genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55462051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   

This is table  24  of  163  ( 19464 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7489709--7489758	6	7.9	7	84	10	56	58	2	24	16	1.49
7491217--7491262	24	1.9	24	90	0	74	34	10	13	41	1.79
7496941--7496968	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
7510832--7510901	19	3.4	21	77	16	65	41	1	31	25	1.64
7525396--7525443	15	3.2	15	87	0	69	43	0	6	50	1.27
7525396--7525443	5	9.6	5	86	0	60	43	0	6	50	1.27
7526407--7526483	22	3.4	22	76	16	84	19	23	18	38	1.93
7526396--7526475	25	3.3	25	75	16	87	18	23	18	38	1.93
7526396--7526485	47	1.9	47	97	0	171	20	23	17	38	1.93
7526407--7526493	22	3.8	22	73	8	75	19	21	18	40	1.92
7526612--7526732	39	3.1	39	86	11	176	61	0	2	35	1.15
7526700--7526745	17	2.7	17	82	0	56	63	0	0	36	0.95
7530392--7530457	13	5.1	13	84	0	96	30	6	27	36	1.81
7533043--7533091	23	2.2	22	81	3	53	14	8	4	73	1.21
7533046--7533092	20	2.2	22	81	7	62	17	8	4	70	1.29
7535431--7535477	21	2.3	21	82	10	53	36	4	8	51	1.52
7538235--7538265	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
7548625--7548671	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
7560931--7560978	20	2.4	20	82	0	60	43	18	2	35	1.62
7563188--7563348	81	2.0	81	91	2	261	31	17	22	27	1.97
7571963--7572022	31	1.9	31	83	6	77	48	8	5	38	1.55
7582245--7582315	9	8.0	9	71	14	58	26	4	0	69	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7585024--7585088	33	2.0	33	96	0	121	30	9	26	33	1.88
7595310--7595341	3	10.7	3	100	0	64	34	34	0	31	1.58
7597585--7597655	27	2.6	27	81	0	88	21	33	33	11	1.89
7597692--7597749	15	3.8	15	82	8	73	67	0	32	0	0.91
7597694--7597751	5	11.4	5	78	10	64	65	0	34	0	0.93
7598069--7598624	155	3.6	156	89	5	848	53	7	10	28	1.62
7603941--7604019	40	2.0	41	87	5	117	50	8	5	35	1.56
7604002--7604027	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
7604612--7604637	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
7604987--7605034	25	1.9	25	91	0	78	4	35	4	56	1.38
7605062--7605126	27	2.4	27	94	0	112	13	38	26	21	1.91
7605509--7605545	14	2.5	15	91	8	58	59	0	2	37	1.12
7616684--7616719	18	2.0	18	100	0	72	22	33	22	22	1.97
7617990--7618094	49	2.2	49	98	1	203	27	24	20	26	1.99
7623982--7624015	16	2.1	16	100	0	68	17	17	5	58	1.57
7629055--7629094	20	2.0	20	85	9	55	37	0	0	62	0.95
7633276--7633308	17	1.9	17	100	0	66	78	0	0	21	0.75
7636784--7636869	30	2.8	30	79	12	93	22	40	12	24	1.89
7637488--7637569	12	6.8	12	87	0	119	40	30	2	26	1.69
7637702--7637736	3	11.7	3	93	0	61	28	71	0	0	0.86
7644924--7645099	18	10.0	17	70	17	78	65	0	33	0	0.97
7644926--7645027	24	4.3	23	71	11	73	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7644929--7645008	34	2.8	28	75	24	85	67	0	32	0	0.91
7644944--7645101	38	4.3	36	82	11	171	67	0	32	0	0.96
7644946--7645070	10	12.7	10	71	16	82	67	0	32	0	0.97
7645017--7645100	32	2.6	33	82	14	88	69	0	29	1	0.97
7644926--7645076	10	15.1	10	68	20	59	67	0	31	0	0.96
7645671--7645709	19	2.1	18	90	4	60	25	0	5	69	1.09
7645716--7645741	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7645750--7645814	27	2.4	28	92	7	107	41	9	0	49	1.35
7648960--7649077	61	1.9	62	84	10	161	54	11	0	33	1.37
7649083--7649108	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7649275--7649310	10	3.5	10	85	7	54	0	22	0	77	0.76
7649416--7649525	27	4.1	27	89	0	175	10	44	20	24	1.83
7649553--7649592	8	4.9	8	84	6	53	5	2	5	87	0.73
7649553--7649593	16	2.5	16	92	4	64	4	2	7	85	0.81
7649594--7649636	22	2.0	22	95	0	77	53	0	6	39	1.28
7650362--7650700	75	4.4	75	83	6	455	34	6	11	47	1.66
7654490--7654544	18	3.0	18	75	2	56	43	43	5	7	1.55
7655774--7655952	84	2.1	85	97	1	342	21	10	7	60	1.53
7660471--7660514	24	1.9	24	86	9	65	34	0	4	61	1.16
7660628--7660687	22	2.7	22	84	0	75	48	1	1	48	1.21
7664293--7664411	44	2.7	44	81	2	132	30	21	21	26	1.98
7664840--7664889	18	2.8	18	78	0	55	42	44	6	8	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7666286--7666339	27	2.0	28	85	3	74	29	1	3	64	1.21
7666302--7666339	17	2.2	18	90	4	60	28	0	2	68	1.03
7666247--7666447	99	2.0	100	99	0	395	30	7	7	53	1.58
7666385--7666438	27	2.0	28	85	3	74	29	1	3	64	1.21
7666401--7666438	17	2.2	18	90	4	60	28	0	2	68	1.03
7668534--7668560	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
7668716--7668763	16	3.0	16	87	6	62	50	2	2	45	1.25
7673316--7673341	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
7674076--7674113	18	2.2	18	85	4	51	68	0	7	23	1.16
7679288--7679347	20	3.1	19	79	9	68	66	0	1	31	1.01
7682639--7683060	103	4.1	103	100	0	844	37	19	12	30	1.89
7684391--7684421	8	3.9	8	95	0	53	25	0	6	67	1.14
7689533--7689569	19	1.9	19	89	10	58	32	16	0	51	1.45
7692542--7692731	94	2.0	95	97	1	364	57	6	23	12	1.58
7693000--7693038	14	2.6	15	84	12	53	28	5	7	58	1.47
7706425--7706497	37	2.0	37	86	0	101	54	13	12	19	1.70
7714556--7714619	29	2.2	29	91	0	101	40	1	28	29	1.66
7714657--7714691	18	1.9	18	94	0	61	28	2	8	60	1.41
7718803--7718828	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
7724896--7725801	457	2.0	456	90	1	1447	31	15	20	33	1.94
7726690--7726737	12	4.2	11	76	10	51	39	4	2	54	1.32
7729643--7729738	44	2.2	44	92	0	156	31	15	4	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7729654--7729740	44	2.0	44	97	0	165	29	14	4	50	1.63
7732553--7732598	20	2.3	21	82	14	62	21	10	2	65	1.35
7736623--7736777	77	2.0	78	98	1	303	41	5	5	48	1.48
7736690--7736742	22	2.3	23	81	12	65	43	1	5	49	1.37
7746033--7746063	1	31.0	1	100	0	62	0	100	0	0	0.00
7747503--7747541	19	2.2	18	86	9	53	33	2	0	64	1.08
7748352--7748380	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
7748589--7748635	18	2.8	18	81	15	64	42	2	0	55	1.12
7755243--7755299	1	57.0	1	100	0	114	100	0	0	0	0.00
7756104--7756146	22	1.9	23	85	4	61	51	0	11	37	1.39
7760424--7760450	12	2.2	12	100	0	54	22	25	18	33	1.97
7761659--7761818	78	2.0	79	98	1	313	39	20	19	21	1.93
7762047--7762112	29	2.3	29	94	0	114	33	28	13	24	1.93
7765063--7765101	3	12.7	3	94	5	69	33	0	0	66	0.92
7779373--7779502	42	3.1	42	89	0	197	23	23	31	21	1.98
7783839--7783937	42	2.4	42	84	3	137	19	35	21	24	1.96
7783861--7783949	42	2.1	42	82	0	106	17	34	24	22	1.96
7786190--7786229	20	2.0	20	85	0	53	57	15	22	5	1.57
7792916--7792955	21	1.9	21	84	0	53	37	12	27	22	1.90
7793256--7793286	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7805749--7805787	21	1.9	20	84	5	51	35	7	10	46	1.67
7807079--7807145	34	1.9	35	84	3	91	32	7	11	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7811028--7811249	92	2.4	91	83	5	286	37	18	8	35	1.81
7811530--7811588	19	3.2	17	79	15	64	37	0	1	61	1.07
7812131--7812268	62	2.2	62	79	5	143	37	10	0	51	1.41
7817769--7817802	18	1.9	18	88	5	52	52	5	0	41	1.25
7818681--7818705	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7818931--7818975	24	2.0	23	82	8	56	15	8	8	66	1.43
7819183--7819266	31	2.7	31	96	0	150	44	14	13	28	1.82
7819187--7819278	31	3.0	30	88	3	130	44	13	13	29	1.81
7820182--7820227	20	2.3	20	85	7	58	69	4	2	23	1.17
7824564--7824593	9	3.3	9	100	0	60	30	0	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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