genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24312146--24312369	22	10.2	22	82	0	261	29	11	19	40	1.86
24316926--24316969	20	2.3	18	84	7	52	61	2	2	34	1.21
24317607--24317939	166	2.0	167	99	0	659	28	18	6	46	1.72
24317909--24317968	30	2.0	30	90	6	95	31	5	3	60	1.35
24317909--24317986	31	2.5	33	85	8	101	32	3	2	61	1.27
24318011--24318070	26	2.3	27	88	2	86	31	5	1	61	1.27
24320823--24320885	27	2.3	28	83	5	76	31	20	23	23	1.98
24321760--24321799	21	1.9	22	85	10	57	52	0	22	25	1.47
24321894--24321953	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
24326650--24326744	44	2.2	44	88	0	136	36	23	12	27	1.91
24332297--24332321	7	3.6	7	100	0	50	12	0	44	44	1.41
24341775--24342752	501	1.9	499	87	2	1393	18	27	15	38	1.91
24341775--24342752	252	3.9	252	90	1	1435	18	27	15	38	1.91
24346557--24346597	21	2.0	20	85	4	55	51	4	2	41	1.36
24350727--24350783	29	2.0	29	100	0	114	14	15	14	56	1.68
24353101--24353126	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24355204--24355241	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24359416--24360124	231	3.1	231	97	0	1330	34	13	29	22	1.93
24359416--24360345	462	2.0	460	85	6	1238	35	13	29	22	1.92
24368929--24368961	13	2.4	14	90	10	59	30	39	6	24	1.79
24374656--24374896	123	2.0	123	100	0	482	30	6	17	45	1.74
24376335--24376561	124	1.8	124	92	0	382	29	15	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24380651--24380688	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
24384227--24384289	24	2.6	24	82	0	81	50	17	7	23	1.72
24384799--24384861	28	2.3	27	83	8	74	30	17	12	39	1.87
24390959--24391938	57	17.2	57	97	0	1757	24	1	22	52	1.55
24392051--24392157	29	3.7	29	84	2	153	24	0	23	51	1.54
24392051--24392180	29	4.3	30	80	10	142	25	1	23	50	1.58
24392370--24392429	24	2.7	21	78	14	75	1	21	36	40	1.64
24392383--24392438	24	2.3	24	96	0	103	1	23	32	42	1.64
24392368--24392441	21	3.4	21	76	10	76	1	22	35	40	1.63
24392693--24392738	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
24394493--24394542	21	2.3	22	96	3	93	40	0	34	26	1.56
24404748--24404845	45	2.2	45	87	5	137	33	29	5	31	1.79
24404899--24404992	9	10.4	9	78	4	91	25	8	22	43	1.81
24404899--24404994	27	3.6	27	78	2	113	25	8	21	44	1.80
24406521--24406564	22	1.9	24	86	9	65	56	6	0	36	1.26
24408113--24408147	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
24408964--24408998	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
24411613--24411658	24	1.9	24	91	8	76	36	0	2	60	1.09
24411725--24411934	68	3.1	68	95	1	370	46	9	4	39	1.58
24411823--24411850	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
24411923--24411964	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
24411938--24411999	23	2.8	23	80	4	65	46	1	1	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24413869--24413942	17	4.2	17	73	17	62	66	4	2	27	1.23
24419451--24419536	43	2.0	43	95	0	154	40	16	10	32	1.82
24419785--24419860	24	3.1	24	83	5	91	35	23	23	17	1.95
24422574--24422630	28	2.0	28	100	0	114	29	21	24	24	1.99
24422986--24423451	231	2.0	232	99	0	925	40	10	16	32	1.82
24423743--24424012	43	6.3	43	86	2	310	30	23	22	23	1.99
24423748--24424026	129	2.2	130	85	1	373	30	22	22	24	1.99
24424410--24424576	66	2.5	66	87	3	221	13	28	17	39	1.89
24429360--24429427	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
24429363--24429400	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
24429922--24430240	41	7.8	41	75	4	178	36	22	22	17	1.94
24429922--24430240	82	3.9	82	83	1	336	36	22	22	17	1.94
24430003--24430241	123	1.9	123	83	3	311	37	23	23	16	1.94
24432612--24432677	22	3.3	22	64	27	65	31	7	16	43	1.76
24432614--24432688	37	2.0	37	100	0	150	33	8	16	42	1.77
24438380--24438421	18	2.5	16	82	17	50	42	4	2	50	1.36
24439511--24439552	18	2.5	16	82	17	50	42	4	2	50	1.36
24443744--24443775	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
24446734--24447110	114	3.3	114	84	4	456	25	23	24	27	2.00
24447582--24447618	16	2.3	16	100	0	74	37	5	37	18	1.74
24453146--24453252	54	2.0	54	98	0	205	39	4	14	41	1.67
24457502--24457667	87	1.9	87	88	0	251	40	19	26	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24457632--24457677	21	2.2	21	84	0	56	34	21	36	6	1.80
24457502--24457704	87	2.3	87	82	1	210	40	19	27	12	1.87
24458013--24458130	44	2.7	44	74	11	100	32	17	26	23	1.97
24458103--24458297	43	4.6	42	80	6	198	25	21	23	30	1.99
24459338--24459612	43	6.4	43	85	4	358	32	17	26	23	1.97
24460216--24460278	10	6.5	10	78	10	60	69	0	4	25	1.07
24460218--24460277	28	2.1	28	82	11	70	68	0	5	26	1.10
24460527--24460638	10	11.1	10	69	11	59	31	1	4	62	1.25
24460527--24460589	19	3.3	19	73	4	63	31	1	3	63	1.19
24460513--24460587	29	2.6	30	72	10	75	29	2	5	62	1.31
24460527--24460693	9	17.2	9	68	16	59	30	2	4	62	1.26
24462280--24462310	15	2.1	15	93	0	53	61	0	6	32	1.21
24470796--24470842	24	2.0	24	87	8	69	38	36	6	19	1.77
24477050--24477136	25	3.5	25	91	0	138	29	24	22	22	1.99
24477050--24477173	25	5.0	25	85	0	131	32	20	23	23	1.98
24480105--24480152	17	2.7	18	74	6	53	52	0	4	43	1.20
24481009--24481054	24	1.9	24	90	0	74	36	23	10	28	1.89
24480979--24481451	140	3.4	140	84	0	586	33	20	9	36	1.85
24481523--24481567	22	2.1	21	87	4	63	66	4	0	28	1.11
24485359--24486007	81	7.7	81	82	6	437	45	11	12	30	1.77
24485360--24485986	162	3.7	163	80	7	523	45	11	12	30	1.77
24485737--24486011	86	3.2	86	93	2	446	44	8	13	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24486879--24486927	20	2.5	20	86	0	62	53	8	8	30	1.60
24487373--24487414	21	2.0	21	86	9	59	28	19	7	45	1.76
24489227--24489333	25	4.3	25	80	1	117	20	29	15	33	1.94
24489226--24489341	50	2.3	49	80	2	142	20	28	17	33	1.95
24502123--24502352	69	3.3	67	78	7	196	35	14	20	30	1.92
24502183--24502384	69	2.9	69	78	5	203	35	15	19	29	1.93
24508670--24508710	21	2.0	21	85	9	57	24	26	19	29	1.98
24510148--24510297	82	1.9	80	82	2	192	32	20	10	36	1.87
24512767--24512828	25	2.5	25	86	5	81	22	24	14	38	1.91
24515881--24515923	17	2.5	17	76	0	50	53	0	13	32	1.41
24527632--24527951	174	1.8	179	86	3	470	22	15	16	46	1.84
24543510--24543565	29	2.0	28	86	10	78	32	5	0	62	1.18
24553253--24553287	18	1.9	18	100	0	70	34	0	25	40	1.56
24558486--24558515	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
24563097--24563281	46	4.0	46	87	1	264	35	10	25	29	1.89
24569937--24569981	23	2.1	21	84	12	56	68	2	15	13	1.30
24576493--24576677	48	3.9	48	86	0	244	21	29	22	27	1.99
24583460--24583486	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24583592--24583626	14	2.5	14	90	0	52	48	0	14	37	1.44
24583797--24583865	21	3.5	20	76	9	61	34	7	4	53	1.48
24585694--24585790	49	2.0	49	93	0	167	42	7	26	23	1.80
24608954--24609005	21	2.4	21	83	3	59	30	25	28	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24609099--24609153	21	2.6	21	78	18	60	20	25	32	21	1.97
24629199--24629250	21	2.4	21	83	3	59	30	25	28	15	1.96
24634587--24634616	16	1.9	16	93	6	53	26	10	13	50	1.73
24648697--24648789	47	2.0	47	97	0	177	26	32	5	35	1.79
24651994--24652038	12	3.6	13	80	17	51	53	0	2	44	1.13
24657269--24657328	20	3.0	20	78	4	59	51	5	6	36	1.50
24661778--24661825	18	2.7	18	80	0	51	43	41	2	12	1.54
24661929--24661983	9	6.1	9	84	0	74	27	9	23	40	1.85
24661929--24661978	18	2.8	18	96	0	91	26	10	24	40	1.86
24667990--24668026	18	2.1	18	100	0	74	40	27	5	27	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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