	9	134	39	20	19	20	1.92
7847455--7847683	45	5.1	45	94	2	399	40	21	20	17	1.92
7847455--7847683	88	2.6	89	95	2	406	40	21	20	17	1.92
7847495--7847710	45	5.2	39	77	16	148	39	22	19	18	1.92
7854573--7854597	11	2.3	11	100	0	50	16	0	48	36	1.46
7860981--7861024	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
7865556--7865585	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7870923--7871010	39	2.2	41	92	8	146	21	27	4	46	1.70
7871927--7872060	20	6.6	19	68	13	70	57	11	13	17	1.65
7871971--7872081	43	2.6	42	78	10	109	62	9	13	15	1.54
7871972--7872081	42	2.6	42	80	9	116	62	8	13	15	1.53
7871993--7872070	22	3.6	22	68	18	56	62	8	12	15	1.53
7872277--7872346	21	3.2	21	70	20	63	50	11	20	18	1.77
7886599--7886683	24	3.6	22	69	19	64	38	22	23	15	1.92
7886721--7886786	26	2.6	25	78	7	69	33	22	24	19	1.97
7897883--7898124	81	3.0	81	91	0	385	30	24	22	23	1.99
7910217--7910259	5	8.6	5	100	0	86	20	18	20	39	1.93
7910412--7910575	82	2.0	82	87	0	238	31	15	10	42	1.81
7915266--7915314	22	2.2	22	88	0	71	32	20	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7917758--7917982	16	14.1	16	99	0	441	31	6	37	24	1.80
7917962--7918051	45	2.0	44	87	6	128	31	5	28	34	1.80
7918189--7918355	59	2.8	61	72	18	161	49	5	1	43	1.36
7921789--7921827	2	19.5	2	94	0	69	51	0	2	46	1.14
7922623--7922659	19	2.0	18	89	5	56	56	0	2	40	1.13
7922618--7922662	19	2.3	18	82	14	54	60	0	2	37	1.09
7931168--7931240	37	2.0	37	91	0	119	42	9	20	27	1.83
7946575--7946637	31	2.1	30	85	8	83	30	12	7	49	1.69
7953515--7953923	44	9.2	44	79	6	396	30	18	17	33	1.94
7953882--7954066	94	2.0	94	83	2	237	27	19	20	32	1.97
7964603--7964647	19	2.3	20	85	11	58	46	4	17	31	1.68
7975229--7975274	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
7975545--7975599	25	2.1	25	83	6	65	58	7	5	29	1.48
7975766--7975802	15	2.5	15	100	0	74	5	21	21	51	1.68
7975911--7975937	7	3.9	7	100	0	54	0	14	11	74	1.08
7983136--7983192	27	2.1	26	84	12	71	36	0	7	56	1.27
7989005--7989038	3	11.3	3	87	0	50	64	2	29	2	1.22
7994294--7994380	27	3.3	27	74	6	79	32	0	4	63	1.15
7998714--7998765	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
8002696--8002728	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
8002708--8002816	45	2.6	43	80	12	129	33	4	29	32	1.78
8003021--8003059	19	2.0	19	85	5	51	33	0	2	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009744--8009816	34	2.1	34	92	0	119	23	0	31	45	1.53
8010359--8010444	40	2.2	40	86	0	118	18	18	30	32	1.95
8010644--8010691	16	2.8	16	81	12	60	35	0	0	64	0.94
8011010--8011188	91	2.0	87	92	6	297	30	15	11	41	1.83
8014051--8014090	20	2.1	19	85	4	53	37	7	7	47	1.60
8033946--8033994	3	17.3	3	79	12	50	69	0	28	2	1.00
8033935--8033980	14	3.5	14	77	17	53	65	0	30	4	1.12
8033946--8033991	17	2.8	16	83	9	65	69	0	28	2	1.00
8033946--8033994	14	3.3	14	81	15	62	69	0	28	2	1.00
8034974--8035023	19	2.8	17	82	8	55	4	28	2	66	1.21
8034974--8035026	17	3.0	17	83	8	61	3	28	1	66	1.20
8035671--8035831	43	3.8	43	81	4	157	26	25	18	29	1.98
8036188--8036218	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8036272--8036335	9	7.1	9	92	0	110	46	12	9	31	1.73
8037274--8037364	43	2.1	43	85	2	121	45	10	10	32	1.75
8040691--8040894	7	28.9	7	71	10	67	42	33	1	22	1.62
8040784--8040824	22	1.9	21	90	5	64	46	29	0	24	1.53
8040770--8040899	14	9.2	14	74	6	84	46	28	0	24	1.58
8040944--8040985	21	2.0	21	90	4	68	50	33	0	16	1.46
8040943--8041076	14	9.4	15	72	16	56	46	32	1	20	1.60
8041023--8041076	7	7.6	7	85	4	72	51	29	0	18	1.46
8041027--8041068	22	2.0	21	90	4	66	50	33	0	16	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041023--8041121	22	4.6	21	75	9	65	47	27	2	23	1.62
8041657--8041772	39	2.9	39	77	6	101	24	21	19	34	1.96
8042878--8042993	39	2.9	39	77	6	101	24	21	19	34	1.96
8043150--8044984	917	2.0	917	100	0	3670	40	15	11	31	1.83
8044220--8045806	793	2.0	794	99	0	3140	38	16	11	32	1.85
8046142--8046180	21	1.9	20	89	5	60	23	2	10	64	1.37
8050045--8050103	31	1.9	31	89	0	91	52	13	13	20	1.74
8050559--8050597	20	2.0	20	90	5	62	51	7	7	33	1.59
8051512--8051544	17	1.9	17	93	0	57	54	0	12	33	1.37
8063609--8063674	27	2.4	27	92	0	105	28	28	18	24	1.98
8066599--8067448	425	2.0	425	100	0	1700	22	17	24	35	1.95
8074122--8074184	31	2.1	30	82	14	76	41	1	11	46	1.49
8075578--8075611	4	8.5	4	93	0	59	23	23	0	52	1.47
8077134--8077168	13	2.8	12	84	16	52	60	22	0	17	1.37
8079936--8079996	30	2.0	30	100	0	122	39	21	9	29	1.85
8082145--8082200	29	1.9	29	85	0	76	21	21	26	30	1.98
8084319--8084517	98	2.0	99	99	0	391	37	13	18	31	1.88
8091684--8092845	594	1.9	598	93	2	2014	29	18	18	34	1.94
8093431--8093534	39	2.7	39	86	3	138	30	2	20	46	1.65
8094351--8094421	36	2.0	36	100	0	142	29	14	16	39	1.88
8109808--8109860	18	2.8	18	85	8	61	26	1	0	71	0.96
8109997--8110052	19	2.7	23	78	18	68	12	7	5	75	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113928--8113958	16	1.9	16	93	0	53	29	3	12	54	1.53
8137111--8137189	24	3.2	23	75	16	68	49	13	2	34	1.56
8145977--8146018	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
8146473--8146503	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8146558--8146594	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8147291--8147316	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
8149219--8149264	23	2.0	23	91	0	74	17	13	8	60	1.56
8149768--8149802	17	2.1	17	100	0	70	37	17	11	34	1.85
8151237--8151299	31	2.0	31	100	0	126	34	30	9	25	1.88
8154105--8154129	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8155707--8155793	45	1.9	45	95	0	156	52	3	3	40	1.35
8160252--8160616	186	2.0	183	90	3	570	34	14	23	27	1.94
8160991--8161016	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
8161792--8161828	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
8164070--8164095	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
8167101--8167184	21	4.1	22	70	18	58	36	2	1	59	1.18
8167110--8167158	22	2.2	22	85	7	64	36	4	0	59	1.17
8167272--8167314	20	2.2	20	88	8	63	27	0	4	67	1.10
8170642--8170740	24	4.2	24	81	1	110	27	15	19	38	1.91
8170737--8170801	22	3.0	22	93	0	112	32	16	16	33	1.92
8170972--8171002	15	2.1	15	93	0	53	19	22	29	29	1.98
8178154--8178188	17	2.1	17	88	0	52	42	2	0	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8178532--8178838	156	2.0	156	93	1	526	35	19	19	26	1.95
8182768--8182800	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
8187154--8187295	43	3.3	42	70	20	130	35	26	16	22	1.95
8203054--8203089	18	2.0	18	89	10	56	19	8	0	72	1.10
8204738--8204868	62	2.1	62	89	1	208	48	12	3	35	1.56
8220702--8220901	43	4.7	43	85	2	242	31	24	18	27	1.97
8220725--8220934	86	2.4	87	81	6	248	31	24	16	27	1.96
8220690--8220934	43	5.7	43	82	4	219	30	25	17	26	1.97
8228897--8228938	19	2.2	19	86	0	57	23	35	0	40	1.55
8228916--8228968	12	4.8	12	75	15	51	30	28	0	41	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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