genome.fa.s334.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33012953

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8882525--8882649	43	2.9	43	79	5	128	37	6	9	46	1.62
8882525--8882647	65	1.9	66	84	5	169	38	5	9	46	1.61
8883131--8883181	22	2.3	22	80	16	61	35	5	13	45	1.68
8883139--8883270	22	6.0	22	73	10	101	38	4	9	46	1.57
8883189--8883265	11	7.0	11	67	11	50	38	2	7	50	1.45
8883284--8883412	65	2.0	65	80	6	145	34	9	6	49	1.60
8883284--8883526	22	11.2	21	70	11	109	32	9	8	50	1.64
8883313--8883459	43	3.4	43	76	5	136	31	8	8	51	1.63
8883306--8883476	65	2.6	64	77	7	157	31	9	8	50	1.65
8883648--8883706	22	2.7	22	83	0	73	33	10	8	47	1.68
8883835--8883933	47	2.2	45	80	14	105	35	8	4	52	1.50
8884248--8884356	11	9.9	11	69	11	62	35	8	5	50	1.56
8884246--8884360	22	5.2	22	80	4	133	35	7	5	51	1.53
8884248--8884362	44	2.6	44	84	0	158	34	8	5	51	1.55
8884411--8884458	22	2.2	22	88	7	71	22	2	8	66	1.29
8884483--8884615	22	6.1	22	73	8	83	36	9	3	49	1.54
8885922--8885998	39	2.1	37	87	7	111	58	2	14	24	1.49
8886413--8886459	23	2.0	24	84	12	62	40	2	8	48	1.45
8886519--8886565	24	2.1	24	85	14	66	38	2	6	53	1.39
8886415--8886634	106	2.0	109	92	4	374	44	5	6	43	1.54
8887325--8887369	6	7.5	6	82	0	54	48	0	4	46	1.22
8887325--8887369	4	11.2	4	85	0	54	48	0	4	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8888294--8888334	18	2.3	18	80	20	50	43	0	4	51	1.23
8888513--8888570	26	2.3	25	82	8	64	50	1	5	43	1.35
8893108--8893358	48	5.2	48	69	10	145	31	4	39	24	1.75
8893637--8893730	48	2.0	48	89	8	147	28	7	36	27	1.84
8894184--8894276	48	1.9	48	86	0	132	26	6	41	24	1.79
8894198--8894473	48	5.8	48	70	5	148	30	6	37	25	1.81
8894253--8894473	96	2.3	95	81	2	255	31	6	37	24	1.81
8896060--8896118	18	3.3	18	76	4	66	42	5	5	47	1.47
8896373--8896405	15	2.1	16	88	5	50	72	0	6	21	1.05
8895355--8896810	362	4.1	358	82	7	1569	43	7	6	42	1.58
8895355--8896810	181	8.1	181	81	5	1424	43	7	6	42	1.58
8896740--8896871	64	2.1	64	85	2	176	47	6	9	36	1.62
8896866--8896903	17	2.2	17	90	9	60	44	2	2	50	1.30
8896559--8897037	245	2.0	245	83	1	611	44	7	7	40	1.61
8896197--8897410	607	2.0	603	83	2	1520	44	7	6	40	1.59
8896804--8897462	181	3.7	179	83	3	743	44	7	5	41	1.57
8899331--8899356	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8899628--8899683	28	2.0	29	85	3	78	55	12	7	25	1.62
8900650--8900688	16	2.3	17	86	8	53	23	5	2	69	1.21
8900649--8900688	18	2.2	17	91	8	62	22	5	2	70	1.19
8901302--8901332	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
8902673--8902733	30	2.0	30	100	0	122	52	0	16	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8902673--8902720	15	3.2	15	71	11	53	52	0	16	31	1.45
8903459--8903550	30	3.1	30	72	12	80	35	17	5	41	1.72
8904768--8904807	19	2.0	20	85	4	55	35	2	2	60	1.24
8904901--8904941	19	2.3	19	87	8	59	14	2	7	75	1.12
8906436--8906482	24	2.0	24	82	0	58	34	12	8	44	1.73
8909429--8909480	21	2.4	23	81	12	65	78	1	5	13	1.01
8913085--8913116	13	2.3	15	89	10	50	68	0	0	31	0.90
8918689--8918905	105	2.0	108	81	7	257	51	10	18	19	1.74
8918843--8919112	148	1.8	148	81	10	325	57	9	14	17	1.63
8920069--8920125	26	2.2	26	87	0	78	40	17	10	31	1.84
8920521--8920591	22	3.2	22	78	9	81	25	26	19	28	1.99
8920692--8921009	104	3.1	103	81	7	326	36	15	14	33	1.88
8921102--8921157	22	2.5	22	77	8	69	39	19	10	30	1.86
8920878--8921270	126	3.1	125	83	3	484	38	16	12	33	1.85
8921141--8921364	104	2.1	105	85	4	292	40	12	11	35	1.80
8921874--8921924	26	1.9	27	88	4	77	23	21	27	27	1.99
8922174--8922244	21	3.3	21	76	16	74	50	9	5	33	1.59
8922174--8922262	21	4.2	20	72	14	63	51	10	5	32	1.59
8922335--8922409	20	3.7	19	73	18	71	46	8	9	36	1.65
8925248--8925293	19	2.3	20	88	3	67	13	6	8	71	1.29
8926817--8926850	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
8926952--8926987	18	2.0	18	100	0	72	38	0	11	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8932648--8932677	14	2.1	14	93	0	51	36	10	0	53	1.35
8934289--8934328	22	1.9	21	85	10	55	47	12	2	37	1.55
8937957--8938069	42	2.7	42	87	2	156	20	4	49	25	1.67
8937850--8938169	48	6.7	48	72	7	215	25	3	48	23	1.67
8938093--8938243	72	2.1	72	81	0	176	24	3	50	21	1.63
8938136--8938193	24	2.4	24	85	0	80	18	1	55	24	1.52
8938048--8938289	120	2.0	120	90	0	376	26	3	48	21	1.66
8938171--8939098	48	19.1	48	79	5	860	27	3	47	22	1.66
8938496--8938577	21	3.6	21	69	23	67	23	2	52	21	1.59
8938477--8938604	27	5.2	27	64	27	86	24	3	49	22	1.67
8938521--8938598	24	3.2	24	63	13	61	24	5	47	23	1.71
8938168--8939009	192	4.4	192	87	1	1091	27	3	47	21	1.66
8939017--8939096	27	3.2	26	65	26	64	27	5	45	22	1.73
8938954--8939069	60	1.9	60	85	0	160	21	2	52	23	1.59
8940495--8940520	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8949505--8949549	24	1.9	23	86	4	63	51	6	0	42	1.28
8949505--8949556	24	2.2	23	83	10	61	50	5	0	44	1.26
8949562--8949602	21	2.0	21	90	0	64	65	0	0	34	0.93
8950629--8950693	28	2.3	26	82	10	67	61	1	3	33	1.21
8951340--8951375	11	3.4	11	88	7	56	25	0	2	72	0.98
8962894--8962937	21	2.1	21	83	8	54	20	38	2	38	1.65
8967284--8967318	2	17.5	2	87	0	52	48	0	2	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8970611--8970777	62	2.7	62	80	7	205	43	11	7	37	1.70
8970734--8970875	62	2.3	63	85	3	180	30	8	15	45	1.76
8970756--8970901	62	2.3	63	82	4	172	32	11	15	39	1.84
8971400--8971583	63	2.9	65	76	10	200	42	10	8	37	1.71
8974418--8974489	34	2.1	34	84	5	92	30	16	16	36	1.91
8975682--8975779	29	3.2	30	76	12	101	51	1	1	46	1.14
8975895--8975990	49	1.9	49	83	10	124	48	1	0	50	1.07
8975925--8975958	13	2.6	13	86	13	52	52	0	0	47	1.00
8978459--8978494	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
8978934--8978994	19	3.4	19	68	27	51	52	3	4	39	1.39
8979537--8979585	3	16.7	3	81	12	57	69	2	2	26	1.10
8979537--8979586	21	2.5	20	83	3	73	70	2	2	26	1.09
8979539--8979584	24	2.0	23	91	4	74	67	2	2	28	1.14
8979538--8979586	17	2.8	18	81	9	57	69	2	2	26	1.10
8980214--8980254	16	2.4	18	80	12	50	36	9	0	53	1.34
8980602--8980659	27	2.2	26	84	9	73	44	0	0	55	0.99
8982026--8982064	20	2.0	19	90	5	60	28	2	0	69	1.02
8982026--8982081	7	8.1	7	74	18	55	32	1	0	66	1.03
8982026--8982081	13	4.1	14	77	17	55	32	1	0	66	1.03
8982050--8982089	21	1.9	21	84	0	53	42	0	0	57	0.98
8988266--8988291	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
8995277--8995302	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8995619--8995650	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
9002106--9002161	18	3.3	17	80	5	60	44	1	5	48	1.36
9006012--9006041	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
9014534--9014571	18	2.1	18	85	9	51	28	10	2	57	1.45
9015729--9015783	18	3.1	17	72	23	51	70	0	5	23	1.07
9015896--9015921	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
9016894--9017165	133	2.0	134	94	1	476	40	10	4	44	1.58
9016894--9017201	133	2.3	130	88	4	359	40	11	4	44	1.59
9018092--9018124	15	2.2	15	94	0	57	45	9	6	39	1.61
9019774--9019823	23	2.2	23	92	0	82	48	2	10	40	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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