genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18956582--18956654	31	2.3	31	77	15	78	39	1	1	57	1.16
18957049--18957099	16	3.0	17	88	8	77	56	3	0	39	1.18
18960659--18960708	23	2.2	23	86	10	68	42	12	18	28	1.85
18960754--18960810	23	2.5	22	77	2	60	33	12	12	42	1.80
18961134--18961171	18	2.1	18	85	9	51	50	15	13	21	1.78
18961516--18961640	24	5.3	23	85	7	164	48	16	6	28	1.70
18961516--18961675	45	3.5	46	81	13	177	48	15	6	29	1.71
18961516--18961675	69	2.3	69	87	0	230	48	15	6	29	1.71
18961750--18962058	60	5.5	58	83	11	273	52	10	5	31	1.58
18961786--18961825	19	2.2	19	86	4	55	52	12	7	27	1.66
18961865--18961921	22	2.6	22	83	8	64	54	8	5	31	1.53
18961871--18962041	22	8.4	22	69	23	108	51	11	5	32	1.60
18961871--18961981	23	5.4	21	75	21	94	51	9	5	33	1.58
18961910--18961991	12	6.8	12	66	20	55	51	12	6	30	1.63
18961805--18962058	60	4.3	60	88	6	358	52	11	5	31	1.58
18962040--18962077	20	1.9	19	89	5	58	55	13	2	28	1.51
18961819--18962067	115	2.2	110	81	11	311	52	11	4	31	1.58
18962114--18962217	6	17.0	6	72	11	68	75	3	3	16	1.09
18962114--18962217	13	8.5	12	75	9	68	75	3	3	16	1.09
18962114--18962201	31	2.9	31	79	12	85	75	4	4	15	1.14
18962655--18962709	18	2.8	20	75	13	60	58	21	1	18	1.49
18963324--18963391	6	11.5	6	80	3	66	63	8	1	26	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18963325--18963391	18	3.8	18	78	4	82	64	8	1	25	1.31
18963658--18963984	42	7.7	43	74	10	262	41	16	12	30	1.85
18963666--18963984	85	3.8	84	76	9	240	42	16	11	30	1.83
18964194--18964228	13	2.7	13	90	0	52	48	11	20	20	1.79
18964866--18964964	52	1.9	51	85	2	135	53	13	10	23	1.69
18965202--18965226	12	2.1	12	100	0	50	0	12	0	88	0.53
18969832--18969881	10	4.7	10	79	13	55	42	14	10	34	1.78
18969835--18969889	23	2.4	23	96	3	103	43	14	9	32	1.77
18969845--18969888	13	3.7	13	74	20	51	45	11	9	34	1.72
18969947--18970247	24	12.9	24	74	12	252	51	12	5	29	1.63
18969959--18970127	45	3.7	44	78	15	164	51	13	4	30	1.61
18969947--18970247	69	4.3	69	78	7	338	51	12	5	29	1.63
18970193--18970257	19	3.4	19	76	17	62	53	12	4	29	1.58
18969959--18970280	117	2.8	116	84	7	372	51	12	5	29	1.63
18970169--18970258	21	4.2	21	75	13	85	52	12	4	31	1.58
18970273--18970372	32	3.0	32	70	17	87	60	11	3	26	1.45
18970414--18970460	22	2.2	21	82	17	62	57	6	4	31	1.43
18970321--18970470	81	1.9	81	80	10	182	54	10	4	30	1.53
18970436--18970497	32	1.9	30	81	18	72	54	9	3	32	1.49
18970434--18970497	35	1.9	32	87	9	92	54	9	3	32	1.48
18970414--18970496	20	4.4	20	69	25	72	54	9	3	32	1.50
18970429--18970509	35	2.3	36	77	14	89	55	8	2	33	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18970549--18970622	6	12.3	6	75	13	55	75	4	4	16	1.10
18981383--18981423	19	2.1	19	86	9	55	29	21	14	34	1.93
18981836--18981957	24	4.6	24	70	17	73	35	2	5	56	1.36
18986480--18986521	17	2.4	18	80	15	52	45	0	2	52	1.13
18989701--18989740	17	2.4	17	91	4	64	32	15	27	25	1.95
18989636--18989783	69	2.1	69	81	7	167	36	12	19	31	1.89
18989737--18990036	86	3.5	85	82	3	325	41	12	16	30	1.84
18991301--18991335	6	6.0	6	93	3	54	0	17	0	82	0.66
18995159--18995223	25	2.5	27	95	5	116	29	6	12	52	1.63
18995159--18995234	25	3.0	25	88	5	109	25	5	13	56	1.57
18995329--18995370	19	2.2	19	86	0	57	78	2	7	11	1.04
18995794--18995842	21	2.4	20	75	3	53	44	24	6	24	1.76
18996223--18996281	3	19.0	3	76	13	57	61	8	0	30	1.26
18997298--18997340	21	2.0	21	95	0	77	34	16	18	30	1.93
18997611--18997660	10	4.5	11	76	16	50	6	14	0	80	0.90
18997544--18998039	246	2.0	248	92	4	818	25	15	13	45	1.82
19008694--19008741	22	2.2	22	88	0	69	72	4	20	2	1.11
19010449--19010706	121	2.1	121	94	0	453	43	35	3	17	1.67
19010684--19010774	7	13.1	7	75	13	82	46	38	1	14	1.52
19010425--19010774	20	18.0	20	67	19	158	44	36	3	16	1.64
19016969--19017705	160	4.6	160	80	3	782	31	9	18	41	1.81
19016980--19017705	321	2.3	321	82	2	870	30	9	18	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19018472--19018553	21	3.9	21	75	9	78	41	15	26	15	1.88
19021728--19021772	24	2.0	22	82	8	54	51	0	2	46	1.13
19021698--19021756	29	2.0	29	83	6	75	47	3	0	49	1.18
19032431--19032484	22	2.5	22	84	6	65	46	1	0	51	1.11
19033397--19033424	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
19034723--19034752	13	2.4	13	94	5	53	73	0	3	23	0.98
19036681--19037068	214	1.8	212	80	10	472	52	6	10	30	1.61
19036412--19037068	211	3.0	212	75	11	543	52	6	10	30	1.59
19035813--19037975	926	2.3	920	80	7	2348	51	6	10	31	1.62
19037949--19038082	67	2.0	67	84	5	173	47	2	15	33	1.61
19038784--19038820	18	2.1	18	89	0	56	48	0	8	43	1.32
19040065--19040132	35	1.9	35	85	5	93	33	17	17	30	1.94
19048715--19049025	158	2.0	157	98	0	604	34	8	20	36	1.84
19049657--19049713	21	2.7	21	97	0	105	47	31	1	19	1.60
19053949--19054091	62	2.3	62	87	2	198	35	16	17	30	1.92
19056325--19056372	19	2.8	17	87	12	71	52	0	0	47	1.00
19056328--19056369	19	2.3	18	95	4	75	50	0	0	50	1.00
19056319--19056359	19	2.0	21	90	9	68	53	0	0	46	1.00
19056655--19056696	20	2.1	20	86	8	59	71	0	0	28	0.86
19064153--19064193	20	2.0	20	95	0	73	58	21	12	7	1.58
19064563--19065309	375	2.0	374	86	1	1059	28	17	12	41	1.86
19067710--19067780	34	2.1	33	82	10	81	23	12	11	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19068362--19068386	13	1.9	13	100	0	50	52	24	8	16	1.70
19068364--19068436	19	3.8	20	76	5	60	42	23	13	20	1.88
19068375--19068436	19	3.2	19	73	11	63	38	22	16	22	1.92
19068598--19068642	7	6.0	7	82	12	54	71	2	0	26	0.98
19071155--19071179	13	1.9	13	100	0	50	20	32	8	40	1.81
19073428--19073467	9	4.4	9	80	0	53	85	0	10	5	0.75
19073437--19073468	16	1.9	16	93	6	55	81	0	9	9	0.88
19074560--19074596	7	5.6	7	90	6	51	72	0	24	2	0.97
19074561--19074638	12	6.2	12	72	17	52	74	0	21	3	0.98
19075566--19075611	22	2.1	22	87	0	65	32	23	21	21	1.98
19075902--19075974	33	2.2	34	85	2	94	34	21	16	27	1.95
19078372--19078454	34	2.4	34	80	11	91	25	10	9	54	1.65
19078378--19078427	17	3.0	17	72	13	50	22	14	10	54	1.69
19078527--19078581	15	3.9	15	77	15	55	65	1	5	27	1.25
19078694--19078908	77	2.7	80	89	7	337	64	2	6	26	1.31
19079089--19079126	20	1.9	20	88	0	58	47	21	7	23	1.77
19079123--19079205	19	4.2	20	82	1	62	46	28	4	19	1.70
19079156--19079203	19	2.5	19	93	0	87	50	29	0	20	1.49
19082673--19082712	21	1.9	21	84	0	53	47	0	22	30	1.52
19088844--19088920	38	2.0	38	92	0	127	27	10	32	29	1.90
19096928--19096966	21	1.9	21	89	5	62	33	7	2	56	1.41
19097026--19097075	18	2.6	19	84	12	66	22	0	8	70	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19097041--19097075	9	3.9	9	85	14	54	22	0	8	68	1.16
19097112--19097231	34	3.5	34	77	0	123	39	12	8	40	1.73
19097116--19097259	68	2.1	70	76	7	152	38	12	7	41	1.72
19098473--19098523	22	2.3	22	86	3	66	76	5	11	5	1.14
19100111--19100166	16	3.2	17	85	10	69	62	0	0	37	0.95
19101031--19101063	15	2.1	17	88	11	52	54	0	0	45	0.99
19108870--19108910	17	2.5	17	84	4	57	65	2	7	24	1.30
19110903--19110945	21	2.0	21	100	0	86	39	18	9	32	1.83
19116701--19116776	37	2.0	38	84	2	100	27	9	17	46	1.78
19119144--19119236	46	2.0	46	89	0	141	32	7	17	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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