genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29028268--29028332	15	4.1	15	75	15	60	20	0	35	44	1.51
29028290--29028383	7	13.0	7	75	10	55	21	0	35	43	1.53
29028297--29028384	15	6.0	15	67	15	51	22	0	35	42	1.54
29030305--29030341	19	1.9	19	88	0	56	54	5	2	37	1.38
29031330--29031366	19	1.9	19	88	0	56	54	5	2	37	1.38
29032684--29033134	116	3.9	114	77	7	394	28	16	20	34	1.94
29032838--29033165	115	2.9	115	79	8	346	26	15	22	35	1.94
29033308--29033362	28	1.9	29	88	3	85	9	32	1	56	1.41
29040477--29040598	59	2.1	57	95	3	217	31	26	15	27	1.96
29052116--29052148	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
29053606--29053678	23	3.5	21	67	17	53	36	2	1	58	1.21
29054936--29055021	25	3.5	25	73	7	68	19	27	22	30	1.98
29055030--29055102	25	2.9	25	91	0	110	21	24	17	35	1.95
29063520--29063568	26	2.0	24	91	0	62	46	10	2	40	1.49
29068998--29069037	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
29069021--29069060	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
29069006--29069072	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
29069000--29069076	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
29072361--29072497	68	2.0	68	97	0	256	38	13	19	28	1.89
29076145--29076362	108	2.0	109	98	1	420	43	5	8	43	1.57
29076145--29076392	108	2.3	107	92	5	315	43	5	7	44	1.54
29077926--29077958	12	2.8	12	100	0	66	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29080665--29081467	32	25.1	32	100	0	1606	43	25	9	21	1.82
29084337--29084874	269	2.0	269	98	0	1040	36	8	22	32	1.84
29085190--29085353	82	2.0	81	89	4	249	29	16	30	23	1.96
29085351--29085477	48	2.7	48	86	1	157	26	22	28	22	1.99
29085867--29086022	45	3.5	44	81	9	163	26	16	22	33	1.95
29085901--29086046	45	3.2	45	81	12	133	26	15	24	32	1.95
29087531--29087568	19	2.0	19	94	0	67	10	0	76	13	1.02
29087670--29087706	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
29089089--29089157	34	2.0	34	91	0	111	30	26	4	39	1.75
29089153--29089221	30	2.3	29	82	5	84	33	18	1	46	1.58
29095352--29095383	16	2.0	16	93	0	55	12	34	6	46	1.67
29096426--29096466	21	2.0	21	90	0	64	24	7	12	56	1.61
29097627--29097730	49	2.1	49	96	0	190	31	6	11	50	1.65
29098953--29098986	17	2.0	17	94	0	59	41	0	2	55	1.15
29098986--29099020	17	2.1	17	100	0	70	40	0	5	54	1.24
29098979--29099020	17	2.6	16	88	7	66	42	0	4	52	1.22
29098989--29099026	17	2.2	17	90	0	58	50	0	5	44	1.24
29099414--29099448	18	1.9	18	94	0	61	68	8	14	8	1.38
29103807--29103839	17	2.0	17	94	5	59	39	6	18	36	1.75
29106597--29106724	6	21.3	6	95	0	193	28	49	0	21	1.55
29116971--29117235	132	2.0	132	93	0	458	32	22	14	30	1.93
29120851--29120882	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29124422--29124455	10	3.4	10	95	0	59	23	2	0	73	0.97
29131543--29131590	21	2.3	21	92	0	78	39	20	18	20	1.92
29134233--29134280	25	1.9	25	91	0	78	31	6	18	43	1.75
29137043--29137321	138	2.1	135	83	4	348	44	5	8	41	1.58
29137300--29137445	74	1.9	77	81	4	181	33	13	7	45	1.71
29137433--29137473	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
29139387--29139475	28	3.0	30	80	8	110	26	20	24	28	1.99
29139833--29140272	27	16.4	27	83	5	491	17	19	20	43	1.88
29141175--29141217	18	2.3	19	80	4	52	72	9	18	0	1.11
29153619--29153778	45	3.6	45	87	3	216	45	13	20	20	1.84
29157459--29157520	27	2.3	27	91	0	97	37	9	25	27	1.87
29162768--29163037	137	2.0	136	83	3	337	20	22	25	31	1.98
29165468--29165494	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
29175065--29175106	12	3.4	13	77	12	52	28	0	21	50	1.49
29175693--29175722	9	3.3	9	95	0	51	43	0	26	30	1.55
29177038--29177110	26	2.8	26	87	0	110	16	17	30	35	1.92
29178571--29178738	43	4.0	42	71	11	112	33	23	13	29	1.93
29182277--29182339	25	2.5	25	84	5	83	38	14	20	26	1.91
29186534--29186567	18	1.9	18	88	5	52	11	41	29	17	1.85
29187975--29188006	15	2.1	15	100	0	64	34	34	6	25	1.81
29190324--29190370	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
29190994--29191276	27	10.5	27	84	1	300	44	20	15	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29190978--29191276	81	3.7	81	83	3	334	44	19	15	20	1.87
29197706--29197788	39	2.1	39	97	0	157	45	16	8	28	1.77
29199918--29199974	25	2.3	25	78	3	62	35	21	24	19	1.96
29200030--29200087	25	2.3	24	80	13	64	36	20	22	20	1.95
29202430--29202652	116	1.9	116	90	0	356	30	11	18	39	1.86
29210028--29210318	113	2.6	113	80	6	286	34	18	22	25	1.96
29210252--29210393	75	1.9	75	88	0	212	34	18	22	24	1.96
29210325--29210774	114	3.9	113	74	9	387	30	18	24	26	1.98
29210309--29210942	114	5.5	110	70	14	306	29	18	23	27	1.98
29210309--29210775	229	2.0	227	84	3	598	30	19	24	26	1.98
29210309--29210942	229	2.8	229	79	6	565	29	18	23	27	1.98
29211256--29211306	21	2.4	22	83	12	70	21	0	37	41	1.54
29211251--29211306	22	2.6	23	83	11	73	19	0	35	44	1.51
29212117--29212210	44	2.1	44	94	0	161	22	35	8	34	1.84
29214199--29214237	12	3.2	12	92	0	69	48	15	0	35	1.45
29214146--29214426	87	3.0	94	86	7	346	51	16	3	29	1.60
29214275--29214449	87	2.0	88	98	1	343	51	17	2	29	1.57
29214373--29214524	9	17.7	9	75	18	119	46	19	1	32	1.62
29214290--29214520	25	9.0	25	70	17	138	48	18	2	30	1.60
29214414--29214524	34	3.3	33	75	14	104	46	20	1	30	1.61
29214290--29214524	16	14.7	16	68	23	99	48	18	2	31	1.60
29221621--29221785	43	3.9	43	88	5	248	24	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29221621--29221785	84	1.9	86	89	7	257	24	26	20	29	1.99
29223906--29224013	43	2.5	43	90	1	162	31	23	17	27	1.97
29224128--29224210	31	2.7	30	83	3	103	42	19	9	28	1.83
29229673--29229951	63	4.4	63	94	2	474	40	2	2	53	1.29
29232845--29232869	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29233023--29233064	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
29233814--29233869	21	2.7	21	85	0	76	26	7	35	30	1.83
29234750--29234790	15	2.6	16	78	21	50	60	0	4	34	1.18
29236337--29236373	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
29236952--29237087	53	2.5	55	84	8	174	30	30	0	38	1.57
29240042--29240073	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
29241617--29242118	173	2.9	173	85	6	531	28	22	20	28	1.99
29241781--29242118	87	3.9	86	74	8	258	28	23	20	28	1.99
29241568--29242289	216	3.3	214	82	7	698	28	22	20	28	1.98
29241781--29242160	89	4.4	88	75	7	328	28	23	20	28	1.98
29241790--29242505	173	4.1	172	85	6	526	28	23	20	28	1.99
29241534--29242549	389	2.6	389	92	1	1673	28	23	19	28	1.98
29241790--29242334	216	2.5	218	86	5	727	28	23	20	28	1.99
29242137--29242505	171	2.2	172	91	2	600	28	23	20	27	1.99
29242431--29242549	44	2.7	45	78	13	129	26	26	20	26	1.99
29256810--29256841	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
29259300--29259403	21	5.1	21	65	25	71	53	0	1	43	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29259423--29259628	91	2.3	90	89	6	292	45	3	3	47	1.38
29259490--29259629	47	3.0	46	68	21	130	45	4	3	47	1.40
29269728--29269778	24	2.1	24	92	0	84	17	23	23	35	1.95
29272325--29272390	31	2.1	31	86	5	89	33	13	10	42	1.79
29279219--29279438	106	2.1	107	98	1	424	34	25	1	39	1.66
29282580--29282615	9	4.0	9	92	0	63	44	13	11	30	1.79
29292258--29292316	25	2.4	25	88	0	82	32	16	25	25	1.97
29293169--29293214	21	2.2	21	88	0	65	30	8	4	56	1.49
29293178--29293216	11	3.6	11	86	6	62	28	10	0	61	1.28
29293177--29293216	21	1.9	21	100	0	80	27	10	0	62	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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