genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  67  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22153016--22153118	45	2.3	45	84	3	136	42	20	16	20	1.89
22153322--22153408	40	2.2	40	83	4	104	40	19	10	29	1.85
22154341--22154397	30	1.9	29	82	10	71	47	7	0	45	1.30
22154489--22154532	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
22170220--22170280	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
22170228--22170307	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
22173648--22173695	23	2.0	24	96	4	89	4	10	4	81	0.97
22173652--22173703	24	2.2	24	89	0	77	3	11	5	78	1.05
22175244--22175268	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
22178120--22178158	18	2.2	17	86	4	51	20	7	0	71	1.10
22183828--22183900	1	73.0	1	75	0	65	87	4	2	5	0.73
22183829--22183900	27	2.6	27	86	6	99	87	4	2	5	0.73
22184331--22184380	16	3.0	17	77	14	59	78	2	14	6	1.03
22185292--22185562	90	3.0	91	90	2	440	28	17	24	29	1.97
22185300--22185542	135	1.8	135	87	8	370	27	17	23	31	1.97
22185292--22185542	45	5.6	45	83	9	334	27	17	23	30	1.97
22185583--22186175	99	6.0	99	83	2	663	30	22	21	25	1.99
22185832--22186115	50	5.7	50	72	2	221	31	22	20	25	1.98
22185583--22186154	199	2.9	198	86	1	761	30	22	21	25	1.99
22186191--22186497	44	7.1	44	71	9	211	29	22	20	27	1.99
22186191--22186497	129	2.4	129	89	1	472	29	22	20	27	1.99
22190414--22190566	56	2.7	56	87	2	227	45	13	9	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22194289--22194435	42	3.4	42	77	7	152	25	15	25	33	1.95
22196488--22196559	34	2.1	34	97	0	135	36	20	9	33	1.86
22199657--22199783	50	2.5	50	80	2	139	37	18	16	26	1.92
22199699--22199793	25	3.8	25	84	0	109	41	17	15	25	1.89
22201844--22201886	18	2.3	19	84	8	61	30	6	6	55	1.53
22201883--22201945	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
22204092--22204130	16	2.4	16	91	4	60	58	0	2	38	1.12
22208904--22208941	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
22210020--22210450	103	4.2	103	89	1	666	36	15	21	26	1.93
22210352--22210462	57	1.9	59	83	5	145	34	15	22	27	1.94
22211545--22211590	23	1.9	25	86	8	69	69	0	28	2	1.00
22212916--22212974	31	1.9	31	96	0	109	40	10	13	35	1.78
22213096--22213133	18	2.1	19	85	5	51	57	0	0	42	0.98
22215470--22215519	2	25.5	2	95	4	93	50	0	50	0	1.00
22223392--22223417	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22229190--22229273	24	3.6	23	76	10	73	75	4	17	2	1.09
22229227--22229289	24	2.8	23	81	9	67	76	3	20	0	0.93
22254455--22254499	22	2.0	22	100	0	90	17	22	17	42	1.89
22254638--22254774	40	3.5	41	78	13	137	39	22	18	19	1.92
22254814--22254926	41	2.8	41	91	0	190	20	21	24	33	1.97
22261357--22261399	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
22264295--22264513	32	6.7	32	83	4	258	33	10	14	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22264295--22264513	64	3.4	64	87	3	312	33	10	14	42	1.79
22266530--22266716	41	4.6	41	87	2	268	29	17	26	27	1.97
22266721--22266836	43	2.8	41	81	6	133	21	17	25	35	1.95
22288975--22289165	93	2.1	93	93	2	330	41	17	13	26	1.87
22292302--22292355	21	2.6	21	84	0	63	38	7	25	27	1.83
22301956--22302017	27	2.3	27	86	5	81	24	24	9	41	1.84
22305532--22305914	189	2.0	190	99	0	759	38	10	10	39	1.75
22306665--22306707	21	2.2	19	87	8	59	58	4	2	34	1.32
22306665--22306706	20	2.2	19	87	12	59	57	4	2	35	1.33
22314415--22314615	43	4.7	43	85	2	278	37	22	16	22	1.93
22322019--22322068	25	2.0	25	88	7	75	42	10	10	38	1.72
22323453--22323488	15	2.4	15	90	0	54	0	25	0	75	0.81
22323446--22323495	24	2.1	23	85	3	64	0	24	0	76	0.80
22323447--22323495	23	2.1	23	85	7	64	0	24	0	75	0.80
22325604--22325658	29	1.9	28	85	3	74	21	5	12	60	1.53
22326523--22326561	19	2.1	19	85	0	51	51	10	0	38	1.36
22343344--22343384	20	2.0	20	90	0	64	17	26	2	53	1.56
22343647--22343838	50	3.8	50	83	0	231	23	27	19	28	1.99
22344175--22344233	30	2.0	30	86	0	82	32	23	5	38	1.77
22348338--22348403	22	3.0	22	77	2	78	22	18	27	31	1.97
22348451--22348534	28	3.0	28	78	0	96	27	15	23	33	1.95
22351404--22351434	12	2.6	12	100	0	62	74	19	6	0	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22357781--22357845	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
22358753--22358793	19	2.2	19	86	0	55	46	12	4	36	1.63
22365992--22366026	19	1.9	18	88	11	54	28	2	5	62	1.32
22366807--22366842	17	2.1	18	89	5	56	55	0	5	38	1.23
22367521--22367566	14	3.4	14	78	3	58	65	0	0	34	0.93
22367525--22367585	29	2.1	30	82	11	74	60	0	1	37	1.07
22367553--22368145	296	2.0	296	98	0	1159	42	16	15	26	1.87
22368919--22368974	9	5.5	11	72	25	52	0	21	0	78	0.75
22368919--22368979	20	3.2	18	82	15	70	0	19	0	80	0.72
22368919--22368980	18	3.4	17	75	16	61	0	20	0	79	0.74
22368919--22368984	19	3.4	19	78	14	73	0	22	0	77	0.77
22369206--22369252	9	5.3	9	85	10	53	2	21	0	76	0.89
22369217--22369269	19	2.8	19	85	2	63	0	28	0	71	0.86
22369631--22369760	59	2.2	59	83	8	167	43	4	16	34	1.69
22369631--22369760	29	4.4	29	84	4	163	43	4	16	34	1.69
22369900--22371107	78	15.6	77	79	10	1236	35	20	16	27	1.94
22369900--22371090	230	5.1	222	83	8	1171	36	20	16	27	1.94
22372531--22376357	78	49.6	78	78	10	3690	35	20	16	27	1.94
22372531--22376375	157	24.9	154	81	9	3572	35	20	16	27	1.94
22372531--22376357	230	16.5	227	85	5	3876	35	20	16	27	1.94
22376928--22376985	20	3.0	20	80	12	66	3	1	8	86	0.76
22376928--22376986	19	3.1	19	83	9	75	5	1	8	84	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22376929--22376985	11	5.2	11	81	8	62	1	1	8	87	0.68
22376929--22376977	1	49.0	1	79	0	53	2	2	6	89	0.62
22382945--22383045	40	2.5	40	90	0	166	31	23	16	27	1.96
22387991--22388052	21	3.1	20	84	13	83	0	20	0	79	0.74
22387991--22388052	9	6.3	9	78	15	61	0	20	0	79	0.74
22388197--22388231	15	2.3	15	100	0	70	0	11	11	77	1.00
22388328--22388365	8	4.8	8	83	9	51	0	13	0	86	0.56
22388335--22388369	8	3.9	9	88	11	54	0	14	0	85	0.59
22388332--22388396	3	21.3	3	80	9	60	0	24	0	75	0.81
22388328--22388396	9	7.7	9	85	10	70	0	23	0	76	0.78
22388460--22388508	20	2.6	19	84	9	57	2	30	0	67	1.02
22388759--22388924	59	2.8	58	85	4	188	46	3	16	33	1.64
22388759--22388924	29	5.6	29	81	7	174	46	3	16	33	1.64
22391802--22392418	83	7.5	83	78	10	503	42	12	14	30	1.82
22392205--22392359	74	2.1	74	92	0	256	42	10	14	31	1.81
22392118--22392419	160	1.9	161	87	0	444	42	12	13	31	1.82
22392545--22392588	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
22392547--22392617	30	2.4	31	81	11	87	59	1	1	38	1.15
22393018--22393058	20	2.0	20	85	0	55	51	4	9	34	1.56
22394628--22394664	16	2.2	17	90	4	58	45	0	2	51	1.15
22396258--22396318	23	2.5	26	79	15	76	31	22	24	21	1.98
22401186--22401248	21	3.2	21	66	25	64	33	3	14	49	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22401186--22401263	38	2.1	38	100	0	156	33	2	15	48	1.58
22401273--22401342	29	2.3	29	87	4	95	24	14	14	47	1.81
22403538--22403596	22	2.7	22	79	7	59	50	3	1	44	1.28
22403563--22403626	11	5.9	11	91	8	105	53	0	1	45	1.10
22406699--22406732	7	4.9	7	86	13	52	29	0	0	70	0.87
22408597--22409108	256	2.0	256	99	0	1008	24	13	20	42	1.87
22417059--22417121	32	2.0	32	87	0	90	17	30	9	42	1.81
22419525--22419638	43	2.7	42	83	2	122	36	24	17	21	1.94
22426876--22427073	108	1.8	108	89	2	308	38	16	21	23	1.93
22436599--22436673	31	2.5	31	88	2	107	44	12	21	22	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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